セルフリーDNAをバイサルファイト処理し、WGBSライブラリーを調製するキット Zymo-Seq Cell Free DNA WGBS Library Kit
掲載日情報：2023/07/06 現在Webページ番号：68488
わずか5～10 ngのセルフリーDNA（cfDNA）から、DNAメチル化解析に用いるWGBS（Whole Genome Bisulfite Sequencing）ライブラリーを調製するキットです。独自のアダプターであらゆるサイズのDNA断片を捕捉するダイレクトライゲーション法により、cfDNAの断片末端のメチル化状態を正確に保持したライブラリーを調製できます。
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
リード全体にわたり正確なメチル化検出が可能
本キットで調製したライブラリーは、従来の方法によく見られるライブラリー調製時に生じるバイアスを最小限に抑える。バイアスのないライブラリーは、リード全体にわたって一貫したメチル化レベルを有する。
従来の方法では末端修復ステップの際に、損傷したDNA末端に外来のヌクレオチドを組み込むため、DNA断片の3'末端に著しいメチル化の偏りが生じる。一方、本キットはアダプターを直接ライゲーションするため、末端修復の必要がなく、試料DNA断片の末端に存在するメチル化の完全性が保たれる。
各キットで調製したライブラリーについて、マップされたリードの各位置にわたる平均CpGメチル化レベルによりM-Biasプロットを作成したところ、本キット（左）がRead 1とRead 2の両方で一貫したCpGメチル化を示すのに対し、A社製品（右）は著しいバイアスが見られた。
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2024/02/29
試薬 モニター
ZYMO RESEARCH（ZYR）
- 特長
- 操作方法概略
- 使用例
- Zymo Research社のDNAメチル化解析用ライブラリー調製キットの一覧
- Zymo-Seq Cell Free DNA WGBS Library KitのFAQ
- 関連した特集記事
- キット内容
- 価格
特長
- cfDNAなどのサイズが小さいDNA断片からのライブラリー調製に最適です。
- cfDNAの断片末端のメチル化状態を正確に保持したライブラリーを調製できます。
- 調製したライブラリーは、すべてのIlluminaプラットフォームに対応していますが、NextSeq、NovaSeqのご使用をお勧めします。
- 試料DNAの種類：精製セルフリーDNA（cfDNA）＊1、2
- 試料DNA量：5～10 ng
- 全所要時間：～6時間（実操作時間：～2時間）
＊1 精製cfDNAは、RNAやゲノムDNAの混入を最小限にする必要があります。抽出操作後にDNA Clean & Concentrator Kitで濃縮を行うこともできます。cfDNAは、キットのDNA elution bufferや、水、TEバッファーに溶解したものを使用できます。
＊2 キットのプロトコルはcfDNAからのライブラリー調製に最適化されています。
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操作方法概略
1. バイサルファイト処理、2. ダイレクト法によるアダプターライゲーション、3. PCRによるIndex配列付加のわずか3ステップ操作となります。
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使用例
さまざまなドナー由来のcfDNAからのライブラリー調製
調製したライブラリーの特性
健常な男性ドナー由来の5 ngのcfDNAを用い、9 index PCRサイクルで増幅によりライブラリー調製した。得られたライブラリーをAgilent 4200 TapeStation HS D1000で解析したゲルイメージ（左）および電気泳動図（右）。
左図中、A1：分子量マーカー、B1：最終的なcfDNA WGBSライブラリー
本キットで調製したライブラリーは、通常、下記2～3本のピークを有する。
約130～180 bp：アダプターダイマー由来のピーク（存在しない場合もある）、約290～350 bp：モノヌクレオソーム由来のピーク、約480～550 bp：ジヌクレオソーム由来のピーク
調製したライブラリーによるメチル化解析例
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Zymo Research社のDNAメチル化解析用ライブラリー調製キットの一覧
製品名をクリックすると各製品の詳細を、商品コードをクリックすると価格表をご覧になれます。
| 製品名 （商品コード） |
Zymo-Seq Cell Free DNA WGBS Library Kit （#D5462 / #D5463） |
Zymo-Seq WGBS Library Kit （#D5465） |
Pico Methyl-Seq Library Prep Kit （#D5455 / #D5456） |
Zymo-Seq RRBS Library Kit （#D5460 / #D5461） |
|---|---|---|---|---|
| カバーされる領域 | ゲノム全体 | ゲノム全体 | ゲノム全体 | ゲノム中のCpG領域 |
| 試料DNAの 必要量 |
5～10 ng | 10～100 ng | 10 pg～100 ng | 10～500 ng |
| 試料DNAの品質 | cfDNAなど小さくて損傷したDNA | 損傷のないDNA （＞10 kb） |
損傷のないDNA、FFPE試料から抽出したDNA、cfDNA、分解されたDNA | 損傷のないDNAが望ましい ※ FFPE試料から抽出したDNA、およびcfDNAに適合することを確認済み |
| 対応生物種 | 全生物種 | 全生物種 | 全生物種 | 哺乳動物（ヒト、マウス、ラットなど） ※ 他の生物種については、事前にゲノムのカバー率の評価が必要 |
| 推奨するリード数 （ヒトゲノムの場合） |
5億リード | 6億リード | 6億リード | 4千万リード |
| 特長 | cfDNAの断片末端のメチル化状態を正確に保持 | 簡便な操作で、わずか4時間で調製可能 | 少量のDNA試料や劣化したDNA試料にも適用可能 | CpG領域を高い割合、かつ高い再現性でカバーできる |
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Zymo-Seq Cell Free DNA WGBS Library KitのFAQ
Q-1. 5 ng以下のcfDNA量でライブラリーを調製できますか？
A-1. 5 ngより少ない試料量でもライブラリーを調製することは可能ですが、その場合、ライブラリーの品質は保証されません。一般的に試料量が少ないと、最終ライブラリー中のアダプターダイマーの割合が増加します。
最良の結果を得るためには、5 ng以上の試料量となるように、可能な限り濃縮することをお勧めします。試料は、DNA Clean & Concentrator Kitを使用して濃縮することもできますし、同じカラムをクリーンアップに再利用して、バイサルファイト変換ステップ中に濃縮することもできます。
Q-2. 10 ng以上のcfDNA量でライブラリーを調製できますか？
A-2. 10 ngを超える試料量でライブラリーを調製することは可能ですが、その場合、ライブラリーの品質は保証されません。最良の結果を得るためには、10 ng以下の試料量となるように、試料を希釈することをお勧めします。
Q-3. キットに含まれるアダプターライゲーション用試薬について4回以上融解を行いました。調製したライブラリーは問題ないでしょうか？
A-3. Adapter ligation buffer 2（オレンジ色キャップ）、Adapter ligation buffer 3（黄色キャップ）、Adapter ligation master mix（緑色キャップ）については、4回以下の凍結融解をお勧めします。凍結融解を4回繰り返すと、調製したライブラリーの品質にばらつきが生じることがあります。凍結融解の回数を最小限にするために、これらのバッファーの最初の使用時に、必要に応じて小分け分注することをお勧めします。
なお、Adapter ligation buffer 1（赤色キャップ）は、凍結融解の繰り返しにそれほど敏感ではないので、4回以上融解しても影響を受けません。
Q-4. Zymo-Seq UDI primerは、個別プライマーまたはプレミックスプライマーのいずれかのセットでしょうか？
A-4. 各チューブ／ウェルには、forwardとreverseのプライマーのプレミックスが含まれており、これらは固有のi5およびi7インデックス配列を有します。各UDIプライマーのプレミックスでの濃度は合計5 μM（各プライマーについて2.5 μM）となります。
Q-5. 調製したライブラリーについて、必要なリード長およびシークエンス深度のお勧めはどのくらいでしょうか？
A-5. 調製したライブラリーは、どのようなサイクル数にも適していますが、サイクル数を増やすと、より短いライブラリー断片のために、より大量のアダプタートリミングが必要となります。ほとんどのアプリケーションでは、100塩基のペアエンド（PE）リードで十分であり、ゲノムワイドなカバレッジのための高品質なデータを大量に得ることができます。
シークエンス深度は、ゲノムサイズ、ゲノムのカバレッジ、必要な部位のカバレッジによって異なります。一般的には、CpG部位あたり10倍のカバレッジを目指すことが推奨されます。
100 bp PEシークンスでは、ヒトcfDNAのWGBSでは10倍のCpGカバレッジで少なくとも5億リード、マウスcfDNAのWGBSでは10倍のCpGカバレッジで少なくとも4億リードをお勧めします。
Q-6. cfDNA以外のDNAを試料として使用できますか？
A-6. 使用はできますが、プロトコルはcfDNA用に最適化されているため、調整が必要です。詳細はフナコシテクニカルサポート（試薬担当、下記参照）までお問合せ下さい。
なお、Zymo Research社では、cfDNA以外の試料用として、Zymo-Seq WGBS Library Kit（#D5465）とPico Methyl-Seq Library Prep Kit（#D5455）も取り扱っています。
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関連した特集記事
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キット内容
※ 別途必要な試薬、装置類については、製品プロトコルをご確認下さい。
※ 各キットコンポーネント名をクリックすると、単品の価格表をご覧いただけます。
＊ 印で示したキットコンポーネントは、EZ DNA Methylation-Lightning Kit（#D5030T、#D5030、#D5031）に含まれています。
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価格
[在庫・価格 ：2024年04月27日 18時15分現在]
| 詳細 | 商品名 |
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Zymo-Seq Cell Free DNA WGBS Library Kit (24 prep) |
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Zymo-Seq Cell Free DNA WGBS Library Kit (96 prep) |
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[在庫・価格 ：2024年04月27日 18時15分現在]
Zymo-Seq Cell Free DNA WGBS Library Kit (24 prep)
文献数： 0
- 商品コード：D5462
- メーカー：ZYR
- 包装：1kit
- 価格：¥290,000
- 在庫：無(未発注)
- 納期：2週間程度 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：取扱注意
| 説明文 |
わずか5～10 ngのセルフリーDNA（cfDNA）から，DNAメチル化解析に用いるWGBSライブラリーを調製するキット。わずか3ステップでライブラリー調製を行える。 |
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|---|---|---|---|
| 法規制等 | 取扱注意 | ||
| 保存条件 | 4℃,-20℃,-80℃ | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
ニュース2023年9月1日号 p.10
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Zymo-Seq Cell Free DNA WGBS Library Kit (96 prep)
文献数： 0
- 商品コード：D5463
- メーカー：ZYR
- 包装：1kit
- 価格：ご照会ください
- 在庫：無(未発注)
- 納期：2週間程度 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：取扱注意
| 説明文 |
わずか5～10 ngのセルフリーDNA（cfDNA）から，DNAメチル化解析に用いるWGBSライブラリーを調製するキット。わずか3ステップでライブラリー調製を行える。 |
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|---|---|---|---|
| 法規制等 | 取扱注意 | ||
| 保存条件 | 室温,4℃,-20℃,-80℃ | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
ニュース2023年9月1日号 p.10
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次世代シークエンス（NGS）関連製品特集 |
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関連製品：EZ DNA Methylation-Lightning Kit
[在庫・価格 ：2024年04月27日 18時15分現在]
| 詳細 | 商品名 |
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EZ DNA Methylation-Lightning Kit (10preps) |
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EZ DNA Methylation-Lightning Kit (50 rxns.) |
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EZ DNA Methylation-Lightning Kit (200 rxns.) |
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[在庫・価格 ：2024年04月27日 18時15分現在]
EZ DNA Methylation-Lightning Kit (10preps)
文献数： 0
- 商品コード：D5030T
- メーカー：ZYR
- 包装：1kit
- 価格：¥12,000
- 在庫：無(未発注)
- 納期：2週間程度 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：取扱注意
| 説明文 | |||
|---|---|---|---|
| 法規制等 | 取扱注意 | ||
| 保存条件 | 室温 | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
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EZ DNA Methylation-Lightning Kit Zymo-Seq WGBS Library Kit |
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EZ DNA Methylation-Lightning Kit (50 rxns.)
文献数： 0
- 商品コード：D5030
- メーカー：ZYR
- 包装：1kit
- 価格：¥53,000
- 在庫：3個以上
- 納期：2週間程度 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：取扱注意
| 説明文 |
メチル化DNA検出キット。小包装のサンプルあり。 |
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| 別包装品 | 別包装品あり | ||||||
| 法規制等 | 取扱注意 | ||||||
| 保存条件 | 室温 | 法規備考 | |||||
| 掲載カタログ |
ニュース2021年3月15日号 p.4 ニュース2020年5月1日号 p.6
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EZ DNA Methylation-Lightning Kit (200 rxns.)
文献数： 0
- 商品コード：D5031
- メーカー：ZYR
- 包装：1kit
- 価格：¥148,000
- 在庫：無(未発注)
- 納期：2週間程度 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：取扱注意
| 説明文 |
メチル化DNA検出キット。 |
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| 別包装品 | 別包装品あり | ||||||
| 法規制等 | 取扱注意 | ||||||
| 保存条件 | 室温 | 法規備考 | |||||
| 掲載カタログ |
ニュース2021年3月15日号 p.4 ニュース2020年5月1日号 p.6
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製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
表示価格に、消費税等は含まれていません。一部価格が予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承下さい。