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少量の精製セルフリーDNAの増幅を行えるキット TruePrime Necrotic Cell-free / Exosomal DNA Amplification Kit

掲載日情報:2018/01/30 現在Webページ番号:68004

血漿、血清、尿、脳脊髄液などの液体生検試料(Liquid Biopsy)から精製したセルフリーDNAの増幅を行えるキットです。セルフリーDNA中に含まれる腫瘍細胞由来の長鎖DNA断片(循環腫瘍細胞由来DNA:ctDNAが主成分)を優先的に増幅するため、本キットで増幅したDNAを用いての腫瘍マーカーDNAの解析に有用です(下記、使用例参照)。

使用例

使用例

S状結腸未分化腺がん(ステージ:T4a M1a L1 G4)患者の腫瘍生検由来DNAおよびセルフリーDNAを用いて、がん関連50遺伝子についてSNV(一塩基多様性)をシークエンシングにより確認した。
未増幅のセルフリーDNA(右)と比べて、本キットで増幅したセルフリーDNA(左)は、検出された腫瘍生検由来DNAの割合、カバー率が高いことが判る。

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特長

  • ネクローシスを起こした細胞や細胞外小胞由来の1kb以上の長鎖DNAの増幅に適しています。
  • 100 pgのセルフリーDNAから、再現性高く増幅DNAを得られます。
  • 合成ランダムプライマーを用いないため、これに起因する不規則な伸張反応による影響がありません(MEMO参照)。
  • バイアスが少なく、かつゲノムのカバー率が高い増幅DNAが得られ、PCR、次世代シークエンシングでの使用に適しています。
  • 得られた増幅DNAは異なるシークエンシング法を用いて解析しても、SNV(一塩基多様性)および各SNVの存在頻度が保たれています。
  • がん発生、がん再発検出用の新規マーカー候補となりうる、血漿試料中に含まれる未知の腫瘍由来DNAの探索にも有用です。

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TruePrime法とは

Phi29 DNA polymeraseを用いたDNA増幅方法はMultiple strand Displacement Amplification (MDA)法と呼ばれ、単一細胞からの均一なDNA増幅が可能な方法として注目されています。しかし、合成ランダムプライマーを使用することから、プライマー由来のバイアスが生じることが知られています。

4basebio社は、Phi29 DNA polymerasと新規のDNAプライマーゼTthPrimPolを組み合わせ、ランダムプライマーによるアーティファクトや、外部DNA汚染の影響を低減したキットを開発しました。


TruePrimeシステムによるDNA増幅の模式図
  1. TthPrimPol (赤四角) が変性DNAの異なる部位に結合する。
  2. TthPrimPolが、短いDNAプライマーを合成する。
  3. Phi29 DNAポリメラーゼ (青丸) がTthPrimPolと置き換わり、合成を開始する。
  4. Phi29 DNAポリメラーゼが、鎖置換を起こす。
  5. TthPrimPolが新生DNAに結合し、新しいDNAプライマーを合成する。
  6. Phi29 DNAポリメラーゼがTthPrimPolと置き換わり、DNAプライマーと結合し、合成を開始する。

参考文献

  • Zafar M. K., et al, Biochemistry, 53 (41), 6584-6594 (2014).
  • Helleday T., Nat. Struct. Mol. Biol., 20, 1348-1350 (2013).
  • Garcia-Gomez S., et al, Mol. cell, 52 (4), 541-553 (2013).


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操作方法概略

プライマーを用いず少量の精製ゲノムDNAから全ゲノム増幅を行えるキットの操作方法
  1. 精製DNA試料とLysis bufferを加える。
  2. 室温で3分間インキュベートする。
  3. Neutralization bufferを加え中和する。
  4. Amplification mixを加える。
  5. 30℃で3時間インキュベーションする。
  6. 65℃で10分加熱し酵素を失活させる。


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TruePrimeキットシリーズ

各製品の詳細は品名をクリックして下さい。

品名用途
TruePrime Necrotic Cell-free / Exosomal DNA Amplification Kitネクローシス細胞やエクソソーム由来の少量の精製cfDNAを増幅するキット
TruePrime Apoptic Amplification Kitアポトーシス由来の長さ160~170 bpの断片化されたcfDNAを増幅するするキット
TruePrime WGA Kit少量の精製DNAから全ゲノム増幅するキット
TruePrime Single Cell WGA Kitシングルセルから全ゲノム増幅するキット
TruePrime RCA Kit 一本鎖または二本鎖環状DNAの増幅を行えるキット

NGS特集へのリンク
cfDNA特集へのリンク
Exosome(エキソソーム、エクソソーム)特集バナー

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キット内容

  • Buffer D, N
  • Reaction buffer
  • dNTPs
  • H2O
  • Enzyme 1, 2

液体生検試料からセルフリーDNAを精製するキットおよび、本キットで増幅したDNAの定量に用いるキット・装置等が別途必要です。


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4basebio社製品ご購入のご注意

本製品は、ご注文時に専用のMTA(Material Transfer Agreement)が必要です。必要事項をご記入の上、販売店担当者にお渡し下さい。


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価格

[在庫・価格 :2024年03月19日 11時15分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。
詳細 商品名
  • 商品コード
  • メーカー
  • 包装
  • 価格
  • 在庫
  • 法規制等
納期 文献数
TruePrime Necrotic cell-free/exosomal DNA amplification kit (25 reactions)
3~4週間 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
※MTAが必要です。※輸入諸費用(120,000円)を別途いただく製品です。 血漿,血清,尿,脳脊髄液などの液体生検試料(Liquid Biopsy)から精製したセルフリーDNA(約1kb以上の長鎖DNA)の増幅を行えるキット。ランダムプライマーを用いないため,ランダムプライマーによるアーティファクトや外部DNA汚染の影響を低減できる。
法規制等
保存条件 -20℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2022年12月1日号 p.3
ニュース2022年10月15日号 p.35

製品記事 次世代シークエンス(NGS)関連製品特集
関連記事 リキッドバイオプシー(Liquid Biopsy)研究用製品特集

[在庫・価格 :2024年03月19日 11時15分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。

TruePrime Necrotic cell-free/exosomal DNA amplification kit (25 reactions)

文献数: 0

説明文 ※MTAが必要です。※輸入諸費用(120,000円)を別途いただく製品です。 血漿,血清,尿,脳脊髄液などの液体生検試料(Liquid Biopsy)から精製したセルフリーDNA(約1kb以上の長鎖DNA)の増幅を行えるキット。ランダムプライマーを用いないため,ランダムプライマーによるアーティファクトや外部DNA汚染の影響を低減できる。
法規制等
保存条件 -20℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2022年12月1日号 p.3
ニュース2022年10月15日号 p.35

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