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PCR由来のバイアスやキメラ形成を抑える16S rRNAライブラリー構築キット Quick-16S NGS Library Prep Kit

掲載日情報:2018/10/18 現在Webページ番号:68084

微生物叢(マイクロバイオーム)のプロファイリング時に用いられている,16S rRNA遺伝子の次世代シークエンシング(NGS)に最適なDNAライブラリーを構築するキットです。


PCRキメラの発生

図1:PCRキメラの発生について
本キットおよび微生物叢研究分野における標準的なプロトコル2種により,等量の糞便由来DNAからライブラリーを構築した際に生じたPCRキメラについて比較した。生じたPCRキメラは,Uchimeアルゴリズムで検出した。
本キットはリアルタイムPCRを用いることにより,PCRキメラが生じない適切なサイクル数を確認できる。
HMP Protocol(米国NIHのHuman Microbiome Projectのプロトコル)
EMP Protocol(米国Earth Microbiome Projectのプロトコル)


MEMO

16S rRNA遺伝子のNGS解析について


微生物叢(マイクロバイオーム)のプロファイリングにおいて,16S rRNA遺伝子解析は,ショットガン法によるメタゲノム解析と比べて,コストパフォーマンスに優れる,確実性が高い,必要DNA試料量が少なくてすむ,宿主由来DNAの影響を受けない,といった優位点があります。しかしながら,16S rRNA遺伝子解析にも固有の課題があります。
大きな課題の1つはPCRキメラの形成です。これは2つ以上のPCRテンプレートの組換えによって生じる人為的な配列で,マルチテンプレートPCRにおいて,PCRの後期に生じやすくなっています。
さらなる課題として,共通の16Sプライマーを用いた場合,種レベルでの分離と,系統学的に広くカバーすることの両立を図ることが困難になります。その上,現在この研究分野で用いられている標準的な16S rRNAライブラリー構築法は,大規模アプリケーションにおいてコスト効率が高くなるようには最適化されていません。


特長

  • ライブラリー構築に要する時間,手間,費用を,既存法と比べて大幅に削減しました。
  • PCR由来のバイアスやPCRキメラ形成を抑えることができ,ほとんどの場合PCRキメラの存在量は2%以下となります。
  • 独自の2組のプライマーセットを用いることで,バクテリア・古細菌を系統学的に広くカバーしたライブラリーを構築できます。
  • キットには必要な試薬がすべて含まれています。
  • 構築したライブラリーはイルミナ社のMiSeqシークエンシングにそのまま使用できます。

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本キットと既存法の操作法比較

本キット 既存法
標的配列のPCRによる増幅 標的配列のPCRによる増幅
未反応プライマーの酵素分解 磁気ビーズキットによる核酸精製
PCRによるバーコード配列の付加 PCRによるバーコード配列の付加
ライブラリーの定量およびプーリング 磁気ビーズキットによる核酸精製
ライブラリーの定量
ライブラリーの最終精製
(各ライブラリーをプーリング後に精製)
各ライブラリーをノーマライズ後に
プーリング
トータルの操作時間:1.5時間 トータルの操作時間:4時間

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他社製品との比較

本キット 他社製品
操作時間 1.5時間 ≧4時間
試料DNA 事前のノーマライズ不要
DNA濃度の範囲:5~20 ng/μl
事前にノーマライズおよび定量が必要
構築したライブラリーの系統学的カバー範囲 標準的なプライマーよりも極めて広い 狭い
PCR後の精製 キットに含まれる酵素での1ステップ処理で迅速かつ簡便 市販の精製キットによる複数回の精製
バーコード配列の付加に必要なチューブ数 20本(96試料あたり) 96本(96試料あたり)
PCRキメラ発生の抑制 <2%に抑制 抑制していない
構築したライブラリーの定量 定量的PCR
(キットに試薬が含まれている)
ゲル電気泳動またはBioanalyzerによる定量
(キットに試薬が含まれていない)

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ライブラリー構築時に生じるバイアスについて

構築時に生じるバイアス

図2:ライブラリー構築時に生じるバイアスについて
本キットおよび微生物叢研究分野における標準的なプロトコル2種により,ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standardを試料として16S rRNAライブラリーを構築した。その後シークエンシングを行い,ライブラリー構築時に生じるバイアスについて比較した。本キットで構築したライブラリーはバイアスが少なく,理論値(Theoretical)に近いことが分かる。
HMP Protocol(米国NIHのHuman Microbiome Projectのプロトコル)
EMP Protocol(米国Earth Microbiome Projectのプロトコル)

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構築したライブラリーの系統学的カバー範囲について

カバー範囲1

図3

カバー範囲2
図4
カバー範囲3
図5
カバー範囲4

図6

図3~6:構築したライブラリーの系統学的カバー範囲について
本キットで用いている独自の2組のプライマーセット(「Quick-16S primer set V1-V2」と「Quick-16S primer set V3-V4」)と,微生物叢研究分野における標準的なプライマーセットで構築したライブラリーの系統学的カバー範囲について比較した。
本キットで構築したライブラリーが,バクテリア・古細菌を系統学的に広くカバーしていることが分かる。
HMP(米国NIHのHuman Microbiome Projectのプライマーセット)
Loman Lab(英国バーミンガム大学Loman研究室のプライマーセット)
Klindworth(独国マックス・プランク研究所Klindworth氏の文献に記載のプライマーセット)
Klindworth, A., et al., Nucleic Acids Res., 41 (1), e1 (2013).


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キット内容

各キットコンポーネント名をクリックすると,単品の価格表をご覧いただけます。

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価格

[在庫・価格 :2018年11月14日 23時07分現在]

※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。
詳細 商品名 商品コード メーカー 包装 価格 在庫 納期 文献数 リスト
Quick-16S NGS Library Prep Kit (96reactions)
データシート
D6400 ZYRザイモリサーチ
ZYMO RESEARCH
1 kit ¥195,000
キャンペーン
¥136,500

(未発注)
10日程度  0 追加

キャンペーン期間 2018/11/15 ~ 2019/02/28
説明文 微生物叢(マイクロバイオーム)のプロファイリング時に用いられている,16S rRNA遺伝子の次世代シークエンシング(NGS)に最適なDNAライブラリーを構築するキット。PCR由来のバイアスやPCRキメラ形成を抑えることができる。
法規制等
保存条件 室温,4℃,-20℃ 法規備考
掲載カタログ

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[在庫・価格 :2018年11月14日 23時07分現在]

※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。

Quick-16S NGS Library Prep Kit (96reactions)

文献数:0


  • 商品コード:D6400
  • メーカー:ZYR
  • 包装:1kit
  • 価格: ¥195,000 キャンペーン ¥136,500
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:10日程度 

キャンペーン期間 2018/11/15 ~ 2019/02/28
[ZYR]環境試料からの核酸抽出関連製品30%OFFキャンペーン[~2019/02/28]
説明文 微生物叢(マイクロバイオーム)のプロファイリング時に用いられている,16S rRNA遺伝子の次世代シークエンシング(NGS)に最適なDNAライブラリーを構築するキット。PCR由来のバイアスやPCRキメラ形成を抑えることができる。
法規制等
保存条件 室温,4℃,-20℃ 法規備考
掲載カタログ

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キット別売品

[在庫・価格 :2018年11月14日 23時07分現在]

※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。
詳細 商品名 商品コード メーカー 包装 価格 在庫 納期 文献数 リスト
Quick-16S Primer Set V1-V2
D6405-1-400 ZYRザイモリサーチ
ZYMO RESEARCH
400 μl ¥10,000
(未発注)
10日程度  0 追加

説明文
法規制等
保存条件 法規備考
掲載カタログ

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Quick-16S Primer Set V3-V4
D6405-2-400 ZYRザイモリサーチ
ZYMO RESEARCH
400 μl ¥10,000
(未発注)
10日程度  0 追加

説明文
法規制等
保存条件 法規備考
掲載カタログ

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ZymoBIOMICS DNAse/RNAse Free Water
D4302-5-10 ZYRザイモリサーチ
ZYMO RESEARCH
10 ml ¥5,000
(未発注)
10日程度  0 追加

説明文 微生物叢(マイクロバイオーム)研究用製品ZymoBOMICS DNA/RNA Kitのキットコンポーネント別売品。
法規制等
保存条件 法規備考
掲載カタログ

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ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard
データシート
D6305 ZYRザイモリサーチ
ZYMO RESEARCH
200 ng ¥20,000
キャンペーン
¥14,000
3個以上 - 4 追加

キャンペーン期間 2018/11/15 ~ 2019/02/28
説明文 10種類の不活性化した微生物(細菌および酵母)から抽出・精製したゲノムDNA混合物。微生物相,微生物叢(マイクロバイオータ,マイクロバイオーム)およびメタゲノミクス研究における標準試料(微生物スタンダード)として有用。
法規制等
保存条件 -20℃ 法規備考
掲載カタログ

ニュース2017年12月1日号 p.4
ニュース2017年11月15日号 p.51

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D6306 ZYRザイモリサーチ
ZYMO RESEARCH
2000 ng ¥39,000
キャンペーン
¥27,300
2個 - 3 追加

キャンペーン期間 2018/11/15 ~ 2019/02/28
説明文 10種類の不活性化した微生物(細菌および酵母)から抽出・精製したゲノムDNA混合物。微生物相,微生物叢(マイクロバイオータ,マイクロバイオーム)およびメタゲノミクス研究における標準試料(微生物スタンダード)として有用。
法規制等
保存条件 -20℃ 法規備考
掲載カタログ

ニュース2017年12月1日号 p.4
ニュース2017年11月15日号 p.51

製品記事 フナコシニュース連載企画 「FRONTIERS」 Zymo Research 社の紹介
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ZymoBIOMICS Microbial Community Standard / DNA Standard
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[在庫・価格 :2018年11月14日 23時07分現在]

※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。

Quick-16S Primer Set V1-V2

文献数:0


  • 商品コード:D6405-1-400
  • メーカー:ZYR
  • 包装:400μl
  • 価格: ¥10,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:10日程度 

説明文
法規制等
保存条件 法規備考
掲載カタログ

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Quick-16S Primer Set V3-V4

文献数:0


  • 商品コード:D6405-2-400
  • メーカー:ZYR
  • 包装:400μl
  • 価格: ¥10,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:10日程度 

説明文
法規制等
保存条件 法規備考
掲載カタログ

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ZymoBIOMICS DNAse/RNAse Free Water

文献数:0


  • 商品コード:D4302-5-10
  • メーカー:ZYR
  • 包装:10ml
  • 価格: ¥5,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:10日程度 

説明文 微生物叢(マイクロバイオーム)研究用製品ZymoBOMICS DNA/RNA Kitのキットコンポーネント別売品。
法規制等
保存条件 法規備考
掲載カタログ

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ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard

文献数:4


  • 商品コード:D6305
  • メーカー:ZYR
  • 包装:200ng
  • 価格: ¥20,000 キャンペーン ¥14,000
  • 在庫:3個以上
  • 納期:-

キャンペーン期間 2018/11/15 ~ 2019/02/28
[ZYR]環境試料からの核酸抽出関連製品30%OFFキャンペーン[~2019/02/28]
説明文 10種類の不活性化した微生物(細菌および酵母)から抽出・精製したゲノムDNA混合物。微生物相,微生物叢(マイクロバイオータ,マイクロバイオーム)およびメタゲノミクス研究における標準試料(微生物スタンダード)として有用。
法規制等
保存条件 -20℃ 法規備考
掲載カタログ

ニュース2017年12月1日号 p.4
ニュース2017年11月15日号 p.51

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ZymoBIOMICSシリーズ(微生物叢研究用試薬)
ZymoBIOMICS Microbial Community Standard / DNA Standard
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ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard

文献数:3


  • 商品コード:D6306
  • メーカー:ZYR
  • 包装:2000ng
  • 価格: ¥39,000 キャンペーン ¥27,300
  • 在庫:2個
  • 納期:-

キャンペーン期間 2018/11/15 ~ 2019/02/28
[ZYR]環境試料からの核酸抽出関連製品30%OFFキャンペーン[~2019/02/28]
説明文 10種類の不活性化した微生物(細菌および酵母)から抽出・精製したゲノムDNA混合物。微生物相,微生物叢(マイクロバイオータ,マイクロバイオーム)およびメタゲノミクス研究における標準試料(微生物スタンダード)として有用。
法規制等
保存条件 -20℃ 法規備考
掲載カタログ

ニュース2017年12月1日号 p.4
ニュース2017年11月15日号 p.51

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CONTACT

お問い合わせ先(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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