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長鎖の一本鎖DNA（ssDNA）を簡単に調製できます Long ssDNA Preparation Kit for 1.5kb & 3.0kb

掲載日情報：2020/06/12 現在Webページ番号：64803

バイオダイナミクス /
BioDynamics Laboratory Inc.（株式会社バイオダイナミクス研究所）
[メーカー略称：BDL]

Nicking酵素法によって、高い純度で正確な配列を有する長鎖の一本鎖DNA（ssDNA, ～1.5 kb または 1.5～3 kb）を調製できるキットです。

※本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

☞ 3～10kbのssDNA調製キットも新登場しました。詳しくはこちらをご覧ください。


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簡単に高純度の目的配列を有する長鎖一本鎖DNA の取得が可能

本製品は、BioDynamics Laboratory 社が東京大学 医科学研究所 先進動物ゲノム研究分野　真下知士 教授と共同で開発しました。
長鎖の一本鎖DNA の調製にはPCR や合成DNA オリゴマーの使用、エキソヌクレアーゼ反応、逆転写酵素反応などの工程があることから、内部の変異や末端の欠失を生じることは避けられませんでした。また、精製には変性アクリルアミドゲル電気泳動やストレプトアビジン被覆常磁性ビーズなどが用いられてきましたが、大量の二本鎖DNA の混入が指摘される場合もありました。
Long ssDNA Preparation Kit（本製品）は、簡単な操作によって、高い純度で目的の配列を有する長鎖の一本鎖DNA を取得することができます。

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特長

  • Nicking 酵素法によって、変異や末端の欠失を含まない長鎖一本鎖DNA が調製できます。
  • 全操作は、一般的なdsDNA断片の調製法とほぼ同じで、特別な機器や試薬は必要ありません。
  • PCR で増幅しないため、エラーは生じません。
  • 添付のDenaturing Gel-loading Bufferで変性させることにより、目的の長鎖一本鎖DNAをアガロースゲル電気泳動で分離精製することができます。
  • 新発売の一本鎖DNA 専用ゲル切り出し精製カラムキット（Long ssDNA Gel Extraction Kit）もキットに含まれます。

ゲノム編集に有用
本キットで調製した長鎖の一本鎖DNA をドナーDNA とし、CRISPR/Cas9 と一緒に導入することで、
☞ GFP 配列を正確かつ効率よくノックインすることに成功した報告があります。

これっていいね
guide RNAによるゲノム編集ツール CRISPR-Cas9特集

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プラスミドマップ

～1.5 kb用 1.5～3 kb用
長鎖の一本鎖DNA（ssDNA）を調製するキットのプラスミドマップ #DS615 長鎖の一本鎖DNA（ssDNA）を調製するキットのプラスミドマップ # DS625
☞ DS615のベクターシークエンス情報 ☞ DS625のベクターシークエンス情報

※sequence ファイルにはパスワード（Access ID）が設定されております。製品の箱に記載されているAccess IDをご入力ください。以前に購入された方でAccess IDがついていない場合にはお問い合わせ下さい。


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原理および操作方法

長鎖の一本鎖DNA（ssDNA）を調製するキットの原理および操作方法

  1. 目的のDNA断片をキット添付のプラスミドのMCSの2つのNicking酵素サイトの間、あるいはNicking酵素サイトと制限酵素サイトの間にクローニングします。
     ※プラスミド構築には高効率コンピテントセル☞ DynaCompetent® Cells JetGiga DH5α（商品コード：DS230）を推奨。
  2. そのプラスミドを、クローニングに用いたサイトで、対応するNicking酵素や制限酵素を用いて消化します。
  3. 消化したプラスミドは、添付のDenaturing Gel-loading Bufferで変性させた後、付属のCrystal Violet溶液を添加したアガロースゲルで電気泳動を行います。
  4. 先頭のバンドを切り出し抽出、精製するだけで目的の一本鎖DNAが得られます。

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使用例

長鎖の一本鎖DNA（ssDNA）を調製するキットの使用例

Long ssDNA Preparation Kit（LsODN Preparation Kit）で調製した1,500 baseと3,000 baseの長鎖ssDNA

目的のdsDNA断片（1,500 bpまたは3,000 bp）をpLSODN-1又はpLSODN -3のMCS（Nt.BspQIサイト と Nb.BsrDIサイト間）にクローニングした。これをNicking酵素（Nt.BspQIと Nb.BsrDI）で処理することで目的断片の両端にニックを導入した。変性後、試料をアガロースゲル電気泳動で分離し、目的のバンドからDNAを抽出、精製した。いずれの試料もDenaturing Gel-loading Bufferによって変性後、電気泳動を行っている。

  • Lane 1：1,500 bp DNA断片を導入したpLSODN-1を、Nicking酵素で処理した試料
  • Lane 2：精製した長鎖ssDNA（1,500 base）
  • Lane 3：3,000 bp DNA断片を導入したpLSODN-3を、Nicking酵素で処理した試料
  • Lane 4:：精製した長鎖ssDNA（3,000 base）

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キット内容


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使用文献

  1. "ssODN-mediated knock-in with CRISPR-Cas for large genomic regions in zygotes. "
    Yoshimi K. et al., Nat. Commun., 7, 10431 (2016). [PMID:26786405]
    Nicking 酵素法（本製品）にて調製した長鎖一本鎖DNA、poly（A）を付与したCas9-poly（A）RNA、ガイドRNA（Thy1-TGA）をラット受精卵へマイクロインジェクションすることによって、ラットrThy1 遺伝子C 末端に、高い効率（11.1％）でGFP 遺伝子全域をノックインすることに成功した。
    この論文は、長鎖一本鎖DNA を用いたLssDNA 法（ssODN に対してLssDNA）によって、外来遺伝子全長のノックイン効率を高めることができることを示した。
  2. "Long noncoding RNA lncKdm2b is required for ILC3 maintenance by initiation of Zfp292 expression."
    Liu B., et al., Nat. Immunol., 18 (5), 499 (2017). [PMID:28319097]
  3. "The ER membrane adaptor ERAdP senses the bacterial second messenger c-di-AMP and initiates anti-bacterial immunity."
    Xia P., et al., Nat. Immunol., 19 (2), 141 (2018). [PMID:29292386]
  4. "LncGata6 maintains stemness of intestinal stem cells and promotes intestinal tumorigenesis."
    Zhu P., et al., Nat. Cell. Biol., 20 (10), 1134 (2018). [PMID:30224759]
  5. "Long noncoding RNA lncHand2 promotes liver repopulation via c-Met signaling."
    Wang Y., et al., J Hepatol., 69 (4), 861 (2018). [PMID:29653123]
  6. "IL-13 secreted by ILC2s promotes the self-renewal of intestinal stem cells through circular RNAcircPan3."
    Zhu P., et al., Nat. Immunol., 20 (2), 183 (2019). [PMID:30643264]
  7. "Exonuclease III (XthA) Enforces InVivo DNA Cloning of Escherichia coli To Create CohesiveEnds."
    Nozaki S. & Niki H., J. Bacteriol., 201 (5), e00660-18 (2019). [PMID:30530516]
  8. "New Additions to the CRISPR Toolbox: CRISPR- CLONInG and CRISPR- CLIP for Donor Construction in Genome Editing."
    Shola D.T.N., et al., CRISPR J., 3 (2), 109 (2020). [PMID:32315232]
  9. "Efficient CRISPR-Cas9-Mediated Knock-In of Composite Tags in Zebrafish Using Long ssDNA as a Donor."
    Ranawakage D.C., et al., Front. Cell. Dev. Biol., 8, 598634 (2021). [PMID:33681181]
  10. "Oocyte-specific gene knockdown by intronic artificial microRNAs driven by Zp3 transcription in mice."
    Sasaki K., et al., J. Reprod. Dev., 67 (3), 229 (2021). [PMID:33716236]
  11. "Hepatitis B virus cccDNA is formed through distinct repair processes of each strand."
    Wei L., et al., Nat. Commun., 12 (1), 1591 (2021). [PMID:33707452]

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ご購入時のご注意

  • 本製品をご購入の際は、☞ 専用の使用目的確約書が必要です。使用目的確約書に必要事項をご記入の上、販売店担当者にお渡し下さい。
  • 本製品または技術を商用目的で使用される場合は、あらかじめ当社受託・特注品担当（✉：jutaku@funakoshi.co.jp, ☎：03-5684-1645）までお問い合わせ下さい。
  • 本製品を用いて製造した産物（遺伝子改変マウス等）の販売や、第三者へのサービス提供等の目的での本製品の使用には、別途ライセンシングが必要となります。あらかじめお問い合わせ下さい。

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価格

本製品の価格は、大学・国公立機関（官公庁の研究所）：Academic のお客様と企業・営利団体：Commercial Entities のお客様とで異なります。

1.5 kbまでの一本鎖DNA調製キット

[在庫・価格 ：2025年01月24日 17時55分現在]

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Long ssDNA Preparation Kit for 1.5kb, Academic
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 2～3週間 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 11
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※国公立機関・大学にご所属の方にのみ販売できる製品です。 ※購入時に使用目的確約書が必要です。 1.5 kbまでの一本鎖DNA調製キットです。
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掲載カタログ ニュース2022年9月15日号 p.22
ニュース2022年9月1日号 p.30

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Long ssDNA Preparation Kit for 1.5kb, Commercial Entities
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[在庫・価格 ：2025年01月24日 17時55分現在]

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Long ssDNA Preparation Kit for 1.5kb, Academic

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Long ssDNA Preparation Kit for 1.5kb, Commercial Entities

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1.5～3 kbの一本鎖DNA調製キット

[在庫・価格 ：2025年01月24日 17時55分現在]

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Long ssDNA Preparation Kit for 3kb, Academic
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Long ssDNA Preparation Kit for 3kb, Commercial Entities
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[在庫・価格 ：2025年01月24日 17時55分現在]

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Long ssDNA Preparation Kit for 3kb, Academic

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Long ssDNA Preparation Kit for 3kb, Commercial Entities

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キット単品

長鎖一本鎖DNA 専用ゲル抽出キット

一本鎖DNA のゲルからの切り出し抽出用のスピンカラムキットです。

☞ Long ssDNA Gel Extraction Kitの詳細はこちら


DynaCompetent® Cells JetGiga DH5α

6分間の迅速な形質転換方法で、1×109 CFU/μgの高い形質転換効率を持つDH5αコンピテントセルです。好みの容量に分注・再凍結して使用可能です。

☞ DynaCompetent® Cells JetGiga DH5αの詳細はこちら

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DynaCompetent Cells JetGiga DH5α
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キャンペーン期間 2024/11/15 ～ 2025/02/28
[BDL]BDL設立25周年記念25％OFFキャンペーン[～2025/02/28]
説明文
高い形質転換効率を持つDH5αコンピテントセル。操作時間6分（ヒートショックあり，1×109 CFU/μg）と操作時間10分（ヒートショックなし，1×108 CFU/μg）の2種類のプロトコルを選択できる。
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掲載カタログ ニュース2024年11月1日号 p.8
ニュース2024年6月1日号 p.31

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DynaCompetent Cells JetGiga DH5α

文献数： 0

キャンペーン期間 2024/11/15 ～ 2025/02/28
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Denaturing Gel-Loading Buffer

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Denaturing Gel-Loading Buffer
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Denaturing Gel-Loading Buffer
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[在庫・価格 ：2025年01月24日 17時55分現在]

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Denaturing Gel-Loading Buffer

文献数： 2

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Denaturing Gel-Loading Buffer

文献数： 2

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分子量ラダーマーカー

[在庫・価格 ：2025年01月24日 17時55分現在]

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DynaMarker, Prestain Marker for RNA High
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着色済みのRNA分子量ラダーマーカー(Prestain RNA Ladder Marker)。約30回分。
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100周年ありがとうキャンペーン p.50
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 2～3週間 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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DNA分子量ラダーマーカー(DNA Ladder Marker)。Ready-to-LoadのDNA分子量マーカー。300～10,000 bp。6×BPB loading dye(1 ml)添付。容量：1 ml(5～10μl/lane)。容量：1 ml(5～10μl/lane)
法規制等
保存条件 -20℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2022年1月合併号 p.24
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DynaMarker, Prestain Marker for RNA High

文献数： 0

説明文 着色済みのRNA分子量ラダーマーカー(Prestain RNA Ladder Marker)。約30回分。
法規制等
保存条件 -80℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2023年3月15日号 p.29
100周年ありがとうキャンペーン p.50
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DynaMarker, DNA High D

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説明文 DNA分子量ラダーマーカー(DNA Ladder Marker)。Ready-to-LoadのDNA分子量マーカー。300～10,000 bp。6×BPB loading dye(1 ml)添付。容量：1 ml(5～10μl/lane)。容量：1 ml(5～10μl/lane)
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保存条件 -20℃ 法規備考
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フナゲルチップ ＆ ゲル切り出しチップ専用ピペット

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詳細はこちらをご覧下さい。

フナゲルチップ使用例 フナゲルピペット

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お問い合わせ先

（テクニカルサポート 試薬担当）

reagent@funakoshi.co.jp

製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
表示価格に、消費税等は含まれていません。一部価格が予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承下さい。

ゲノミクス