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目的サイズのDNA断片を簡便、迅速に精製するキット Select-a-Size DNA Clean & Concentrator

掲載日情報:2022/10/18 現在Webページ番号:63883

NGS(次世代シークエンス)のライブラリー調製やPCR、制限酵素処理、ライゲーション反応後などの試料から、特定範囲の鎖長のDNA断片を迅速かつ簡単に精製するキットです。スピンカラムを用いるキット(#D4080)と磁気ビーズを用いるキット(#D4084、#D4085)の2種類からご選択いただけます。


一定以上の鎖長のDNAを精製するキット Select-a-Size DNA Clean & Concentrator

ZYRロゴとDNA キット写真

製品の種類

商品コードまたはをクリックすると、キット、コンポーネントまたは別売品(キットには含まれていません)の価格表をご覧いただけます。

品名 Select-a-Size DNA Clean & Concentrator
フォーマット Spin-Column MagBead
商品コード D4080 D4084 D4085
包装 25 preps 10 ml 50 ml
分子量カットオフ値 ・低分子DNAの除去:≧300 bp, ≧200 bp、≧150 bp、≧100 bp、≧50 bpのいずれかで設定可能

・高分子DNAの除去:> 700 bp(Double Sided Size Selectionを行った場合)
・150~800 bpで設定可能(低分子除去/高分子除去/Double Sided Size Selection)
DNA
サイズ
選択方法
Single Size Selection*
Left Sided Size Selection*
Right Sided Size Selection*
Double Sided Size Selection*
DNA結合容量 ≦3 μg ≦10 μg
操作時間 7分(2 preps)
20分(24 perps)
≦10分
溶出液量 ≧10 μl ≧10 μl
精製DNAの適用 次世代シークエンス、ライブラリー調製、PCR、ライゲーション、制限酵素反応など。
キット
内容
Select-a-Size DNA binding buffer
Select-a-Size MagBead
DNA wash buffer
DNA elution buffer
Zymo-spin IC-S column
Zymo-spin IIC column
Collection tube
別売品 Collection plate
Elution plate
96-well plate cover foil
ZR-96 MagStand

* DNAサイズ選択の方法

選択法 説明
Single Size Selection1回の分画処理で、特定のサイズ以下または以上のDNA断片を除去
Left Sided Size SelectionSingle Size Selectionにおいて、低分子(left sided)DNA断片を除去
Right Sided Size SelectionSingle Size Selectionにおいて、高分子(right sided)DNA断片を除去
Double Sided Size Selection2回の分画処理を行い、目的サイズよりも低・高分子のDNA断片双方を除去


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使用例

MagBead Kit(#D4084、#D4085)を用いた分画精製(Left SidedおよびRight Sided Size Selection*

>MagBead KitでのLeft SidedおよびRight Sided Size Selection

超音波処理したサケ精子DNA(濃度8.0 ng /μl、50 μl)を分画精製した後、Agilent 4150 TapeStationで分析した。
:Right Sided Size Selection(高分子DNA断片を除去)
:Left Sided Size Selection(低分子DNA断片を除去)

MagBead Kit(#D4084、#D4085)を用い、各種分子量で分画精製を行った例(Left Sided Size Selection*

>MagBead Kitで各種分子量でのLeft Sided Size Selection
>MagBead KitでのLeft Sided Size Selectionの再現性

:超音波処理したサケ精子DNA(濃度9.0 ng /μl、50 μl)を分画精製した後、Agilent 4150 TapeStationで分析した。
:260 bp以下を除去、:300 bp以下を除去、:400 bp以下を除去

:得られた精製DNAをTapeStationおよびNanodropで分析し、収量と再現性を確認した。


Spin-Column Kit(#D4080)を用いた分画精製(Single Size Selection*

Single Size Selection

≧300 bp、≧200 bp、≧150 bp、≧100 bpのDNA断片をそれぞれ精製し、バイオアナライザーで分析した。
試料:超音波処理したサケ精子DNA 700 ng

Spin-Column Kit(#D4080)を用いた分画精製(Double Sided Size Selection*

Double size selection

100~700 bp, 200~700 bpのDNA断片をそれぞれ精製し、バイオアナライザーで分析した。
試料:超音波処理したサケ精子DNA700 ngに70 bpのアンプリコンを加えたもの


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ピペットチップへの付着が少ない磁気ビーズ溶液(MagBead Kit)

MagBead Kitで用いている磁気ビーズ溶液は、ピペットチップへの付着が軽減しているため、より正確で一貫性のあるピペッティング操作を行えます。

>MagBeadのピペットへの付着
>従来の磁気ビーズのピペットへの付着


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Zymo-Spin Technologyとは(Spin-Column Kit)

Spin-Column Kitで用いているZymo-spinカラムは、Zymo-Spin Technologyを採用しており、残渣を残さず回収できます。

Zymo-Spin Technology


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操作方法概略

(1)Spin-Column Kit(#D4080)の操作方法概略

Spin-Column Kitの操作方法概略 (クリックで展開します)

■Single Size Selection

  1. 500 μlのSelect-a-Size DNA binding bufferを1.5 mlチューブに入れ、目的DNA断片の鎖長に応じて95%エタノールを加える。ピペッティングにより混合する。
  2. 保持するDNA断片の長さ 95% Ethanolの添加量 Select-a-Size DNA binding bufferの添加量
    ≧300 bp0 μl500 μl
    ≧200 bp30 μl
    ≧150 bp70 μl
    ≧100 bp100 μl
    ≧50 bp300 μl
  3. 別のチューブに精製したいDNA試料とDNA elution bufferを加え、総量を100 μlにする。
  4. 2.に1.を加え、ピペッティングにより混合する。
  5. Collection tube上のZymo-Spin IC-S columnに移し、10,000×gで30秒遠心する。フロースルーを捨てる。
  6. カラムに700 μlのDNA wash bufferを加え、10,000×gで30秒遠心する。フロースルーを捨てる。
  7. カラムに200 μlのDNA wash bufferを加え、10,000×gで60秒遠心する。Collection tubeを捨てる。
  8. カラムを新しい1.5 mlチューブ上に移し、10 μl以上のDNA elution bufferを加える。室温で1分間インキュベートし、10,000×gで30秒遠心しDNAを溶出する。

■Double Sided Size Selection(50~200 bp以上、700 bp以下のDNAを選択する場合)

  【高分子DNA断片(≧700 bp)の除去】

  1. 500 μlのSelect-a-Size DNA binding bufferに10 μlの95%エタノールを加え、ピペッティングにより混合する。
  2. 別のチューブに精製したいDNA試料とDNA elution bufferを加え、100 μlにする。
  3. 2.に1.を加え、ピペッティングにより混合する。
  4. Collection tube上のZymo-Spin IIC columnに移し、10,000×gで30秒遠心する。フロースルーを回収する。

    【低分子DNA断片の除去】
  5. 目的DNA断片の鎖長に応じて、4のフロースルーに95%エタノールを加え混合する。
    除去したいサイズのDNAが残る場合、それより少なくとも50 bp長いDNAの除去条件をご選択下さい。
  6. 保持するDNA断片の長さ 95% Ethanolの添加量
    ≧200 bp20 μl
    ≧150 bp60 μl
    ≧100 bp140 μl
    ≧50 bp290 μl
  7. Collection tube上のZymo-Spin IC-S columnに移し、10,000×gで30秒遠心する。フロースルーを捨てる。
  8. カラムに700 μlのDNA wash bufferを加え、10,000×gで30秒遠心する。フロースルーを捨てる。
  9. カラムに200 μlのDNA wash bufferを加え、10,000×gで30秒遠心する。チューブを捨てる。
  10. カラムを新しい1.5 mlチューブ上に移し、10 μl以上のDNA elution bufferを加える。室温で1分間インキュベートし、10,000×gで30秒遠心しDNAを溶出する。

(2)MagBead Kit(#D4084、#D4085)の操作方法概略

MagBead Kitの操作方法概略(クリックで展開します)

■Clean-up and Left Sided Size Selection(低分子DNA断片の除去)

  1. Select-a-Size MagBeadを激しく振とうし、均一になるまで磁気ビーズを再懸濁する。
  2. 下表を参照し、得たいDNA分子量のピーク値と試料の容量に応じたSelect-a-Size MagBeadの容量を決定する(下表は試料量が50 μlの場合)。
    (Sample Volume)×(Ratio) = Volume of Select-a-Size MagBead
  3. 得たい
    DNA分子量の
    ピーク値
    Ratio of
    Select-a-Size
    MagBead
    Volume of
    MagBead for 50 μl
    starting sample
    2601.2462
    3000.9849
    4000.7638
  4. 必要量のSelect-a-Size MagBeadを試料が入ったチューブ(またはプレート)に加える。均一になるまで試料を混合し、30℃で5分間インキュベートする。
  5. チューブ(またはプレート)を磁気ラック(#P1005など)上に置き、5分間または磁気ビーズが溶液から完全に分離するまでインキュベートする。
  6. 上清を除去する。
  7. 磁気ラック上のチューブ(またはプレート)に、200 μlのDNA wash bufferを添加した後、上清を除去して捨てる。この手順を繰り返す。
  8. 残留した上清を吸引除去した後、チューブ(またはプレート)を磁気ラック上から取り外す。
  9. チューブ(またはプレート)に25 μl以上のDNA wash bufferを加え、ピペッティングまたはボルテックスして均一になるまで十分に混合する。30℃で2分間インキュベートする。
  10. チューブ(またはプレート)を磁気ラックに1~2分間置き、磁気ビーズを溶液から分離させる。
  11. 上清を新しいチューブ(またはプレート)に移す。

■Clean-up and Right Sided Size Selection(高分子DNA断片の除去)

  1. Select-a-Size MagBeadを激しく振とうし、均一になるまで磁気ビーズを再懸濁する。
  2. DNA elution bufferをDNA試料が入ったチューブ(またはプレート)に加えて、合計50 μlとする。
  3. 下表を参照し、DNA分子量のカットオフ値と試料の容量に応じたSelect-a-Size MagBeadの容量を決定する(下表は試料量が50 μlの場合)。必要量のSelect-a-Size MagBeadをチューブ(またはプレート)に加える。均一になるまでDNA試料を混合し、30℃で5分間インキュベートする。
    (Sample Volume)×(Ratio) = Volume of Select-a-Size MagBead
  4. 除去する
    DNA断片の長さ
    Ratio of Select-a-Size
    MagBead(1回目)
    Volume of
    MagBead(1回目)
    >2000.9648
    >3000.8040
    >4000.7236
    >6000.6030
    >7000.5628
  5. チューブ(またはプレート)を磁気ラック上に置き、5分間または磁気ビーズが溶液から完全に分離するまでインキュベートする。
  6. 上清を新しいチューブ(またはプレート)に移す。磁気ビーズは捨てる。
  7. 下表を参照し、3で選択したDNA分子量のカットオフ値に基づき5の上清に必要量のSelect-a-Size MagBeadを加える。均一になるまで混合後、30℃で2分間インキュベートする。
    (Sample Volume)×(Ratio) = Volume of Select-a-Size MagBead
  8. 除去する
    DNA断片の長さ
    Ratio of Select-a-Size
    MagBead(2回目)
    Volume of
    MagBead(2回目)
    >2000.4742
    >3001.0050
    >4001.0854
    >6001.2060
    >7001.2462
  9. チューブ(またはプレート)を磁気ラック上に置き、5分間または磁気ビーズが溶液から分離するまでインキュベートする。
  10. 磁気ビーズが溶液から分離したら、上清を捨てる。
  11. 磁気ラック上のチューブ(またはプレート)に200 μlのDNA wash bufferを添加した後、上清を除去して捨てる。この手順を繰り返す。
  12. 残留した上清を完全に吸引除去した後、チューブ(またはプレート)を磁気ラック上から取り外す。
  13. チューブ(またはプレート)に25 μl以上のDNA elution bufferを加え、ピペッティングまたはボルテックスして均一になるまで十分に混合する。30℃で2分間インキュベートする。
  14. チューブ(またはプレート)を磁気ラック上に置き、2分間または磁気ビーズが溶液から分離するまでインキュベートする。
  15. 上清を新しいチューブ(またはプレート)に移す。

■Double Sided Size Selection

  1. 低分子DNA断片の除去高分子DNA断片の除去それぞれの操作方法中の表に従い、Select-a-Size MagBeadの必要量を求める。
  2. 高分子DNA断片の除去を実施する。溶出のステップでは50 μlのDNA elution bufferを添加する。
  3. 低分子DNA断片の除去を実施する。溶出のステップでは最終的な希望量のDNA elution bufferを添加する。
  4. 得られた上清を新しいチューブ(またはプレート)に移す。


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価格

[在庫・価格 :2024年04月25日 13時35分現在]

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詳細 商品名
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納期 文献数
Select-a-Size DNA Clean & Concentrator (25 Preps)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
法規制等 取扱注意
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2019年3月1日号 p.8

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Select-a-Size DNA Clean & Concentrator MagBead Kit (10ml)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
ライブラリー調製やPCR,制限酵素処理,ライゲーション反応後などの試料から特定範囲のDNA断片を磁気ビーズを用いて精製可能なキット。※マグネットスタンドが必要。
法規制等
保存条件 室温,4℃ 法規備考
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ニュース2019年3月1日号 p.8

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法規制等
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[在庫・価格 :2024年04月25日 13時35分現在]

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Select-a-Size DNA Clean & Concentrator (25 Preps)

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法規制等 取扱注意
保存条件 室温 法規備考
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法規制等
保存条件 室温,4℃ 法規備考
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Select-a-Size DNA Clean & Concentrator MagBead Kit (50ml)

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説明文 ライブラリー調製やPCR,制限酵素処理,ライゲーション反応後などの試料から特定範囲のDNA断片を磁気ビーズを用いて精製可能なキット。※マグネットスタンドが必要。
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掲載カタログ ニュース2022年12月1日号 p.9
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キット構成品の単独製品および別売品

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Select-a-Size Binding Buffer
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Select-a-Size MagBeads
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法規制等
保存条件 4℃,凍結禁止 法規備考
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Wash Buffer(Concentrate)
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DNA Wash Buffer
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DNA Wash Buffer
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DNA Elution Buffer
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別包装品 別包装品あり
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Zymo-Spin Columns IIC, Capped(50Pack)
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説明文
DNA/RNA精製用のシリカスピンカラム。DNA最大結合量:25μg,RNA最大結合量:50μg,溶出液量:25μL以上,カラム容量:800μl
別包装品 別包装品あり
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説明文
DNA/RNA精製用のシリカスピンカラム。DNA最大結合量:25μg,RNA最大結合量:50μg,溶出液量:25μL以上,カラム容量:800μl
別包装品 別包装品あり
法規制等
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2 ml Collection Tube
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Collection Tube
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Collection Tubes
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Collection Plate
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Elution Plate
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Cover Foil, Pierceable (4 Pack)
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別包装品 別包装品あり
法規制等
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96-Well Plate Cover Foil (Pierceable)
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ZR-96 MagStand
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Select-a-Size Binding Buffer

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Select-a-Size MagBeads

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Select-a-Size MagBeads

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法規制等
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Wash Buffer(Concentrate)

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DNA Wash Buffer

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DNA Wash Buffer

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DNA Elution Buffer

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別包装品 別包装品あり
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別包装品 別包装品あり
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Zymo-Spin Column IIC, Capped(250pack)

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Elution Plate

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Cover Foil, Pierceable (4 Pack)

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別包装品 別包装品あり
法規制等
保存条件 法規備考
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ZymoPURE Plasmid Purification Kitシリーズ
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96-Well Plate Cover Foil (Pierceable)

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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
表示価格に、消費税等は含まれていません。一部価格が予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承下さい。