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Edit-R ゲノム編集 遺伝子ノックアウト試薬

掲載日情報:2021/01/26 現在Webページ番号:67904

guide RNAによるゲノム編集ツール CRISPR-Cas9特集

CRISPR-Cas9システムによるゲノム編集に必要な2つのコンポーネント,デザイン済みguide RNAおよびCas9ヌクレアーゼ製品をご用意しています。独自の配列デザインアルゴリズム(Edit-R CRISPRアルゴリズム)により設計したguide RNAが,効率的かつ特異的な遺伝子ノックアウトを実現します。
本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
Horizon|Dharmacon製品をご注文いただくには,事前にユーザー登録が必要です。ご注文方法の詳細はこちらをご覧下さい。

ゲノム編集のメカニズム

ゲノム編集のメカニズム

Cas9ヌクレアーゼが,ターゲット配列に相補的なguide RNA(A CRISPR RNA(crRNA): trans-activating CRISPR RNA(tracrRNA)ハイブリッドあるいはB single guide RNA(sgRNA))と複合体を形成してゲノムDNAのターゲット配列を認識し,PAM配列より上流の二本鎖DNAを切断します。切断されたゲノムは修復機構が働いて再結合しますが,切断されたゲノムの末端は高頻度で欠損あるいは変異します。したがって再結合してもDNAのフレームがシフトし,切断箇所の遺伝子がノックアウトされます。



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カタログ紹介


ゲノム編集試薬カタログ
ゲノム編集関連の試薬を紹介した1冊です。
・ 遺伝子ノックアウト
・ 遺伝子ノックイン&塩基配列の挿入・欠失・置換
・ 遺伝子の転写活性化
ゲノム編集試薬カタログはこちら。

RNAiカタログ
Edit-R HDR plasmid donor kit
for fluorescent reporter knock-in
Technical Manual
PDFのダウンロードはこちら。



導入事例集
DharmaconのCRISPR-Cas9ゲノム編集やsiRNA,RNAiライブラリーの導入事例を集めた1冊です。
Dharmacon導入事例集はこちら。


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Edit-Rゲノム編集ワークフロー

各項目をクリックすると詳細をご覧いただけます。

遺伝子ノックアウト guide RNA(ガイドRNA) 1Edit-R predesigned crRNA(化学合成)
2Edit-R tracrRNA(化学合成)
3Edit-R predesigned Lentiviral sgRNA(レンチウイルス)
Edit-R predesigned Synthetic sgRNA (化学合成sgRNA)
ガイドRNA(sgRNA / crRNA )の設計オンラインツール
Cas9ヌクレアーゼ製品 4Edit-R Cas9 Nuclease Expression Plasmid
5Edit-R Cas9 Nuclease mRNA
6Edit-R Cas9 Nuclease Protein NLS
7Edit-R Lentiviral Cas9 Nuclease /
Edit-R Inducible Lentiviral Cas9 Nuclease
Cas9とsgRNAを同時発現できるレンチウイルスベクターEdit-R All-in-one Lentiviral sgRNA
遺伝子ノックイン&塩基配列の
挿入・欠失・置換
ドナープラスミド構築キットEdit-R HDR Plasmid Donor Kit
Edit-R HDR Plasmid Donor & Insert
Edit-R HDR Plasmid Donor Primers
ドナーDNAの設計オンラインツールEdit-R HDR Donor Designer
遺伝子の転写活性化Edit-R CRISPR Activation(CRISPRa)ReagentEdit-R CRISPRa(Activation)Lentiviral sgRNA(レンチウイルス)
Edit-R CRISPRa(Activation)crRNA
Edit-R CRISPRa Lentiviral Blast-dCas9-VPR Particles / Plasmid DNA
Edit-R CRISPRa(Activation)crRNA Library
関連製品トランスフェクション試薬 8 9DharmaFECT 1~4 / DharmaFECT Duo

画像中の各番号は,上記の製品名の番号に対応します。

ゲノム編集のメカニズム



ゲノム編集のメカニズム

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特長

  • guide RNA配列設計にはノックアウト効率が高く,かつオフターゲット効果を回避するアルゴリズムを採用しています。
  • guide RNA発現ベクターのクローニングが不要です。
  • Cas9 ヌクレアーゼはプラスミド,mRNA,タンパク質,レンチウイルスの4タイプから選択できます。

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DNAフリーゲノム編集のメリット

  • ホスト細胞株ゲノムへのプラスミドDNA挿入のリスクを回避します。
  • Cas9ヌクレアーゼタンパク質発現のためのプロモーターと細胞株の適合性の検討が不要です。
  • Cas9ヌクレアーゼタンパク質は一過性発現のため,オフターゲット効果を抑制できます。


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精度の高いEdit-R CRISPRアルゴリズム

crRNA配列選択のためのアルゴリズムは,単なるDNA二本鎖切断(DSBs)ではなく,機能ノックアウトを引き起こしやすいと考えられるターゲット領域の認識が目標です。Dharmaconでは,1,100を超えるcrRNA配列デザインについて機能的なフェノタイプを評価し,また,さまざまなアッセイで配列デザインを検証することで,効率のよい切断および特異性の高い機能ノックアウトを実現するターゲット領域を認識するアルゴリズムを構築しました。

Edit-R CRISPRアルゴリズム

高いアルゴリズムスコアをもつcrRNAは高いゲノム編集効率を実現
(A)Edit-R CRISPRアルゴリズムで高いスコアを持つcrRNAを10遺伝子について10種類作成してゲノム編集実験後,編集(塩基欠失・挿入)されたターゲット配列の割合を次世代シークエンサーを用いて計測しました。その結果,93%のcrRNAにおいて40%を超える編集が確認されました。
(B)低いスコアをもつcrRNAについて同様に調べた結果,32%のcrRNAにしか40%を超える編集が確認できませんでした。
以上より,本アルゴリズムによるデザイン済みcrRNAおよびsgRNAを安心してお使いいただけることがわかります(Cas9-HEK293T細胞を使用)。


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guide RNA

Horizon Discovery社のWebサイトでの本記事掲載製品の検索方法はこちら!

Edit-R predesigned crRNA (化学合成)

ヒト・マウス・ラットの遺伝子をほぼ完全に網羅したデザイン済みcrRNA(化学合成品)です。独自の配列デザインアルゴリズム*1により,遺伝子ノックアウト効率と特異性の高いcrRNAが遺伝子ごとに最大5個デザインされています。Edit-R tracrRNAと組合せて使用します。

*1 本アルゴリズムは,単なる二本鎖DNA切断ではなく機能的な遺伝子ノックアウトを引き起こすguide RNA配列を設計するために開発されました。また,本アルゴリズムのアライメントツールはミスマッチやギャップを確実に検出・除去するため,オフターゲットを最小限に抑制します。

品名をクリックするとHorizon Discovery社のご注文WEBサイトを,商品コードをクリックすると価格表をご覧いただけます。

品名包装HumanMouseRat
Edit-R Synthetic crRNA2 nmolCM-HUMAN-XX-0002CM-MOUSE-XX-0002-
5 nmolCM-HUMAN-XX-0005CM-MOUSE-XX-0005CM-RAT-XX-0005
10 nmolCM-HUMAN-XX-0010CM-MOUSE-XX-0010CM-RAT-XX-0010
20 nmolCM-HUMAN-XX-0020CM-MOUSE-XX-0020CM-RAT-XX-0020

■コントロール

品名包装Control #1Control #2Control #3Control #4Control #5
ネガティブコントロールcrRNA
Edit-R crRNA Non-targeting Control
5 nmolU-007501-01-05U-007502-01-05U-007503-01-05U-007504-01-05U-007505-01-05
20 nmolU-007501-01-20U-007502-01-20U-007503-01-20U-007504-01-20U-007505-01-20
品名動物種包装Gene
PPIB ControlDNMT3B Control
ポジティブコントロールcrRNA
Edit-R Synthetic crRNA Control
Human5 nmolU-007000-01-05U-007010-01-05
20 nmolU-007000-01-20U-007010-01-20
Mouse5 nmolU-007100-01-05U-007110-01-05
20 nmolU-007100-01-20U-007110-01-20
Rat5 nmolU-007200-01-05U-007210-01-05
20 nmolU-007200-01-20U-007210-01-20
ポジティブコントロールcrRNA(PCR プライマー付き)
Edit-R crRNA Control Kit
Human5 nmolUK-007050-01-05UK-007060-01-05
20 nmolUK-007050-01-20UK-007060-01-20
Mouse5 nmolUK-007150-01-05UK-007160-01-05
20 nmolUK-007150-01-20UK-007160-01-20
Rat5 nmolUK-007250-01-05UK-007260-01-05
20 nmolUK-007250-01-20UK-007260-01-20

ポジティブコントロールsgRNA(PCR プライマー付き):
各遺伝子をターゲットとするsgRNA発現用レンチウイルスと,DNA切断を確認するためのPCRプライマーをセットとした製品です。


Edit-R tracrRNA(化学合成)

公開されているS. pyogenes のtracrRNA配列*2を元にした配列を合成後にHPLCで精製した化学合成品です。Edit-R predesigned crRNAと組合せて使用します。複数の哺乳動物細胞において効率的なゲノム編集を実現することを確認しています。

品名をクリックするとHorizon Discovery社のご注文WEBサイト,商品コードをクリックすると価格表をご覧いただけます。

品名包装商品コード
Edit-R CRISPR-Cas9 Synthetic tracrRNA5 nmolU-002005-05
20 nmolU-002005-20
50 nmolU-002005-50
200 nmolU-002005-200

*2 M. Jinek, K. Chylinski, et al., A Programmable Dual-RNA-Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity., Science, 337(6096), 816~821 (2012).


Edit-R predesigned Lentiviral sgRNA(レンチウイルス)

ヒト・マウス・ラットの遺伝子をほぼ完全に網羅したデザイン済みsgRNA発現用レンチウイルス粒子です。独自の配列デザインアルゴリズム*3により,遺伝子ノックアウト効率と特異性の高いsgRNAが遺伝子ごとに最大10個デザインされています。初代培養細胞や神経細胞といったトランスフェクションの困難な細胞を用いてゲノム編集を行う場合に最適です。

Edit-R predesigned Lentiviral sgRNA

*3 本アルゴリズムは,単なる二本鎖DNA切断ではなく機能的な遺伝子ノックアウトを引き起こすguide RNA配列を設計するために開発されました。また,本アルゴリズムのアライメントツールはミスマッチやギャップを確実に検出・除去するため,オフターゲットを最小限に抑制します。

商品コードをクリックすると価格表をご覧いただけます。
デザイン済みsgRNAは,品名をクリックするか,メーカーサイトのこちらから検索して下さい。

品名動物種包装
glycerol stock*4100μl(108 TU/ml))200μl(108 TU/ml))
Edit-R Lentiviral sgRNAHumanGSGH11838VSGH10142VSGH10143
MouseGSGM11839VSGM10144VSGM10145
RatGSGR11840VSGR10146VSGR10147
Set of 3 Edit-R Lentiviral sgRNA*5HumanGSGH11841VSGH10148VSGH10149
MouseGSGM11842VSGM10150VSGM10151
RatGSGR11843VSGR10152VSGR10153

指定したターゲット遺伝子により、商品コードの末尾に -XXXXXXXXX(9ケタ程度の数字)または -EGXXXXXX(EGの後に5ケタ程度の数字)が付きます。

■コントロール

品名動物種包装
glycerol stock*42×25μl(108 TU/ml))
■ネガティブコントロールsgRNA
 Edit-R Lentiviral sgRNA Non-targeting
Control #1GSG11811VSGC10215
Control #2GSG11812VSGC10216
Control #3GSG11813VSGC10217
Control #4GSG11814VSGC10218
Control #5GSG11815VSGC10219
Control #6GSG11816VSGC10220
Control #7GSG11817VSGC10221
Control #8GSG11818VSGC10222
Control #9GSG11819VSGC10223
Control #10GSG11820VSGC10224
■ポジティブコントロールsgRNA
 Edit-R Lentiviral sgRNA Positive Control
DNMT3B Positive ControlHumanGSGH11826VSGH10230
MouseGSGM11830VSGM10232
RatGSGR11834VSGR10234
PPIB Positive ControlHumanGSGH11829VSGH10231
MouseGSGM11833VSGM10233
RatGSGR11837VSGR10235
■ポジティブコントロールsgRNA(PCR プライマー付き)
 Edit-R Lentiviral sgRNA Positive Control Kit
DNMT3B Positive Control KitHumanGSGH11827VSGH11203
MouseGSGM11831VSGM11205
RatGSGR11835VSGR11207
PPIB Positive Control KitHumanGSGH11828VSGH11204
MouseGSGM11832VSGM11206
RatGSGR11836VSGR11208

*4 sgRNAを発現するレンチウイルスベクターを導入した大腸菌の培養液にグリセロールを加えたものです。レンチウイルスベクターのパッケージングが必要です。
*5 お好みのデザイン済みsgRNA発現用レンチウイルス粒子を3つセットでご提供する製品です。
ポジティブコントロールsgRNA(PCR プライマー付き):
各遺伝子をターゲットとするsgRNA発現用レンチウイルスと,DNA切断を確認するためのPCRプライマーをセットとした製品です。



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Cas9ヌクレアーゼ製品

Horizon Discovery社のWebサイトでの本記事掲載製品の検索方法はこちら!

Edit-R Cas9 Nuclease Expression Plasmid

Cas9ヌクレアーゼ発現用プラスミドです。蛍光マーカー(mKate2)搭載タイプおよびPuromycin耐性遺伝子搭載タイプをご用意しており,両者とも,Cas9ヌクレアーゼを発現駆動するプロモーターを,使用する細胞に合わせて6種類から選択可能です。Blasticidin耐性遺伝子搭載タイプのプラスミドもあります(ヒトCMVプロモーターがCas9ヌクレアーゼの発現を駆動)。

Edit-R Cas9 Nuclease Expression Plasmid

商品コードをクリックすると価格表をご覧いただけます。
選択するプロモーターについては,品名をクリックするか,メーカーサイトのこちらから検索して下さい。

Horizon Discovery社のご注文WEBサイト ⇒ 「Edit-R Cas9 nuclease expression reagents」

品名選択したプロモーターの商品コード
hCMVmCMVhEF1αmEF1αPGKCAG
Edit-R SMARTCas9 Expression Plasmid
- mKate2 蛍光マーカー搭載タイプ(120μl)
U-004100-120U-004200-120U-004300-120U-004400-120U-004500-120U-004600-120
Edit-R SMARTCas9 Expression Plasmid
- Puromycin耐性遺伝子搭載タイプ(120μl)
U-005100-120U-005200-120U-005300-120U-005400-120U-005500-120U-005600-120
Edit-R CRISPR-Cas9 Nuclease Expression Plasmid
- Blasticidin耐性遺伝子搭載タイプ(120μl)
U-001000-120

Edit-R Cas9 Nuclease mRNA

Cas9ヌクレアーゼの一過的な発現用に高度に精製したCas9ヌクレアーゼmRNAです。5'キャップおよび3'ポリA鎖を持つ安定な分子です。Edit-R predesigned crRNAおよびEdit-R tracrRNAと共に細胞へ共導入することにより,完全にDNAフリーのゲノム編集実験が可能です。
Edit-R Fluorescent Cas9 Nuclease mRNAは,蛍光レポーター(mKate2 あるいはEGFP)とCas9ヌクレアーゼの同時発現が可能です。

Horizon Discovery社のご注文WEBサイト ⇒ 「Edit-R Cas9 nuclease mRNA」

[在庫・価格 :2021年09月18日 00時14分現在]

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Edit-R Cas9 Nuclease mRNA
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Edit-R Cas9 Nuclease Protein NLS

Cas9ヌクレアーゼの一過的な発現用の,安定性の高い高純度Cas9ヌクレアーゼタンパク質です。Nuclear Localization Signal(NLS)を含むため,核へ移行して機能します。Edit-R predesigned crRNAおよびEdit-R tracrRNAとともに用いれば,完全なDNAフリーのゲノム編集実験が可能です。

  • N 末端に6×His タグ,C 末端にSimian virus 40(SV40)の核局在化シグナルを持ちます。
  • 細胞に導入されると速やかにゲノム編集を行い,また一過的な発現にとどまるためオフターゲット切断のリスクが低減できます。
  • 製品形態:溶液(グリセロール含有)
  • 産生:大腸菌
  • 濃度:61.8μM(10 μg/μl)

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Edit-R Lentiviral Cas9 Nuclease / Edit-R Inducible Lentiviral Cas9 Nuclease

Cas9 発現用レンチウイルスベクターです。初代培養細胞や神経細胞といったトランスフェクションの困難な細胞を用いてゲノム編集を行う場合に最適です。製品形態としてLentiviral Plasmid とレンチウイルス粒子があります。Plasmid DNA は,レンチウイルス粒子へのパッケージングが必要です。
Inducibleタイプは,最新のテトラサイクリン誘導系であるTet-on 3Gシステムを採用,より厳密に制御された誘導的ゲノム編集が可能です。

Edit-R Lentiviral Cas9 Nuclease

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選択するプロモーターについては,品名をクリックするか,メーカーサイトのこちらから検索して下さい。

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品名選択したプロモーターの商品コード
hCMVmCMVhEF1αmEF1αPGKCAG
Edit-R Lentiviral Blast-Cas9 Nuclease Particles
包装:50μl(107 TU/ml))
VCAS10124VCAS10125VCAS10126VCAS10127VCAS10128VCAS10129
Edit-R Inducible Lentiviral hEF1α-Blast-Cas9 Nuclease Particles
包装:50μl(107 TU/ml))
VCAS11227
Edit-R Lentiviral Blast-Cas9 Nuclease Plasmid DNA
包装:50μl(107 TU/ml))
CAS10136CAS10137CAS10138CAS10139CAS10140CAS10141
Edit-R Inducible Lentiviral hEF1α-Blast-Cas9 Nuclease Particles DNA
包装:10μl
CAS11229
Trans-Lentiviral ORF Packaging Kit with Calcium Phospate*
10反応分
TLP5916

* 本製品はWebでのご注文が出来ませんのでお問合せ下さい。



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ガイドRNA・Cas9ヌクレアーゼ・ドナーDNAの選択ガイド

■遺伝子ノックイン&塩基配列の挿入・欠失・置換用
下表を参考にして実験目的に合ったガイドRNA・Cas9ヌクレアーゼ・ドナーDNAを選択して下さい。ドナーDNAの設計には,Horizon Discovery社のWebサイトEdit-R HDR Donor Designerの使用により,ヒト・マウス・ラットの遺伝子について,ドナーDNAの設計を直感的で簡便に行うことができます。
細胞への試薬の導入にトランスフェクション試薬を使用する場合は,こちらを参照して下さい。

 一本鎖DNAドナーオリゴを使用して塩基配列
(長さ50 nt以下)を挿入・欠失・置換する場合
ドナープラスミドを使用して,蛍光レポーター遺伝子あるいは
塩基配列(長さ50 nt以上)を挿入する場合
ガイドRNA以下から適切な製品を選択して下さい。

● CRISPR Design Toolでカスタム設計したcrRNA/sgRNA
● Edit-R CRISPR(knockout)crRNA
● Edit-R tracrRNA(Edit-R crRNAと組み合わせて使用)
● Edit-R CRISPR(knockout)Lentiviral sgRNA
Cas9ヌクレアーゼ以下から適切な製品を選択して下さい。

● 発現用プラスミド  ● mRNA  ● タンパク質  ● 発現用レンチウイルスベクター
ドナーDNA下図ワークフロー ステップ③で作製した一本鎖DNAドナーオリゴ● 下図ワークフロー ステップ③で作製したホモロジーアームPCRプライマー
Edit-R HDR Plasmid Donor Kit

■ドナーDNA設計ワークフロー

ガイドRNA配列の決定Horizon社Dharmacon製品WebサイトCRISPR Design Toolでカスタム設計。あるいは,デザイン済みガイドRNA(knockout用)から選択
矢印一本鎖DNAドナーオリゴを使用して塩基配列(長さ50 nt以下)を挿入・欠失・置換する場合ドナープラスミドを使用して,蛍光レポーター遺伝子あるいは塩基配列(長さ50 nt以上)を挿入する場合
切断したいゲノム
矢印
Edit-R HDR Donor Designer - oligoに,ステップ①で決定したガイドRNA配列を入力し,切断位置および挿入・欠失・置換する配列を設計Edit-R HDR Donor Designer - plasmidに,ステップ①で決定したガイドRNA配列を入力し,挿入位置を決定
ドナーDNAの設計ステップ②で設計した一本鎖DNAドナーオリゴの配列が自動で設計されるので注文へステップ②で決定した遺伝子挿入位置を反映した,ドナープラスミド作製時に必要なホモロジーアームPCRプライマーの配列が自動で設計されるので注文へ

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トランスフェクション試薬

Horizon Discovery社のWebサイトでの本記事掲載製品は「Transfection」をご覧下さい。

DharmaFECT
DharmaFECT Duo

DharmaFECT 1~4は,細胞にあわせて最適条件で使い分ける4種類の低分子RNA用トランスフェクション試薬です。DharmaFECT 1が最も汎用性のある組成のトランスフェクション試薬ですが,細胞株によっては,DharmaFECT 2~4の使用により最も高い導入効率を得ることができます。DharmaFECT Duoは,低分子RNAとプラスミドDNAを同時に効率よく細胞へ共導入するためのトランスフェクション試薬です。DharmaFECT kb Transfection ReagentはCas9ヌクレアーゼとsgRNAの発現プラスミド用のトランスフェクション試薬です。

DharmaFECT

品名をクリックするとHorizon Discovery社のご注文WEBサイトを,商品コードをクリックすると価格表をご覧いただけます。

容量により商品コードの末尾に-01~-04が付きます。各製品の価格は商品コードをクリックするとご覧いただくことが出来ます。

品名商品コード
DharmaFECT 1 Transfection ReagentT-2001
DharmaFECT 2 Transfection ReagentT-2002
DharmaFECT 3 Transfection ReagentT-2003
DharmaFECT 4 Transfection ReagentT-2004
DharmaFECT Set of 4 Transfection Reagents
DharmaFECT 1~4をセットにした製品です。
T-2005
DharmaFECT Duo Transfection ReagentT-2010
DharmaFECT kb transfection reagentT-2006

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