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TIPS & TRICKS FOR RNA ISOLATION(Zymo Research社)
RNA抽出を成功させるためのコツやヒントをご紹介! TIPS & TRICKS FOR RNA ISOLATION(Zymo Research社)
掲載日情報:2024/07/05 現在Webページ番号:71735
RNA抽出には困難な作業が伴います。また、よくある問題として、RNAの分解、低収量、低純度、DNAのコンタミネーションなどが挙げられます。さらに、試料の種類によってはRNA抽出の際に、考慮すべき点があります。例えば、微生物(グラム陽性/陰性菌、真菌、古細菌など)は、化学的・酵素的な方法では溶解しきれない丈夫な細胞壁を持っていることがあります。また、糞便や植物などの試料には、RNAと共沈し、RT-qPCRなどの下流の解析に影響を及ぼす可能性のある阻害物質(ポリフェノール、フミン酸/フルボ酸、タンニンなど)が含まれています。
そこで本記事では、RNA抽出のコツ、特にDNAを含まない高品質のRNAを最大限に抽出するための方法をご紹介します。
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ZYMO RESEARCH(ZYR)
試料採取後のRNAの安定化
RNAを安定化させる最もよい方法
- RNaseを不活性化する溶解バッファー(TRIzol、RNA lysis bufferなど)で直ちに試料を溶解する方法。試料はすぐにRNA抽出処理または、凍結保存をすることができます。
- ヌクレアーゼを不活性化し、核酸を常温で長期保存可能な安定化試薬(DNA/RNA Shieldなど)に溶解する方法。野外での試料採取や貴重な生体試料(組織、血液など)を採取する際に特に有用です。
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試料の十分な溶解
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コンタミネーションしたDNAを取り除くには?
DNAのコンタミネーションを確認する最も効率的な方法は、RNAをアガロースゲル、Agilent TapeStationなどで可視化し、28SリボソームRNAのバンドの上に高分子量のDNA断片がないか調べることです(図2)。また、qPCRやQubitのような方法でも確認することができるので、DNAのコンタミネーションに影響を受けやすいRNA-seqなどの高感度なアプリケーションを行う際は実施することをおすすめします。
Zymo Research社では、コンタミネーションしたDNAを除去すると同時に、RNAを結合/抽出するバッファーカラムシステムによる、革新的なRNA抽出キットを開発しました。これらのRNA抽出キットには、オンカラム処理用のDNase Iが付属しているので、RNA抽出後のDNase処理やクリーンアップ作業が不要になり、RNA抽出から下流のアプリケーションまでの工程が効率化されます。
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最適なRNA抽出キットの選び方
下表をご参考に最適なキットをお選び下さい。また、不明な点がございましたら、当社テクニカルサポート部(試薬担当)までお問い合わせ下さい。
キット名をクリックすると詳細情報がご覧いただけます。
適用試料 | 推奨キット | |
---|---|---|
Total RNA抽出/精製 (低分子RNAを含む) |
酸性グアニジンチオシアネート/フェノール法で溶解した試料 | Direct-zol RNA Kit |
血液、培養細胞、組織、その他の生物学的液体 | Quick RNA Kit | |
ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)新鮮/凍結組織 | Quick RNA FFPE Kit | |
Total RNA抽出/精製 | 哺乳動物の全血、血漿*1、血清、末梢血単核細胞、軟膜 | Quick RNA Whole Blood Kit |
尿 | ZR Urine RNA Isolation Kit | |
新鮮な組織、パラフィン包埋組織 | Pinpoint Slide RNA Isolation System | |
cell-free RNA 抽出/精製 |
血漿、血清、脳脊髄液または羊水*2 | Quick cfRNA Serum & Plasma Kit |
ウイルス RNA抽出/精製 |
血清、血漿、唾液、尿、血液、細胞培養液、細胞懸濁液、生検、スワブ、糞便など | Quick RNA Viral Kit |
バクテリア、菌類 RNA抽出/精製 |
バクテリア、酵母および菌類 | Quick RNA Fungal/Bacterial Microprep Kit |
微生物RNA抽出/精製 (低分子RNAを含む) |
哺乳類の糞便、土壌、植物/種子、細菌/真菌細胞、バイオフィルムや水などの広範な試料中の細菌、真菌類、原生動物、藻類、ウイルス、ミトコンドリア | ZymoBIOMICS RNA Miniprep Kit |
植物RNA抽出/精製 (低分子RNAを含む) |
広範囲な植物種におけるさまざまな器官 | Quick RNA Plant Miniprep Kit |
昆虫RNA抽出/精製 | ショウジョウバエをはじめとするさまざまな昆虫および節足動物 | Quick RNA Tissue/Insect Microprep Kit |
クリーンアップ/濃縮 | 酵素/標識反応試料、ショ糖密度勾配遠心分画試料、酸性フェノール抽出後の水相 | RNA Clean & Concentrator Kit |
アガロースゲル | Zymoclean Gel RNA Recovery Kit | |
阻害物質除去 | 土壌、植物、皮膚、糞便から調製したDNAやRNAなど | OneStep PCR Inhibitor Removal Kit |
RNA安定化 | 細胞、組織、微生物、血液、唾液、尿、糞便など | DNA / RNA Shield |
*2 あらかじめ試料中の細胞残渣、細胞破片および粒子を遠心分離(12,000×g)で除去して下さい。凍結融解後に試料中に沈降物が観察される場合には、消化前に再度遠心分離で除去して下さい。
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関連製品
製品名をクリックすると、詳細情報をご覧いただけます。
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製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
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