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1ステップで非メチル化シトシンをウラシルに変換する亜硫酸水素塩処理キット EZ DNA-Methylation Gold/Lightning Kit

掲載日情報:2024/09/04 現在Webページ番号:1110

Zymo Research社エピジェネティクスロゴ

1ステップで亜硫酸水素塩処理(バイサルファイト処理)を行い、DNAの非メチル化シトシンをウラシルに変換した後、迅速かつ簡単にDNAを抽出・精製できるキットです。DNAのメチル化解析に有用です。

Zymo Research社では、お客様の実験内容に応じて亜硫酸水素ナトリウム塩処理キットをご選択いただけるように幅広いシリーズ製品を取りそろえています。本ページではその中から、DNAの変性とCT変換を1ステップで行うことにより、従来の亜硫酸水素塩処理法に比べて操作がより簡便で処理時間も大幅されたEZ DNA Methylation-Gold KitおよびEZ DNA Methylation-Lightning Kitをご紹介いたします。
EZ DNA Methylation-Lightning Kitは、EZ DNA Methylation-Gold Kit改良版で、より少量のDNA試料にも適応可能で、変換効率も良くなりました。また、操作が簡便化されたことにより、処理時間がさらに短縮されるなど全般的なパフォーマンスの向上が施されています。

DNAメチル化について

DNAメチル化は、DNA分子に対する化学的修飾の一つです。多くは、5'-CG-3'のシトシン基(CpG配列のシトシン基)の5位の炭素にメチル基が共有結合し、5-メチルシトシン(5mC)が形成されることを指します。この反応は、DNAメチルトランスフェラーゼによって行われ、ゲノム全体においてDNAメチル化パターンを確立および維持されます。DNAメチル化は、DNA配列の変更を伴わずに遺伝子発現の調節や、細胞の分化、発生といった細胞内の働きを制御する役割をもちます。

シトシン、5-メチルシトシン、ウラシル、チミンの化学構造

シトシン、5-メチルシトシン、ウラシル、チミンの化学構造

DNA脱メチル化経路において中間体としての役割を担う5-ヒドロキシメチルシトシン(5-hmC)もまた、新しいエピジェネティックな調節を担っていると考えられています。近年ではmRNA、 tRNA、miRNAなどのRNA種においてもメチル化が起こり、RNAの安定性やmRNAの翻訳のようなさまざまな過程の制御に影響を与えていることが示唆されています。

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EZ DNA Methylation Kit(亜硫酸水素塩処理キット)シリーズ概要

図中のEZ Methylation KitまたはEZ Methylation-Direct/-Startup Kitをクリックすると、それぞれの製品記事をご覧いただけます。

EZ DNA Methylation Kitシリーズ各キットの操作方法概略
EZ DNA Methylation Kit EZ DNA Methylation-Direct/Startup Kit

EZ DNA Methylation Kit(亜硫酸水素塩処理キット)シリーズ各キットの操作方法概略


それぞれのキット(EZ DNA Methylation Startup Kitを除く)は、スピンカラム、96 wellプレート(Shallow well/Deep well)、MagPrepの4つのフォーマットからご選択いただけます。詳細は下表をご参照下さい。
品名をクリックすると製品の詳細、商品コードをクリックすると各キット製品の価格表をご覧いただけます。

品名 EZ(EZ-96 / EZ-96 MagPrep) Methylation DNA Kit
Methylation Kit Methylation
Gold Kit
Methylation
Lightning Kit
Methylation
Direct Kit
Methylation
Startup
製品説明 DNAの変性と亜硫酸水素塩処理を2ステップで行うキット。 1ステップでDNAの変性と亜硫酸水素塩処理の両方を行う迅速性に優れたキット。 変換試薬がReady-to-useになり、Gold Kitよりもさらに簡便性・迅速性などが向上したキット。 DNAの精製操作が不要で、細胞・組織から直接DNAを亜硫酸水素塩処理できるキット。 Direct Kitにコントロール実験用のヒトのメチル化したゲノムDNA、プライマーおよびDNAポリメラーゼを加えたキット。初めて亜硫酸水素塩処理を行う方におすすめ。
フォーマット
商品コード
スピンカラム D5001 / D5002 D5005 / D5006 D5030 / D5031 D5020 / D5021 D5024
Shallow well(96) D5003 D5007 D5032 D5022
Deep well(96) D5004 D5008 D5033 D5023
MagPrep(96) D5040 / D5041 D5042 / D5043 D5046 / D5047 D5044 / D5045
適応試料 DNA 500 pg~2 μg 500 pg~2 μg 100 pg~2 μg ≧50pg
その他 細胞(≧10 cells)、血液、パラフィン包埋組織切片(FFPE)など
変換効率 ≧99% ≧99% ≧99.5% ≧99.5% ≧99%
処理時間 12~16時間 3時間 1.5時間 4時間 4時間

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特長

  • DNAを化学的変性ではなく熱により変性させることにより、DNA変性と亜硫酸水素処理(亜硫酸水素塩処理)を1ステップで行えます。
  • 独自の技術を用いたカラムを使用することにより、DNAの脱亜硫酸水素化工程とDNAの精製工程が同時に行えます。
  • DNAの損傷、損失が最小限に抑えられています。
  • 高純度の変換DNAが高い回収率で回収できます。
  • 回収した変換DNAは制限酵素処理、シークエンシングやマイクロアレイなどにより解析します。
  • 適応試料*1:プラスミドDNA、ゲノムDNA、エンドヌクレアーゼ処理DNA

*1 DNA試料は、高品質でRNAフリーのものを用いて下さい。


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製品ラインナップ

EZ DNA Methylation Gold Kitシリーズ

商品コードをクリックすると各キット製品の価格表、キットコンポーネント()をクリックすると各単品製品の価格表をご覧いただけます。

品名 EZ DNA Methylation
-Gold Kit
EZ-96 DNA Methylation-Gold Kit
Shallow-Well Deep-Well MagPrep
商品コード D5005 / D5006 D5007 D5008 D5042 / D5043
製品外観 EZ DNA Methylation-Gold Kit製品外観🔍 EZ-96 DNA Methylation-Gold Kit製品外観🔍 EZ-96 DNA Methylation-Gold MagPrep Kit製品外観🔍
回収率 >75% >75% >70%
キット内容 CT conversion reagent
M-dilution buffer
M-dissolving buffer
M-binding buffer
M-wash buffer
M-desulphonation buffer
M-elution buffer
Zymo-spin IC column
Collection tube
EZ-Methylation Magprep bead*2
Zymo-Spin I-96 binding plate
Silicon-A binding plate
Conversion plate w/ pierceable cover film
Collection plate
Elution plate

*2 Magprep beadのみオートクレーブ可。
キットにPCR用酵素は含まれていません。別途ご用意下さい。


EZ DNA Methylation Lightning Kitシリーズ

商品コードをクリックすると各キット製品の価格表、キットコンポーネント()をクリックすると各単品製品の価格表をご覧いただけます。

品名 EZ DNA Methylation
-Lightning Kit
EZ-96 DNA Methylation-Lightning Kit
Shallow-Well Deep-Well MagPrep Automation
商品コード D5030 / D5031 D5032 D5033 D5046 / D5047 D5049
製品外観 EZ DNA Methylation-Lightning Kit製品外観🔍 EZ-96 DNA-Lightning Methylation-Lightning Kit製品外観🔍 EZ-96 DNA Methylation-Lightning MagPrep Kit製品外観🔍 EZ-96 DNA Methylation-Lightning Automation Kit製品外観🔍
回収率 >80% >80% >80% >80%
(≥100 bp)
キット内容 Lightning conversion reagent
M-binding buffer
M-wash buffer
L-desulphonation buffer
M-elution buffer
Zymo-spin IC column
Collection tube
EZ-Methylation Magprep bead*2
Zymo-Spin I-96 binding plate
Silicon-A binding plate
Conversion plate w/ pierceable cover film
Collection plate
Elution plate

*2 Magprep beadのみオートクレーブ可。
キットにPCR用酵素は含まれていません。別途ご用意下さい。


フォーマット別スペック比較表

品名 Zymo-spin IC column Silicon-A binding plate Zymo-Spin I-96 binding plate EZ-Methylation Magprep bead
製品外観 Zymo-spin IC column🔍 Silicon-A binding plate🔍 Zymo-Spin I-96 binding plate🔍 EZ-Methylation Magprep Beads🔍
形状 Spin column Shallow well plate Deep well plate Magbeads
高さ Binding plate 19 mm 35 mm
Binding plate+Collection plate 43 mm 60 mm
最大DNA結合量 5 μg
最少溶出量 10 μl 30 μl 15 μl 25 μl


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使用例

亜硫酸水素塩処理したDNA

亜硫酸水素塩処理したDNA

図をクリックすると拡大します(🔍)

サケ精子DNAに、完全にCpGメチル化され線状化されたpUC19およびpOXプラスミド(1.5% w/w)を添加し、EZ DNA Methylation-Gold Kitを用いて亜硫酸水素塩処理を行った。増幅産物を2.0%(w/v)TAE/アガロース/EtBrゲルで分析した結果、それぞれのプラスミドから453 bpおよび314 bpの増幅産物が得られた。

  • サイズマーカーM:100 bpラダー

少量のDNAからライブラリーの作製

少量のDNAからライブラリーの作製

図をクリックすると拡大します(🔍)

EZ DNA Methylation-Lightning Kitを用いて、10 pgのDNAから全ゲノムバイサルファイトシーケンシングライブラリーを作製した。ライブラリーはZymo Research Pico Methyl-Seq Prep Kitを用いて作製した後、Agilent 2200 Tapestationシステムを用いて分析した。

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解析システムにおける推奨キット

EZ DNA Methylation Kitシリーズは、それぞれ以下の解析システムの使用が推奨されています。

解析システム EZ DNA
Methylation Kit
EZ DNA
Methylation Gold Kit
EZ DNA
MethylationLightining Kit
Illumina Infinium and GoldenGate assay systems
Sequenom MassARRAY EpiTYPER
Epicentre EpiGnome Methyl-Seq kit
Agilent Technologies SureSelect Methyl-Seq Target Enrichment System
Roche NimbleGen SeqCap Epi Enrichment System

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製品掲載誌のご紹介

『実験医学別冊 エピジェネティクス実験スタンダード』(羊土社)にてZymo Research社 EZ DNA Methylation Kitが掲載されました

  • 牛島俊和、眞貝洋一、塩見春彦/編
  • 2017年05月19日発行
  • B5判 398ページ
  • ISBN 978-4-7581-0199-8
エピジェネティクス実験スタンダード

エピジェネティクス実験スタンダード

もう悩まない! ゲノム機能制御の読み解き方

上の表紙の画像をクリックすると(株)羊土社のサイトへ移動します。

掲載ページ タイトル 紹介製品
37 領域特異的バイサルファイトシークエンシング
45 メチル化特異的PCR法
77 MassARRAYを用いたメチル化解析
119 Infiniumを用いたメチル化解析
131 PBAT法によるメチローム解析
  • EZ DNA Methylation Gold Kit


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関連情報

下の各項目をクリックすると、メーカーサイトでそれぞれの詳細な解説(英語)をご覧いただけます。

エピジェネティクスオンラインカタログ リンク


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FAQ

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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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