がんパネル（Cancer Panel）解析受託サービス

• 目次
• QIAGEN QIAseq Targeted DNA Panels
• AmpliSeq™ for illumina Cancer Hotspot Panel v2
• 試料送付について
• ご注文方法／価格
• （株）DNAチップ研究所の次世代シークエンス解析受託サービス

目次

• QIAGEN QIAseq Targeted DNA Panels
• AmpliSeq™ for illumina Cancer Hotspot Panel v2

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QIAGEN QIAseq Targeted DNA Panels

■特長

• 11種類のがん遺伝子パネルから目的に応じて選択
• カスタムパネルを作製も可能
• FFPE試料やセルフリーDNA（cfDNA）にも対応
• 微量サンプル（10 ng～）でも測定可能
• 分子バーコード使用で、1％程度の体細胞変異を検出
• QIAGEN Gene Globe Data Analysis Center（データ解析クラウド）が無償で利用可能（ユーザー登録が必要）
• 複雑な解析結果をできるだけ分かりやすくした最終結果レポートの作成可能（オプション解析）

■QIAseq Targeted DNA Panelsラインナップ

Cancer Panel	備考
Actionable solid tumor panel	ヒトの20個のがん遺伝子における主要な領域および3個の腫瘍抑制遺伝子の全エクソン領域を解析
BRCA1 and BRCA2 panel	ヒトの乳がんおよび卵巣がんの発症と進行に関連するBRCA1およびBRCA2における変異を解析
BRCA1 and BRCA2 Plus Panel	ヒトの乳がんおよび卵巣がんの発症と進行に関連するBRCA1、BRCA2を含む6遺伝子における変異を解析
Breast cancer panel	ヒト乳がんの発症と進行に関連した93遺伝子における変異を解析
Colorectal cancer panel	ヒト大腸がんの発症と進行に関連した71遺伝子における変異を解析
Lung cancer panel	ヒト肺がんの発症と進行に関連した72遺伝子における変異を解析
Mitochondrial panel	ヒトミトコンドリアゲノムにおけるコードおよび非コード領域の体細胞変異を解析
Myeloid Neoplasms panel	ヒト骨髄性腫瘍の発症と進行に関連した141遺伝子における変異を解析
Pharmacogenomics panel	ヒトの個々における薬物や他の化学物質における代謝能力に関連する31個のハプロタイプの薬物代謝関連遺伝子における変異を解析
Comprehensive cancer panel	ヒトの包括的ながんの発症と進行に関連する275遺伝子およびTERTプロモーターにおける変異を解析
Inherited diseases panel	ヒト遺伝性疾患に関連する298遺伝子における変異を解析（有害で高頻度に見られる劣性の遺伝性疾患に関係する164遺伝子を含む）

■サービス概要

1. 試料のクオリティチェック（QC）を行います。
2. Gene-specificプライマーによるターゲット領域の増幅とシークエンスライブラリーの調製を行います。
3. illumina社の次世代シークエンサー（MiSeq/NextSeq500など）によるシークエンス解析を行います。
4. リファレンスゲノムへのアライメント（マッピング）と分子バーコード処理、変異検出を行います。QIAGEN社クラウド（Data Analysis Center）と（株）DNAチップ研究所カスタムパイプラインを組み合わせたデータ解析を行います。

■データ解析

• 1000 Genomesのアレル頻度情報
• 京都大学HGVDのアレル頻度情報
• （株）DNAチップ研究所が取得した高齢健常者8人に見られる変異情報

• タンパク質にインパクトを与える変異の絞り込み
• アレル頻度情報による変異の絞り込み

• QIAGEN QIAseq Targeted DNA Panels Mutation Report

■納品物

• 最終結果レポート（PDF形式）
• 変異検出詳細結果
• VCFファイル（変異ファイル）
• FASTQファイル（次世代シークエンサーから出力された配列（リード）データ）
• BAMファイル（ヒト参照配列hg19へのアライメントファイル）
• mapping_quality（リードのMapping Quality Scoreのサンプル毎の分布イメージ）
• 試料QCレポート
• Qiaseq-DNA-smCounter（QIAGEN社クラウドサーバーによる解析結果）

■納期

• 試料QC通過後、1.5か月程度（データ解析を含む場合は2か月程度）。
• 別途パネル試薬の発注に3週間ほどいただきます（正式なご注文後にパネル試薬をメーカーに発注します。試薬の納期によって変動する可能性があります）。

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AmpliSeq™ for illumina Cancer Hotspot Panel v2

■特長

• 新鮮凍結組織などから抽出した高品質DNA 1 ngまたはパラフィン包埋（FFPE）組織などから抽出した分解が進んだ微量試料（10 ng～）からも解析可能です。
• クラウド解析（illumina BaceSpace）によりアリル頻度5%までの体細胞変異を検出可能です。
• 特定のターゲットまたは目的のゲノムコンテンツに最適化されたターゲットカスタムパネルもご利用できますのでご相談下さい。

■AmpliSeq™ for illumina Cancer Hotspot Panel v2に含まれる遺伝子（50個のがん遺伝子）

ABL1	EGFR	GNAS	KRAS	PTPN11
AKT1	ERBB2	GNAQ	MET	RB1
ALK	ERBB4	HNF1A	MLH1	RET
APC	EZH2	HRAS	MPL	SMAD4
ATM	FBXW7	IDH1	NOTCH1	SMARCB1
BRAF	FGFR1	JAK2	NPM1	SMO
CDH1	FGFR2	JAK3	NRAS	SRC
CDKN2A	FGFR3	IDH2	PDGFRA	STK11
CSF1R	FLT3	KDR	PIK3CA	TP53
CTNNB1	GNA11	KIT	PTEN	VHL

■サービス概要

1. 試料のクオリティチェック (QC) を行います。
2. PCRベースのプロトコールに従ってライブラリー調製を行います。
   ライブラリー調製キット：AmpliSeq for illumina Cancer Hotspot Panel v2
3. illumina社の次世代シークエンサー（MiSeq/NextSeq500など）によるシークエンス解析を行います。
4. リファレンスゲノムへのアライメントと変異検出を行います。

■納品物

• 試料QC結果
• データQC結果（FastQC、MultiQC）
• 変異検出結果
• VCFファイル（変異ファイル）
• BAMファイル（アライメントデータ）

■納期

• 試料QC通過後、1.5か月程度（データ解析を含む場合は2か月程度）。
• 別途パネル試薬の発注に3週間ほどいただきます（正式なご注文後にパネル試薬をメーカーに発注します。試薬の納期によって変動する可能性があります）。

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試料送付について

ゲノムDNA量	濃度	OD260/280	OD260/230	性状	液量
200 ng以上 （お問い合わせ下さい）	10 ng/μl以上	1.5以上	1.0以上	分解やRNAのコンタミネーションがないこと	20μl以上

• 試料量が上記に満たない場合はお気軽にご相談下さい。
• FFPEから抽出したゲノムDNAの場合は、400 ng以上ご用意下さい。
• 抽出時に使用した有機溶媒が混入していないDNAをご送付下さい。
• DNAはRNase処理を行い、RNAのコンタミネーションがない状態の試料をご送付下さい。
• 組織、細胞、FFPEスライドなどは、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせ下さい。
• 送付方法は「サンプル送付方法」をご確認下さい。

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ご注文方法／価格

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（株）DNAチップ研究所の次世代シークエンス解析受託サービス

解析受託サービス	解析内容
ChIP-Seq解析	転写因子やその他のタンパク質が相互作用するDNAの特定部位を検出し、DNA－タンパク質間の相互作用を解明。
DNAメチレーション解析	メチル化DNAに特異的に結合するタンパク質、抗体を用いてメチル化DNAを濃縮し、回収したDNAをシークエンスする。
RNA-Seq解析	RNA-Seq法により、mRNAやlincRNAの配列をシークエンスし、発現変動のある遺伝子を同定。
Small RNA-Seq解析	miRNAやスプライシングに関わるとされるsnRNAなどのsmall RNAを次世代シークエンサーにより網羅的に解析。
エクソーム解析	エクソン領域のみを濃縮して解析することにより、効率的にエクソン上の変異 (SNV (SNP)/InDel) を検出。
Cancer Panel解析	がん遺伝子のエクソン領域およびホットスポット領域をPCR増幅し、遺伝子変異を検出。

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