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マイクロアレイを用いた解析受託サービス アレイCGH解析受託サービス
掲載日情報：2022/01/20 現在Webページ番号：64837
Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いてDNAのコピー数変化を解析します。
CGH（Comparative Genomic Hybridization）は分子細胞遺伝学的手法です。Agilent社のCGHマイクロアレイは、全染色体にわたり網羅的にDNAコピー数の変化をプロファイリングできる高解像度ツールです。
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特長
- 既知の遺伝子、プロモーター、miRNA、偽常染色体領域、およびテロメア領域を中心に、実験的に検証を行ったプローブでゲノム全体を包括的にカバーしています。
- ゲノムのコピー数変化も、loss of heterozygosity（LOH）や片親性ダイソミー（UPD）も検出可能なCGH+SNPマイクロアレイもあります。 コピー数多型は表現型に与える影響が大きい知見があり、がんや染色体異常など疾患との関連などで注目されています。
※ 再生医療分野で継代による染色体の変化についても使用されており、専用に開発した「C3チェックサービスPlus」があります。
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サービス概要
1．試料のクオリティチェック（QC）を行います。
2．試料の調整を行います。
- ゲノムDNA試料（分解のないDNA試料）の場合：
制限酵素を用いてゲノムDNAを断片化します。Random PrimerとExo-Klenow Fragmentを用いて断片化したゲノムDNAの相補鎖を合成します。SureTag DNA Labeling Kitを用いてレファレンス試料とテスト試料をそれぞれCy3、Cy5ラベル化します。 - FFPE由来DNA試料の場合：
熱変性によってゲノムDNAを断片化し、Universal Linkage System（ULS™）を用いてコントロールとテスト試料をそれぞれCy3、Cy5ラベル化します。
3．スキャナーにより蛍光の検出を行い蛍光強度を数値化してコピー数変化を生じたゲノム領域の検出を行います。
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データ解析
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競合ハイブリダイゼーションより得られたテスト／リファレンスのそれぞれの蛍光強度（Cyanine 5/Cyanine3 比、Log2 値）と、その染色体位置情報をもとに、解析を行います。 Agilent Genomic Workbench ソフトウェアを使用しデータの可視化、およびADM-2アルゴリズムによるコピー数変化を生じたゲノム領域の検出を行います。 変異領域およびその領域に含まれる遺伝子のリスト化や、実験結果を公共のデータベース（UCSCゲノムブラウザ）にリンクできるファイルも作成します。お客様のもとでさらに詳細なデータ表示が可能です。 |
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試料送付について
| 二本鎖ゲノムDNA量＊1 | OD260/280 | 性状 | |
|---|---|---|---|
| ゲノムDNA試料 | 2 μg以上 | 1.8～2.0 | 分解が進んでいないこと |
| FFPE由来DNA試料＊2 | 2 μg以上 | 1.8～2.0 | － |
＊1 マイクロアレイフォーマットや比較組み合わせのご要望により必要な二本鎖ゲノムDNA量が異なります。
＊2 リファレンス用試料をご用意下さい。
※ DNAはRNase処理を行い、RNAのコンタミネーションがない状態の試料をご送付下さい。
※ 生物種によりマイクロアレイフォーマットが異なります。 アジレント・テクノロジーホームページをご覧下さい。
※ その他試料に関する注意事項は「サンプル送付方法」をご確認下さい。
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納品物
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●試料QC結果（品質検査結果）
●アレイ実験生データ
●解析結果
●解説書（アレイ実験・解析の説明書） ※ クラウド経由もしくはUSBメモリ、DVDなどの記憶媒体で納品します。 |
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全染色体のGain/Lossイメージ図
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納期
試料QC通過後、2か月程度（データ解析を含む場合は2.5か月程度）
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ご注文方法／価格
詳細は当社受託・特注品担当（下記参照）までお問い合わせ下さい。
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（株）DNAチップ研究所のマイクロアレイを用いた解析受託サービス
| 解析受託サービス | 解析内容 |
|---|---|
| 遺伝子発現解析 | Agilent Technologies社のマイクロアレイシステムを用いて、網羅的に遺伝子発現解析を行います。 |
| miRNA発現解析 | Agilent Technologies社のマイクロアレイシステムを用いて、MatureなmiRNAの発現解析を行います。 |
| アレイCGH解析 | Agilent Technologies社のマイクロアレイシステムを用いて、ゲノムの構造多型のひとつであるCNV（コピー数多型）を検出します。 |
| 統計解析（データ解析） | マイクロアレイの膨大な発現データからニーズに合わせた解析手法をご提案します。 |
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