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非メチル化シトシンをウラシルに変換する亜硫酸水素塩処理キット EZ DNA Methylation Kit

掲載日情報:2024/09/04 現在Webページ番号:1109

Zymo Research社エピジェネティクスロゴ

精製したDNA試料を熱変性し、次に亜硫酸水素ナトリウムで処理(バイサルファイト処理)することにより非メチル化シトシンをウラシルに化学的に変換するキットです。メチル化シトシンは変換されません。本キットで処理したDNAをテンプレートにしてPCRを行った後、制限酵素処理、シークエンシング、マイクロアレイなどによりメチル化DNAを検出することができます。

Zymo Research社では、お客様の実験内容に応じて亜硫酸水素ナトリウム塩処理キットをご選択いただけるように幅広いシリーズ製品を取りそろえています。

DNAメチル化について

DNAメチル化は、DNA分子に対する化学的修飾の一つです。多くは、5'-CG-3'のシトシン基(CpG配列のシトシン基)の5位の炭素にメチル基が共有結合し、5-メチルシトシン(5mC)が形成されることを指します。この反応は、DNAメチルトランスフェラーゼによって行われ、ゲノム全体においてDNAメチル化パターンを確立および維持されます。DNAメチル化は、DNA配列の変更を伴わずに遺伝子発現の調節や、細胞の分化、発生といった細胞内の働きを制御する役割をもちます。

シトシン、5-メチルシトシン、ウラシル、チミンの化学構造

シトシン、5-メチルシトシン、ウラシル、チミンの化学構造

DNA脱メチル化経路において中間体としての役割を担う5-ヒドロキシメチルシトシン(5-hmC)もまた、新しいエピジェネティックな調節を担っていると考えられています。近年ではmRNA、 tRNA、miRNAなどのRNA種においてもメチル化が起こり、RNAの安定性やmRNAの翻訳のようなさまざまな過程の制御に影響を与えていることが示唆されています。



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EZ DNA Methylation Kit(亜硫酸水素塩処理キット)シリーズ概要

図のEZ Methylation-Gold/-Lightning KitまたはEZ Methylation-Direct/-Startup Kitをクリックすると、それぞれの製品記事をご覧いただけます。

EZ DNA Methylation Kitシリーズ各キットの操作方法概略
EZ DNA Methylation-Gold/Lightning Kit EZ DNA Methylation-Direct/Startup Kit

EZ DNA Methylation Kit(亜硫酸水素塩処理キット)シリーズ各キットの操作方法概略


それぞれのキット(EZ DNA Methylation Startup Kitを除く)は、スピンカラム、96 wellプレート(Shallow well/Deep well)、MagPrepの4つのフォーマットからご選択いただけます。詳細は下表をご参照下さい。
品名をクリックすると製品の詳細、商品コードをクリックすると各キット製品の価格表をご覧いただけます。

品名 EZ(EZ-96 / EZ-96 MagPrep) DNA Kit
Methylation Kit Methylation
Gold Kit
Methylation
Lightning Kit
Methylation
Direct Kit
Methylation
Startup Kit
製品説明 DNAの変性と亜硫酸水素塩処理を2ステップで行うキット。 1ステップでDNAの変性と亜硫酸水素塩処理の両方を行う迅速性に優れたキット。 変換試薬がReady-to-useになり、Gold Kitよりもさらに簡便性・迅速性などが向上したキット。 DNAの精製操作が不要で、細胞・組織から直接DNAを亜硫酸水素塩処理できるキット。 Direct Kitにコントロール実験用のヒトのメチル化したゲノムDNA、プライマーおよびDNAポリメラーゼを加えたキット。初めて亜硫酸水素塩処理を行う方におすすめ。
フォーマット
商品コード
スピンカラム D5001 / D5002 D5005 / D5006 D5030 / D5031 D5020 / D5021 D5024
Shallow well(96) D5003 D5007 D5032 D5022
Deep well(96) D5004 D5008 D5033 D5023
MagPrep(96) D5040 / D5041 D5042 / D5043 D5046 / D5047 D5044 / D5045
適応試料 DNA 500 pg~2 μg 500 pg~2 μg 100 pg~2 μg ≧50pg
その他 細胞(≧10 cells)、血液、パラフィン包埋組織切片(FFPE)など
変換効率 ≧99% ≧99% ≧99.5% ≧99.5% ≧99%
処理時間 12~16時間 3時間 1.5時間 4時間 4時間

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特長

  • 亜硫酸水素塩処理したDNAの洗浄と脱スルホン化を同一のカラムで行えるため、試料DNAの分解や、損失を最小限に抑えられます。
  • キットには、ウラシルに変換したDNAを高純度で精製する試薬が含まれています。
  • 適応試料*1:プラスミドDNA、ゲノムDNA、エンドヌクレアーゼ処理DNA

*1 DNA試料は、高品質でRNAフリーのものを用いて下さい。


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製品ラインナップ

商品コードをクリックすると各キット製品の価格表、キットコンポーネント()をクリックすると各単品製品の価格表をご覧いただけます。

品名 EZ DNA
Methylation Kit
EZ-96 DNA Methylation Kit
Shallow-Well Deep-Well MagPrep
商品コード D5001 / D5002 D5003 D5004 D5040 / D5041
製品外観 EZ DNA Methylation Kit製品外観🔍 EZ-96 DNA Methylation Kit製品外観🔍 EZ-96 DNA Methylation MagPrep Kit製品外観🔍
回収率 >80% >80% >70%
キット内容 CT conversion reagent
M-dilution buffer
M-binding buffer
M-wash buffer
M-desulphonation buffer
M-elution buffer
Zymo-spin IC column
Collection tube
EZ-Methylation Magprep bead*2
Zymo-Spin I-96 binding plate
Silicon-A binding plate
Conversion plate w/ pierceable cover film
Collection plate
Elution plate

*2 Magprep beadのみオートクレーブ可。
キットにPCR用酵素は含まれていません。別途ご用意下さい。


フォーマット別スペック比較表

品名 Zymo-spin IC column Silicon-A binding plate Zymo-Spin I-96 binding plate EZ-Methylation Magprep bead
製品外観 Zymo-spin IC column🔍 Silicon-A binding plate🔍 Zymo-Spin I-96 binding plate🔍 EZ-Methylation Magprep Beads🔍
形状 Spin column Shallow well plate Deep well plate Magbeads
高さ Binding plate 19 mm 35 mm
Binding plate+Collection plate 43 mm 60 mm
最大DNA結合量 5 μg
最少溶出量 10 μl 30 μl 15 μl 25 μl


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使用例

亜硫酸水素塩処理後のDNA配列結果

亜硫酸水素塩処理後のDNA配列結果

CpGメチル化(5位のメチル基)を含むDNAを亜硫酸水素塩処理した。回収したDNAをPCRで増幅し、ダイレクトシークエンシングを行った。5位のメチル化シトシンは変換されず、非メチル化シトシン(7、9、11、14、15位)は亜硫酸水素塩処理後に完全にウラシルに変換され、PCR後にチミンとして検出された。

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解析システムにおける推奨キット

EZ DNA Methylation Kitシリーズは、以下の解析システムにおいて使用が推奨されています。

解析システム EZ DNA Methylation Kit EZ DNA Methylation
Gold
EZ DNA Methylation
Lightining
Illumina Infinium and GoldenGate assay systems
Sequenom MassARRAY EpiTYPER
Epicentre EpiGnome Methyl-Seq kit
Agilent Technologies SureSelect Methyl-Seq Target Enrichment System
Roche NimbleGen SeqCap Epi Enrichment System

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製品掲載誌のご紹介

『実験医学別冊 エピジェネティクス実験スタンダード』(羊土社)にてZymo Research社 EZ DNA Methylation Kitが掲載されました

  • 牛島俊和、眞貝洋一、塩見春彦/編
  • 2017年05月19日発行
  • B5判 398ページ
  • ISBN 978-4-7581-0199-8
エピジェネティクス実験スタンダード

エピジェネティクス実験スタンダード

もう悩まない! ゲノム機能制御の読み解き方

上の表紙の画像をクリックすると(株)羊土社のサイトへ移動します。

掲載ページ タイトル 紹介製品
37 領域特異的バイサルファイトシークエンシング
  • EZ DNA Methylation Kit
45 メチル化特異的PCR法
77 MassARRAYを用いたメチル化解析
119 Infiniumを用いたメチル化解析
131 PBAT法によるメチローム解析


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関連情報

下の各項目をクリックすると、メーカーサイトでそれぞれの詳細な解説(英語)をご覧いただけます。

エピジェネティクスオンラインカタログ リンク


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FAQ

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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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