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遺伝子の転写抑制(ノックダウン)用ガイドRNA/改変Cas9ヌクレアーゼ(dCas9-SALL1-SDS3) Edit-R CRISPR interference(CRISPRi)Reagent

掲載日情報:2021/04/26 現在Webページ番号:65936

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ガイドRNAと,転写抑制ドメインを融合したdCas9(dCas9-SALL1-SDS3)を使用して,DNAを切断することなく,ターゲット遺伝子の発現を抑制(ノックダウン,ダウンレギュレート)させます。

遺伝子の転写抑制用ガイドRNA/改変Cas9ヌクレアーゼ(dCas9-SALL1-SDS3)

dCas9-SALL1-SDS3は,ターゲット配列に相補的なガイドRNAと複合体を形成してゲノムDNAのターゲット配列に結合します。転写開始点の下流に結合することで遺伝子の転写をブロックします。さらに,クロマチンリモデリングと遺伝子サイレンシングに関与するタンパク質をリクルートすることで転写を抑制します。

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CRISPRi製品ラインナップ

遺伝子特異的なガイドRNAと,転写抑制ドメインが融合したDNA切断活性不活化Cas9(dCas9)の2つのコンポーネントが必要です。

転写抑制(ノックダウン)用ガイドRNA dCas9-SALL1-SDS3

デザイン済みで,遺伝子の転写開始部位(TSS)のすぐ下流を標的とします。


ヌクレアーゼを不活化したCas9です。転写リプレッサードメインSALL1およびSDS3に融合しています。


細胞への試薬の導入にトランスフェクション試薬を使用する場合は,「DharmaFECT 1~4 Transfection Reagent」を参照して下さい。


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使用例

sgRNAのマルチプレックス化による複数遺伝子の同時ノックダウン

sgRNAのマルチプレックス化による複数遺伝子の同時ノックダウン
dCas9-SALL1-SDS3を安定して発現するWTC-11ヒトiPS細胞に,3種類のガイドRNA(標的遺伝子:PPIB,SEL1L,RAB11Aの化学合成sgRNA)をヌクレオフェクションにより導入した。ガイドRNAは個別(Individual),またはガイドRNAあたり3μMのプール(3つの異なる遺伝子をターゲットとするsgRNAの混合物)として導⼊した。72時間後に細胞を回収・全RNAを抽出し,RT-qPCRを使用して相対的な遺伝子発現を測定した。相対発現量はACTBをハウスキーピング遺伝子として使用するΔΔCq法で計算し,non-targeting コントロール (NTC)に対して正規化した。細胞の生存率と形態を著しく変化させたりすることなく,3つの標的遺伝子が同時に抑制されていることが分かる。

 CRISPRiによる転写抑制は内在性発現レベルに依存しない

CRISPRiによる転写抑制は内在性発現レベルに依存しない
dCas9-SALL1-SDS3を安定的に発現するU2OS細胞に,複数のsgRNA (それぞれ21遺伝子を標的, 25nM)をDharmaFECT 4 (➡p.32)を用いてトランスフェクションした。72時間後,RT-qPCRを用いて各標的遺伝子の相対発現量を測定した。GAPDHをハウスキーピング遺伝子として∆∆Cq法で計算し,non-targeting コントロール (NTC)に対して正規化した。 U2OS細胞では,PPIBはSOX2の約100倍のレベルで発現しているが,ともに,CRISPRi試薬で約20~25%まで発現を抑制することができる。

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カタログ紹介

新規dCas9融合タンパク質と化学合成ガイドRNAによるCRISPRを用いた遺伝子転写抑制

新規dCas9融合タンパク質と化学合成ガイドRNAによる
CRISPRを用いた遺伝子転写抑制

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CRISPRiテクニカルマニュアル

CRISPRmod CRISPRi transcriptional repression system with synthetic guide RNA
Technical Manual

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メーカー動画:CRISPRiとは

CRISPR interference(CRISPRi)とは


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CRISPRi Lentiviral sgRNA(レンチウイルス)

ヒト遺伝子をほぼ完全に網羅したデザイン済みsgRNA発現用レンチウイルスです。トランスフェクションが困難な細胞に直接形質導入することが可能です。

 CRISPRmod Human CRISPRi sgRNA

CRISPRiレンチウイルスsgRNAベクターの概略図
遺伝子特異的ガイドRNAはヒトU6プロモーターの制御下で発現します。ピューロマイシン耐性マーカー(PuroR)の発現はマウスCMVプロモーターから駆動され,sgRNAが組み込まれた細胞の迅速な選択(濃縮)を可能にします。プラスミドには,大腸菌における増殖と選択用のAmp(アンピシリン)耐性マーカーが含まれています。

特長

  • Horlbeck等の開発した配列デザインアルゴリズム*1により,転写抑制能の高いsgRNA配列が遺伝子ごとに3種類デザインされています。
  • 3個のsgRNAを3本のチューブに個別に入れてセットとしたSet of 3フォーマット,3個のsgRNAを個別としたindividual フォーマットをご用意しています。
  • 製品形態:レンチウイルス粒子,または大腸菌グリセロールストック

*1 Horlbeck MA, et. al., Compact and highly active next-generation libraries for CRISPR-mediated gene repression and activation. 2016 Sep 23;5. pii: e19760. doi: 10.7554/eLife.19760.PubMed 27661255

ターゲット遺伝子に対するLentiviral sgRNA製品

商品コードをクリックすると価格表をご覧いただけます。

品名 動物種 包装
glycerol stock*2 Particles
100μl(108 TU/ml)
Particles
200μl(108 TU/ml)
CRISPRmod Human CRISPRi Lentiviral sgRNA Human GSGH12233 VSGH12234 VSGH12235
CRISPRmod Human CRISPRi Set of 3 Lentiviral sgRNA Human GSGH12236 VSGH12237 VSGH12238

*2 sgRNAを発現するレンチウイルスベクターを導入した大腸菌の培養液にグリセロールを加えたものです。

指定したターゲット遺伝子により,商品コードの末尾に -XXXXXXXXX(9ケタ程度の数字)または -EGXXXXXXX(EGの後に6ケタ程度の数字)が付きます。

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ポジティブコントロールLentiviral sgRNA

品名 動物種 包装
glycerol stock*2 Particles 50μl(108 TU/ml)
CRISPRmod CRISPRi Human PPIB Lentiviral sgRNA Positive Control Human GSGH12240 VSGH12239
CRISPRmod CRISPRi Human SEL1L1 Lentiviral sgRNA Positive Control Human GSGH12242 VSGH12241

*2 sgRNAを発現するレンチウイルスベクターを導入した大腸菌の培養液にグリセロールを加えたものです。

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ネガティブコントロールLentiviral sgRNA(non-targetingコントロール)

品名 包装
glycerol stock*2 Particles 50μl(108 TU/ml)
CRISPRmod CRISPRi Lentiviral sgRNA Non-targeting Control GSGC12244 VSGC12243

*2 sgRNAを発現するレンチウイルスベクターを導入した大腸菌の培養液にグリセロールを加えたものです。

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CRISPRi Synthetic sgRNA(化学合成)

ヒト遺伝子をほぼ完全に網羅したデザイン済みsgRNA(化学合成品)です。

 CRISPRi synthetic sgRNA

特長

  • Horlbeck等の開発した配列デザインアルゴリズム*1により,転写抑制能の高いsgRNA配列が遺伝子ごとに3種類デザインされています。
  • 化学修飾により,ヌクレアーゼ分解に対する安定性を高め,全体的なパフォーマンスを向上させています。
  • 異なる転写開始部位を持つ遺伝子については,別個のガイドRNAデザインが利用可能です(P2とラベル付けされています)。
  • 配列デザインの異なる3種類のsgRNAを混合して1本のチューブにまとめたpoolフォーマット,3個のsgRNAを3本のチューブに個別に入れてセットとしたSet of 3フォーマット,3個のsgRNAを個別としたindividualフォーマットをご用意しています。
  • 製品形態:凍結乾燥品

*1 Horlbeck MA, et. al., Compact and highly active next-generation libraries for CRISPR-mediated gene repression and activation. 2016 Sep 23;5. pii: e19760. doi: 10.7554/eLife.19760.PubMed 27661255

ターゲット遺伝子に対する化学合成sgRNA製品

商品コードをクリックすると価格表をご覧いただけます。

品名 動物種 包装
2 nmol 5 nmol 10 nmol
CRISPRmod Human CRISPRi sgRNA Human CI-HUMAN-XX-0002 CI-HUMAN-XX-0005 CI-HUMAN-XX-0010
CRISPRmod Human CRISPRi Set of 3 sgRNA Human CQ-HUMAN-XX-0002 CQ-HUMAN-XX-0005 CQ-HUMAN-XX-0010
CRISPRmod Human CRISPRi sgRNA Pool Human CF-HUMAN-XX-0002 CF-HUMAN-XX-0005 CF-HUMAN-XX-0010

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ポジティブコントロール化学合成sgRNA

品名をクリックするとHorizon Discovery社のご注文Webサイト,商品コードをクリックすると価格表をご覧いただけます。

ポジティブコントロールsgRNA
CRISPRmod CRISPRi sgRNA Control
品名動物種包装商品コード
SEL1L, Individual Human 2 nmol U-009600-01-02
5 nmol U-009600-01-05
SEL1L, Pool Human 2 nmol U-009600-10-02
5 nmol U-009600-10-05
PPIB1 Individual Human 2 nmol U-009250-01-02
5 nmol U-009250-01-05
PPIB1, Pool Human 2 nmol U-009250-10-02
5 nmol U-009250-10-05

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ネガティブコントロール化学合成sgRNA(non-targetingコントロール)

ネガティブコントロールsgRNA
CRISPRmod CRISPRi sgRNA Non-targeting control
品名包装商品コード
CRISPRmod CRISPRi sgRNA Non-targeting control 2 nmol U-009550-01-02
5 nmol U-009550-01-05
CRISPRmod CRISPRi sgRNA Non-targeting control #2 2 nmol U-009550-02-02
5 nmol U-009550-02-05
CRISPRmod CRISPRi sgRNA Non-targeting control #3 2 nmol U-009550-03-02
5 nmol U-009550-03-05
CRISPRmod CRISPRi sgRNA Non-targeting control #4 2 nmol U-009550-04-02
5 nmol U-009550-04-05
CRISPRmod CRISPRi sgRNA Non-targeting control pool 2 nmol U-009550-10-02
5 nmol U-00955010-05

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CRISPRi化学合成sgRNA Cherry-Pickライブラリー

お客様が選択した遺伝子に対するデザイン済みEdit-R CRISPRi sgRNAを96あるいは384ウェルプレートに分注してお届けするサービスです。まとまった数の遺伝子や小規模な遺伝子グループに対する網羅的転写抑制実験に最適です。

ご注文は,Cherry-Pick library toolをご使用下さい。

特長

  • 製品フォーマット:Pool(3配列の混合)またはIndividual(1遺伝子につき1~3配列を選択)
  • ターゲット生物種:ヒト
  • 製品形態:凍結乾燥品
  • 包装容量:0.1,0.25,0.5,1.0,2.0 nmolから選択
  • 最低注文数:
    • 20ウェル分の製品(96 wellプレートの場合)
    • 40ウェル分の製品(384 wellプレートの場合)

製品ラインナップ

品名包装
CRISPRmod Human CRISPRi sgRNA pool(1 poolあたり) 0.1 nmol
0.1 nmol
0.25 nmol
0.5 nmol
1.0 nmol
2.0 nmol
CRISPRmod Human CRISPRi Individual sgRNA(1配列あたり) 0.1 nmol
0.1 nmol
0.25 nmol
0.5 nmol
1.0 nmol
2.0 nmol

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CRISPRi Blast-dCas9-SALL1-SDS3レンチウイルス粒子

特長

  • 初代培養細胞や神経細胞といった,トランスフェクションの困難な細胞への導入に最適です。
  • dCas9-SALL1-SDS3を発現駆動するプロモーターを,使用する細胞に合わせて3種類から選択可能です。
  • ブラストサイジン耐性マーカーにより,dCas9-SALL1-SDS3導入細胞の選択が可能です。
  • 濃縮精製レンチウイルス粒子(1×107 TU/mL以上)
 CRISPRmod CRISPRi Lentiviral Blast-dCas9-SALL1-SDS3 Particles

Edit-R CRISPRi Lentiviral dCas9-SALL1-SDS3製品

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品名 包装 選択したプロモーターの商品コード
hCMVmCMVhEF1α
CRISPRmod CRISPRi Lentiviral Blast-dCas9-SALL1-SDS3 Particles 50μl(107 TU/ml) VCAS12245 VCAS12246 VCAS12247

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dCas9-SALL1-SDS3 mRNA

特長