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TruePrime Single Cell WGA Kit
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TruePrime Single Cell WGA Kit
プライマーを用いずシングルセルからでも全ゲノム増幅を行えるキット TruePrime Single Cell WGA Kit
掲載日情報：2020/06/12 現在Webページ番号：63436
合成ランダムプライマーを用いず、シングルセルからでも全ゲノム増幅（WGA）を行えるキットです。ランダムプライマーによる不規則な伸張反応による影響を抑制し、高い再現性で10 kb以上の産物が得られます。得られたDNA産物は、次世代シークエンスの解析にご使用頂けます。
本製品は、溶解プロトコルの一部を変更し、従来のTruePrime Single Cell WGA Kit よりも広い範囲の細胞種にてご使用頂けます。また、ポジティブコントロールとして、human genomic DNAが含まれています。
追加しました。
- TruePrime法とは
- 特長
- 操作方法概略
- 使用例
- ランダムプライマーおよび他社製品との比較
- TruePrimeキットシリーズ
- キット内容
- 4basebio社製品ご購入のご注意
- 価格
- 関連製品：CovCheck
TruePrime法とは
Phi29 DNA polymeraseを用いたDNA増幅方法はMultiple strand Displacement Amplification （MDA）法と呼ばれ、シングルセルからの均一なDNA増幅が可能な方法として注目されています。しかし、合成ランダムプライマーを使用することから、プライマー由来のバイアスが生じることが知られています。
4basebio社は、Phi29 DNA polymerasと新規のDNAプライマーゼTthPrimPolを組み合わせ、ランダムプライマーによるアーティファクトや、外部DNA汚染の影響を低減したキットを開発しました。
- TthPrimPol (赤四角■) が変性DNAの異なる部位に結合する。
- TthPrimPolが、短いDNAプライマーを合成する。
- Phi29 DNAポリメラーゼ (青丸●) がTthPrimPolと置き換わり、合成を開始する。
- Phi29 DNAポリメラーゼが、鎖置換を起こす。
- TthPrimPolが新生DNAに結合し、新しいDNAプライマーを合成する。
- Phi29 DNAポリメラーゼがTthPrimPolと置き換わり、DNAプライマーと結合し、合成を開始する。
参考文献
- Zafar M. K., et al, Biochemistry, 53 (41), 6584-6594 (2014).
- Helleday T., Nat. Struct. Mol. Biol., 20, 1348–1350 (2013).
- Garcia-Gomez S., et al, Mol. cell, 52 (4), 541-553 (2013).
追加しました。
特長
- TthPrimPolがプライマーを合成するため、プライマーの添加は不要です。
- 合成プライマーを用いた従来法に比べ、増幅バイアスが減少しています。
- 単一哺乳動物細胞から、3時間の反応で約3～4μg/50μl以上のDNA増幅が可能です。
- 操作は簡便で、信頼性／再現性に優れたキットです。
- アルカリ性条件下のインキュベーションにより、細胞溶解とDNA変性を行うため、断片化を抑え、サイズの大きい高精度のゲノムDNAが得られます。
- 非変性のDNAはTruePrimeの系に影響しないため、変性処理後のDNAへの外部DNA汚染の影響は最小限に抑えられています。
- 次世代シークエンスに適しており、Illumina やIon Torrentでのワークフローで試験済みです。
- 試料量：1～50 cells、0.4～20 cells/μl
追加しました。
操作方法概略
- 細胞懸濁液とLysis buffer (Buffer L2)を加える。
- 室温で5分間、95℃で1分インキュベートする。
- Neutralization buffer (Buffer N)を加え中和する。
- Amplification mixを加える。
- 30℃で3時間インキュベーションする。
- 65℃で10分加熱し酵素を失活させる。
追加しました。
使用例
HEK293、K562またはHeLa細胞1個から全ゲノム増幅を行い、PicoGreen(R)（左図）またはQubit(R)（右図）を用いてDNA量を測定した。
NTC：No Template Control
プライマー由来のアーティファクト産生
1 pgのヒトゲノムDNA（ヒト／哺乳動物細胞1個の含有量の1/6に相当）を、TruePrime法（左図）または従来のランダムプライマーを用いたMDA反応法（右図）で増幅した。塩基配列を確認したところ、従来法で得られたDNAの20%弱は、データベース上のいかなる生物にもマッチしないもの（Unkown）であり、無視できない量の人工産物が生成されることが分かった。一方、TruePrime法では、こうしたアーティファクトの影響は非常に小さいことが示された。
外部DNA汚染の影響の比較
MDA反応は極微量のDNAを増幅する反応なので、専用のクリーンボックス内で操作を行い外部からのDNAの混入を防ぐ必要がある。しかし、TruePrime法は変性DNAから出発する増幅反応であることから、変性反応後のコンタミネーションには比較的強いという特長を持っている。変性処理済みの鋳型DNA（1 pgのヒトゲノムDNA）に対して、1,000倍量の酵母DNAを加え、人為的DNA汚染操作を行い、反応させた。左図はTruePrime法での結果で、酵母DNAにマップされるものは7.48%となった。右図は従来法によるもので、酵母由来DNAが53.43%に上った。この結果、TruePrime法はDNA変性反応後の外部からのDNA汚染に影響を受けにくいことが判明した。
優れたゲノムカバレッジ性能
酵母ゲノムを、TruePrime法によって増幅し、イルミナ社の次世代シーケンサーで配列決定を行った。250万のリードペアにより、全酵母ゲノムの99.4%をカバーすることができた。分布曲線の幅が狭いことから、増幅に偏りが生じていないことが分かる。
優れた再現性
HEK293細胞1個からTruePrimeで全ゲノム増幅を行い、HiSeq(Illumina社)シークエンサーで解析を行った。同様の解析を4回行い、再現性を確認した。Chromosome 3／4についてリードをマッピングした結果から、いずれの解析においてもNon-amplified DNAに忠実な増幅が行われていることが分かる。
追加しました。
ランダムプライマーおよび他社製品との比較
| Sample | Non-amplified DNA | TruePrime | Random primer | Competitor A | Competitor B |
|---|---|---|---|---|---|
| Mapped read | 99.53％ | 96.86％ | 97.42％ | 99.64％ | 98.62％ |
| Read in pair | 92.03％ | 86.77％ | 59.07％ | 91.50％ | 37.94％ |
| Fraction human genome covered | 53％ | 49％ | 28％ | 38％ | 1％ |
| Calculated ideal (Poisson) coverage | 59％ | 57％ | 44％ | 59％ | 31％ |
| Deviation observed from expected | 10.2％ | 13.8％ | 35.76％ | 35.4％ | 96.7％ |
TruePrime、ランダムプライマー、または他社2製品を用いてHEK293細胞1個からゲノム増幅を行い、Non-amplified DNAと併せて配列の解析を行った。
Fraction human genome coveredに着目すると、TruePrimeによる増幅産物は、ヒトゲノム領域の49％をカバーしており、これはNon-amplified DNAの値（53％）と比較することで、TruePrimeの増幅がヒトゲノム中の広い領域において行われたことが分かる。これはランダムプライマーや他社製品と比べても良好な結果である。
TruePrime、ランダムプライマー、または他社2製品を用いて全ゲノム増幅を行い、配列解析の結果からChromosome 3に関して、リードのマッピングを行った。TruePrimeでは、Non-amplified DNAと同様の分布を示し、増幅バイアスが少なくゲノム領域が均一にカバーされたことが分かる。ランダムプライマーや他社製品では、Non-amplified DNAとは無関係の位置にピークが生じている。
追加しました。
TruePrimeキットシリーズ
※各製品の詳細は品名をクリックして下さい。
追加しました。
キット内容
- Buffer L1 (lysis buffer)
- DTT
- Buffer N (neutralization buffer)
- Reaction buffer
- dNTPs
- H2O
- Enzyme 1 (TthPrimPol)
- Enzyme 2 (Phi29 DNA polymerase)
- Control 1 (40 pg/μl human genomic DNA)
- Control 2 (4 pg/μl human genomic DNA)
追加しました。
4basebio社製品ご購入のご注意
本製品は、ご注文時に専用のMTA（Material Transfer Agreement）が必要です。必要事項をご記入の上、販売店担当者にお渡し下さい。
追加しました。
価格
[在庫・価格 ：2025年04月25日 16時35分現在]
| 詳細 | 商品名 |
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文献数 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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TruePrime Single Cell WGA Kit version2 (25reactions) |
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TruePrime Single Cell WGA Kit version2 (100reactions) |
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[在庫・価格 ：2025年04月25日 16時35分現在]
TruePrime Single Cell WGA Kit version2 (25reactions)
文献数： 0
- 商品コード：351025
- メーカー：SYN
- 包装：1kit
- 価格：¥214,000
- 在庫：無(未発注)
- 納期：3～4週間 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：
| 説明文 | ※MTAが必要です。※輸入諸費用(120,000円)を別途いただく製品です。 合成ランダムプライマーを用いず，シングルセルからでも全ゲノム増幅（WGA）を行えるキットです。ランダムプライマーによる不規則な伸張反応による影響を抑制し，高い再現性で10 kb以上の産物が得られます。得られたDNA産物は，次世代シークエンスの解析にご使用頂けます。 |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 別包装品 | 別包装品あり | ||||||
| 法規制等 | |||||||
| 保存条件 | -20℃ | 法規備考 | |||||
| 掲載カタログ |
ニュース2022年12月1日号 p.4 ニュース2021年10月1日号 p.10
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| 製品記事 | |||||||
| 関連記事 | 次世代シークエンス（NGS）関連製品特集 |
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TruePrime Single Cell WGA Kit version2 (100reactions)
文献数： 0
- 商品コード：351100
- メーカー：SYN
- 包装：1kit
- 価格：ご照会ください
- 在庫：無(未発注)
- 納期：3～4週間 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：
| 説明文 | ※MTAが必要です。※輸入諸費用(120,000円)を別途いただく製品です。 合成ランダムプライマーを用いず，シングルセルからでも全ゲノム増幅（WGA）を行えるキットです。ランダムプライマーによる不規則な伸張反応による影響を抑制し，高い再現性で10 kb以上の産物が得られます。得られたDNA産物は，次世代シークエンスの解析にご使用頂けます。 |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 別包装品 | 別包装品あり | ||||||
| 法規制等 | |||||||
| 保存条件 | -20℃ | 法規備考 | |||||
| 掲載カタログ |
ニュース2022年12月1日号 p.4
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| 製品記事 | |||||||
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追加しました。
関連製品：CovCheck
全ゲノム増幅（WGA）率を迅速に確認できるPCRキットです。
- Ready-to-useの96ウェルフォーマットです。
- キットにはエンドポイントPCRプライマーとホットスタートTaqポリメラーゼが含まれます。
- ヒト染色体の各領域を増幅する24種類のプライマーセットが含まれ、一度に4つのゲノムが検定できます。
- 結果はアガロース電気泳動などで簡単に確認できます。
- 商品コード
- メーカー
- 包装
- 価格
- 在庫
- 法規制等
- CVC0004
-
SYNフォーベースバイオ
4basebio S.L.U - 1 kit
- ¥162,000
- 無 (未発注)
- 商品コード：CVC0004
- メーカー：SYN
- 包装：1kit
- 価格：¥162,000
- 在庫：無(未発注)
- 納期：3～4週間 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：
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pluriSelect Life Science UG & Co.KG
/ セルストレーナー（Cell Strainer）
pluriStrainer
CovCheckの使用例
TruePrime™ Single Cell WGA Kitを用いてヒトゲノムDNA（上）とHEK293細胞（下）を鋳型としたPCRを行い、電気泳動したところ、300～400 bpの増幅産物が得られた。用いたHEK293細胞は女性由来だったため、Y染色体部分の増幅が見られない。
CovCheckの価格
[在庫・価格 ：2025年04月25日 16時35分現在]
| 詳細 | 商品名 |
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CovCheck Kit (4reactions) |
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[在庫・価格 ：2025年04月25日 16時35分現在]
CovCheck Kit (4reactions)
文献数： 0
| 説明文 | ※MTAが必要です。※輸入諸費用(120,000円)を別途いただく製品です。 全ゲノム増幅（WGA）率を迅速に確認できるPCRキット。 |
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| 法規制等 | |||
| 保存条件 | -20℃ | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
ニュース2019年3月1日号 p.19 ニュース2017年12月1日号 p.9
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| 製品記事 | TruePrime Necrotic Cell-free / Exosomal DNA Amplification Kit |
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追加しました。
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製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
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