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マイクロサテライト不安定性(MSI)を解析する際の精度管理試料 Seraseq MSI Reference Panel Mix / MSI-High Reference Material

掲載日情報:2024/12/03 現在Webページ番号:71616

マイクロサテライト不安定性(MSI)を解析する際の精度管理試料です。MSI解析として一般的なショートタンデムリピート(STR)領域をNGSやPCRで解析する際に用いるMSI Reference Panel Mixと、ヒトゲノム全体にわたる多数のマイクロサテライト遺伝子座をNGSで解析する際に用いるMSI-High Reference Materialがあります。
本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。


Web面談を承ります

Seraseqはオンコロジー、出生前診断の次世代シークエンサーでの測定結果の信頼性を高める精度管理試料です。
オンコロジーシリーズではCNV、TMB、MSIをはじめ、FFPE、ctDNAなど、出生前診断ではトリソミー13、18、21などの数多くのラインナップを取り扱っています。
製品内容のご説明、シリーズラインナップのご紹介などのご希望があれば、お気軽にお申し付け下さい。
Web面談にて対応させていただきます。お手数をお掛けいたしますが、ご依頼の際は、面談で説明をご希望される内容についてお知らせ下さい。
担当者との調整のため、Web面談実施までに1~2週間頂戴する場合もございます。ご了承下さい。

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マイクロサテライト不安定性(MSI)とその検出について

マイクロサテライトは繰り返し単位が1~6塩基対のDNA反復領域で、繰り返しの数は人によって異なり、各個人のゲノムには決まった長さのマイクロサテライトが存在します。マイクロサテライトの繰り返し回数が多くなることで起きるマイクロサテライト不安定性(MSI、Microsatellite Instable)はDNAミスマッチ修復遺伝子の欠損を反映しています。
MSIの測定には従来、qPCR、キャピラリー電気泳動や免疫組織染色が用いられましたが、ddPCRやNGSといった新しい手法が、がん患者のMSI検査に適用されるようになりました。
マイクロサテライト不安定性(MSI)は、がん発症の原因である一方、リンチ症候群や大腸がんなどの腫瘍免疫療法(I-O)における良好な予後とも関連しています。


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特長

  • 核酸の抽出(FFPE Reference Materialのみ)、ライブラリー調製、シークエンシング、バイオインフォマティクス解析による変異体の検出など、NGS解析のさまざまなステップでの精度管理試料として使用できます。
  • NGSアッセイ系の構築・バリデーション・コントロールや標準化に有用です。
  • MSI Reference Panel Mix(#0710-1675、#0710-1676)に添加した変異体DNAは、デジタルPCR、qPCR、キャピラリー電気泳動で正確に定量しています。
  • MSI-High Reference Materialは、精製したゲノムDNA試料との比較に用いるgDNA Mix(#0710-1670)と、FFPE(パラフィン包埋ホルマリン固定)試料との比較に用いるFFPE Reference Material(#0710-2236)があります。含まれているDNAについてはターゲットNGSで確認をしています。

本製品にはDNA抽出試薬やNGSライブラリー調製試薬は含まれていません。


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仕様

商品コードをクリックすると価格表をご覧になれます。

品名 MSI Reference Panel Mix MSI-High Reference Material
AF5% AF20% gDNA Mix FFPE Reference Material
用途 MSI解析で一般的に用いられるショートタンデムリピート領域(下表参照)をNGSやPCRで解析 ヒトゲノム全体にわたる多数のマイクロサテライト遺伝子座をNGSで解析
製品形状 正常細胞DNAは、GM24385細胞からゲノムDNAを抽出し、バッファーに溶解。がん細胞DNAは、GM24385細胞にMSIマーカー配列を有するプラスミドを記載の対立遺伝子頻度(AF)になるように導入した後、同様にゲノムDNAを抽出。 ヒトがん細胞株からゲノムDNAを抽出し、バッファーに溶解。 ヒトがん細胞株をホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)して作製したブロックを10 μmに薄切したもの(curl)。
容量・包装 20 ng/μl、15 μl/vial
2 vials(がん/正常)
25 ng/μl
20 μl/vial
1 FFPE curl/vial
1 vial
商品コード 0710-1675 0710-1676 0710-1670 0710-2236

MSI Reference Panel Mixに含まれるショートタンデムリピート領域

マーカー名 遺伝子名 染色体 Position
(hg19 based)
Comment
BAT-25KIT (intron16)chr45559821125T→19T
BAT-26MSH2 (intron5)chr24764155927A→17A
NR-21SLC7A8 (5’UTR)chr142365234621A→13A
NR-24ZNF2 (3’UTR)chr29584936123T→17T
MONO-271 MAP4K3 (intron3) chr2 39573062 27A→21A
MAP4K3 (intron13) 39536689

MSI-High Reference Materialの評価例

品名 商品コード 検出された
MSI部位数
の平均値
不安定な
MSI部位数
の平均値
MSIスコア
の平均値
評価
gDNA Mix 0710-1670 106 81 77.1 High
FFPE RM 0710-2236 119 90 75.6 High
105 75 71.4 High

MSIの検出はTSO500(イルミナ社)を用いて二重試験で測定した。
MSIスコアは不安定なMSI部位/検出されたMSI部位をパーセント表記したもの。MSI-Highの場合、MSIスコアが20%以上となる。

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Seraseqシリーズ製品一覧

製品の概要をクリックすると該当製品をご覧になれます。
RM:Reference Material

製品の概要 検出できる変異 製品形状① 製品形状② 製品形状③



がんの
プロファ
イリング
固形
腫瘍
固形腫瘍の解析 INDEL、SNV、SV DNA Mix
FFPE試料からの解析 CNV、INDEL、SNV、SV FFPE RM
HRD(相同組換えDNA修復欠損)の解析 SNV DNA Mix FFPE RM
BRCA遺伝子の解析 INDEL、SNV DNA Mix FFPE RM
遺伝性がん関連遺伝子の解析 INDEL、SNV、SV DNA Mix
CNV(コピー数多型)の解析 CNV RM(血漿様) FFPE RM
RNAからの融合遺伝子の解析 融合遺伝子 RNA Mix FFPE RM
Whole Transcriptome解析 融合遺伝子 RNA Mix
血液
がん
リンパ腫の解析 INDEL、SNV、SV ctDNA Mix DNA Mix FFPE RM
骨髄性がん(ミエロイド)の解析 DNA INDEL、SNV ctDNA Mix DNA Mix
RNA 融合遺伝子 RNA Mix
腫瘍免疫研究 TMB(腫瘍遺伝子変異量)の解析 TMB DNA Mix FFPE RM
MSI(マイクロサテライト不安定性)の解析 MSI DNA Mix FFPE RM
がんの
モニタ
リング
リキッド
バイオ
プシー
ctDNA(血中循環腫瘍DNA)の解析 CNV、INDEL、SNV、SV ctDNA Mix RM(血漿様)
ctDNAのメチル化解析 メチル化 ctDNA Mix
ctDNAによるMRD(微小残存病変)の解析 INDEL、SNV、SV ctDNA Mix
その他 代謝酵素関連遺伝子の解析 INDEL、SNV DNA Mix
肥大型心筋症の関連遺伝子の解析 INDEL、SNV DNA Mix
染色体異常の解析 染色体異常 RM(血漿様) cfDNA Mix DNA Mix

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関連した特集

NGS特集へのリンク

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価格

■ MSI Reference Panel Mix

[在庫・価格 :2025年04月25日 16時15分現在]

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詳細 商品名
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納期 文献数
MSI Reference Panel Mix AF5%, Seraseq
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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説明文
NGS解読によりマイクロサテライト不安定性(MSI)を解析する際の精度管理試料。ショートタンデムリピート(STR)領域の解析時に使用。ゲノムDNA溶液。
法規制等
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MSI Reference Panel Mix AF20%, Seraseq
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MSI Reference Panel Mix AF20%, Seraseq

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Seraseq FFPE MSI-High RM
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gDNA MSI-High Mix, Seraseq

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Seraseq FFPE MSI-High RM

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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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