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UMI/UDI配列を含むプライマーが付属!別途ご用意はいりません! Zymo-Seq SwitchFree 3' mRNA Library Kit

掲載日情報:2023/12/12 現在Webページ番号:71243

Total RNA試料から、ライブラリー調製の前処理を行わずに迅速かつ簡単に3'mRNA-Seq用のNGSライブラリーの調製を行えるキットです。cDNA合成に用いるOligo dT primerにUMI配列を、ライブラリー増幅に用いるインデックスプライマーにUDI配列を有し(それぞれ下記参照)、高い精度でのシークエンシングを行えます。また、本キットで調製したライブラリーは、HiSeq Xシリーズを除く、すべてのイルミナ社シークエンサーと互換性があります。


バナー

Index hoppingとUnique Dual Indexes (UDI)について

CDIとUDIの違い
Index hoppingは、他のライブラリー由来のシークエンシングデータが、混入する現象を指します。全リードの最大2%に影響を及ぼす可能性があり、シークエンシングデータの異なる解釈や結果として誤認される恐れがあります。Single Index(SI)やCombinatorial Dual Index(CDI)は、片側のindexの組換えが生じた場合、シークエンシングデータを異なる結果として誤認する恐れがありますが、UDIはi5とi7のバーコード配列が個別になっているため、組換えが生じた場合はIndex hoppingとして認識します(図1.参照)。またUDIを用いることで、多数のライブラリーをプールし、同時にシークエンシングを行う、マルチプレックスライブラリーの作製ができます。patterned Flow Cellを採用している、イルミナ社のNovaSeq 6000シークエンスシステムなどで解析する場合は、UDIの使用を推奨しています。



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Unique Molecular Identifiers (UMI)について

PCR重複除去の比較
分子バーコード(UMI)は、ライブラリー内の各分子にユニークなタグを付けるために使用される短い配列です。バーコード化して精度の高い定量化を可能とし、偽陽性バリアントを減らします。バイオインフォマティクス解析においては、高い精度で重複するリードやPCRエラーを除去します。
UDIとUMIを併用することで、お互いの利点を組み合わせて解析ができます。










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特長

  • ライブラリー調製の前処理は不要です。
  • mRNAにポリAテールを有する生物種(真核生物など)のRNAに適しています。
  • 10~500 ngのTotal RNAからライブラリー調製が可能です。
  • 約4時間の高速プロトコルです(8試料の場合)。
  • cDNA合成に用いるOligo dT primerにUMI配列を、ライブラリー増幅に用いるインデックスプライマーにUDI配列を有するため、別途用意する必要はありません。
  • RNAから合成した一本鎖のcDNAにアダプターを付加させる独自のSwitchFree法を採用しています(操作方法概略参照)。
  • 磁気ビーズで精製するため、操作が簡単です。
  • 自動分注装置による自動化も可能です。
  • 遺伝子発現量の定量および発現差解析(DGE)に適しています。

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操作方法概略

ワークフロー

1. cDNA合成
Oligo dT primerを用いて、cDNA合成を行う。
(P5アダプター配列とUMI配列の付加)

2. アダプターのライゲーション
一本鎖cDNAにP7アダプター配列を付加する。

3. ライブラリーの増幅
PCR産物の全長にはindex(UDI)および分子バーコード(UMI)配列を含まれる。


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使用例


Bioanalyzerを用いたライブラリーの品質評価
本製品を用いて調製したライブラリーのBioanalyzerを用いた品質評価

HeLa細胞のtotal RNA(RIN>9)10 ngから本製品を用いてライブラリーを作製し、Bioanalyzerで品質評価を行った。 断片サイズ:250~700 bp、内部標準:25 bpおよび1,500 bp


タンパク質コード遺伝子の重ね合わせ図

本製品を用いて調製したライブラリー間で重複して検出されたタンパク質コード遺伝子数

HeLa細胞のtotal RNA(RIN>8)10 ngまたは100 ngから本製品を用いてライブラリーを作製し、ライブラリー間で重複して検出されたタンパク質コード遺伝子数を示した。この図から、試料濃度に関わらず一貫した結果が得られる事がわかる。各ライブラリーともに500万リード(リード長:150 bp)を解析に用いた。

発現差解析(DGE)解析

本製品を用いて調製したライブラリーの発現差解析(DGE)解析

Universal Human Reference RNA(UHRR)とHeLa細胞から本製品を用いてライブラリーを作製し、同定された遺伝子のヒートマップ。各ライブラリーあたり500万リードを解析に用いた。



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Zymo-Seq RNA Library Kitシリーズ製品の比較表

商品コードをクリックすると価格表がご覧いただけます。
品名をクリックすると詳細情報がご覧いただけます。

品名 推奨する用途 推奨する試料 最小試料量 商品コード
Zymo-Seq SwitchFree3′mRNA Library Kit
  • ポリAテールを有するmRNAの示差的遺伝子発現(DGE)解析
  • 遺伝子カウント
  • ハイスループット スクリーニング
  • mRNAにポリAテールを有する生物種(真核生物など)の全RNA
10 ng R3008
R3009
Zymo-Seq RiboFree Total RNA Library Kit
  • 全トランスクリプトーム解析
  • コードおよび非コードRNAのDGE解析
  • 選択的スプライシングの解析/アイソフォーム同定
  • あらゆる生物種の全RNA
10 ng R3000
R3003
Zymo-Seq miRNA Library Kit
  • small RNAプロファイル
  • バイオマーカー探索
  • small RNAを含む全RNA
  • バイオフルイドからのcfRNA
1 ng R3006
R3007

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NGS特集へのリンク


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キット内容

各キットコンポーネント名をクリックすると、単品の価格表をご覧いただけます。

キット名 Zymo-Seq SwitchFree 3' mRNA Library Kit
商品コード R3008
(12 preps)
R3009
(96 preps)
PolyA R1 reagent
R2 reagent
Reaction clean-up solution
3′mRNA L reagent
ZymoTaq premix
Zymo-Seq UDI primer sets(Indexes 1-12)
Zymo-Seq UDI primer plate(Indexes 1-96)
Select-a-Size MagBead
Select-a-Size MagBead buffer
Library binding solution
DNA wash buffer
DNA elution buffer
DNase / RNase-free water

磁気ビーズスタンドが別途必要です。PCR Strip MagStand(#3DP-1002)のご使用をお勧めします。


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価格

[在庫・価格 :2024年12月10日 00時01分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。
詳細 商品名
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納期 文献数
Zymo-Seq SwitchFree 3' mRNA Library Kit (12 preps)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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Zymo-Seq SwitchFree 3' mRNA Library Kit (12 preps)

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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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表示価格に、消費税等は含まれていません。一部価格が予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承下さい。