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マイクロアレイを用いた解析受託サービス miRNA発現解析(Agilent)受託サービス

掲載日情報:2022/01/20 現在Webページ番号:64836

Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いたMatureなmiRNAの発現解析を行う受託サービスです。

マイクロアレイを用いた発現解析

特長

  • Agilent Technologies社のmiRNAマイクロアレイはプローブのヘアピンキャップ構造によりpre/pri-miRNAなどの擬陽性のハイブリダイズを抑えmatureなmiRNAを特異的かつ高感度に検出が可能です。
  • 組織細胞由来のTotalRNAはもちろんのこと血清や血漿の培養上清中のmiRNAやexosome由来のmiRNAについても解析が可能です。
  • 各miRNAにつき1~4種類のプローブデザインされており、10~20プローブ繰り返しスポットされているデータ信頼度の高いアレイ設計になっております。
  • アレイは1枚のスライドに最大8試料を処理できる仕様です。
  • 対応生物種はヒト・マウス・ラットとなっております。

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エクソソーム由来miRNA解析

血清・血漿や細胞培養上清中のエクソソーム由来のmiRNA解析が可能です。キットを用いてエクソソームを単離し、マイクロアレイや次世代シークエンサーを用いてデータを取得します。体液中のエクソソーム由来のバイオマーカー探索に限らず、培養上清を用いた細胞の品質チェックや、in vitroでの検証実験などにもご利用いただいています。

実施例としてマイクロアレイやPCRを使ったアプリケーションノートをご用意しています。

Agilent Technologies社で発行しているアプリケーションノートは下記からご参照いただけます。DNAチップ研究所は作成協力をしています。

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サービス概要

  1. 試料のクオリティチェック(QC)を行います。
  2. total RNAからターゲットであるmiRNAの3’末端に直接ラベル化(蛍光標識)を行います。
  3. ハイブリダイゼーションを行い洗浄後、スキャナーにより蛍光検出を行い蛍光強度を数値化してmiRNA発現解析を行います。

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データ解析

データ解析の流れ
  • Feature Extractionで得られたマイクロアレイのデータを解析ソフトウェアGeneSpring GXで解析いたします。
  • 発現変動のみられるmiRNAをFold Change比較やT検定、クラスター解析などにより抽出します。
  • さらに、miRNAが標的とする遺伝子をTargetScanにより予測します。

■ターゲットスキャン

miRNAの標的遺伝子の予測プログラムです。
GeneSpring GXのターゲットスキャンツールで、既知のmiRNA-mRNA結合モデルを元に、他のmiRNAがターゲットとする遺伝子の予測を行います。
また、miRNA解析と遺伝子発現解析を同時にご依頼いただいている場合、 ターゲットスキャンによりmiRNAデータと遺伝子発現データを連結して、納品いたします。

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納品物

●試料QC結果(品質検査結果)

  • total RNA images / cRNA images(ゲル電気泳動波形画像)
  • Sample Data(試料濃度情報)

●Feature Extraction(アレイ実験生データ)

  • Raw Data(数値データ)
  • Image(アレイ画像)
  • QC report(アレイ実験終了品質検査結果)

●解析結果

  • 正規化、変動遺伝子抽出、GO解析、Pathway解析

●解説書(アレイ実験・解析の説明書)

  • クラウド経由での納品または記録媒体(CD/USB/HDD)
解析結果の例


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試料送付について

RNA量 濃度 OD260/280 性状
total RNA(真核・原核) 500 ng以上 50 ng/μl以上 1.5以上 28s/18s:1.8以上
推奨RIN値:7以上
total RNA(微量試料) 500 pg以上
total RNA(FFPE由来) 100 ng以上 10 ng/μl以上
エクソソーム分画
血漿または培養上清由来*
20 ng以上

* 1 miRNA発現解析のみ
試料量が上記に満たない場合はお気軽にご相談下さい。
組織、細胞等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせ下さい。
送付方法は「サンプル送付方法」をご確認下さい。

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ご注文方法/価格

詳細は当社受託・特注品担当(下記参照)までお問い合わせ下さい。

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マイクロアレイを用いた解析受託サービスの種類

解析受託サービス 解析内容
遺伝子発現解析 Agilent Technologies社のマイクロアレイシステムを用いて、網羅的に遺伝子発現解析を行います。
miRNA発現解析 Agilent Technologies社のマイクロアレイシステムを用いて、MatureなmiRNAの発現解析を行います。
アレイCGH解析 Agilent Technologies社のマイクロアレイシステムを用いて、ゲノムの構造多型のひとつであるCNV(コピー数多型)を検出します。
統計解析(データ解析) マイクロアレイの膨大な発現データからニーズに合わせた解析手法をご提案します。

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