DNAメチレーション解析受託サービス

• 目次
• メチル化パネル解析（QIAGEN QIAseq Targeted Methyl Panels）受託サービス
• ターゲットBAS解析受託サービス
• ご注文方法／価格
• （株）DNAチップ研究所の次世代シークエンス解析受託サービス

目次

• メチル化パネル解析（QIAGEN QIAseq Targeted Methyl Panels）受託サービス
• ターゲットBAS解析（ターゲットバイサルファイトアンプリコンシークエンス）受託サービス

目次に戻る

メチル化パネル解析（QIAGEN QIAseq Targeted Methyl Panels）受託サービス

■特長

• FFPE試料や循環セルフリー DNA（ccfDNA） にも対応します。
• 微量試料（10 ng～）でも測定可能です。
• 分子バーコードによる正確なメチル化解析を行います。
• illumina社の次世代シークエンサー（MiSeq）で解析します。
• QIAGEN Gene Globe Data Analysis Center （データ解析クラウド）が無償で利用できます（ユーザー登録が必要）。

■メチル化パネルの種類

• QIAseq Targeted Methyl Human Breast Cancer Panel：ヒト肺がんに関連した89遺伝子におけるメチル化を解析
• QIAseq Targeted Methyl Human Colorectal Cancer Panel：ヒト大腸がんに関連した63遺伝子におけるメチル化を解析
• QIAseq Targeted Methyl Immuno-Oncology Panel：がん免疫に関連した68遺伝子におけるメチル化を解析

■メチル化パネル解析受託サービスの流れ

1. 試料のクオリティチェック（QC）を行います。
2. DNAのバイサルファイト変換を行います。バイサルファイト変換により、非メチル化シトシンはウラシル（PCR後チミン）に変換されますが、メチル化シトシンは変換されないため、メチル化を配列上の違いとして検出可能になります。
   バイサルファイト変換試薬：EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kits（QIAGEN社）
3. ターゲット領域の増幅とシーケンスライブラリーの調製を行います。
   ライブラリー調製試薬：QIAseq Targeted Methyl Panel（QIAGEN社）
4. illumina社の次世代シークエンサー（MiSeq）によるシークエンス解析を行います。
5. リファレンスゲノムへのアライメント（マッピング）とメチル化率の算出を行います。

■データ解析

メチル化パネル解析のデータ解析の流れ

■納品物

• original_fastq（FASTQ生データ）
• 試料QC結果
• データ解析結果

■納期

• 試料QC通過後、約1.5か月（データ解析を含む場合は約2か月）。
• 別途パネル試薬の発注に3週間ほどいただきます（正式なご注文後にパネル試薬をメーカーに発注します）。

■試料送付について

DNAの種類	ゲノムDNA量	濃度	OD260/280	OD260/230	性状	液量
組織・細胞 由来DNA	2 ng	0.2 ng/μl以上	1.5以上	1.0以上	分解やRNAのコンタミネーションがないこと	10μl以上
FFPE 由来DNA	20 ng	2 ng/μl以上	1.5以上	1.0以上	RNAのコンタミネーションがないこと	10μl以上

• 試料量が上記に満たない場合はお気軽にご相談下さい。
• 抽出時に使用している有機溶媒が混入していないDNAをご送付下さい。
• DNAはRNase処理を行い、RNAのコンタミネーションがない状態の試料をご送付下さい。
• 組織、細胞、FFPEスライドなどは、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせ下さい。
• 送付方法は「サンプル送付方法」をご確認下さい。

目次に戻る

ターゲットBAS解析受託サービス

■特長

• DNAのバイサルファイト変換後、ご指定のPCRプライマーでターゲット領域の増幅を行います。
• FFPE試料や微量DNA（1ng～） にも対応します。
• illumina社の次世代シークエンサー（MiSeq） で一度に数十の試料を同時に解析することが可能です。

■ターゲットBAS解析受託サービスの流れ

1. 試料のクオリティチェック（QC）を行います。
2. DNAのバイサルファイト変換を行います。バイサルファイト変換により、非メチル化シトシンはウラシル（PCR後チミン）に変換されますが、メチル化シトシンは変換されないため、メチル化を配列上の違いとして検出可能になります。
   バイサルファイト変換試薬：EZ DNA Methylation-Gold Kit（ZYMO RESEARCH社）
3. ご指定のPCRプライマーでターゲット領域の増幅とシークエンスライブラリーの調製を行います。
4. illumina社の次世代シークエンサー（MiSeq）によるシークエンス解析を行います。
5. リファレンスゲノムへのアライメント（マッピング）とメチル化率の算出を行います。

■データ解析

1. 生データ（FASTQファイル）
2. リードトリミング、リファレンスゲノムへのアライメント（マッピング）、メチル化率算出（Bismarkツール）
3. アノテーション付与

■納品物

• original_fastq（FASTQ生データ）
• trimmed_fastq（トリミング済みFASTQ）
• bam（アライメントデータ）
• 試料QC結果
• データ解析結果

■納期

• 試料QC通過後、約1.5か月（データ解析を含む場合は約2か月）。
• PCRプライマーをご提供下さい。PCRプライマーを（株）DNAチップ研究所で合成する場合は、別途1～2週間いただきます（配列や論文情報をお知らせ下さい）。

■試料送付について

DNAの種類	ゲノムDNA量	濃度	OD260/280	OD260/230	性状	液量
組織・細胞 由来DNA	200 ng	10 ng/μl以上	1.5以上	1.0以上	分解やRNAのコンタミネーションがないこと	20μl以上
FFPE 由来DNA	400 ng	20 ng/μl以上	1.5以上	1.0以上	RNAのコンタミネーションがないこと	20μl以上

• 試料量が上記に満たない場合はお気軽にご相談下さい。
• FFPE試料から抽出したゲノム DNA の場合は400 ng以上ご用意下さい。
• 抽出時に使用している有機溶媒が混入していないDNAをご送付下さい。
• DNAはRNase処理を行い、RNAのコンタミネーションがない状態の試料をご送付下さい。
• 組織、細胞、FFPEスライドなどは、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせ下さい。
• 送付方法は「サンプル送付方法」をご確認下さい。

目次に戻る

ご注文方法／価格

目次に戻る

（株）DNAチップ研究所の次世代シークエンス解析受託サービス

解析受託サービス	解析内容
ChIP-Seq解析	転写因子やその他のタンパク質が相互作用するDNAの特定部位を検出し、DNA－タンパク質間の相互作用を解明。
DNAメチレーション解析	メチル化DNAに特異的に結合するタンパク質、抗体を用いてメチル化DNAを濃縮し、回収されたDNAをシークエンスする。
RNA-Seq解析	RNA-Seq法により、mRNAやlincRNAの配列をシークエンスし、発現変動のある遺伝子を同定。
Small RNA-Seq解析	miRNAやスプライシングに関わるとされるsnRNAなどのsmall RNAを次世代シークエンサーにより網羅的に解析。
エクソーム解析	エクソン領域のみを濃縮して解析することにより、効率的にエクソン上の変異 (SNV (SNP)/InDel) を検出。
Cancer Panel解析	がん遺伝子のエクソン領域およびホットスポット領域をPCR増幅し、遺伝子変異を検出。

目次に戻る