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多数のRNA試料から迅速・簡便にNGSライブラリーを調製できるキット MERCURIUS BRB-seq Library Preparation Kit

掲載日情報:2024/05/24 現在Webページ番号:71741

3' mRNAシークエンシング用のNGSライブラリーを迅速・簡便に調製するキットで、多検体処理が可能です。BRB-seq Technologyを用い、逆転写のステップでcDNAに固有のバーコード配列を組み込むため、以降のステップは1本のチューブに多数の試料をプールして操作することができます。 使用対象のNGS機器は、イルミナ社のシステムとElement社のAVITIシステムです。


MERCURIUS BRB-seq Library Preparation Kitについて

BRB-seq Technology

BRB-seq oligoを用いてcDNAをタグ付けを行い、多数の試料を1本のチューブにプールしてNGS用のライブラリー調製を実施するBRB-seq(Bulk RNA Barcoding and sequencing)法に基づいています。
BRB-seq oligoは、poly T配列を末端に有し、mRNAの3'末端にハイブリダイズしてcDNAを合成するためのオリゴヌクレオチドです。各BRB-seq oligoには、固有のバーコード配列(BRB-seq barcode)がそれぞれ組み込まれています。個々の試料をBRB-seq oligoを用いてcDNA合成を実施することで、各試料に対しバーコード配列によるタグ付けを行うことができます。
BRB-seq oligoはプレートに入った状態で提供されます。各ウェルには異なる配列のBRB-seqを有したoligoが入っており、各ウェルで逆転写反応を実施することで、試料ごとにタグ付けを行います。バーコード配列により試料を識別できるため、逆転写反応後は1つのチューブ中にすべての試料を混合してライブラリー調製を実施することができます。
BRB-seq Technology

操作法概略

操作法概略

各試料からRNAを抽出後、BRB-seq oligoを用いて96あるいは384ウェルプレートで逆転写反応を実施し、cDNAを合成します。この反応により、バーコード配列を各試料から合成した各cDNA鎖に組込みます。その後に反応液を1本のチューブにプールして、相補的cDNAの合成、タグメンテーション、増幅操作とNGSライブラリーの調製反応を実施します。

従来法に対する利点

従来法では各試料を数量分、個別に反応操作を実施するため、検体数が多い時にはライブラリー調製に多くの手間がかかります。一方、BRB-seq Library Preparation Kitでは逆転写の酵素反応が完了後、すべての試料を1つのチューブに入れて反応を実施します。従来法では検体数分の操作が必要だったのが、1本分の操作へと集約されることになり、シークエンシングの試料準備の労力を大幅に削減することができます。

従来法に対する利点

図4. 従来法とAlithea社BRB-seq法の比較


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特長

  • 最大で384試料を1本のチューブでまとめて処理することができます。
  • 操作時間および手間を大幅に省くことができ、操作も簡単で迅速に3'mRNA-seq用ライブラリーが調製できます。
  • 真核生物由来のRNAを試料として使用できます。
  • さまざまな試料数に応じたキットをご用意しています(ラインナップによって、対応試料数が異なります)。
  • 少ないRNA量にも対応した高感度タイプHS(High Sensitivity)BRB-seq Kitもあります。
  • Human Blood BRB-seq Kitは、ヒト血液試料中に含まれるグロビンmRNAの除去用の試薬(逆転写を阻害する試薬)Human Globin Blocker Reagentが含まれ、本試薬の添加で効率的にグロビンmRNAを除去できます。
  • Plant BRB-seq Kitは、植物試料より抽出したTotal RNAで製品のQCを行っています。

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BRB-seq Library Preparation Kitのラインナップ

種類 BRB-seq(スタンダード) High Sensitivity BRB-seq Blood BRB-seq Plant BRB-seq
適用試料 各種試料より抽出したTotal RNA ヒト血液試料より抽出した
Total RNA
植物試料より抽出した
Total RNA
反応に必要なRNA量(/well) 10~1000 ng/well 1~500 ng/well 200~1000 ng/well 10~1000 ng/well
プールする検体数によって変化します。必要な量は各製品のデータシートをご確認下さい。

スタンダードBRB-seq KitとHS(High Sensitivity)BRB-seq Kitの違い

各種試料から抽出したTotal RNAに対応したBRB-seq Library Preparation KitにはスタンダードのBRB-seq Kitと、より少ないRNA量に対応をしたHS BRB-seq Kitがあります。各試料の出発RNA量およびプールする試料数によって、推奨のキットが変わります。以下の図および各データシートを参考に、製品を選択して下さい。

BRB-seqとHS BRB-seqの違い

逆転写反応に用いるRNA量/wellとプールする検体量の相関図。水色がスタンダードBRB-seq Kitの使用が推奨され、青色がHS BRB-seq Kitの使用が推奨される。

スタンダードBRB-seq KitとHigh Sensitivity BRB-seq Kitを用いた出発試料量

スタンダードBRB-seq KitとHS BRB-seq Kitを用いた出発試料量と検出できた遺伝子数の比較。96試料をプールして、1試料あたり2Mリードで解析を実施。

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使用例

スタンダードBRB-seq Kitで調製したライブラリーの検出例

BRB-seq Kitで調製したライブラリーの検出例

スタンダードBRB-seq Kitを用いて384試料から調製したライブラリーのシークエンシングを行った。各試料において概ね均一に12,000以上の遺伝子が検出された。平均リード数:100万。

他社従来法製品との検出遺伝子の比較

他社従来法製品との検出遺伝子の比較<

スタンダードBRB-seq Kitおよび他社従来法製品を用いて、同じRNA試料からライブラリーをそれぞれの方法で調製し、解析を実施した。同等のシークエンス深度において、プール法のスタンダードBRB-seq Kitは、従来法と比較して遜色ない遺伝子検出数(左図)および変動遺伝子(右図)を検出した。

Human Globin Blocker Reagentによるグロビン除去能

Human Globin Blocker Reagentによるグロビン除去能

Human Blood BRB-seq Kitを用いてグロビンを除去せずに血液試料由来のRNAからライブラリーを調製して解析すると、多くのグロビン遺伝子(HBB, HBA1, HBA2, HBD)が検出された(左図)。一方、キットに含まれる除去試薬を用いると、グロビン遺伝子は検出されなかった(右図)。

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価格表

BRB-seq Library Preparation Kit

[在庫・価格 :2025年04月25日 16時35分現在]

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MERCURIUS BRB-seq Library Preparation Kit for Illumina and AVITI (96 reactions)
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※1回の注文につき15万円の輸送費が別途必要となります。輸送費は品数に依らず一律です。 多数の精製RNA試料から3'mRNA-seqライブラリーを調製するキット(イルミナ用およびAVITI用)。多検体のライブラリー調製をまとめて1本のチューブ内で実施でき、操作の手間を大幅に削減する。
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掲載カタログ ニュース2024年10月1日号 p.30

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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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