最大5 mlの環境水からウイルスなど病原体由来RNAを抽出するキット Zymo Environ Water RNA Kit
掲載日情報：2020/12/11 現在Webページ番号：68246
最大5 mlの下水などの環境水から、フィルターろ過などを行わず、キットに含まれるWater concentrating bufferを用いた遠心分離で試料濃縮を行い、簡単に処理できる小さなペレットにした後、RNA抽出を行うキットです。
下水試料に含まれる新型コロナウイルス（SARS-CoV-2、COVID-19）由来RNAなどの抽出・モニタリング用途に有用です。
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
※ 各国での需要が高まり、当社ホームページ表示の予定納期通りに到着しない製品もございます。あらかじめご了承下さい。
※ 新型コロナウイルス関連製品についてはこちらをご覧下さい。
SARS-CoV-2由来RNAの検出限界（LOD）の改善
SARS-CoV-2由来RNAを5,000～8コピーに段階希釈し、SARS-CoV-2陰性の代替廃水に添加した。これらの試料から本キットでRNAを抽出した後、SARS-CoV-2 N1遺伝子を標的とするRT-qPCRを行った（n=2）。結果、希釈範囲において線形（R2=0.9898）を示し、またLODは8～40コピーであることが示された。
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下水試料中のSARS-CoV-2について
下水や下水汚泥試料中のSARS-CoV-2のRNA量と新型コロナウイルスの新規患者数や重症患者数の間には相関関係があり、しかも下水試料中のSARS-CoV-2のRNA量の増加は患者数の増加に対して数日先行するという調査結果が、何例か報告されています。新型コロナウイルスの感染流行の予測と予防策の強化のために、下水試料中のSARS-CoV-2のRNAの調査が注目をされています。
■参考文献
”SARS-CoV-2 RNA concentrations in primary municipal sewage sludge as a leading indicator of COVID-19 outbreak dynamics"
Peccia, J., et al., medRxiv, (2020). [doi.org/10.1101/2020.05.19.20105999]
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特長
- フィルターろ過などを行わず、キットに含まれるWater concentrating bufferの使用により、3,000×gでの遠心分離で試料濃縮を行えます。
- キットに含まれるDNA / RNA Shieldの使用により、感染性病原体（ウイルス、細菌、真菌、および寄生虫）を不活性化できるため、安全に操作が行えます。
- PCR阻害物質を除去した6μlの高濃度のTotal RNAの溶出液が得られます。
- 得られたTotal RNAは、RT-qPCR、RT-ddPCR、NGSなどのアプリケーションに適用できます。
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仕様
| 試料の種類 | 水、廃水、汚泥、下水、バイオフィルム など |
|---|---|
| 試料量 | 最大5 ml（推奨量：≦4 ml） |
| 得られるRNAの純度 | A260 / A280＞1.8, A260 / A230＞1.8 |
| RNA収量 | 最大10μg |
| 溶出液量 | ≧6μl |
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操作方法概略
- 廃水1 mlごとにWater concentrating buffer 70μlを加え、ボルテックスする＊。
- 室温、3,000×gで15分間遠心分離後、上清を取り除きペレットを回収する＊。
- ペレットをDNA / RNA Shieldに懸濁する。
- 懸濁液をZR BashingBeads lysis tubeに加え、細胞破砕装置（FastPrep-24など）やボルテックスで試料を破砕する。
- Zymo-Spin columnを用いてRNA抽出を行う。
＊ 汚泥試料の場合、これらのステップを省略する。
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使用例
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他社製品との比較
| 本製品 | Ａ社製品 | |
|---|---|---|
| 水試料の濃縮方法 | ≦5 mlの廃水から遠心分離によりペレットを得る | フィルター（別売り）または他の方法による濃縮が必要 |
| 試料中の病原体の不活性化 | DNA / RNA Shieldにより病原体は不活性化され、安全に取り扱うことができる | 病原体は不活性化されない |
| 精製RNAの溶出量 | ≧6μl | 50～100μl |
| ウイルス由来RNAの感度 | RNAの回収率が高く、溶出液量が少ないため、検出限界（LOD）が8コピー／sampleの例がある | 最適化されていない |
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DNA / RNA Shieldによる不活性化の実績がある病原体
※ DNA / RNA Shieldの詳細についてはこちらをご覧下さい。
| バクテリア | ウイルス | 酵母・真核生物 |
|---|---|---|
| B. subtilis | SARS-CoV-2 | C. albicans |
| E. faecalis | Parvovirus | C. neoformans |
| E. coli | Chikungunya Virus | S. cerevisiae |
| L. fermentum | Dengue Virus | P. malariae |
| L. monocytogenes | Ebolavirus | ― |
| M. tuberculosis | Herpes Simplex Virus-1 | ― |
| P. aeruginosa | Herpes Simplex Virus-2 | ― |
| S. enterica | Influenza A | ― |
| S. aureus | Rhinovirus | ― |
| S. pneumoniae | MERS-coronavirus | ― |
| X. fastidiosa | West Nile Virus | ― |
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キット内容
各キットコンポーネント名をクリックすると、単品の価格表をご覧いただけます。
※ 50 ml遠心チューブと対応した遠心分離機、細胞破砕装置（FastPrep-24など）が別途必要です。詳細は製品マニュアルをご確認下さい。
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使用文献
- O'Brien, M., et al., Sci. Total Environ., 801, 149595 (2021).
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価格
[在庫・価格 ：2024年12月12日 00時01分現在]
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Zymo Environ Water RNA Kit (50 preps) |
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[在庫・価格 ：2024年12月12日 00時01分現在]
Zymo Environ Water RNA Kit (50 preps)
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- 商品コード：R2042
- メーカー：ZYR
- 包装：1kit
- 価格：¥99,000
- 在庫：無(未発注)
- 納期：2週間程度 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：取扱注意
| 説明文 | 大容量（≦5 ml）の下水などの環境水から，フィルターろ過などを行わず，キットに含まれるWater concentrating bufferを用いた遠心分離で試料濃縮を行い，簡単に処理できる小さなペレットにした後，RNA抽出を行うキット。 |
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| 法規制等 | 取扱注意 | ||
| 保存条件 | 室温 | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
ニュース2022年1月合併号 p.17 ニュース2021年2月15日号 p.27
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