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マイクロアレイを用いた解析受託サービス 遺伝子発現解析(Agilent)受託サービス

掲載日情報:2022/01/20 現在Webページ番号:64835

Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析を行う受託サービスです。

特長

  • Agilent Technologies社マイクロアレイは基板上に遺伝子配列特異性の高い60 merのプローブを搭載し,検出感度が高く幅広いダイナミックレンジ(5桁)で検出可能であるため,低発現量の遺伝子の検出が可能かつ,検出可能な遺伝子数が多くなります。
  • 通常のプロトコールに加え微量試料(RNA量0.5 ngから実験可能)やFFPE試料のような分解が進んだ試料にも適した実験プロトコールのご提案も行っております。
  • アレイは1枚のスライドに最大8試料を処理できる仕様です。
  • ヒト・マウス・ラットをはじめ,シロイヌナズナ,線虫,イヌなど様々な生物種に対応しています。
  • 標準カタログアレイにない生物種(原核生物など)や,ご自身で決定された生物種のインハウス配列から解析をご希望の場合には,カスタムマイクロアレイでご対応することも可能です。

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サービス概要

1. 試料のクオリティチェック(QC)を行います。

2. total RNAからターゲットであるmRNAを選択的にとらえ増幅およびラベル化(蛍光標識)を行い調整した試料の性状(labeled cRNA Quality check)を確認いたします。微量試料や分解の進んだ試料の場合は結果をメールにてご連絡いたします。

FFPE由来など分解の進んだ試料や,total RNA量が微量試料の場合は,試料調整はNuGEN Technologies社のRibo-SPIA®増幅技術を採用します。
ランダムプライマーを用いて,逆転写反応によりcDNAを合成します。合成したcDNAを基にdscDNAを合成後ラベル化を行いハイブリダイゼーションを行います。ラベル化は,Agilent社のGenomic DNA Enzymatic Labeling Kitを採用しています。

サービス概要

3. ハイブリダイゼーションを行い,洗浄後,スキャナーにより蛍光検出を行い,蛍光強度を数値化して遺伝子解析を行います。

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データ解析

データ解析の流れ

■正規化

マイクロアレイ実験で得られた生データを,試料間の各遺伝子同士での比較が可能な発現値に変換します。

■データQC

データの傾向をつかむために階層的クラスタリングと主成分分析(PCA)を行います(2解析以上の場合)。

■有効プローブ抽出

実験データのうち,解析ソフトで有効判定されたものを採用し,ノイズ等と判定されたものを削除します。また,全ての解析において実験データが得られている遺伝子を採用するなど,基準を設けて発現値が欠損している遺伝子を除去します。

■発現変動遺伝子抽出

ご指定の比較に沿って,倍数変動や統計的な有意な発現変動遺伝子を抽出します。

■GO解析

変動遺伝子に対して特徴的なGO Termを抽出します。

■Pathway解析

変動遺伝子をPathway上にマッピングし,Pathway画像を作成します。統計的に有意なPathwayを絞り込むことができます。

詳しい解析内容は統計解析のページをご参照下さい。

■データ解析の結果の例

Box-plot解析

Box-plotでは発現値に著しく偏りのある試料がないか検証します。

層的クラスタリング

階層的クラスタリングでは試料間の関係性を検証し,群内で傾向の異なる試料がないか検証します。また,試料の類似度比較により,どの試料グループの距離が近いのかを検証します。

PCA解析

PCAでは試料間の関係性を検証し,群内で傾向の異なる試料がないか確認します。

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納品物

●試料QC結果(品質検査結果)

  • total RNA images / cRNA images(ゲル電気泳動波形画像)
  • Sample Data(試料濃度情報)

●Feature Extraction(アレイ実験生データ)

  • Raw Data(数値データ)
  • Image(アレイ画像)
  • QC report(アレイ実験終了品質検査結果)

●解析結果

  • 正規化,変動遺伝子抽出,GO解析,Pathway解析

●解説書(アレイ実験・解析の説明書)

  • クラウド経由での納品または記録媒体(CD/USB/HDD)
解析結果の例

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試料送付について

RNA量 濃度 OD260/280 性状
total RNA(真核・原核) 500 ng以上 50 ng/μl以上 1.5以上 28s/18s:1.8以上
推奨RIN値:7以上
total RNA(微量試料) 500 pg以上
total RNA(FFPE由来) 100 ng以上 10 ng/μl以上

試料量が上記に満たない場合はお気軽にご相談下さい。
組織,細胞等は,DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせ下さい。
送付方法は「サンプル送付方法」をご確認下さい。

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ご注文方法/価格

詳細は当社受託・特注品担当(下記参照)までお問い合わせ下さい。

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マイクロアレイを用いた解析受託サービスの種類

解析受託サービス 解析内容
遺伝子発現解析 Agilent Technologies社のマイクロアレイシステムを用いて,網羅的に遺伝子発現解析を行います。
miRNA発現解析 Agilent Technologies社のマイクロアレイシステムを用いて,MatureなmiRNAの発現解析を行います。
アレイCGH解析 Agilent Technologies社のマイクロアレイシステムを用いて,ゲノムの構造多型のひとつであるCNV(コピー数多型)を検出します。
統計解析(データ解析) マイクロアレイの膨大な発現データからニーズに合わせた解析手法をご提案します。

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