微生物叢の遺伝子発現プロファイリング メタトランスクリプトーム解析受託サービス
掲載日情報：2025/10/16 現在Webページ番号：72556
多様な試料由来のRNAから宿主および細菌のリボソームRNA（rRNA）を効率的に除去し、網羅的に遺伝子発現を解析するメタトランスクリプトーム解析の受託サービスです。Zymo Research社では、細菌・古細菌・真核生物・DNAウイルスを含む生物界全体を対象に、77,000株以上のリファレンスデータを利用可能です。さらに、独自アルゴリズムにより分類学的同定における疑陽性のリスクを抑制した高精度な解析をご提供します。
※ メタゲノム解析受託サービスについてはこちらをご覧下さい。
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
代謝経路と遺伝子発現の解析
代謝経路プロファイリングでは、ヒートマップにより各試料における機能的経路の多様な発現パターンを可視化できます。さらに、階層的クラスター分析により、データの類似性に基づく試料間の関連性を明確化します。
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特長
- さまざまな試料由来のRNAから、宿主および細菌のリボソームRNA（rRNA）を効率的に除去します。
- 包括的に遺伝子発現の解析を行います。
- 細菌・古細菌・真核生物・ウイルスなど、多様な生物界のRNAを検出できます。
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受託サービスの詳細
| シークエンシングの プラットフォーム |
Illumina NovaSeq X 10B / 25B Reagent kit（2×150 bp） |
|---|---|
| ご提供いただく試料 |
■ 生体試料（詳細はお問合せ下さい） |
| RNA抽出方法 （Zymo Research社で抽出する場合） |
■ ZymoBIOMICS 96 Magbead RNA（#R2137） |
| ライブラリー調製方法 |
■ Zymo-Seq RiboFree Total RNA Library Kit（#R3003） |
| 品質管理 | ポジティブコントロールとして、ZymoBIOMICS Microbial Community Standard（#D6300）を品質管理に使用します。また、RNA抽出、PCRそれぞれのステップにおけるネガティブコントロールは厳重に管理され、ご要望に応じてシークエンシングが可能です。 |
| シークエンシング解析 | Sourmashを用いたKmerに基づくシグネチャー解析、Diamondを用いた抗菌薬耐性解析、Humann3を用いた機能的経路解析 |
| 分類 |
■ 細菌と古細菌：株レベル |
| リファレンスデータベース |
細菌、古細菌の同定には、sourmashが提供するGTDBデータベース（R07-RS207）を使用し、ウイルス、真菌、原虫の同定には、sourmashが提供するGenBankデータベース（v. 2022.03）を使用してプロファイリングを行います。 ※ sourmashが提供するデータベースはこちらよりご覧いただけます。 |
| データ解析 |
■ 分類学的プロファイル |
| 統計解析 | LEfSeを用いた群間比較解析 |
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解析の一例
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納品されるレポートの例
※ サンプルレポートについてはこちらをご覧下さい。
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ご注文方法／価格
サービスの詳細、ご注文方法については、当社受託・特注品担当までお問い合わせ下さい。
※ ご依頼内容に応じて個別にお見積りいたします。お気軽にお問い合わせ下さい。
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| お問い合わせ | 試料送付 | 報告書の納品 |
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