統計解析（データ解析）受託サービス

• サービス概要
• データ解析例
• データ解析
• ご注文方法／価格
• （株）DNAチップ研究所のマイクロアレイを用いた解析受託サービス
• （株）DNAチップ研究所の次世代シークエンス解析受託サービス

サービス概要

■正規化

• マイクロアレイや次世代シーケンスで得られた生データを試料間で比較をするために正規化（データの定量化、ノーマライズ）を行う必要があります。解析ソフトをお持ちでない場合は、少なくとも正規化までのご依頼をお勧めします。

■データフィルタリング

• マイクロアレイではアレイスキャン時にプローブの結果が有効かどうかを判定します。その結果に基づき、有効判定されたものを採用し、ノイズ等と判定されたものを解析から除外します。

■発現変動遺伝子抽出（発現差解析）

• ご指定の比較組合せに応じて、試料間または群間で変動する遺伝子を抽出します。試料間ではFold Change値、あるいはT検定等の解析手法を使用し解析を行います。1群3試料以上ある場合には、T検定の有意差検定とFold Change値による解析を組み合わせて行います。
• ご要望に応じてベン図での比較やクラスタリングによる抽出も行います。ベン図での比較は、抽出した遺伝子からさらに共通する遺伝子を絞り込む場合に有効です。クラスタリングは時系列の検討で同じ変動パターンの遺伝子を絞り込む場合に行います。

■標的遺伝子予測

• miRNA解析の場合、そのmiRNAが標的とする遺伝子をTargetScan等の公共データベースにより予測します。

■統合解析

• 遺伝子発現と、miRNAのデータがある場合に行います。miRNAデータと遺伝子発現データを連結して、納品します。miRNAとmRNAの共発現や相関についても解析することができます。

■データQC

• 階層的クラスタリング：群内の試料にばらつきがないか、階層的クラスタリングで試料間を比較します。
• 主成分分析（PCA）：同様に群内の試料にばらつきがないか、非階層的クラスタリングであるPCAで比較をします。
• その他：ご要望に応じて2試料間の比較をScatter Plotにより解析します。
  注意：階層的クラスタリング、主成分分析は6試料以上の場合に行います。 論文や発表用の作図も承っております。

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データ解析例

■階層的クラスタリング

■主成分分析（PCA）

■Scatter Plot（散布図）

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データ解析

機能解析

■GO解析

• GO解析は、発現変動遺伝子群やクラスター解析によりグループ化された遺伝子群など、着目した遺伝子群を対象として統計的な評価に基づき、特長的なGO Termを抽出することができます。これにより発現値から生物学的な現象を捉えることをサポートすることが可能となります。
• メーカーがGO情報を提供していない生物種についても公共データベースからGO情報の収集し（GOアノテーション情報作成）、GO解析を行います。

■Pathway解析

• Pathwayとは、複数の生体分子の相互作用から構成されており、生体を維持・活動していくのに必要な生命現象を制御している、生物学的過程・経路のことです。発現値が変動した遺伝子（例えば高発現、低発現の遺伝子）が有意に多く含まれるPathwayを統計学的に抽出します。
• 解析に使用した全遺伝子をWikiPathwaysのPathway上にマッピングし、Pathway画像を作成致します。Pathway解析ソフトウェアPathVisioによる解析を行います。

■Network解析

• Agilent社がPubMedから自然言語処理（NLP：Natural Language Processing）で収集した相互作用情報を利用して、発現変動遺伝子リスト内でのネットワーク構築を行います。

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ご注文方法／価格

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（株）DNAチップ研究所のマイクロアレイを用いた解析受託サービス

解析受託サービス	解析内容
遺伝子発現解析	Agilent Technologies社のマイクロアレイシステムを用いて、網羅的に遺伝子発現解析を行います。
miRNA発現解析	Agilent Technologies社のマイクロアレイシステムを用いて、MatureなmiRNAの発現解析を行います。
アレイCGH解析	Agilent Technologies社のマイクロアレイシステムを用いて、ゲノムの構造多型のひとつであるCNV（コピー数多型）を検出します。
統計解析（データ解析）	マイクロアレイの膨大な発現データからニーズに合わせた解析手法をご提案します。

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（株）DNAチップ研究所の次世代シークエンス解析受託サービス

解析受託サービス	解析内容
ChIP-Seq解析	転写因子やその他のタンパク質が相互作用するDNAの特定部位を検出し、DNA－タンパク質間の相互作用を解明。
DNAメチレーション解析	メチル化DNAに特異的に結合するタンパク質、抗体を用いてメチル化DNAを濃縮し、回収されたDNAをシークエンスする。
RNA-Seq解析	RNA-Seq法により、mRNAやlincRNAの配列をシークエンスし、発現変動のある遺伝子を同定。
Small RNA-Seq解析	miRNAやスプライシングに関わるとされるsnRNAなどのsmall RNAを次世代シークエンサーにより網羅的に解析。
エクソーム解析	エクソン領域のみを濃縮して解析することにより、効率的にエクソン上の変異 (SNV (SNP)/InDel) を検出。
Cancer Panel解析	がん遺伝子のエクソン領域およびホットスポット領域をPCR増幅し、遺伝子変異を検出。

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