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融合遺伝子などがん関連遺伝子変異をRNAのNGSで解析する際の標準物質 Seraseq Fusion RNA Mix / FFPE Reference Material

掲載日情報:2020/08/24 現在Webページ番号:68214

融合遺伝子やエクソンスキップバリアント、複数エクソンの欠損などのがん関連遺伝子の変異を、RNA試料を用いた次世代シークエンシング(NGS)で解析する際に用いる標準物質です。精製RNA試料との比較に用いるRNA Mixと、FFPE(パラフィン包埋ホルマリン固定)試料との比較に用いるFFPE Reference Materialがあります。
本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。


RNA-Fusion-v4のロット差検証

Seraseq Fusion RNA v4 FFPE Reference Material(#710-0496)のロット差検証
異なる3ロット(Block 1~3)の製品からRNAを抽出し、Oncomine Focus Assay(Thermo Fisher Scientific社)を用いたNGS解析により、融合遺伝子の検出を行った。


がん研究における遺伝子変異の解析法について

全ゲノム解読および多数の遺伝子発見という過去10年の研究成果のがん研究分野での利用が急速に進んでいます。検出が困難な構造多型の検出法は、マニュアル操作による高度に多重化されたFISHから、次世代シーケンシング(NGS)へと置き換わり始めています。本製品は、この高度に多重化されたNGSアッセイに対応した標準物質です。


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特長

  • NGS解析の様々なステップでの標準物質として使用できます:核酸の抽出(FFPE Reference Materialのみ)、ライブラリー調製、シークエンシング、バイオインフォマティクス解析による変異体の検出
  • NGSアッセイ系の構築・バリデーション・コントロールや、標準化に有用です。
  • 個々の遺伝子変異や融合遺伝子について、陽性な細胞株をそれぞれ用意する必要がありません。
  • 幅広いがんの解析用のv4と、Neurotrophic Tyrosine Receptor Kinase(NTRK)関連の変異解析用製品の2つのシリーズがあります。

本製品にはRNA抽出試薬やNGSライブラリー調製試薬は含まれていません。


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Fusion RNA FFPE Reference Materialの製造について

Fusion RNA FFPE Reference Materialの製造法

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製品一覧

商品コードをクリックすると価格表をご覧になれます。

シリーズ名 Fusion RNA v4 NTRK Fusion RNA
検出できる
遺伝子変異
幅広いがんにおける18種類の融合遺伝子やエクソンスキップバリアント、複数エクソンの欠損 NTRKに関連した15種類の融合遺伝子
フォーマット RNA Mix FFPE Reference Material RNA Mix FFPE Reference Material
製品形状 GM24385細胞から全RNA抽出をし、融合遺伝子のmRNAを添加したものをバッファーに溶解 融合遺伝子のmRNAをGM24385細胞に導入後、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)して作製したブロックを10μmの切片に切断したもの(curl) GM24385細胞から全RNA抽出をし、融合遺伝子のmRNAを添加したものをバッファーに溶解 融合遺伝子のmRNAをGM24385細胞に導入後、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)して作製したブロックを10μmの切片に切断したもの(curl)
容量・包装 25 ng/μl
25μl
1 FFPE curl / vial 25 ng/μl
20μl
1 FFPE curl / vial
商品コード 0710-0497 0710-0496 0710-1696 0710-1031

■Fusion RNA v4に含まれる融合遺伝子

融合遺伝子5'側3'側
CCDC6-RET CCDC6 exon 1RET exon 12
CD74-ROS1 CD74 exon 6ROS1 exon 34
EGFR VariantⅢ EGFR exon 1EGFR exon 8
EGFR-SEPT14 EGFR exon 24SEPT14 exon 10
EML4-ALK EML4 exon 13ALK exon 20
ETV6-NTRK3 ETV6 exon 5NTRK3 exon 15
FGFR3-BAIAP2L1 FGFR3 exon 17BAIAP2L1 exon 2
FGFR3-TACC3 FGFR3 exon 17TACC3 exon 11
KIF5B-RET KIF5B exon 24RET exon 11
LMNA-NTRK1 LMNA exon 2NTRK1 exon 10
MET exon 14 Skipping MET exon 13MET exon 15
NCOA4-RET NCOA4 exon 8RET exon 12
PAX8-PPARG1 PAX8 exon 9PPARG1 exon 3
SLC34A-ROS1 SLC34A2 exon 4ROS1 exon 34
SLC45A3-BRAF SLC45A3 exon 1BRAF exon 8
TFG-NTRK1 TFG exon 5NTRK1 exon 9
TMPRSS2-ERG TMPRSS2 exon 1 (5' UTR)ERG exon 2
TPM3-NTRK1 TPM3 exon 7NTRK1 exon 9

■NTRK Fusion RNAに含まれる融合遺伝子

融合遺伝子5'側3'側
TPM3-NTRK1TPM3 exon 7NTRK1 exon 10
LMNA-NTRK1LMNA exon 11NTRK1 exon 11
IRF2BP2-NTRK1IRF2BP2 exon 1NTRK1 exon 10
SQSTM1-NTRK1SQSTM1 exon 5NTRK1 exon 10
TFG-NTRK1TFG exon 5NTRK1 exon 10
AFAP1-NTRK2AFAP1 exon 14NTRK2 exon 12
NACC2-NTRK2NACC2 exon 4NTRK2 exon 13
QKI-NTRK2QKI exon 6NTRK2 exon 16
TRIM24-NTRK2TRIM24 exon 12NTRK2 exon 15
PAN3-NTRK2PAN3 exon 1NTRK2 exon 17
ETV6-NTRK3ETV6 exon 5NTRK3 exon 14
ETV6-NTRK3ETV6 exon 5NTRK3 exon 15
ETV6-NTRK3ETV6 exon 4NTRK3 exon 15
ETV6-NTRK3ETV6 exon 4NTRK3 exon 14
BTBD1-NTRK3BTBD1 exon 4NTRK3 exon 14

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がん陰性コントロール(WT)

未処理のGM24385細胞から調製した製品です。がん陰性コントロール(WT)として使用できます。
TNA:Total Nucleic Acid
商品コードをクリックすると価格表をご覧になれます。

製品名 TNA WT(DNA/RNA)Mix FFPE WT(DNA/RNA)Reference Material
製品形状 GM24385細胞から抽出したゲノムDNAおよび全RNAをバッファーに溶解 GM24385細胞をホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)して作製したブロックを10μmの切片に切断したもの(curl)
容量・包装 25 ng/μl、20μl / vial
2 vials(DNA/RNA)
1 FFPE curl / vial
商品コード 0710-1580 0710-0137

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Seraseqシリーズ製品一覧

製品の概要をクリックすると該当製品をご覧になれます。
RM:Reference Material

製品の概要 検出できる変異 製品形状① 製品形状②



ctDNA(血中循環腫瘍DNA)の解析 CNV、INDEL、SNV、SV DNA Mix RM(血漿様)
固形腫瘍の解析 INDEL、SNV、SV DNA Mix
FFPE試料からの解析 CNV、INDEL、SNV、SV FFPE RM
DNAからの骨髄性がんの解析 INDEL、SNV、SV DNA Mix
RNAからの骨髄性がんの解析 融合遺伝子 RNA Mix
CNV(コピー数多型)の解析 CNV RM(血漿様)
RNAからの融合遺伝子の解析 融合遺伝子 RNA Mix FFPE RM
TMB(腫瘍遺伝子変異量)の解析 TMB DNA Mix FFPE RM
遺伝性がん関連遺伝子の解析 INDEL、SNV、SV DNA Mix


肥大型心筋症の関連遺伝子の解析 INDEL、SNV DNA Mix
染色体異常の解析 染色体異常 RM(血漿様)
NGS特集へのリンク

Seraseqシリーズ紹介の動画も上記の「NGS特集」にアップされています。


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価格

■ Seraseq Fusion RNA Mix / FFPE Reference Material v4

[在庫・価格 :2024年04月25日 00時00分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。
詳細 商品名
  • 商品コード
  • メーカー
  • 包装
  • 価格
  • 在庫
  • 法規制等
納期 文献数
Fusion RNA Mix v4, Seraseq
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 1
説明文
幅広いがんにおける融合遺伝子やエクソンスキップバリアント,複数エクソンの欠損をRNA試料を用いたNGSで解析する際に用いる標準物質。RNA Mix溶液。
法規制等
保存条件 -80℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2023年9月1日号 p.8

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FFPE Tumor Fusion RNA v4 Reference Material, Seraseq
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
幅広いがんにおける融合遺伝子やエクソンスキップバリアント,複数エクソンの欠損をRNA試料を用いたNGSで解析する際に用いる標準物質。融合遺伝子のmRNAを導入した細胞をFFPE処理後に切断した切片。
法規制等
保存条件 4℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2023年9月1日号 p.8
ニュース2022年11月15日号 p.36

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[在庫・価格 :2024年04月25日 00時00分現在]

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Fusion RNA Mix v4, Seraseq

文献数: 1

説明文 幅広いがんにおける融合遺伝子やエクソンスキップバリアント,複数エクソンの欠損をRNA試料を用いたNGSで解析する際に用いる標準物質。RNA Mix溶液。
法規制等
保存条件 -80℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2023年9月1日号 p.8

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FFPE Tumor Fusion RNA v4 Reference Material, Seraseq

文献数: 0

説明文 幅広いがんにおける融合遺伝子やエクソンスキップバリアント,複数エクソンの欠損をRNA試料を用いたNGSで解析する際に用いる標準物質。融合遺伝子のmRNAを導入した細胞をFFPE処理後に切断した切片。
法規制等
保存条件 4℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2023年9月1日号 p.8
ニュース2022年11月15日号 p.36

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■ Seraseq NTRK Fusion RNA FFPE Reference Material

[在庫・価格 :2024年04月25日 00時00分現在]

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詳細 商品名
  • 商品コード
  • メーカー
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  • 価格
  • 在庫
  • 法規制等
納期 文献数
FFPE NTRK Fusion RNA Mix, Seraseq
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
NTRKに関連したがんにおける融合遺伝子をRNA試料を用いたNGSで解析する際に用いる標準物質。RNA Mix溶液。
法規制等
保存条件 -80℃ 法規備考
掲載カタログ

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FFPE NTRK Fusion RNA Reference Material, Seraseq
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
NTRKに関連したがんにおける融合遺伝子をRNA試料を用いたNGSで解析する際に用いる標準物質。融合遺伝子のmRNAを導入した細胞をFFPE処理後に切断した切片。
法規制等
保存条件 4℃ 法規備考
掲載カタログ

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[在庫・価格 :2024年04月25日 00時00分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。

FFPE NTRK Fusion RNA Mix, Seraseq

文献数: 0

説明文 NTRKに関連したがんにおける融合遺伝子をRNA試料を用いたNGSで解析する際に用いる標準物質。RNA Mix溶液。
法規制等
保存条件 -80℃ 法規備考
掲載カタログ

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FFPE NTRK Fusion RNA Reference Material, Seraseq

文献数: 0

説明文 NTRKに関連したがんにおける融合遺伝子をRNA試料を用いたNGSで解析する際に用いる標準物質。融合遺伝子のmRNAを導入した細胞をFFPE処理後に切断した切片。
法規制等
保存条件 4℃ 法規備考
掲載カタログ

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■ がん陰性コントロール(WT)

[在庫・価格 :2024年04月25日 00時00分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。
詳細 商品名
  • 商品コード
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納期 文献数
TNA (DNA/RNA) WT Mix, Seraseq (2vial, 20μl each)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
NGS解読により,がん関連遺伝子の変異を解析する際に,がん陰性コントロール(WT)として使用できる標準物質。ゲノムDNAおよび全RNAのセット。
法規制等
保存条件 -80℃ 法規備考
掲載カタログ

製品記事 Seraseq Tumor Mutation DNA Mix
Seraseq Myeloid Mutation DNA Mix / Fusion RNA Mix
Seraseq Inherited Cancer DNA Mix v1
Seraseq Cardiomyopathy Reference Material v1
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FFPE WT (DNA/RNA) Reference Material, Seraseq (10μm)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
NGS解読により,がん関連遺伝子の変異を解析する際に,がん陰性コントロール(WT)として使用できる標準物質。細胞をFFPE処理後に切断した切片。
法規制等
保存条件 4℃ 法規備考
掲載カタログ

製品記事 Seraseq Compromised FFPE Tumor DNA Reference Material
次世代シークエンス(NGS)関連製品特集
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[在庫・価格 :2024年04月25日 00時00分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。

TNA (DNA/RNA) WT Mix, Seraseq (2vial, 20μl each)

文献数: 0

説明文 NGS解読により,がん関連遺伝子の変異を解析する際に,がん陰性コントロール(WT)として使用できる標準物質。ゲノムDNAおよび全RNAのセット。
法規制等
保存条件 -80℃ 法規備考
掲載カタログ

製品記事 Seraseq Tumor Mutation DNA Mix
Seraseq Myeloid Mutation DNA Mix / Fusion RNA Mix
Seraseq Inherited Cancer DNA Mix v1
Seraseq Cardiomyopathy Reference Material v1
次世代シークエンス(NGS)関連製品特集
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FFPE WT (DNA/RNA) Reference Material, Seraseq (10μm)

文献数: 0

説明文 NGS解読により,がん関連遺伝子の変異を解析する際に,がん陰性コントロール(WT)として使用できる標準物質。細胞をFFPE処理後に切断した切片。
法規制等
保存条件 4℃ 法規備考
掲載カタログ

製品記事 Seraseq Compromised FFPE Tumor DNA Reference Material
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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
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