エクソーム解析受託サービス

• 特長
• エクソーム解析の流れ
• データ解析
• 納品物例
• 試料送付について
• ご注文方法／価格
• （株）DNAチップ研究所の次世代シークエンス解析受託サービス

特長

• （株）DNAチップ研究所にて取得の高齢健常コントロール8試料＊1をエクソームデータに混ぜて解析を行います。
  高齢健常コントロールを加えて変異検出することで、日本人に特有の変異やシークエンシングエラーの可能性の高い変異を効果的に取り除くことが可能です。
  ＊1 採血時点において、過去1年の入院歴なし、大病の既往歴なしの70代日本人男性8名（現在の健康状態を保証するものではありません）。
  
  
• 以下の2種類の代表的なパイプラインを使用したダブルパイプラインで解析を行います。
  異なるソフトウェアで共通で検出される変異は、経験的に精度が高いことが知られており、1000 Genomesでも実績のある方法です。また、複数の論文で、変異検出ソフトウェアによる解析結果の違いが報告されています＊2，3。
  　・BWA + Genome Analysis Toolkit（GATK）based pipeline
  　・BWA（通常）／Mosaik（オプショナル） + FreeBayes（FB）based pipeline
  ＊2 BWAとMosaikは、リファレンスゲノムへのアライメントを行うためのソフトウェア、GATKとFBは、変異検出（SNV、InDel）を行うためのソフトウェアです。
  ＊3 通常の解析では、BWAでアライメントを行った結果をもとに、GATKとFBで変異検出を行っています。Mosaikによるアライメントは、オプショナル解析となります。
  
  
• エクソーム解析では1試料あたり数万の変異が検出されます。そこから、目的の変異の絞り込みを行うのは非常に困難であるため、タンパク質に影響を与える変異とアレル頻度情報による変異の絞り込みを行って、結果をお返しします。
• エクソーム解析はゲノムのエクソン領域のみを濃縮して解析します。
• 効率的にエクソン上の変異（Single Nucleotide Variant 、Short Insertion/Deletion：SNV（SNP）/InDel）を検出します。
• 既知の変異だけではなく、未知の変異についても同定することができ、希少疾患の原因遺伝子同定に威力を発揮します。

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エクソーム解析の流れ

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データ解析

• 2種類の解析ソフトウェア（FreeBayesおよびGATK-lite）によるダブルパイプライン解析
• 京都大学HGVDの日本人1,208名分のアレル頻度情報の付与
• タンパク質にインパクトを与える変異とアレル頻度情報による変異の絞り込み
• アミノ酸置換変異のタンパク質への影響予測
• gnomADのアレル頻度情報、最新COSMICなどの充実したアノテーション情報の付加
• （株）DNAチップ研究所取得の日本人高齢健常者のデータ（高齢健常コントロールデータ）を加えた解析
• 腫瘍試料の解析の場合、Strelka somatic variant callerによる腫瘍－正常ペア試料による体細胞変異検出解析を行います。

■高齢健常コントロールデータ

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納品物例

• 試料QC
• bam（アライメントデータ）
• dataQC（FastQC、MultiQC）
• mapping_quality（マッピングのクオリティ）
• original_fastq（FASTQ生データ）
• trimmed_fastq（トリミング済みFASTQファイル）
• 変異解析結果（Excelファイル・VCFファイル）
• 報告書・解説書（PDFファイル）

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試料送付について

二本鎖ゲノムDNA量	DIN値
0.5 μg以上	7以上

ポイント

• 有機溶媒が混入していない、カラム精製をしたDNAをご送付下さい。
• DNAはRNase処理を行い、RNAのコンタミネーションがない状態の試料をご送付下さい。

注意

• 試料量が上記に満たない場合は結果の保証ができませんのでご了承下さい。
• 組織、細胞、FFPEスライドなどからご依頼いただく場合は、DNA / RNA抽出の受託サービスのページをご参照下さい。
• FFPE由来DNAの場合、0.2 μg以上あれば解析が可能です。
  ただし、結果の保証が出来かねますのであらかじめご了承下さい。
  
  • 分解の進んだDNAではライブラリーが得られないことがあります。
  • ライブラリー調製ならびにシークエンスまで問題なく進んでも、データのカバレッジに偏りが出る場合や、データが全く得られない場合があります。

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ご注文方法／価格

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（株）DNAチップ研究所の次世代シークエンス解析受託サービス

解析受託サービス	解析内容
ChIP-Seq解析	転写因子やその他のタンパク質が相互作用するDNAの特定部位を検出し、DNA－タンパク質間の相互作用を解明。
DNAメチレーション解析	メチル化DNAに特異的に結合するタンパク質、抗体を用いてメチル化DNAを濃縮し、回収されたDNAをシークエンスする。
RNA-Seq解析	RNA-Seq法により、mRNAやlincRNAの配列をシークエンスし、発現変動のある遺伝子を同定。
Small RNA-Seq解析	miRNAやスプライシングに関わるとされるsnRNAなどのsmall RNAを次世代シークエンサーにより網羅的に解析。
エクソーム解析	エクソン領域のみを濃縮して解析することにより、効率的にエクソン上の変異 (SNV (SNP)/InDel) を検出。
Cancer Panel解析	がん遺伝子のエクソン領域およびホットスポット領域をPCR増幅し、遺伝子変異を検出。

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