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メーカー：	Horizon社Dharmacon製品 OriGene Technologies
	Horizon社Dharmacon製品(メーカー略称：DHA)のRNAiコレクション，cDNAコレクション，Yeastコレクションなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら OriGene Technologies社(メーカー略称：ORI)のTrueClone / TrueORF / TrueORF Gold cDNAクローンなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら
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HOME > 試薬 > 遺伝子工学 > PCR・シークエンシング > シークエンシング > sparQ RNA-Seq HMR Kit

rRNAとグロビンmRNAを除去したRNAライブラリーを短時間で調製できるキット sparQ RNA-Seq HMR Kit

掲載日情報：2023/09/13 現在Webページ番号：70863

ヒト・マウス・ラット由来のTotal RNA試料からrRNA（リボソームRNA）とグロビンmRNAを同時に除去し、約4.5時間でIllumina NGSプラットフォーム用のStrabded RNA-seqライブラリーを調製できるキットです。独自の最適化された酵素と合理化されたワークフローによって、無傷のRNA試料だけでなく、FFPE（Formalin-Fix and Paraffin-Embebdded）組織試料などから抽出した分解されたRNA試料や、少量のRNA試料から、高品質のストランド特異的なトランスクリプトームNGSライブラリーが得られます。

※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

	図をクリックすると拡大します（） sparQ RNA-Seq HMR Kitワークフローの比較
sparQ RNA-Seq HMR Kit （10コンポーネント）
一般的なNGS-RNA-Seq Kit^* （約20コンポーネント）
＊ rRNAおよびグロビンmRNAの除去処理を含む
	①：断片化、プライミング、rRNAおよびグロビンmRNAの除去、1st & 2nd strand合成 ②：アダプターのライゲーション ③：Strand-specific PCRによる濃縮

sparQ RNA-Seq HMR Kitのワークフローは、わずか3つの反応チューブ、9つのステップ、および10個のコンポーネントに簡素化されている。rRNAおよびグロビンmRNAの除去を、RNA断片化およびプライミングステップと同時に行うために、ライブラリーが得られるまでの時間および実操作時間を短縮し、ピペット操作のステップを減らすことができる利点がある。

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特長
使用例
キット内容
製品紹介動画
参考資料
価格

特長

高品質のストランド特異的なRNA ライブラリーを約4.5 時間で調製できます。
わずか3個の反応チューブ、9ステップ、☞ 10個のコンポーネントからなる簡便なワークフローです。
従来のNGS RNA-Seq Kitに比べて最大5倍の収量が得られます。
少量のRNAや低品質のRNAを含む試料においても、より良い結果が得られます。

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使用例

各種試料由来の様々な量のRNAから調製したライブラリーに含まれるrRNAの割合の解析

各種試料由来の様々な量のRNAから本製品を用いてライブラリーを調製し、シークエンシングを行った。解析結果をhuman transcriptome RNA biotypesによりマッピングした。本製品で調製したライブラリーの解析結果は、他社キットと比較してタンパク質をコードするリードの割合が最も高く、rRNAのリードの割合は非常に低かった（0～5％）。

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グロビンRNAの除去の評価

10 ngおよび300 ngの血液由来RNAから、本製品を用いて標準プロトコルに従ってライブラリーを調製した。併せて300 ngの血液由来RNAから、グロビンmRNA除去処理を行わずにライブラリーを調製し、これと比較をした。グロビンmRNA HBA1、HBA2およびHBG2含有量は、CLC Genomics Workbench 20.0.4でTPM（transcripts per million）値を計算し測定した。解析結果から、本製品ではグロビンmRNAが効率的に除去され、mRNAおよびその他の関心の高いタイプのRNAにフォーカスしたデータが得られることが示された。

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少量のRNA試料および分解されたRNAから調製したライブラリーの収量比較

本製品および他社キットを用いて、少量のRNA試料および分解されたRNA試料からライブラリーを調製し、収量を比較した。

**A. 少量のRNA試料からのライブラリー調製時の収量比較**
1 μgのUniversal Human Reference (UHR) RNAからライブラリー調製した場合、本製品および各社キットの収量は同等だった（グラフ未掲載）。
また、各社キットが推奨する最小試料量のUHR RNAを用いたところ、いずれの場合も本製品の収量が高かった。

**B. FFPE由来の低品質なRNA（RIN 3.5）からのライブラリー調製時の収量比較**
10 ng、100 ngいずれの量のRNAを用いた場合も、本製品の収量が最も高かった。

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FFPE由来RNAにおける3'転写産物のカバレッジの比較

ユニークな転写産物の割合の比較

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各種試料由来の様々な量のRNAから調製したライブラリーにおけるデータの相関性の検証

各種試料由来の様々な量のRNAから調製したライブラリーについてIllumina NextSeq550で2 × 100 bpで配列を決定し、CLC Genomics Workbench 20.0.4ソフトウェア（Qiagen社）を使用し、各試料のリファレンスゲノムに対してシークエンスリードをアライメントし、配列を解析した。本製品は、さまざまな試料由来の様々な量のRNAにおいて優れたデータ再現性が得られることを確認した。