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メーカー：	Horizon社Dharmacon製品 OriGene Technologies TransOMIC Technologies
	Horizon社Dharmacon製品(メーカー略称：DHA)のRNAiコレクション，cDNAコレクション，Yeastコレクションなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら OriGene Technologies社(メーカー略称：ORI)のTrueClone / TrueORF / TrueORF Gold cDNAクローンなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら TransOMIC Technologies社(メーカー略称：TOT)のRNAiコレクション，cDNAコレクション，Yeastコレクションなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら
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HOME> 受託サービス・特注品> ゲノミクス・エピジェネティクス> DNAシークエンシング> エクソーム解析受託サービス

エクソーム解析受託サービス

掲載日情報：2022/01/20 現在Webページ番号：64722

ディーエヌエーチップケンキュウショ /
株式会社DNAチップ研究所
[メーカー略称：DNA]

エクソン領域のみを濃縮して解析することにより、効率的にエクソン上の変異（SNV (SNP)/InDel）を検出するエクソーム受託解析を行います。既知の変異だけではなく、未知の変異についても同定することができ、希少疾患の原因遺伝子同定に威力を発揮します。

※本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

特長
エクソーム解析の流れ
データ解析
納品物例
試料送付について
ご注文方法／価格
次世代シークエンス解析受託サービス

特長

品質を問わず10 ng以上のDNAからライブラリーの調製が可能です。
FFPE試料にも対応しています。

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エクソーム解析の流れ

1．試料のクオリティチェック（QC）を行います。

2．試料ゲノムDNAを超音波によりランダムに断片化し、アダプタ・インデックスを使用してライブラリーを調製します。試料とオリゴRNAをハイブリダイズさせ、キャプチャされたDNAだけを濃縮、増幅してライブラリーを調製します。

前処理試薬

SureSelect Human All Exon V6（Agilent社）
SureSelect Human All Exon V7（Agilent社）

ライブラリー調製試薬

SureSelect XT HS 試薬キット（Agilent社）

3．illumina社の次世代シークエンサー（NovaSeq/NextSeq等）によるシークエンス解析を行います。

4．リファレンスゲノムへのアライメントと変異検出を行います。

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データ解析

2種類の解析ソフトウェア（FreeBayes および GATK-lite）によるダブルパイプライン解析
HapMap（dbSNP）の日本人アレル頻度情報と1,000人ゲノムプロジェクトの東アジア人（日本人+中国人）アレル頻度情報等の付加
京都大学HGVDの日本人1,208名分のアレル頻度情報の付与
タンパク質にインパクトを与える変異とアレル頻度情報による変異の絞り込み
アミノ酸置換変異とフレームシフト変異のタンパク質への影響予測
ClinVar、ExAC などの充実したアノテーション情報の付加
（株）DNAチップ研究所取得の日本人高齢健常者を加えたエクソームデータ解析（高齢健常コントロールデータ）を加えた解析
腫瘍試料の解析の場合、Strelka somatic variant callerによる腫瘍－正常ペアサンプルによる体細胞変異検出解析を行います。

■高齢健常コントロールデータ

（株）DNAチップ研究所にて取得の高齢健常コントロール8検体*をエクソームデータに混ぜて解析を行います。
高齢健常コントロールを加えて変異検出することで、日本人に特有の変異やシーケンシングエラーの可能性の高い変異を効果的に取り除くことが可能です。

* 採血時点において、過去1年の入院歴なし、大病の既往歴なしの70代日本人男性8名（現在の健康状態を保証するものではありません）

高齢健常コントロール2検体以上に見られるが、京都大学HGVD (1,208名の日本人のエクソームデータを収録) に見られないレア変異。日本人特有の変異の可能性もあるが、シーケンシングエラーの可能性も高いと考えられる

実用例：ある疾患患者との変異比較

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納品物例

試料QC
bam（アライメントデータ）
dataQC（FastQC、MultiQC）
mapping_quality（マッピングのクオリティ）
original_fastq（FASTQ生データ）
trimmed_fastq（トリミング済みFASTQファイル）
変異解析結果（Excelファイル・VCFファイル）
報告書・解説書（PDFファイル）

ゲノムビューワー（IGV）による解析結果

SNV (SNP) / InDel変異の検出結果（エクセル）

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試料送付について

ゲノムDNA量	濃度	OD260/280	OD260/230	性状	液量
100 ng以上	10 ng/μl以上	1.5以上	1.0以上	分解やRNAのコンタミがないこと	10μl以上

※注意

FFPE由来DNAや微量DNAも解析可能です。お問合せ下さい。
試料量が上記に満たない場合でも解析は可能ですが、必ずあらかじめご相談下さい。
組織、細胞、FFPEスライドなどは、DNA/RNA抽出をご参照いただくか別途お問い合わせ下さい。

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ご注文方法／価格

詳細は当社受託・特注品業務担当（下記参照）までお問い合わせ下さい。

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次世代シークエンス解析受託サービス

解析受託サービス	解析内容
ChIP-Seq解析	転写因子やその他のタンパク質が相互作用するDNAの特定部位を検出し、DNA－タンパク質間の相互作用を解明。
DNAメチレーション解析	メチル化DNAに特異的に結合するタンパク質、抗体を用いてメチル化DNAを濃縮し、回収されたDNAをシークエンスする。
RNA-Seq解析	RNA-Seq法により、mRNAやlincRNAの配列をシークエンスし、発現変動のある遺伝子を同定。
Small RNA-Seq解析	miRNAやスプライシングに関わるとされるsnRNAなどのsmall RNAを次世代シークエンサーにより網羅的に解析。
エクソーム解析	エクソン領域のみを濃縮して解析することにより、効率的にエクソン上の変異 (SNV (SNP)/InDel) を検出。
Cancer Panel解析	がん遺伝子のエクソン領域およびホットスポット領域をPCR増幅し、遺伝子変異を検出。

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お問い合わせ先

（受託・特注品業務担当）

jutaku@funakoshi.co.jp

製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
表示価格に、消費税等は含まれていません。一部価格が予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承下さい。