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Complete Solutions for RNA Methylation Analysis EpiGentek社 RNAメチル化解析用製品

掲載日情報:2022/08/10 現在Webページ番号:67472

EpiGentek社では、RNAメチル化解析の上流から下流まで幅広い製品を取りそろえています。本ページではRNAメチル化解析の代表的なワークフローと、それに対応したEpiGentek社の製品をご紹介します。


RNAメチル化とは

RNAメチル化はRNA転写後修飾の一種であり、遺伝子配列を変更することなく遺伝子の発現に影響を与えます。RNAメチル化はウイルスを含む多くの生物種で確認されており、様々な生命現象に関連しています。DNAのメチル化と同様にRNAのメチル化も可逆的であり、tRNA、rRNA、mRNA、tmRNA、snRNA、snoRNA、miRNAおよびウイルスRNAといった多くのRNAで見られます。mRNAのよく知られている転写後修飾はN6-メチルアデノシン(m6A:アデノシン塩基6位の窒素のメチル化)と5-メチルシトシン(5mC:シトシンピリミジン環5位の炭素のメチル化)です。
様々なRNA修飾の中で、m6Aは真核生物に存在するすべてのRNAメチル化の80%以上を占めており、「5番目のRNA塩基」とも呼ばれています。特に3'UTR領域でのm6Aの集積はmRNAの調節に重要であると考えられていて、白血病、乳がん、前立腺がんなど様々ながんとの関連が示唆されています。
もうひとつ、よく見られるのが5mCで、rRNA、tRNA、eRNA、mRNAおよびnon-coding RNAに存在することが報告されています。RNA試料中の5mC修飾を分析する一般的な方法はバイサルファイト変換とそれに続くハイスループットシークエンス解析です。


RNAメチル化解析のフロー

適切なRNAメチル化解析ツールの選択
RNA修飾、特にRNAメチル化の重要性が徐々に明らかになっていますが、RNAメチル化の研究はまだ始まったばかりです。既存の検出方法の多くは抗体を用いたトランスクリプトーム解析技術に大きく依存しており、そのほとんどは生物学的役割のよく知られたm6Aを標的にしています。5mCは細胞機能や腫瘍形成への関与が示唆されているため、バイサルファイトシークエンス解析を含む5mC RNA検出技術が注目を集めています。ハイスループットシークエンス解析と組み合わせた新しい生化学的アプローチにより、個々の修飾のマッピングだけでなくトランスクリプトーム全体での解析が可能になり、RNA修飾酵素やタンパク質結合因子の機能が明らかにされています。RNAメチル化の研究を始める前に、実施予定の実験に関連する文献を確認することをお勧めします。他の研究者が同様の実験を実施していた場合は、それらの情報を参考にすることができます。

RNA試料中のm6Aまたは5mCの総量を知りたい場合は、m6A RNAメチル化定量キットや5mC RNAメチル化ELISAキットが使用できます。m6Aまたは5mCの部位特異的な解析ではm6A RNA濃縮キットバイサルファイト変換キットが使用できます。RNAメチル化に関連する酵素(m6Aメチラーゼおよびm6Aデメチラーゼ)の活性や阻害活性を測定するキットもあります。
RNAメチル化解析の関連情報については、Epigenetek社のRNAメチル化解析関連情報ページRNAメチル化解析用キットのご紹介ページをご確認下さい。またウイルスおよび宿主RNAの修飾に関する情報についてはこちらをご参照下さい。


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RNA抽出/精製

RNAメチル化解析の最初の重要なステップがRNA抽出です。EpiGentek社のRNA抽出キットは組織、培養細胞、無細胞液体検体(唾液や鼻咽頭スワブ)などの試料から直接トータルRNAを迅速かつ効率的に抽出できます。得られたRNAはRT-PCR、cDNA合成、ノーザンブロッティング、ディファレンシャルディスプレイ、プライマー伸長、mRNA選択など様々なアプリケーションに使用できます。


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品名 商品コード 概要
EpiQuik Total RNA Isolation Fast KitP-9105カラムフォーマットで、細胞または組織のトータルRNAを約30分で抽出/精製します。
EpiQuik Magbeads Quick RNA Isolation KitP-9106磁気ビーズフォーマットで、細胞または組織のトータルRNAを約30分で抽出/精製します。

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m6Aおよび5mC の総量の測定

EpiGentek社のm6Aおよび5mC RNA定量キットは、RNA試料中のm6Aおよび5mCの総量を知ることができます。哺乳類、植物、真菌、細菌、ウイルスなどから抽出/精製されたトータルRNA中のm6Aまたは5mCの総量を定量するキットと、尿試料から直接m6Aの総量を定量するキットがあります。


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品名 商品コード 概要
EpiQuik m6A RNA Methylation Quantification Kit (Colorimetric)P-9005RNA試料中のm6Aを4時間以内に比色法で定量します。

<アプリケーション情報>
EpiQuik m6A RNA Methylation Quantification Kit (Fluorometric)P-9008 RNA試料中のm6Aを4時間以内に蛍光法で定量します
MethylFlash Urine N6-methyladenosine(m6A) Quantification Kit (Colorimetric)P-9015ELISA様のフォーマットで、尿中のm6Aを4時間で定量します。
MethylFlash 5-mC RNA Methylation ELISA Easy Kit (Fluorometric)P-9009ELISA様のフォーマットで、RNA試料中の5mCを2時間40分で蛍光法で定量します。

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バイサルファイト変換とcDNA合成

部位特異的なメチル化の解析にはバイサルファイト変換が最も有用なアプローチです。バイサルファイト変換では非メチル化シトシンがウラシルに変換されますが、メチル化シトシンはそのまま残るので、これをハイスループットシークエンスによって解析します。バイサルファイト変換されたRNAから合成されたcDNAは様々なアプリケーションで使用されます。


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品名 商品コード 概要
Methylamp RNA Bisulfite Conversion KitP-9003メチル化RNAの解析に最適なバイサルファイト変換キットです。
EpiNext Hi-Fi cDNA Synthesis KitP-9004バイサルファイト変換されたRNAや濃縮されたRNAフラグメントを使用してcDNAを合成します。
EpiNext 5-mC RNA Bisulfite-Seq Easy Kit (Illumina)P-9007RNAバイサルファイト変換から5mC RNA-seq library構築までを行うall-in-oneキットです。

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次世代シークエンス(NGS)のためのライブラリー作製

ライブラリー作製はNGSの重要なステップです。EpiGentek社では、イルミナ社の様々なプラットフォームで使用できる高品質のRNA/DNAライブラリーを簡便に構築できるキットなど、NGS向けの製品を数多く提供しています。


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品名 商品コード 概要
High-Sensitivity DNA Library Preparation Kit, Illumina, EpiNextP-1053次世代シークエンシングで使用するために、非常に少量の試料からDNAライブラリーを構築します。
EpiNext NGS Barcode, Index, Set-12P-1060GAIIx、HiSeq、MiSeq、NextSeqなどのイルミナプラットフォーム用のマルチプレックスRNA/DNAライブラリーを構築します。

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MeRIP(Methylated RNA Immunoprecipitation)およびm6A-Seqアッセイ

CUT&RUN RNA m6A enrichment kitはm6Aの高解像度マッピングを可能にします。核酸切断酵素の独自の組み合わせにより、これらのキットは抗体が結合したRNA断片のみを抽出すると同時に目的領域直下のRNA配列を切断し除去します。どちらのキットも非特異的なバックグラウンドレベルを最小限に抑えながら、少量のRNAからm6Aを含むRNAフラグメントを濃縮できます。CUT&RUN RNA m6A-Seqキットにはライブラリー構築用試薬が含まれています。


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品名 商品コード 概要
EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment(MeRIP)KitP-9018非常に少量の試料からメチル化したRNA塩基m6Aを含むRNA断片を濃縮するキットです。
EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq KitP-9016CUT&RUNに基づくオールインワンのMeRIPおよびNGSライブラリーを構築キットです。

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m6Aメチラーゼ(メチルトランスフェラーゼ)活性/阻害測定キット

核抽出物またはMETTL3/METTL14などの精製m6Aメチラーゼ(メチルトランスフェラーゼ)を試料として、m6Aメチラーゼの活性や阻害活性を比色定量できるキットです。


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品名 商品コード 概要
Epigenase m6A Methylase Activity/Inhibition Assay Kit (Colorimetric)P-9019ELISAに類似した方法により簡便、迅速かつ高感度で比色定量できるキット。キットに含まれるAssay standardにより、m6Aメチラーゼの比活性を定量することができます。

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m6Aデメチラーゼ活性/阻害測定キット

核抽出物またはFTOやALKBH5などの精製m6Aデメチラーゼを試料として、m6Aデメチラーゼの活性や阻害活性を比色定量できるキットです。


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品名 商品コード 概要
Epigenase m6A Demethylase Activity/Inhibition Assay Kit (Colorimetric)P-9013ELISAに類似した方法により簡便、迅速かつ高感度で比色定量できるキット。キットに含まれるAssay standardにより、m6Aデメチラーゼの比活性を定量することができます。

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メチル化解析用抗体

m6Aは真核生物のRNAに見られる最も一般的な修飾であり、その解析は使用するanti-m6A抗体の品質に大きく左右されます。下記のポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体は、RNA中のm6Aの特異的検出について検証されており、それぞれのアプリケーションで機能することが保証されています。


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品名 商品コード 概要
Anti-N6-methyladenosine (m6A), Rabbit-PolyA-1801m6Aに高い特異性を持ったポリクローナル抗体です。
Anti-N6-methyladenosine (m6A), Rabbit-Mono(2H6)A-1802m6Aに高い特異性を持ったモノクローナル抗体です。

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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
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