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独自の磁気ビーズでRibo-Seqに適した活性型リボソームを分離 RiboLace Kitシリーズ

掲載日情報:2024/06/24 現在Webページ番号:68814

リボソームの機能解析法であるリボソームプロファイリング(Ribo-Seq)用の試料分離・ライブラリー調製キットです。リボソームに結合して翻訳を阻害する独自のピューロマイシン含有分子が結合した磁気ビーズによるプルダウン法を用いて、抗体やタグ配列を用いずに活性型リボソームのみを分離できます。
本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

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RiboLaceテクノロジー

RiboLace Scheme

RiboLaceテクノロジーは、RPF(Ribosome protected fragment)を単離するためのIMMAGINA社の独自技術です。この技術の核心は3Pと呼ばれる独自のピューロマイシン誘導体で、これがビオチン分子と共有結合しながら活性リボソームと相互作用します。試料をまずCycloheximideで処理し、mRNA断片上にリボソームをブロックします(推奨ステップ)。それと並行して、磁気ビーズを3Pで機能化しておきます。試料のRNaseⅠによる消化後、磁気ビーズを反応液に加え、活性リボソーム複合体をプルダウンします。最終的には、単純な段階的な溶出によってRPFが精製されます。この技術のオリジナルの概念実証は、2018年にCell Reportに掲載されました。

参考文献

Clamer, M., et al., "Active Ribosome Profiling with RiboLace.", Cell. Rep., 25 (4), 1097~1108.e5 (2018). [PMID:30355487]

RiboLace技術紹介動画(英語版、約2分)


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RiboLace KitのRNA抽出までの操作方法概略

RiboLace Kitの操作方法概略
  1. RiboLaceを結合させる際に、mRNA上のリボソームをブロックし、またリボソームの分離を弱めるために細胞をcycloheximide*1で5分間処理した後、Lysis bufferで細胞を溶解する。
  2. RiboLace magnetic beadsを準備する(Beads functionalization)。
  3. RNaseⅠ(Nux solution)でmRNAのリボソーム未結合部分を分解する。
  4. RNase阻害物質*1を加えて分解反応を停止後、2で用意したRiboLaceを加えて穏やかに撹拌しながらインキュベートする。
  5. 1.5 mlチューブ用マグネットスタンド*1でビーズを分離し、洗浄する。リボソームは、ビーズに結合した状態で回収される。
  6. 磁気ビーズからRNAを回収する。

*1 キットに含まれていません。別途ご用意下さい。


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製品ラインナップ

製品名をクリックすると該当箇所にページ内ジャンプし、商品コードをクリックすると価格表をご覧になれます。また、「ワークフロー概要」の画像をクリックすると拡大表示されます。

製品名 ALL-IN-ONE
RiboLace Gel Free Kit
ALL-IN-ONE
RiboLace Pro Kit

RiboLace Pro Kit

RiboLace Starter Kit
商品コード GF001-12 RS0XL-12 RL00P-12 RL00S-04
反応数 12回 12回 12回 4回(0.9 AUで使用の場合)
1反応あたりの
試料量
0.9 AU 0.9 AU 0.9 AU 0.3~1.2 AU
RPF(Ribosome protected fragment)分離用の試薬 キットに含まれる キットに含まれる キットに含まれる キットに含まれる
ライブラリー
調製用の試薬
キットに含まれる
LACEseq(改良版)
UDI plate
キットに含まれる
PAGExt
LACEseq
UDI plate
キットに含まれない キットに含まれない
別途、PAGExtLACEseqUDI plateと組み合わせることで、ライブラリー調製を行うこともできる。
用途 リボソームプロファイリング(Ribo-Seq) リボソームプロファイリング(Ribo-Seq) 分離したRPFのRNA-seq以外の解析 実験条件検討、またはリボソームプロファイリング(Ribo-Seq)
製品選択について
  • RNA-seqでの解析を目的とする場合、最もお勧め。
  • PAGE精製の工程がない、堅牢なシステム。
  • 操作にPAGE精製を含むため、ALL-IN-ONE RiboLace Gel Free Kit(左記)よりも操作時間が長く、工程も複雑。
  • 従来製品を継続的にご使用の方へお勧め。
  • ライブラリー調製の試薬を含まないため、RNA-seq以外の解析時に推奨。
  • RiboLace Pro Kit(左記)と異なり、試料量を0.3~1.2 AUの間で自由に設定することができる。
  • 翻訳効率が未知な試料における、プルダウン条件の検討や、試料の溶解条件の検討に使用できる。
  • キットに含まれる試薬は、標準試料(0.9 AU)で4反応分、翻訳効率が高い試料(0.3 AU)で12反応分、初代細胞や神経細胞など翻訳効率が低い試料(1.2 AU)で3反応分となる。
ワークフロー概要 ALL-IN-ONE RiboLace Gel Free Kitの操作方法概略 ALL-IN-ONE RiboLace Pro Kitの操作方法概略 RiboLace Pro Kitの操作方法概略 RiboLace Starter Kitの操作方法概略

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シリーズ共通の特長

  • in vitroin vivoのいずれでも少量の試料から迅速かつ確実に調製できます。
  • 活性型リボソーム中でのmRNAの位置情報をヌクレオチドレベルの解像度で得られます。
  • 正確に翻訳レベルを推定し、それによりタンパク質量を予測できます。
  • 真核生物の初代培養細胞株、不死化細胞株および組織試料*2で使用できます。
  • 必要な試料量は、試料の種類と翻訳状態によって異なりますが、1反応あたりおおよそ500,000~1,000,000細胞です。翻訳レベルが非常に高い試料では、300,000細胞まで減らすことも可能です。

*2 組織試料の調製には、別売のTissue Lysis Buffer(#IBT0032)が必要です。


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All-IN-ONE RiboLace Gel Free Kit

ALL-IN-ONE RiboLace Gel Free Kitは、RPFを単離するためRiboLaceテクノロジーと、効率的で正確な低分子RNA断片のNGSライブラリーを調製するためのLaceSeqテクノロジーを組み合わせたRiboSeq用のフルキットです。この2つの技術の相乗効果により、高速でシンプルかつ堅牢なワークフローが実現します。RPFの単離は1日、ワークフロー全体は2~4日で完了します。PAGE精製や超遠心分離のような複雑な操作を必要としません。

All-IN-ONE RiboLace Gel Free Kitの使用例

A)総リード数に対するリード長の分布

総リード数に対するリード長の分布

RPF(Ribosome protected fragment)の長さは一般的に30~40 ntの間であるが、得られた結果でも30~40 ntの部位が最も高い割合であった。また、60~80 nt付近に小さなピークが見られるが、これは近接した2つのリボソーム(disomes)に由来すると考えられる。


B)リードの領域分布

リードの領域分布

5′UTR、コード配列(CDS)、および3′UTRにマッピングされたリードの割合を示している。


C)各リーディングフレームにおけるP-siteの割合

各リーディングフレームにおけるP-siteの割合

5′UTR、CDS、3′UTRごとに各リーディングフレーム(0, 1, 2)に対応するP-siteの割合を、リードの長さで階層化して示している。パーセンテージはリードの総数で正規化している。
タンパク質が産生される際に基本的にリボソームはRNA上を移動しており、ペプチド鎖に新しいアミノ酸を付加するためには、リボソームのP-site(フレーム0)に正しいアミノ酸を運搬しているtRNAがなければならない。このプロットは、実際にP-site上にあるリードの数、つまりタンパク質を産生するための正しいフレームにあるリードの数を示している。


D)P-siteの位置についてのメタプロファイルプロット

P-siteの位置についてのメタプロファイルプロット

翻訳開始部位(左側の赤い点線)と翻訳終結部位(右側の赤い点線)周辺の全転写産物のP-site位置を示している。
C)のプロットから得られたフレーム0のリードを用いて、3 ntの周期性メタプロファイルプロットを作成した。これは、アミノ酸をコードするためのトリプレットの長さである3 ntずつリボソームが転写産物上を移動するためである。


E)コドン使用頻度プロット

コドン使用頻度プロット

各コドン(正しくコードされたアミノ酸)に関連するコード配列に沿ったフレーム内P-site(フレーム0プロットC)の頻度を示している。


F)カバー率プロット

カバー率プロット

すべての転写産物(各列)について、少なくとも1つのリードがその全長をカバーしている割合を示している。濃い赤(100%)は転写産物の全長がリードでカバーされていることを意味し、黄色(50%)は転写産物の半分についてリードが存在するが、残りの半分はリードが存在しないことを意味する。


G)特定の転写産物におけるリードマッピング

特定の転写産物におけるリードマッピング

画像中に記された転写産物(ENSMUST00000031314)にマッピングされたすべてのリードが示されている。いくつかの領域は他の領域よりも多くのリードを表示しているが、全体としては転写産物の大部分はリードでカバーされている(各位置に少なくとも1つ)。


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ALL-IN-ONE RiboLace Pro Kit

ALL-IN-ONE RiboLace Pro Kitは、RPFを単離するためRiboLaceテクノロジーと、PAGE精製を行うPAGExtテクノロジーおよび効率的で正確な低分子RNA断片のNGSライブラリーを調製するためのLaceSeqテクノロジーを組み合わせた完全なRiboSeq用のフルキットです。PAGE精製の操作を含みますが、超遠心分離操作は不要です。

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解析用ソフトについて

IMMAGINA社では、NGSのシークエンスで得られたデータの解析に、「R」ベースでP-site解析に専用化させたriboWaltzというソフトを使用しています。

■ 原著論文
"riboWaltz: Optimization of ribosome P-site positioning in ribosome profiling data."
Lauria, F., et al., PLoS Comput. Biol., 14 (8), e1006169 (2018). [PMID:30102689]


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キット内容

クリックで展開します
製品名 ALL-IN-ONE
RiboLace
Gel Free Kit
ALL-IN-ONE
RiboLace
Pro Kit

RiboLace
Pro Kit

RiboLace
Starter Kit
商品コード GF001-12 RS0XL-12 RL00P-12 RL00S-04
Lysis buffer (LB)
B-buffer (BB)
RiboLace magnetic beads (RmB) v2-1
RiboLace magnetic beads (RmB) v2-0
OH-buffer (OH)
mPEG
RiboLace smart probe (RsP)
W-buffer (WB)
Nuclease (Nux)
Nux enhancer (NE)
Proteinase K
SDS
25-35 Marker (25-35 M)
Marker 1 (M1)
Marker 2 (M2)
Filter tube
Pierced tube
RNA extraction buffer (REB)
DNA extraction buffer (DEB)
TR buffer (TR)
G1F buffer (G1F)
Buffer BL1 (BL1)
Buffer L2 (BL2)
Buffer L3 (BL3)
Buffer L4 (BL4)
L1 enzyme (L1)
L2 enzyme (L2)
L3 enzyme (L3)
L4 enzyme (L4)
L5 enzyme (L5)
AR enzyme (AR)
ATP (1 mM)
ATP (10 mM)
GTP
dNTPs
DTT
MnCl2
PEG 8000 (PEG)
Linker MC+ (MC+)
Linker MC (MC)
Primer L4 (PL4)
Primer RT_T (RT_T)
Fw PCR1 (F1)
Rev PCR1 (R1)
3P-RNA (RNA)
iUDIs plate

チューブ用マグネットスタンドや各種試薬類は、キットに含まれていません。製品マニュアルをご確認の上、別途ご用意下さい。また、各種操作後のRNA精製には、RNA Clean & Concentrator-5 Kit(Zymo Research社)のご使用をお勧めします。


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RiboLace Kitシリーズ製品の価格

[在庫・価格 :2024年06月25日 00時01分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。
詳細 商品名
  • 商品コード
  • メーカー
  • 包装
  • 価格
  • 在庫
  • 法規制等
納期 文献数
ALL-IN-ONE RiboLace Gel Free
3~4週間 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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説明文
リボソームプロファイリング(Ribo-Seq)用の試料分離・ライブラリー調製キット。リボソームに結合して翻訳を阻害する独自のピューロマイシン含有分子が結合した磁気ビーズによるプルダウン法を用いて、抗体やタグ配列を用いずに活性型リボソームのみを分離できる。PAGE精製や超遠心のような複雑な操作を必要としない。12回分。
法規制等
保存条件 法規備考
掲載カタログ

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All-IN-ONE RiboLace Pro
3~4週間 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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説明文
リボソームプロファイリング(Ribo-Seq)用の試料分離・ライブラリー調製キット。リボソームに結合して翻訳を阻害する独自のピューロマイシン含有分子が結合した磁気ビーズによるプルダウン法を用いて、抗体やタグ配列を用いずに活性型リボソームのみを分離できる。PAGE精製操作を行う。12回分。
法規制等
保存条件 法規備考
掲載カタログ

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RiboLace Pro
3~4週間 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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説明文
リボソームに結合して翻訳を阻害する独自のピューロマイシン含有分子が結合した磁気ビーズによるプルダウン法を用いて、抗体やタグ配列を用いずに活性型リボソームのみを分離できる。RNA-seq以外の手法で解析する場合に有用。12回分。
法規制等
保存条件 法規備考
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RiboLace Starter
3~4週間 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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説明文
リボソームプロファイリング(Ribo-Seq)用の試料分離キット。リボソームに結合して翻訳を阻害する独自のピューロマイシン含有分子が結合した磁気ビーズによるプルダウン法を用いて、抗体やタグ配列を用いずに活性型リボソームのみを分離できる。翻訳効率が不明な試料での条件検討に有用。4回分(0.9AUの試料を用いた場合)。※NGSライブラリー調製キットが別途必要。
法規制等
保存条件 4℃,-20℃,-80℃ 法規備考
掲載カタログ

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[在庫・価格 :2024年06月25日 00時01分現在]

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ALL-IN-ONE RiboLace Gel Free

文献数: 0

説明文 リボソームプロファイリング(Ribo-Seq)用の試料分離・ライブラリー調製キット。リボソームに結合して翻訳を阻害する独自のピューロマイシン含有分子が結合した磁気ビーズによるプルダウン法を用いて、抗体やタグ配列を用いずに活性型リボソームのみを分離できる。PAGE精製や超遠心のような複雑な操作を必要としない。12回分。
法規制等
保存条件 法規備考
掲載カタログ

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All-IN-ONE RiboLace Pro

文献数: 0

説明文 リボソームプロファイリング(Ribo-Seq)用の試料分離・ライブラリー調製キット。リボソームに結合して翻訳を阻害する独自のピューロマイシン含有分子が結合した磁気ビーズによるプルダウン法を用いて、抗体やタグ配列を用いずに活性型リボソームのみを分離できる。PAGE精製操作を行う。12回分。
法規制等
保存条件 法規備考
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RiboLace Pro

文献数: 0

説明文 リボソームに結合して翻訳を阻害する独自のピューロマイシン含有分子が結合した磁気ビーズによるプルダウン法を用いて、抗体やタグ配列を用いずに活性型リボソームのみを分離できる。RNA-seq以外の手法で解析する場合に有用。12回分。
法規制等
保存条件 法規備考
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RiboLace Starter

文献数: 0

説明文 リボソームプロファイリング(Ribo-Seq)用の試料分離キット。リボソームに結合して翻訳を阻害する独自のピューロマイシン含有分子が結合した磁気ビーズによるプルダウン法を用いて、抗体やタグ配列を用いずに活性型リボソームのみを分離できる。翻訳効率が不明な試料での条件検討に有用。4回分(0.9AUの試料を用いた場合)。※NGSライブラリー調製キットが別途必要。
法規制等
保存条件 4℃,-20℃,-80℃ 法規備考
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関連製品:PAGExt:PAGE Extraction Kit

迅速かつ高効率に、RNA断片および調製したNGSライブラリー(DNA)のPAGEゲル断片抽出を行うキットです。
キットには、RNA精製12回、DNA精製12回の合計24回の核酸精製を行える試薬およびチューブが含まれています。また、RNA精製(15% TBE-Ureaポリアクリルアミドゲル)、DNA精製(10% TBEポリアクリルアミドゲル)それぞれの電気泳動時に用いる分子量マーカーが含まれています。

PAGExt:PAGE Extraction Kitのキット内容

  • Filter tube
  • Pierced tube
  • RNA extraction buffer (REB)
  • DNA extraction buffer (DEB)
  • 25-35 Marker (25-35 M)
  • Marker 1, 2 (M1, M2)
  • TR buffer (TR)

PAGExt:PAGE Extraction Kitの価格

[在庫・価格 :2024年06月25日 00時01分現在]

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PAGExt
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RiboLace Pro / Strater KitおよびLACEseq Kitを用いてリボソームプロファイリング(Ribo-Seq)を行う際に,RNA断片および調製したNGSライブラリー(DNA)のPAGEゲル断片抽出を迅速かつ高効率に行うキット。各12回分。
法規制等
保存条件 法規備考
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[在庫・価格 :2024年06月25日 00時01分現在]

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PAGExt

文献数: 0

説明文 RiboLace Pro / Strater KitおよびLACEseq Kitを用いてリボソームプロファイリング(Ribo-Seq)を行う際に,RNA断片および調製したNGSライブラリー(DNA)のPAGEゲル断片抽出を迅速かつ高効率に行うキット。各12回分。
法規制等
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関連製品:LACEseq Kit

RiboLace Kitなどで分離したRPF(Ribosome protected fragment)から、高品質のIlluminaライブラリー調製を迅速に行うキットです。

LACEseq Kitの特長

  • 標準的なRibo-seq法(Ingolia et al., 2012)に比べて、わずか20分の1の細胞数から解析を行えます。
  • アクティブなリボソームから、真にRNaseⅠにより切断されたRNA断片のみからライブラリーを調製するため、従来法に比べて、精度が向上しています。
  • rRNAのコンタミネーションを低減します。
  • Ribo-seq解析時に、必要とするシークエンス深度が低減されています。
  • ワークフローの改善により、高品質なライブラリーを2日間で迅速に作成可能です。
  • RiboLace Kitシリーズで分離したRPFの他に、ショ糖密度勾配遠心、ショ糖クッション法、サイズ分画カラムなどで調製したRPFも試料として使用できます。
  • 必要RNA試料量:PAGEゲル断片抽出後に定量化したRPF(Ribosome protected fragment)を5 ng以上
  • 試料RNAの純度:高純度かつ完全な断片を推奨

LACEseq Kitの操作法概略

操作は、RPFのリン酸化、アダプターのライゲーション、RNA鎖の環状化、逆転写、2回のPCRの、合計6つのステップで構成されています。最終的なライブラリーのフラグメント長は220 ntで、Illumina社のアダプターとインデックス配列が組み込まれます。

LACEseq Kitの操作法概略

LACEseq Kitのキット内容

  • ATP
  • GTP
  • dNTPs
  • DTT
  • MnCl2
  • Buffer BL1 (BL1)
  • Buffer L2 (BL2)
  • Buffer L3 (BL3)
  • Buffer L4 (BL4)
  • TR buffer (TR)
  • L1 enzyme (L1)
  • L2 enzyme (L2)
  • L3 enzyme (L3)
  • L4 enzyme (L4)
  • L5 enzyme (L5)
  • Linker MC (MC)
  • Primer RT_T (RT_T)
  • Fw PCR1 (F1)
  • Rev PCR1 (R1)
  • 3P-RNA (RNA)
  • PEG 8000 (PEG)

チューブ用マグネットスタンドや各種試薬類は、キットに含まれていません。製品マニュアルをご確認の上、別途ご用意下さい。また、各種操作後のRNA精製には、RNA Clean & Concentrator-5 Kit(Zymo Research社)のご使用をお勧めします。


LACEseq Kitの価格

[在庫・価格 :2024年06月25日 00時01分現在]

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LACEseq
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リボソームプロファイリング(Ribo-Seq)において,RiboLace Strater Kitなどで単離したRPFから,Illuminaライブラリーを調製するキット。12回分。
法規制等
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[在庫・価格 :2024年06月25日 00時01分現在]

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LACEseq

文献数: 0

説明文 リボソームプロファイリング(Ribo-Seq)において,RiboLace Strater Kitなどで単離したRPFから,Illuminaライブラリーを調製するキット。12回分。
法規制等
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関連製品:iUDIs_adaptor plate

LACEseq Kitを用いてのNGSライブラリー調製時に、TruSeqテクノロジー(Illumina社)に互換なライブラリーを増幅するための、ユニークなデュアルインデックスのPCRプライマーがセットされたプレートです。

iUDIs_adaptor plateの価格

[在庫・価格 :2024年06月25日 00時01分現在]

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納期 文献数
iUDIs_adaptor plate
3~4週間 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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説明文
LACEseq Kitを用いてのNGSライブラリー調製時に,TruSeqテクノロジー(Illumina社)に互換なライブラリを増幅するためのデュアルインデックスのPCRプライマー。
法規制等
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[在庫・価格 :2024年06月25日 00時01分現在]

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iUDIs_adaptor plate

文献数: 0

説明文 LACEseq Kitを用いてのNGSライブラリー調製時に,TruSeqテクノロジー(Illumina社)に互換なライブラリを増幅するためのデュアルインデックスのPCRプライマー。
法規制等
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別売品:Tissue Lysis Buffer

組織試料からの調製を行う場合、本製品で溶解を行って下さい。

Tissue Lysis Bufferの価格

[在庫・価格 :2024年06月25日 00時01分現在]

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Tissue Lysis Buffer
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説明文
RiboLace Kitシリーズを用いてリボソームプロファイリング(Ribo-Seq)を行う際に,組織試料を溶解するためのバッファー。
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[在庫・価格 :2024年06月25日 00時01分現在]

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Tissue Lysis Buffer

文献数: 0

説明文 RiboLace Kitシリーズを用いてリボソームプロファイリング(Ribo-Seq)を行う際に,組織試料を溶解するためのバッファー。
法規制等
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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
表示価格に、消費税等は含まれていません。一部価格が予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承下さい。