HOME> 受託サービス・特注品> ゲノミクス・エピジェネティクス> DNAシークエンシング> miRNA-Seq / Small RNA-Seq解析受託サービス(ヒト/マウス)

miRNA-Seq / Small RNA-Seq解析受託サービス(ヒト/マウス)

掲載日情報:2022/01/20 現在Webページ番号:64721

遺伝子発現に大きく影響を与えることが知られているmiRNA,および生殖細胞におけるトランスポゾン抑制に関わるpiRNA,およびmiRNAを含むSmall RNAの発現量比較や標的遺伝子予測などを行う受託サービスです。
Small RNAは,non-coding RNA(ncRNA)の一種です。遺伝子発現に大きく影響を与えることが知られているmiRNA やスプライシングに関わるとされるsmall nuclear RNA (snRNA) などのSmall RNAを網羅的に解析します。


特長

  • 各種試料に対応しています。微量試料の解析に力を入れており,特にエクソソーム由来Small RNAを用いた解析の実績が豊富です。
    • 細胞・組織由来のtotal RNA
    • 血清・血漿 由来total RNA
    • 血中エクソソームRNA
    • 血中cfRNA
  • 解析対象に応じて下記のキットをご利用いただけます。
    • miRNA-seq (miRNA、piRNA) QIAseq miRNA Library Kit(Qiagen社)
      分子バーコードUnique Molecular Indices(UMI)対応
    • Small RNA-seq(miRNA,siRNA,piRNA,scRNA,snoRNA)SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina(Clontech社)

目次に戻る

解析の流れ

  1. 試料のクオリティチェック(QC)を行います。
  2. miRNAまたはSmall RNAを対象としたシークエンスライブラリーを調製します。
    ライブラリー調製試薬
    QIAseq miRNA Library Kit(Qiagen社)
    SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina(Clontech社)
  3. 調製したシークエンスライブラリーはQC後,illumina社の次世代シークエンサー(NextSeq 500,NovaSeq 6000,Hiseq Xなど)でシークエンスします。
  4. シークエンス後のデータは、リファレンスゲノムにアライメント(マッピング)後,発現量を定量化(正規化)し,アノテーション情報を含むExcel形式のファイルを作成します。デフォルトでは、TMMで定量化します。ご要望に応じて、Small RNAの分類、発現変動遺伝子抽出、時系列解析、ターゲット遺伝子予測などの解析を実施します。

目次に戻る

データ解析

miRNAの解析( ライブラリー調整キット:QIAseq miRNA Library Kit )

miRNAの解析データ解析
  1. リードの品質の評価を行います。
  2. QIAGEN社クラウドサーバー(GeneGlobe Data Analysis Center)により,シークエンスで得られたリードをリファレンスゲノムにアライメント(マッピング)後,分子バーコード(UMIs)によるPCR重複の除去を行い,リードカウントをします。
  3. small RNA組成の分類を行います。
  4. 試料間のリードカウントを補正するために正規化(TMM等)を行います。
  5. 階層的クラスタリングと主成分分析(PCA)を行います(6試料以上の場合)。
  6. ご指定の比較に沿って,変動するmiRNA等を抽出します。
  7. miRNAが標的とする遺伝子予測を行います。
  8. 予測された遺伝子リストについてGO解析で特徴的なGO Termを抽出します。
  9. 予測された結果をもとに得られた全遺伝子をPathway上にマッピングし,Pathway画像を作成します。さらに予測された遺伝子を有意に多く含むPathwayを絞り込むことができます。

解析内容は統計解析(データ解析)のページをご参照下さい。

Small RNAの解析( ライブラリー調整キット:SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina)

Small RNAの解析データ解析
  1. リードの品質の評価を行います。
  2. シークエンスで得られたリードをリファレンスゲノムにアライメント(マッピング)します。
  3. small RNA組成の分類を行います。
  4. 試料間のリードカウントを補正するために正規化(TMM等)を行います。
  5. 階層的クラスタリングと主成分分析(PCA)を行います(6試料以上の場合)。
  6. ご指定の比較に沿って,変動するmiRNAおよびSmall RNA等を抽出します。
  7. miRNAが標的とする遺伝子予測を行います。
  8. 予測された遺伝子リストについてGO解析で特徴的なGO Termを抽出します。
  9. 予測された結果をもとに得られた全遺伝子をPathway上にマッピングし,Pathway画像を作成します。さらに予測された遺伝子を有意に多く含むPathwayを絞り込むことが出来ます。

解析内容は統計解析(データ解析)のページをご参照下さい。

目次に戻る

納品物例

miRNAの解析( ライブラリー調整キット:QIAseq miRNA Library Kit )

  • original_fastq(FASTQ生データ)
  • 試料QC結果(品質検査結果)
  • データQC結果(FastQC,MultiQC)
  • データ解析結果(正規化,変動miRNA抽出,標的遺伝子予測,GO解析,Pathway解析)

Small RNAの解析( ライブラリー調整キット:SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina)

  • original_fastq(FASTQ生データ)
  • Trimmed_fastq(トリミング済みFASTQ)
  • Bam(アライメントデータ)
  • サンプルQC結果(品質検査結果)
  • データQC結果(FastQC,MultiQC)
  • データ解析結果(正規化、変動miRNA抽出、変動Small RNA抽出、標的遺伝子予測、GO解析、Pathway解析)

USBメモリ等の記憶媒体もしくはクラウド経由で納品します。

Small RNA の分類結果析

Small RNA の分類結果

Fold changeによる変動Small RNA / miRNAの抽出結果

Fold changeによる変動Small RNA / miRNAの抽出結果

Small RNAのリードカウント正規化(定量化)

Small RNAのリードカウント正規化(定量化)


目次に戻る

必要試料量について

RNA量 濃度 OD260/280 RIN値 送付液量
total RNA
(microRNA含む)
1μg以上 100 ng/μl以上 1.5以上 8以上 10μl以上
濃縮
Small RNA
500 ng以上 50 ng/μl以上 1.5以上 10μl以上
エクソソーム分画由来
total RNA(miRNA含む)
1 ng程度*1 10μl以上
RNA抽出する
血清または血漿
400μl以上
エクソソーム分画 *2 *2
エクソソーム分離後
にRNA抽出をし
miRNA-seqをする
血清・血漿・培養上清
細胞培養上清:15 ml以上
血清・血漿:2 ml以上

*1 エクソソーム分画由来total RNAは1 ngからシークエンスライブラリー調製が可能ですが,全量で10 ngを下回る試料はクオリティチェックが実施できません。ご注意下さい。
*2 超遠心等で分画したエクソソーム分画の送付量については,あらかじめご相談下さい。
RNA抽出の際はカラムを使用し,有機溶媒が混入しないようにして下さい。
試料量が上記に満たない場合でも解析は可能ですが,必ずあらかじめご相談下さい。
※ 採血の際に使用する抗凝固剤はEDTAをお使い下さい。ヘパリン使用の場合には、ヘパリナーゼ処理が必要になります。
培養上清からエクソソームを分離して解析を行う場合,FBSにはウシ由来エクソソームが含まれているのでFBSフリーで培養することをおすすめします。FBSフリーでの培養が困難な場合,ウシ胎児血清中のエクソソームを除去するキットのご利用をおすすめします。
送付方法は「サンプル送付方法」をご確認下さい。


目次に戻る

ご注文方法/価格

詳細は当社受託・特注品担当(下記参照)までお問い合わせ下さい。


目次に戻る

次世代シークエンス解析受託サービス

解析受託サービス 解析内容
ChIP-Seq解析 転写因子やその他のタンパク質が相互作用するDNAの特定部位を検出し,DNA-タンパク質間の相互作用を解明。
DNAメチレーション解析 メチル化DNAに特異的に結合するタンパク質,抗体を用いてメチル化DNAを濃縮し,回収されたDNAをシークエンスする。
RNA-Seq解析 RNA-Seq法により,mRNAやlincRNAの配列をシークエンスし,発現変動のある遺伝子を同定。
Small RNA-Seq解析 miRNAやスプライシングに関わるとされるsnRNAなどのsmall RNAを次世代シークエンサーにより網羅的に解析。
エクソーム解析 エクソン領域のみを濃縮して解析することにより,効率的にエクソン上の変異 (SNV (SNP)/InDel) を検出。
Cancer Panel解析 がん遺伝子のエクソン領域およびホットスポット領域をPCR増幅し,遺伝子変異を検出。

NGS特集へのリンク

目次に戻る

製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
表示価格に、消費税等は含まれていません。一部価格が予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承下さい。