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血液、組織、細胞からDNA精製不要で直接、確実に亜硫酸水素塩処理を行うキット EZ DNA-Methylation Direct/Startup Kit

掲載日情報:2024/09/04 現在Webページ番号:1100

Zymo Research社エピジェネティクスロゴ

血液、組織、細胞からDNA精製を必要とせず直接、信頼性高く確実にバイサルファイト処理(亜硫酸水素ナトリウム塩処理)を行うキットです。回収された亜硫酸水素塩処理DNAは、PCR増幅、エンドヌクレアーゼ消化、シークエンシング、マイクロアレイなどに用いることができます。

Zymo Research社では、お客様の実験内容に応じて亜硫酸水素ナトリウム塩処理キットをご選択いただけるように幅広いシリーズ製品を取りそろえています。本ページではその中から、血液、組織、細胞からDNA精製の必要なく直接DNAの変性とCT変換を行うことができるEZ DNA Methylation Direct KitおよびEZ DNA Methylation Startup Kitをご紹介いたします。
EZ DNA Methylation Startup Kit(#D5024)は、メチル化DNA解析が初めての方に最適な製品で、EZ DNA Methylation Direct Kitに加え、メチル化コントロールDNA、ホットスタートPCR用マスターミックスがセットになっています。メチル化DNA解析のシステム構築やキャリブレーションにも使用できます。

DNAメチル化について

DNAメチル化は、DNA分子に対する化学的修飾の一つです。多くは、5'-CG-3'のシトシン基(CpG配列のシトシン基)の5位の炭素にメチル基が共有結合し、5-メチルシトシン(5mC)が形成されることを指します。この反応は、DNAメチルトランスフェラーゼによって行われ、ゲノム全体においてDNAメチル化パターンを確立および維持されます。DNAメチル化は、DNA配列の変更を伴わずに遺伝子発現の調節や、細胞の分化、発生といった細胞内の働きを制御する役割をもちます。

シトシン、5-メチルシトシン、ウラシル、チミンの化学構造

シトシン、5-メチルシトシン、ウラシル、チミンの化学構造

DNA脱メチル化経路において中間体としての役割を担う5-ヒドロキシメチルシトシン(5-hmC)もまた、新しいエピジェネティックな調節を担っていると考えられています。近年ではmRNA、 tRNA、miRNAなどのRNA種においてもメチル化が起こり、RNAの安定性やmRNAの翻訳のようなさまざまな過程の制御に影響を与えていることが示唆されています。

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EZ DNA Methylation Kit(亜硫酸水素塩処理キット)シリーズ概要

図中のEZ Methylation KitまたはEZ Methylation-Gold/-Lightning Kitをクリックすると、それぞれの製品記事をご覧いただけます。

EZ DNA Methylation Kitシリーズ各キットの操作方法概略
EZ DNA Methylation Kit EZ DNA Methylation-Gold Kit

EZ DNA Methylation Kit(亜硫酸水素塩処理キット)シリーズ各キットの操作方法概略


それぞれのキット(EZ DNA Methylation Startup Kitを除く)は、スピンカラム、96 wellプレート(Shallow well/Deep well)、MagPrepの4つのフォーマットからご選択いただけます。詳細は下表をご参照下さい。
品名をクリックすると製品の詳細、商品コードをクリックすると各キット製品の価格表をご覧いただけます。

品名 EZ(EZ-96 / EZ-96 MagPrep) DNA Kit
Methylation Kit Methylation
Gold Kit
Methylation
Lightning Kit
Methylation
Direct Kit
Methylation
Startup Kit
製品説明 DNAの変性と亜硫酸水素塩処理を2ステップで行うキット。 1ステップでDNAの変性と亜硫酸水素塩処理の両方を行う迅速性に優れたキット。 変換試薬がReady-to-useになり、Gold Kitよりもさらに簡便性・迅速性などが向上したキット。 DNAの精製操作が不要で、細胞・組織から直接DNAを亜硫酸水素塩処理できるキット。 Direct Kitにコントロール実験用のヒトのメチル化したゲノムDNA、プライマーおよびDNAポリメラーゼを加えたキット。初めて亜硫酸水素塩処理を行う方におすすめ。
フォーマット
商品コード
スピンカラム D5001 / D5002 D5005 / D5006 D5030 / D5031 D5020 / D5021 D5024
Shallow well(96) D5003 D5007 D5032 D5022
Deep well(96) D5004 D5008 D5033 D5023
MagPrep(96) D5040 / D5041 D5042 / D5043 D5046 / D5047 D5044 / D5045
適応試料 DNA 500 pg~2 μg 500 pg~2 μg 100 pg~2 μg ≧50 pg
その他 細胞(≧10 cells)、血液、パラフィン包埋組織切片(FFPE)など
変換効率 ≧99% ≧99% ≧99.5% ≧99.5% ≧99%
処理時間 12~16時間 3時間 1.5時間 4時間 4時間

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特長

  • 固形組織、培養組織、白血球、バフィーコート、生検標本、レーザーキャプチャーマイクロダイセクション(LCM)から得られた試料、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)試料などに使用できます。
  • わずか10個の細胞、または50 pgのDNA*1からの処理が可能です。
  • 試料DNA中の非メチル化シトシンの99.5%以上がウラシルに変換されます。ウラシル変換は非メチル化シトシン特異的で、メチル化シトシンの99.5%以上が保護されて変換されません(使用例参照)。
  • 高純度の変換DNAを高い回収率(>80%)で回収できます。
  • 精製した変換DNAはPCRで増幅後、エンドヌクレアーゼ処理、シークエンシング、メチレーションマイクロアレイなどによるメチル化DNA解析に有用です。

*1 DNA試料は、高品質でRNAフリーのものを用いて下さい。


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製品ラインナップ

商品コードをクリックすると各キット製品の価格表、キットコンポーネント()をクリックすると各単品製品の価格表をご覧いただけます。

品名 EZ DNA Methylation-Direct Kit EZ-96 DNA Methylation-Direct Kit EZ DNA Methylation
Startup Kit
スピンカラム Shallow-Well Deep-Well MagPrep
商品コード D5020 / D5021 D5022 D5023 D5044 / D5045 D5024
製品外観 EZ DNA Methylation-Gold Kit製品外観🔍 EZ-96 DNA Methylation-Gold Kit製品外観🔍 EZ-96 DNA Methylation-Direct MagPrep製品外観🔍 EZ DNA Methylation-Startup Kit製品外観🔍
回収率 >80%
キット内容 Protease K and storage buffer
M-digestion buffer
CT conversion reagent
M-dilution buffer
M-solubilization buffer
M-reaction buffer
M-binding buffer
M-wash buffer
M-desulphonation buffer
M-elution buffer
Zymo-spin IC column
Collection tube
EZ-Methylation Magprep bead*2
Zymo-Spin I-96 binding plate
Silicon-A binding plate
Conversion plate w/ pierceable cover film
Collection plate
Elution plate
Universal methylated Human standard
hMLH1 primer
ZymoTaq PreMix
DNase/RNase-Free H2O

*2 Magprep beadのみオートクレーブ可。
キットにPCR用酵素は含まれていません。別途ご用意下さい。


フォーマット別スペック比較表

品名 Zymo-spin IC column Silicon-A binding plate Zymo-Spin I-96 binding plate EZ-Methylation Magprep bead
製品外観 Zymo-spin IC column🔍 Silicon-A binding plate🔍 Zymo-Spin I-96 binding plate🔍 EZ-Methylation Magprep Beads🔍
形状 Spin column Shallow well plate Deep well plate Magbeads
高さ Binding plate 19 mm 35 mm
Binding plate+Collection plate 43 mm 60 mm
最大DNA結合量 5 μg
最少溶出量 10 μl 30 μl 15 μl 25 μl


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操作方法概略

精製DNA 組織
精製DNA 細胞 血液 組織(FFPE)
細胞 血液 組織(FFPE)
🡇
亜硫酸水素塩処理
🡇
脱スルホン化&変換したDNAの溶出

Zimo-Spin IC
🡇
PCR
🡇
解析

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使用例

亜硫酸水素塩処理後のDNA配列決定の結果

亜硫酸水素塩処理後のDNA配列決定の結果

亜硫酸水素塩処理後のDNA配列決定の結果

5番目のシトシンがメチル化されているDNAをEZ DNA Methylation Kitにより変換し、PCRで増幅した後、ダイレクトシークエンシングを行った。メチル化シトシン(5番目)はシトシンのまま、非メチル化シトシン(7、9、11、14、15番目)はウラシルに変換されていることが確認できた。


CからUへの変換速度の向上

亜硫酸水素塩処理後のDNA配列決定の結果

CからUへの変換速度の大幅な向上

DNAを、EZ DNA Methylation-Direct Kitまたは従来の亜硫酸水素塩によるケミストリーを用いて変換した。回収したDNAをPCRで増幅し、その後クローン化した。個々のクローンの配列を分析、定量した結果、EZ DNA Methylation-Direct Kitは従来の亜硫酸水素塩を用いた場合と比較して、DNAのCからUへの変換の速度と変換率(>99.8%)の向上が示された。


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関連情報

下の各項目をクリックすると、メーカーサイトでそれぞれの詳細な解説(英語)をご覧いただけます。

エピジェネティクスオンラインカタログ リンク


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FAQ

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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
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