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DNAメチル化解析用RRBSライブラリーを再現性高く調製するキット Zymo-Seq RRBS Library Kit

掲載日情報:2020/02/28 現在Webページ番号:68150

ゲノムDNAからRRBS(Reduced Representation Bisulfite Sequencing)ライブラリーを調製するキットです。重要な遺伝子発現調節因子が含まれるゲノム中のCpG領域について、単一塩基レベルの解像度でのDNAメチル化プロファイリングに適しています。
本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。


メチル化度合いをバイアス無しに検出

メチル化率によるバイアス無く検出可能
既知の様々なメチル化率(表の横軸)のヒトおよびマウスのゲノムDNA 100 ngから、本キットを用いてライブラリーを調製し、NGS解析を行った(表の縦軸)。
すべての試料において、実際のメチル化率と極めて近い、バイアスの無い結果が得られたことが分かる。

CpG領域を高い割合かつ高い再現性でカバー

CpG領域を高い割合かつ高い再現性でカバー
10 ngおよび100 ngのヒトゲノムDNAから本キットを用いてライブラリーを調製し、NGS解析を行ったところ、360万以上のCpG領域を5×以上の読み込み深度でシークエンシングできた(メチル化率の相関係数:r=0.97)。これらの領域は、CpGアイランド、プロモーター、遺伝子本体など、ヒトゲノムの機能領域の大部分をカバーしている。


RRBSとその問題点について

RRBS(Reduced Representation Bisulfite Sequencing)は、重要な遺伝子発現調節因子が含まれ、DNAメチル化が主として起きるゲノム中のCpG領域のみを対象としたライブラリーを調製し、DNAメチル化を解析する手法です。全ゲノムを対象とする手法と比べ、ライブラリー調製時のコストを削減し、またDNAメチル化に関する豊富な情報が得られるという利点がありますが、以下のような問題点もあります。本キットはこれらの問題点を解決しています。

RRBSの問題点 本キットでの解決法
CCGGを認識するMspⅠを使用してシトシン間を切断するため、2番目のCのメチル化に対する感受性がない。また、ゲノムスケールでの消化で生じた断片すべての複製物は得られないため、カバーできるCpG領域の再現性が低くなる。 CpG領域を高い割合、かつ高い再現性でカバーできる。
MspⅠ消化後に40~220 bpの断片を濃縮し、さらにCpGアイランドやその他のCpGジヌクレオチドリッチ領域を濃縮するためのサイズ選択ステップが必要となる。 MspⅠ消化後にサイズ選択を行わないため、短い断片も反映されたライブラリーが調製できる。バイオインフォマティクス解析により、CpG領域を高い割合でカバーすることができる。
Bisulfite変換時に、試料のメチル化率によるバイアス無しにシグナルを得る必要がある。 試料のメチル化率に関わらず、バイアス無しにBisulfite変換を行える。
バイオインフォマティクス解析を行う場合に、特別な処理が必要。 製品マニュアルに解析時の情報が記されている。

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特長

  • ≧10 ngのわずかなゲノムDNAから解析可能です。
  • 12試料の場合わずか2時間の操作時間で、簡単にRRBSライブラリーを調製できます。
  • CpG領域を再現性高くカバーし、メチル化率によるバイアスが無く検出できます。
  • MspⅠ消化後にサイズ選択を行わないため、短い断片も反映されたライブラリーが調製でき、CpG領域を高い割合でカバーします。

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操作方法概略

操作方法概略

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Zymo Research社のDNAメチル化解析用ライブラリー調製キットの一覧

製品名をクリックすると各製品の詳細を、商品コードをクリックすると価格表をご覧になれます。

製品名
(商品コード)
Zymo-Seq Cell Free DNA WGBS Library Kit
(#D5462 / #D5463
Zymo-Seq WGBS Library Kit
(#D5465
Pico Methyl-Seq Library Prep Kit
(#D5455 / #D5456
Zymo-Seq RRBS Library Kit
(#D5460 / #D5461
カバーされる領域 ゲノム全体 ゲノム全体 ゲノム全体 ゲノム中のCpG領域
試料DNAの
必要量
5~10 ng 10~100 ng 10 pg~100 ng 10~500 ng
試料DNAの品質 cfDNAなど小さくて損傷したDNA 損傷のないDNA
(>10 kb)
損傷のないDNA、FFPE試料から抽出したDNA、cfDNA、分解されたDNA 損傷のないDNAが望ましい
FFPE試料から抽出したDNA、およびcfDNAに適合することを確認済み
対応生物種 全生物種 全生物種 全生物種 哺乳動物(ヒト、マウス、ラットなど)
他の生物種については、事前にゲノムのカバー率の評価が必要
推奨するリード数
(ヒトゲノムの場合)
5億リード 6億リード 6億リード 4千万リード
特長 cfDNAの断片末端のメチル化状態を正確に保持 簡便な操作で、わずか4時間で調製可能 少量のDNA試料や劣化したDNA試料にも適用可能 CpG領域を高い割合、かつ高い再現性でカバーできる

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キット内容

各キットコンポーネント名をクリックすると、単品の価格表をご覧いただけます。

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価格

[在庫・価格 :2024年10月06日 00時00分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。
詳細 商品名
  • 商品コード
  • メーカー
  • 包装
  • 価格
  • 在庫
  • 法規制等
納期 文献数
Zymo-Seq RRBS Library Kit (24 preps)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
  • メーカーサイト
  • お問い合わせ
キャンペーン期間 2024/09/02 ~ 2024/11/29
説明文
ゲノムDNAからRRBSライブラリーを調製するためのキット。重要な遺伝子発現調節因子が含まれるゲノム中のCpG領域について,単一塩基レベルの解像度でのDNAメチル化プロファイリングに適している。
法規制等 取扱注意
保存条件 室温,-20℃,-80℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2023年1月合併号 p.23

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2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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キャンペーン期間 2024/09/02 ~ 2024/11/29
説明文
ゲノムDNAからRRBSライブラリーを調製するためのキット。重要な遺伝子発現調節因子が含まれるゲノム中のCpG領域について,単一塩基レベルの解像度でのDNAメチル化プロファイリングに適している。
法規制等 取扱注意
保存条件 室温,-20℃,-80℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2023年1月合併号 p.23

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[在庫・価格 :2024年10月06日 00時00分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。

Zymo-Seq RRBS Library Kit (24 preps)

文献数: 0

キャンペーン期間 2024/09/02 ~ 2024/11/29
[ZYR]エピジェネティクス・マイクロバイオーム関連製品20%オフキャンペーン/受託サービス特別価格キャンペーン[~2024/11/29]
説明文 ゲノムDNAからRRBSライブラリーを調製するためのキット。重要な遺伝子発現調節因子が含まれるゲノム中のCpG領域について,単一塩基レベルの解像度でのDNAメチル化プロファイリングに適している。
法規制等 取扱注意
保存条件 室温,-20℃,-80℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2023年1月合併号 p.23

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キャンペーン期間 2024/09/02 ~ 2024/11/29
[ZYR]エピジェネティクス・マイクロバイオーム関連製品20%オフキャンペーン/受託サービス特別価格キャンペーン[~2024/11/29]
説明文 ゲノムDNAからRRBSライブラリーを調製するためのキット。重要な遺伝子発現調節因子が含まれるゲノム中のCpG領域について,単一塩基レベルの解像度でのDNAメチル化プロファイリングに適している。
法規制等 取扱注意
保存条件 室温,-20℃,-80℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2023年1月合併号 p.23

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■ 関連製品

[在庫・価格 :2024年10月06日 00時00分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。
詳細 商品名
  • 商品コード
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  • 価格
  • 在庫
  • 法規制等
納期 文献数
EZ DNA Methylation-Lightning Kit (50 rxns.)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
キャンペーン期間 2024/09/02 ~ 2024/11/29
説明文
メチル化DNA検出キット。小包装のサンプルあり。
別包装品 別包装品あり
法規制等 取扱注意
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2020年5月1日号 p.6
ニュース2021年3月15日号 p.4

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  • メーカーサイト
  • お問い合わせ
キャンペーン期間 2024/09/02 ~ 2024/11/29
説明文
メチル化DNA検出キット。
別包装品 別包装品あり
法規制等 取扱注意
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2021年3月15日号 p.4

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  • メーカーサイト
  • お問い合わせ
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PCRや制限酵素処理を行った試料や,ミニプレップで調製した粗精製DNA等から簡単に目的DNAを抽出・精製できるキット。精製したDNAは,シークエンシングや標識プローブの作製など様々な用途に使用できる。
別包装品 別包装品あり
法規制等
保存条件 室温 法規備考
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説明文
PCRや制限酵素処理を行った試料や,ミニプレップで調製した粗精製DNA等から簡単に目的DNAを抽出・精製できるキット。精製したDNAは,シークエンシングや標識プローブの作製など様々な用途に使用できる。
別包装品 別包装品あり
法規制等
保存条件 室温 法規備考
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ニュース2023年4月1日号 p.7

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説明文
Zymo-Seq RiboFree Total RNA Library KitのIndex primer setの別売品。
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[在庫・価格 :2024年10月06日 00時00分現在]

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EZ DNA Methylation-Lightning Kit (50 rxns.)

文献数: 0

キャンペーン期間 2024/09/02 ~ 2024/11/29
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説明文 メチル化DNA検出キット。小包装のサンプルあり。
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EZ DNA Methylation-Lightning Kit (200 rxns.)

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キャンペーン期間 2024/09/02 ~ 2024/11/29
[ZYR]エピジェネティクス・マイクロバイオーム関連製品20%オフキャンペーン/受託サービス特別価格キャンペーン[~2024/11/29]
説明文 メチル化DNA検出キット。
別包装品 別包装品あり
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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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表示価格に、消費税等は含まれていません。一部価格が予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承下さい。