miRNA-Seq / Small RNA-Seq解析受託サービス（ヒト／マウス）
掲載日情報：2022/01/20 現在Webページ番号：64721
遺伝子発現に大きく影響を与えることが知られているmiRNA，および生殖細胞におけるトランスポゾン抑制に関わるpiRNA，およびmiRNAを含むSmall RNAの発現量比較や標的遺伝子予測などを行う受託サービスです。
Small RNAは，non-coding RNA（ncRNA）の一種です。遺伝子発現に大きく影響を与えることが知られているmiRNA やスプライシングに関わるとされるsmall nuclear RNA （snRNA） などのSmall RNAを網羅的に解析します。
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特長
- 各種試料に対応しています。微量試料の解析に力を入れており，特にエクソソーム由来Small RNAを用いた解析の実績が豊富です。
- 細胞・組織由来のtotal RNA
- 血清・血漿 由来total RNA
- 血中エクソソームRNA
- 血中cfRNA
- 解析対象に応じて下記のキットをご利用いただけます。
- miRNA-seq (miRNA、piRNA) QIAseq miRNA Library Kit（Qiagen社）
※ 分子バーコードUnique Molecular Indices（UMI）対応 - Small RNA-seq（miRNA，siRNA，piRNA，scRNA，snoRNA）SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina（Clontech社）
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解析の流れ
- 試料のクオリティチェック（QC）を行います。
- miRNAまたはSmall RNAを対象としたシークエンスライブラリーを調製します。
ライブラリー調製試薬
QIAseq miRNA Library Kit（Qiagen社）
SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina（Clontech社） - 調製したシークエンスライブラリーはQC後，illumina社の次世代シークエンサー（NextSeq 500，NovaSeq 6000，Hiseq Xなど）でシークエンスします。
- シークエンス後のデータは、リファレンスゲノムにアライメント（マッピング）後，発現量を定量化（正規化）し，アノテーション情報を含むExcel形式のファイルを作成します。デフォルトでは、TMMで定量化します。ご要望に応じて、Small RNAの分類、発現変動遺伝子抽出、時系列解析、ターゲット遺伝子予測などの解析を実施します。
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データ解析
miRNAの解析（ ライブラリー調整キット：QIAseq miRNA Library Kit ）
Small RNAの解析（ ライブラリー調整キット：SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina）
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納品物例
miRNAの解析（ ライブラリー調整キット：QIAseq miRNA Library Kit ）
- original_fastq（FASTQ生データ）
- 試料QC結果（品質検査結果）
- データQC結果（FastQC，MultiQC）
- データ解析結果（正規化，変動miRNA抽出，標的遺伝子予測，GO解析，Pathway解析）
Small RNAの解析（ ライブラリー調整キット：SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina）
- original_fastq（FASTQ生データ）
- Trimmed_fastq（トリミング済みFASTQ）
- Bam（アライメントデータ）
- サンプルQC結果（品質検査結果）
- データQC結果（FastQC，MultiQC）
- データ解析結果（正規化、変動miRNA抽出、変動Small RNA抽出、標的遺伝子予測、GO解析、Pathway解析）
※ USBメモリ等の記憶媒体もしくはクラウド経由で納品します。
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必要試料量について
| RNA量 | 濃度 | OD260/280 | RIN値 | 送付液量 | |
|---|---|---|---|---|---|
| total RNA （microRNA含む） |
1μg以上 | 100 ng/μl以上 | 1.5以上 | 8以上 | 10μl以上 |
| 濃縮 Small RNA |
500 ng以上 | 50 ng/μl以上 | 1.5以上 | － | 10μl以上 |
| エクソソーム分画由来 total RNA（miRNA含む） |
1 ng程度*1 | － | － | － | 10μl以上 |
| RNA抽出する 血清または血漿 |
－ | － | － | － | 400μl以上 |
| エクソソーム分画 | *2 | － | － | － | *2 |
| エクソソーム分離後 にRNA抽出をし miRNA-seqをする 血清・血漿・培養上清 |
－ | － | － | － | 細胞培養上清：15 ml以上 血清・血漿：2 ml以上 |
*1 エクソソーム分画由来total RNAは1 ngからシークエンスライブラリー調製が可能ですが，全量で10 ngを下回る試料はクオリティチェックが実施できません。ご注意下さい。
*2 超遠心等で分画したエクソソーム分画の送付量については，あらかじめご相談下さい。
※ RNA抽出の際はカラムを使用し，有機溶媒が混入しないようにして下さい。
※ 試料量が上記に満たない場合でも解析は可能ですが，必ずあらかじめご相談下さい。
※ 採血の際に使用する抗凝固剤はEDTAをお使い下さい。ヘパリン使用の場合には、ヘパリナーゼ処理が必要になります。
※ 培養上清からエクソソームを分離して解析を行う場合，FBSにはウシ由来エクソソームが含まれているのでFBSフリーで培養することをおすすめします。FBSフリーでの培養が困難な場合，ウシ胎児血清中のエクソソームを除去するキットのご利用をおすすめします。
※ 送付方法は「サンプル送付方法」をご確認下さい。
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ご注文方法／価格
詳細は当社受託・特注品担当（下記参照）までお問い合わせ下さい。
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次世代シークエンス解析受託サービス
| 解析受託サービス | 解析内容 |
|---|---|
| ChIP-Seq解析 | 転写因子やその他のタンパク質が相互作用するDNAの特定部位を検出し，DNA－タンパク質間の相互作用を解明。 |
| DNAメチレーション解析 | メチル化DNAに特異的に結合するタンパク質，抗体を用いてメチル化DNAを濃縮し，回収されたDNAをシークエンスする。 |
| RNA-Seq解析 | RNA-Seq法により，mRNAやlincRNAの配列をシークエンスし，発現変動のある遺伝子を同定。 |
| Small RNA-Seq解析 | miRNAやスプライシングに関わるとされるsnRNAなどのsmall RNAを次世代シークエンサーにより網羅的に解析。 |
| エクソーム解析 | エクソン領域のみを濃縮して解析することにより，効率的にエクソン上の変異 (SNV (SNP)/InDel) を検出。 |
| Cancer Panel解析 | がん遺伝子のエクソン領域およびホットスポット領域をPCR増幅し，遺伝子変異を検出。 |
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