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少量の精製セルフリーDNAの増幅を行えるキット TruePrime Necrotic Cell-free / Exosomal DNA Amplification Kit

掲載日情報:2018/01/30 現在Webページ番号:68004

血漿,血清,尿,脳脊髄液などの液体生検試料(Liquid Biopsy)から精製したセルフリーDNAの増幅を行えるキットです。セルフリーDNA中に含まれる腫瘍細胞由来の長鎖DNA断片(循環腫瘍細胞由来DNA:ctDNAが主成分)を優先的に増幅するため,本キットで増幅したDNAを用いての腫瘍マーカーDNAの解析に有用です(下記,使用例参照)。

本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
全ゲノム増幅(WGA)率を迅速に確認できるPCRキットCovCheckについてはこちらをご覧下さい。

使用例

使用例

S状結腸未分化腺がん(ステージ:T4a M1a L1 G4)患者の腫瘍生検由来DNAおよびセルフリーDNAを用いて,がん関連50遺伝子についてSNV(一塩基多様性)をシークエンシングにより確認した。
未増幅のセルフリーDNA(右)と比べて,本キットで増幅したセルフリーDNA(左)は,検出された腫瘍生検由来DNAの割合,カバー率が高いことが判る。

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特長

  • ネクローシスを起こした細胞や細胞外小胞由来の1kb以上の長鎖DNAの増幅に適しています。
  • 100 pgのセルフリーDNAから,再現性高く増幅DNAを得られます。
  • 合成ランダムプライマーを用いないため,これに起因する不規則な伸張反応による影響がありません(MEMO参照)。
  • バイアスが少なく,かつゲノムのカバー率が高い増幅DNAが得られ,PCR,次世代シークエンシングでの使用に適しています。
  • 得られた増幅DNAは異なるシークエンシング法を用いて解析しても,SNV(一塩基多様性)および各SNVの存在頻度が保たれています。
  • がん発生,がん再発検出用の新規マーカー候補となりうる,血漿試料中に含まれる未知の腫瘍由来DNAの探索にも有用です。

MEMO

TruePrimeテクノロジーとは


Phi29 DNA polymeraseを用いたDNA増幅方法はMultiple strand Displacement Amplification (MDA)法と呼ばれ,単一細胞からの均一なDNA増幅が可能な方法として注目されています。しかし,合成ランダムプライマーを使用することから,プライマー由来のバイアスが生じることが知られています。

SYGNIS社は,Phi29 DNA polymerasと新規のDNAプライマーゼTthPrimPolを組み合わせ,ランダムプライマーによるアーティファクトや,外部DNA汚染の影響を低減したキットを開発しました。

TruePrimeシステムによるDNA増幅の模式図
  1. TthPrimPolプライマーゼ(赤四角)が変性DNAの異なる部位に結合する。
  2. TthPrimPolが,短いDNAプライマーを合成する。
  3. Phi29 DNAポリメラーゼ(青丸)がTthPrimPolと置き換わり,合成を開始する。
  4. Phi29 DNAポリメラーゼが,鎖置換を起こす。
  5. TthPrimPolが新生DNAに結合し,新しいDNAプライマーを合成する。
  6. Phi29 DNAポリメラーゼがTthPrimPolと置き換わり,DNAプライマーと結合し,合成を開始する。

参考文献

  • Zafar M. K., et al, Biochemistry, 53 (41), 6584-6594 (2014).
  • Helleday T., Nat. Struct. Mol. Biol., 20, 1348-1350 (2013).
  • Garcia-Gomez S., et al, Mol. cell, 52 (4), 541-553 (2013).

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操作方法概略

プライマーを用いず少量の精製ゲノムDNAから全ゲノム増幅を行えるキットの操作方法
  1. 精製DNA試料とLysis bufferを加える。
  2. 室温で3分間インキュベートする。
  3. Neutralization bufferを加え中和する。
  4. Amplification mixを加える。
  5. 30℃で3時間インキュベーションする。
  6. 65℃で10分加熱し酵素を失活させる。

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キット内容

  • Buffer D, N
  • Reaction buffer
  • dNTPs
  • H2O
  • Enzyme 1, 2

液体生検試料からセルフリーDNAを精製するキットおよび,本キットで増幅したDNAの定量に用いるキット・装置等が別途必要です。

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価格

[在庫・価格 :2019年08月24日 00時14分現在]

※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。
詳細 商品名
  • 商品コード
  • メーカー
  • 包装
  • 価格
  • 在庫
  • 法規制等
納期 文献数 リスト
TruePrime Necrotic cell-free/exosomal DNA amplification kit (25 reactions)
3週間程度  0 追加
説明文
血漿,血清,尿,脳脊髄液などの液体生検試料(Liquid Biopsy)から精製したセルフリーDNA(約1kb以上の長鎖DNA)の増幅を行えるキット。ランダムプライマーを用いないため,ランダムプライマーによるアーティファクトや外部DNA汚染の影響を低減できる。
法規制等
保存条件 -80℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2018年7月1日号 p.15
ニュース2018年4月1日号 p.26

製品記事
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[在庫・価格 :2019年08月24日 00時14分現在]

※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。

TruePrime Necrotic cell-free/exosomal DNA amplification kit (25 reactions)

文献数:0

  • 商品コード:330025
  • メーカー:SYN
  • 包装:1kit
  • 価格:¥140,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

説明文 血漿,血清,尿,脳脊髄液などの液体生検試料(Liquid Biopsy)から精製したセルフリーDNA(約1kb以上の長鎖DNA)の増幅を行えるキット。ランダムプライマーを用いないため,ランダムプライマーによるアーティファクトや外部DNA汚染の影響を低減できる。
法規制等
保存条件 -80℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2018年7月1日号 p.15
ニュース2018年4月1日号 p.26

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関連製品:CovCheck

全ゲノム増幅(WGA)率を迅速に確認できるPCRキットです。

  • Ready-to-useの96ウェルフォーマットです。
  • キットにはエンドポイントPCRプライマーとホットスタートTaqポリメラーゼが含まれます。
  • ヒト染色体の各領域を増幅する24種類のプライマーセットが含まれ,一度に4つのゲノムが検定できます。
  • 結果はアガロース電気泳動などで簡単に確認できます。
  • CovCheck

    ■ CovCheckの使用例

    CovCheck

    TruePrime Single Cell WGA Kitを用いてヒトゲノムDNA(上)とHEK293細胞(下)を鋳型としたPCRを行い,電気泳動したところ,300~400 bpの増幅産物が得られた。用いたHEK293細胞は女性由来だったため,Y染色体部分の増幅が見られない。

    ■ CovCheckの価格

    [在庫・価格 :2019年08月24日 00時14分現在]

    ※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。
    詳細 商品名
    • 商品コード
    • メーカー
    • 包装
    • 価格
    • 在庫
    • 法規制等
    納期 文献数 リスト
    CovCheck Kit (4reactions)
    3週間程度  0 追加
    説明文
    全ゲノム増幅(WGA)率を迅速に確認できるPCRキット。
    法規制等
    保存条件 -80℃ 法規備考
    掲載カタログ ニュース2017年12月1日号 p.9

    製品記事 TruePrime Single Cell WGA Kit
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    [在庫・価格 :2019年08月24日 00時14分現在]

    ※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。

    CovCheck Kit (4reactions)

    文献数:0

    • 商品コード:CVC0004
    • メーカー:SYN
    • 包装:1kit
    • 価格:¥96,000
    • 在庫:無(未発注)
    • 納期:3週間程度 
    • 法規制等:

    説明文 全ゲノム増幅(WGA)率を迅速に確認できるPCRキット。
    法規制等
    保存条件 -80℃ 法規備考
    掲載カタログ ニュース2017年12月1日号 p.9

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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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