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Cancer Panel解析受託サービス

掲載日情報:2022/01/20 現在Webページ番号:64799

がん遺伝子パネル解析は,がん遺伝子のエクソン領域およびホットスポット領域をPCR増幅し, 次世代シークエンサーを用いて高感度に遺伝子変異を検出します。 11種類のがんパネルから目的に応じてご選択頂けます。

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QIAGEN QIAseq Targeted DNA Panels

■特長

  • 11種類のがん遺伝子パネルから目的に応じて選択
  • カスタムパネルを作製も可能
  • FFPE試料やセルフリーDNA(cfDNA)にも対応
  • 微量サンプル(10 ng~)でも測定可能
  • 分子バーコード使用で,1%程度の体細胞変異を検出
  • QIAGEN Gene Globe Data Analysis Center(データ解析クラウド)が無償で利用可能(ユーザー登録が必要)
  • 複雑な解析結果をできるだけ分かりやすくした最終結果レポートの作成可能(オプション解析)

■Cancer Panel解析の種類

Cancer Panel 備考
Actionable solid tumor panel ヒトの20個のがん遺伝子における主要な領域及び3個の腫瘍抑制遺伝子の全エクソン領域を解析
BRCA1 and BRCA2 panel ヒトの乳がんおよび卵巣がんの発症と進行に関連するBRCA1およびBRCA2における変異を解析
BRCA1 and BRCA2 Plus Panel ヒトの乳がんおよび卵巣がんの発症と進行に関連するBRCA1,BRCA2を含む6遺伝子における変異を解析
Breast cancer panel ヒト乳がんの発症と進行に関連した93遺伝子における変異を解析
Colorectal cancer panel ヒト大腸がんの発症と進行に関連した71遺伝子における変異を解析
Lung cancer panel ヒト肺がんの発症と進行に関連した72遺伝子における変異を解析
Mitochondrial panel ヒトミトコンドリアゲノムにおけるコードおよび非コード領域の体細胞変異を解析
Myeloid Neoplasms panel ヒト骨髄性腫瘍の発症と進行に関連した141遺伝子における変異を解析
Pharmacogenomics panel ヒトの個々における薬物や他の化学物質における代謝能力に関連する31個のハプロタイプの薬物代謝関連遺伝子における変異を解析
Comprehensive cancer panel ヒトの包括的ながんの発症と進行に関連する275遺伝子およびTERTプロモーターにおける変異を解析
Lnherited diseases panel ヒト遺伝性疾患に関連する298遺伝子における変異を解析(有害で高頻度に見られる劣性の遺伝性疾患に関係する164遺伝子を含む)

■サービス概要

  1. 試料のクオリティチェック (QC) を行います。
  2. Gene-specificプライマーによるターゲット領域の増幅とシークエンスライブラリーの調製を行います。
  3. illumina社の次世代シークエンサー(MiSeq/NextSeq500等)によるシークエンス解析を行います。
  4. リファレンスゲノムへのアライメント(マッピング)と分子バーコード処理,変異検出を行います。QIAGEN社クラウド(Data Analysis Center)と(株)DNAチップ研究所カスタムパイプラインを組み合わせたデータ解析を行います。

■データ解析

1.QIAGEN Gene Globe Data Analysis Center(データ解析クラウド)による解析

2.(株)DNAチップ研究所独自のアノテーション情報を付与

  • 1000 Genomesのアレル頻度情報
  • 京都大学HGVDのアレル頻度情報
  • (株)DNAチップ研究所が取得した高齢健常者8人に見られる変異情報

3.変異の絞り込み

  • タンパク質にインパクトを与える変異の絞り込み
  • アレル頻度情報による変異の絞り込み

4.最終結果レポートの作成

  • QIAGEN QIAseq Targeted DNA Panels Mutation Report
RevSpin Microcentrifuge 200とローター

フィルターを通過した信頼性の高い結果を抽出し,なおかつタンパク質に影響を与える変異を最終結果としてレポートしています。
必要最小限の情報を分かりやすい形でレポートしています。

Mutation data

Mutation data

変異検出詳細結果(Excel形式)やフリーの高機能ゲノムビューアIGVで検出された変異を閲覧するためのファイルも付属します。

■納品物

  • 最終結果レポート(PDF形式)
  • 変異検出詳細結果
  • VCFファイル(変異ファイル)
  • FASTQファイル(次世代シーケンサーから出力された配列(リード)データ)
  • BAMファイル(ヒト参照配列hg19へのアライメントファイル)
  • mapping_quality(リードのMapping Quality Scoreのサンプル毎の分布イメージ)
  • 試料QCレポート
  • Qiaseq-DNA-smCounter(QIAGEN社クラウドサーバーによる解析結果)

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AmpliSeq™ for illumina Cancer Hotspot Panel v2

COSMIC(がん体細胞変異データベース)において,がんとの関連性が特定された50個のホットスポット領域を調べる,がん遺伝子とがん抑制遺伝子の変異約2,800箇所を対象としたターゲットリシークエンス解析受託サービスです。

■特長

  • 新鮮凍結組織等から抽出した高品質DNA 1 ngまたはパラフィン包埋(FFPE)組織等から抽出した分解が進んだ微量試料(10 ng~)からも解析可能です。
  • 特定のターゲットまたは目的のゲノムコンテンツに最適化されたターゲットカスタムパネルもご利用できますのでご相談下さい。

■AmpliSeq™ for illumina Cancer Hotspot Panel v2に含まれる遺伝子(50個のがん遺伝子)

ABL1 EGFR GNAS KRAS PTPN11
AKT1 ERBB2 GNAQ MET RB1
ALK ERBB4 HNF1A MLH1 RET
APC EZH2 HRAS MPL SMAD4
ATM FBXW7 IDH1 NOTCH1 SMARCB1
BRAF FGFR1 JAK2 NPM1 SMO
CDH1 FGFR2 JAK3 NRAS SRC
CDKN2A FGFR3 IDH2 PDGFRA STK11
CSF1R FLT3 KDR PIK3CA TP53
CTNNB1 GNA11 KIT PTEN VHL

■サービス概要

  1. 試料のクオリティチェック (QC) を行います。
  2. PCRベースのプロトコールに従ってライブラリー調製を行います。
    ライブラリー調製キット:AmpliSeq for illumina Cancer Hotspot Panel v2
  3. illumina社の次世代シークエンサー(MiSeq/NextSeq500等)によるシークエンス解析を行います。
  4. リファレンスゲノムへのアライメントと変異検出を行います。

illuminaのBaceSpace(有償・初回無料)をご利用いただけます。BaceSpace解析代行も承ります。

■納品物

  • 試料QC結果
  • データQC結果(FastQC,MultiQC)
  • 変異検出結果
  • VCFファイル(変異ファイル)
  • BAMファイル(アライメントデータ)

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試料送付について

ゲノムDNA量 濃度 OD260/280 OD260/230 性状 液量
200 ng以上
(お問い合わせ下さい)
10 ng/μl以上 1.5以上 1.0以上 分解やRNAの混入がないこと 20μl以上

ご注意

  • 微量試料にも対応しております。試料量が上記に満たない場合はお気軽にご相談下さい。
  • FFPEから抽出したゲノムDNAの場合は,400 ng以上ご用意下さい。
  • 抽出時に使用した有機溶媒が混入していないDNAをご送付下さい。
  • DNAはRNase処理を行い,RNAのコンタミネーションがない状態の試料をご送付下さい。
  • 組織,細胞,FFPEスライド等は,DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせ下さい。
  • 送付方法は「サンプル送付方法」をご確認下さい。

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ご注文方法/価格

詳細は当社受託・特注品業務担当(下記参照)までお問い合わせ下さい。


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次世代シークエンス解析受託サービス

解析受託サービス 解析内容
ChIP-Seq解析 転写因子やその他のタンパク質が相互作用するDNAの特定部位を検出し,DNA-タンパク質間の相互作用を解明。
DNAメチレーション解析 メチル化DNAに特異的に結合するタンパク質,抗体を用いてメチル化DNAを濃縮し,回収したDNAをシークエンスする。
RNA-Seq解析 RNA-Seq法により,mRNAやlincRNAの配列をシークエンスし,発現変動のある遺伝子を同定。
Small RNA-Seq解析 miRNAやスプライシングに関わるとされるsnRNAなどのsmall RNAを次世代シークエンサーにより網羅的に解析。
エクソーム解析 エクソン領域のみを濃縮して解析することにより,効率的にエクソン上の変異 (SNV (SNP)/InDel) を検出。
Cancer Panel解析 がん遺伝子のエクソン領域およびホットスポット領域をPCR増幅し,遺伝子変異を検出。

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