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次世代シークエンス解析 エクソーム解析受託サービス

掲載日情報:2016/06/03 現在Webページ番号:64722

エクソン領域のみを濃縮して解析することにより,効率的にエクソン上の変異 (SNV (SNP)/InDel) を検出するエクソーム受託解析を行います。既知の変異だけではなく,未知の変異についても同定することができ,希少疾患の原因遺伝子同定に威力を発揮します。


エクソーム解析の流れ

  1. 試料の品質チェック
  2. SureSelect, TruAeqを用いたエクソン領域の濃縮
  3. シークエンス用ライブラリー作製
  4. HiSeqによるシークエンス
  5. バイオインフォマティクス解析

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バイオインフォマティクス解析

  • SNV (SNP), InDel変異の効果予測 (アミノ酸置換やフレームシフト等) とアノテーション (遺伝子名やID等) の付与
  • HapMap (dbSNP) の日本人アレル頻度情報と1000人ゲノムプロジェクトの東アジア人 (日本人+中国人) アレル頻度情報等の付与
  • タンパク質にインパクトを与える変異とアレル頻度情報による変異の絞り込み
  • アミノ酸置換変異とフレームシフト変異のタンパク質への影響予測
  • 京都大学HGVDの日本人1,208名分のアレル頻度情報の付与

エクソーム解析では1サンプルあたり数万の変異が検出されます。 そこから,目的の変異の絞り込みを行うのは非常に困難であるため,タンパク質に影響を与える変異とアレル頻度情報による変異の絞り込みを行って,結果をお返しします。


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エクソーム解析の種類

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納品物例

ゲノムビューワ―(IGV)による解析結果

ゲノムビューワ―(IGV)による解析結果

SNV (SNP) / InDel変異の検出結果(エクセル)

SNV (SNP) / InDel変異の検出結果(エクセル)



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試料送付について

DNA量 濃度 OD260/280 OD260/230 性状
6μg以上 50 ng/μl以上 1.5以上 1.0以上 分解が進んでいないこと

注意

  • 試料はNuclease Free Waterに溶解し,ご送付下さい。TEバッファなどのEDTAを含むバッファに溶解した場合,データが取得できない可能性があります。
  • 試料は,冷凍便(冷凍状態)にてお送り下さい。
  • 分解が進んだ試料では,正確なデータが得られない可能性があるため,事前に分解がないことを確認していただく必要があります。電気泳動写真(またはコピー)を添付して下さい。
  • 試料量が上記に満たない場合でも解析は可能ですが,必ず予めご相談下さい。

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ご注文方法/価格

詳細は当社受託・特注品業務担当(下記参照)までお問い合わせ下さい。


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高齢健常コントロール解析

株式会社DNAチップ研究所にて取得の高齢健常コントロール8検体*をエクソームデータに混ぜて解析を行います。
高齢健常コントロールを加えて変異検出することで,日本人に特有の変異やシーケンシングエラーの可能性の高い変異を効果的に取り除くことが可能です。

* 採血時点において,過去1年の入院歴なし,大病の既往歴なしの70代日本人男性8名 (現在の健康状態を保証するものではありません)

京都大学HGVDに見られないレア変異

高齢健常コントロール2検体以上に見られるが,京都大学HGVD (1,208名の日本人のエクソームデータを収録) に見られないレア変異。日本人特有の変異の可能性もあるが,シーケンシングエラーの可能性も高いと考えられる

■実用例

ある疾患患者との変異比較

ある疾患患者との変異比較



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ダブルパイプライン解析

株式会社DNAチップ研究所エクソーム解析 (ヒト,マウス) では,以下の2種類の代表的なパイプラインにより解析を行います。異なるソフトウェアで共通に検出される変異は,経験的に精度が高いことが知られており,1000 Genomesでも実績のある方法です。また,複数の論文で,変異検出ソフトウェアによる解析結果の違いが報告されています。

  • BWA + Genome Analysis Toolkit (GATK) based pipeline
  • BWA (通常) / Mosaik (オプショナル) + FreeBayes (FB) based pipeline

BWAとMosaikは,リファレンスゲノムへのアライメントを行うためのソフトウェアです。
GATKとFBは,変異検出 (SNV, InDel) を行うためのソフトウェアです。
GATKは,ライセンスフリー版のGATK-liteを使用しています。
通常の解析では,BWAでアライメントを行った結果をもとに,GATKとFBで変異検出を行っています。Mosaikによるアライメントは,オプショナル解析となります。

■ダブルパイプライン解析概略図

ダブルパイプライン解析概略図

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がんエクソーム解析

腫瘍組織は正常と腫瘍の細胞が混在し,異質混合性の状態となっています。このため,腫瘍と正常組織のペアでシーケンス解析を実施し,正常組織に元々存在する変異と区別して,体細胞変異検出解析を行います。また,精度の高い体細胞変異検出を行うためには,極めて高いシーケンス深度 (同じ塩基を読む回数) が必要になります。株式会社DNAチップ研究所では100倍以上を推奨しています。

■納品物例

ダブルパイプライン解析概略図

体細胞変異検出 (SNV, InDel) 結果 (エクセル)

複数ペアサンプル間の比較解析結果

複数ペアサンプル間の比較解析結果 (オプショナル解析)


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次世代シークエンス解析受託サービス

解析受託サービス 解析内容
ChIP-Seq解析 転写因子やその他のタンパク質が相互作用するDNAの特定部位を検出し,DNA-タンパク質間の相互作用を解明。
DNAメチレーション解析 メチル化DNAに特異的に結合するタンパク質,抗体を用いてメチル化DNAを濃縮し,回収されたDNAをシークエンスする。
RNA-Seq解析 RNA-Seq法により,mRNAやlincRNAの配列をシークエンスし,発現変動のある遺伝子を同定。
Small RNA-Seq解析 miRNAやスプライシングに関わるとされるsnRNAなどのsmall RNAを次世代シークエンサーにより網羅的に解析。
エクソーム解析 エクソン領域のみを濃縮して解析することにより,効率的にエクソン上の変異 (SNV (SNP)/InDel) を検出。
Cancer Panel解析 がん遺伝子のエクソン領域およびホットスポット領域をPCR増幅し,遺伝子変異を検出。

NGS特集へのリンク

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