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RNAのm6A修飾のマッピングを改良型CUT&RUN法で行うキット CUT&RUN RNA m6A-Seq / m6A RNA Enrichment Kit

掲載日情報:2021/01/05 現在Webページ番号:68188

RNAのm6A修飾のマッピングを改良型CUT&RUN法で行うキットです。
NGSライブラリーの調製までを行えるEpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit(#P-9016)と、m6A修飾RNAの濃縮・精製までを行うEpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment(MeRIP)Kit(#P-9018)があります。
タンパク質―DNA相互作用の解析をCUT&Tag In-Place法/改良型CUT&RUN法で行うキットについてはこちらをご覧下さい。
本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。


EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq使用例

EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit(#P-9016)で調製したライブラリーにおけるフラグメントのサイズ分布
3μgのヒトtotal RNAから、抗m6A抗体を用いてm6A修飾RNAを捕捉し、ライブラリーを調製した。195 bpのピークは、抗m6A抗体と結合したRNA領域(約55 nt)に対応している。


EpiNext CUT&RUN RNA m6A-SeqによるSREK1解析

EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit(#P-9016)を用いたm6A修飾部位のマッピング
ヒトSREK1転写物のm6A修飾部位についてマッピングを行ったところ、Meyerら(2012年)のデータ(図中右上)と高い相関性を示した。
m6A修飾のピークについて550倍の濃縮が行われている。


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RNAのm6A修飾とその解析法について

RNAのm6A修飾とは

m6A(N6-メチルアデノシン:N6-methyladenosine)は、真核生物において最も一般的かつ豊富に存在するRNA分子の修飾です。m6A修飾は、メチルトランスフェラーゼ複合体METTL3によって触媒され、α-ケトグルタル酸(α-KG)およびFe2+依存的にm6Aの脱メチル化を触媒するm6AデメチラーゼのFTOとALKBH5によって除去されます。m6Aメチラーゼおよびデメチラーゼは、発生および代謝から生殖能力に至るまでの多くの生物学的プロセスにおいて重要な役割を果たします。
m6Aは全RNA塩基のメチル化の80%以上を占めており、その多くはmRNAに見られますが、tRNA、rRNA、snRNAなどの非コードRNAにも存在します。非コードRNAと比べてmRNAにおいてm6Aが相対的に多いことから、スプライシング、核外輸送、翻訳能力と安定性、RNA転写などのRNA代謝プロセスに影響を与えることが示唆されます。
m6A RNAメチラーゼおよびデメチラーゼの欠陥による異常なm6Aメチル化レベルは、RNAの機能不全を起こし、病気の発症につながる可能性があります。例えば、FTOの変異によりその活性が増大した場合、標的mRNAのm6Aのレベルが異常に低くなり、未知の経路を介して肥満や関連疾患の発症につながります。RNAの動的で可逆的な化学的m6A修飾は、生物学的に重要な新しいエピジェネティックマーカーとなる可能性があります。そのため、RNAのm6Aメチル化レベルとRNA転写産物の分布をより理解することが求められています。


RNAのm6A修飾の解析法

エピトランスクリプトーム(全転写物の全修飾)全体に対してm6Aのマッピングをする手法として、現在、MeRIP-seq、PA-m6A-seq、miCLIP、m6A-CLIPなどがあります。
MeRIP-seq(Methylated RNA Immunoprecipitation-sequencing)は広く用いられていますが、m6Aプロファイリングにおいては高解像度が得られません。PA-m6A-seq、miCLIP、およびm6A-CLIPはプロファイリングの解像度を向上させますが、再現性が低く、プロセスが複雑になり、時間(>2日)とコストを要します。

これらの問題に対処するために、EpiGentek Group社は、CUT&RUN RNA m6A –Seq(Cleavage Under Target & Recover Using Nuclease for m6A -Sequencing)およびCUT&RUN m6A Enrichment(Cleavage Under Target & Recover Using Nuclease for m6A Enrichment)という新たな解析法のキットを開発しました。これらのキットは、MeRIPとm6A-CLIPの利点を組み込み、最速の手順で解析を行うことができます。


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特長

  • 非特異的なバックグラウンドを最小限に抑えて、m6A修飾RNAを捕捉できます。
  • RNA切断酵素ミックスの使用により、RNAの断片化と、m6A修飾配列の両端のRNA配列の切断/除去を同時に行うため、m6A修飾された短いRNA断片のみが得られ、高解像度でのマッピングが行えます。
  • キットに含まれる抗m6A抗体は、アデノシンがメチル化されていないRNAには交差しません。
  • キットには検証用にネガティブコントロール抗体(Non-immune IgG)が含まれています。
  • 濃縮したRNAは、バーコード配列なし(シングルプレックス)、バーコード配列付き(マルチプレックス)いずれのライブラリーの調製にも適しています。
  • <1,000万回の読み取り深度でシークエンンスデータ分析が可能です。

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製品仕様

商品コードをクリックすると価格表をご覧になれます。

キット名EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq KitEpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment(MeRIP)Kit
商品コードP-9016 P-9018
手 法改良型CUT&RUN法
キットでできることNGSライブラリーの調製までm6A修飾RNAの濃縮・精製まで
(ライブラリー調製用試薬またはRT-qPCR試薬が別途必要)
試 料total RNA(高品質で、DNAが混入していないもの)
試料量1~20μg(推奨:10μg、最小:500 ngでの使用実績あり)
NGSの読み取り深度<1,000万回

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操作方法概略

EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit

EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit操作方法

■ 操作時間の目安

ステップおおよその時間
抗体による捕捉とRNA切断100分
RNAの回収・精製、逆転写、cDNA精製、アダプターのライゲーション150分
cDNAの回収・精製40分
ライブラリーの増幅・精製50分
合計
(作業時間)
6時間以内
(1時間以内)

記載の時間は参考値です。

EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment(MeRIP)Kit

EpiQuik CUT&RUN MeRIP Kit操作方法

■ 操作時間の目安

ステップおおよその時間
抗体による捕捉とRNA切断100分
RNAの回収・精製40分
合計
(作業時間)
3時間以内
(30分以内)

記載の時間は参考値です。


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使用例

EpiQuik CUT&RUN MeRIP RNA濃縮例

EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment(MeRIP)Kit(#P-9018)によるm6A修飾RNAの捕捉
10μgのヒトtotal RNAおよび500 ngのポジティブコントロールオリゴから、抗m6A抗体またはネガティブコントロール抗体(Non-immune IgG)を用いてm6A修飾RNAを捕捉した。その後、RNAを精製し、蛍光測定により濃縮の度合いを求めた。

EpiQuik CUT&RUN MeRIPライブラリー

EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment(MeRIP)Kit(#P-9018)で調製したライブラリーにおけるフラグメントのサイズ分布
5μgのヒトtotal RNAから、抗m6A抗体を用いてm6A修飾RNAを捕捉し、ライブラリーを調製した。195 bpのピークは、抗m6A抗体と結合したRNA領域(約55 nt)に対応している。


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キット内容

96 well PCRプレートフォーマットの磁気スタンドなどが別途必要です。

キット名EpiNext CUT&RUN
RNA m6A-Seq Kit
EpiQuik CUT&RUN
m6A RNA Enrichment
(MeRIP)Kit
Wash buffer
Capture buffer
Immuno capture buffer
Nuclear digestion enhancer
Cleavage enzyme mix
m6A antibody
Non-immune IgG
m6A positive control
Protein digestion buffer
Proteinase K
Affinity beads
RNA purification solution
NA binding beads
RNA binding beads
Elution buffer
Reaction buffer
RT enzyme
Adaptor-A / B
Reaction enzyme mix
MQ binding beads
HiFi PCR master mix
Primer U / I

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価格

EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit

[在庫・価格 :2024年07月17日 20時55分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。
詳細 商品名
  • 商品コード
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納期 文献数
EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit
10日程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
  • メーカーサイト
  • お問い合わせ
説明文
メチル化したRNA塩基m6Aを含むRNA断片を濃縮し、NGS解析用のライブラリーを調製するキット。
法規制等
保存条件 4℃,-20℃,暗所保存 法規備考
掲載カタログ

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メチル化したRNA塩基m6Aを含むRNA断片を濃縮し、NGS解析用のライブラリーを調製するキット。
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保存条件 4℃,-20℃,暗所保存 法規備考
掲載カタログ ニュース2021年3月15日号 p.11

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[在庫・価格 :2024年07月17日 20時55分現在]

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EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit

文献数: 0

説明文 メチル化したRNA塩基m6Aを含むRNA断片を濃縮し、NGS解析用のライブラリーを調製するキット。
法規制等
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説明文 メチル化したRNA塩基m6Aを含むRNA断片を濃縮し、NGS解析用のライブラリーを調製するキット。
法規制等
保存条件 4℃,-20℃,暗所保存 法規備考
掲載カタログ ニュース2021年3月15日号 p.11

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[在庫・価格 :2024年07月17日 20時55分現在]

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EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment Kit
10日程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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説明文
メチル化したRNA塩基m6Aを含むRNA断片を濃縮するキット。
法規制等
保存条件 4℃,-20℃,暗所保存 法規備考
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EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment Kit

文献数: 0

説明文 メチル化したRNA塩基m6Aを含むRNA断片を濃縮するキット。
法規制等
保存条件 4℃,-20℃,暗所保存 法規備考
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EpiMag HT (96-Well) Magnetic Separator
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説明文
96ウェルプレートをセットして使用できるマグネチックセパレーター。磁性ビーズによる核酸やタンパク質の単離,精製などをハイスループットに行うことが可能。
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バーコード配列

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EpiNext NGS Barcode, Index, Set-12(144 reactions)
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説明文
Epigentek Group社の次世代シークエンス用ライブラリー作製キットを用いてDNA/RNAライブラリーを作製する際に,バーコード配列を組み込むことができる製品。作製したライブラリーは,Illumina社の次世代シークエンサーに使用可能。
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文献数: 0

説明文 Epigentek Group社の次世代シークエンス用ライブラリー作製キットを用いてDNA/RNAライブラリーを作製する際に,バーコード配列を組み込むことができる製品。作製したライブラリーは,Illumina社の次世代シークエンサーに使用可能。
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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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