会員ID：
パスワード：

キーワード	：

キーワード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
製品区分	：	中止製品	：

キーワード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
中止製品	：

抗原種ヘルプ	：	交差性ヘルプ	：	免疫動物ヘルプ	：
標識ヘルプ	：	適用ヘルプ	：	性状ヘルプ	：
吸収処理ヘルプ	：	クラスヘルプ	：	クローンヘルプ	：

製品区分	：	一致条件	：	中止製品	：

メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：

CAS番号	：

メーカー略称	：選択	中止製品	：

メーカー：	Horizon社Dharmacon製品 OriGene Technologies TransOMIC Technologies
	Horizon社Dharmacon製品(メーカー略称：DHA)のRNAiコレクション，cDNAコレクション，Yeastコレクションなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら OriGene Technologies社(メーカー略称：ORI)のTrueClone / TrueORF / TrueORF Gold cDNAクローンなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら TransOMIC Technologies社(メーカー略称：TOT)のRNAiコレクション，cDNAコレクション，Yeastコレクションなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら
キーワード	：

WEBページ番号検索	：

HOME> 受託サービス・特注品> 細胞・培養関連> 微生物の解析> ロングリードメタゲノムアセンブリ解析受託サービス
HOME> 受託サービス・特注品> ゲノミクス・エピジェネティクス> DNAシークエンシング> ロングリードメタゲノムアセンブリ解析受託サービス
HOME> 受託サービス・特注品> 試料分析> 微生物> ロングリードメタゲノムアセンブリ解析受託サービス

Zymo Research社の豊富なバイオインフォマティクスソリューションで解析を行いますロングリードメタゲノムアセンブリ解析受託サービス

掲載日情報：2024/05/01 現在Webページ番号：71726

ザイモリサーチ /
ZYMO RESEARCH
[メーカー略称：ZYR]

Pacific Biosciences社のSequel Ⅱe（ロングリードシークエンシング）システムとZymo Research社の洗練されたバイオインフォマティクスソリューションを組み合わせた解析受託サービスです。Zymo Research社は、Pacific Biosciences社の認証サービスプロバイダーであり、DNA抽出からメタゲノムアセンブリ、包括的な解析に至るまでのワークフロー全体をご提供しています。

※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

メタゲノム解析について
HiFiリードについて
受託サービスの詳細
解析の一例
納品されるレポートの例
ご注文方法／価格
関連した特集記事

メタゲノム解析について

メタゲノム解析は、微生物学研究における画期的なアプローチであり、個々の生物を分離・培養せずにそのままシークエンシングを用いて解析をすることです。解析の際にはDNA抽出、ライブラリー調製、シークエンシングといったウェットラボでの作業と、リードクオリティの向上、DNA配列アセンブリ、コンティグ／スキャフォールドビニングによるゲノムの再構築、分類アノテーション、遺伝子予測、遺伝子アノテーションといったドライラボでの作業があります。

目次に戻る

HiFiリードについて

HiFiリードは、PacBioロングリードシークエンシングシステムのCircular Consensus Sequencing（CCS）modeを用いて作成されます。最大15～20 kbのサイズで、99%を超える精度（Q20以上）を有しています。

目次に戻る

受託サービスの詳細

シークエンシングのプラットフォーム	Pacific Biosciences社 Sequel Ⅱe
シークエンシングの方式	SMRT Cell 8M
お送りいただく試料	ゲノムDNA抽出物、または生体試料
DNA抽出方法（Zymo Research社で抽出する場合）	ZymoBIOMICS 96 Magbead DNA（#D4308） ZymoBIOMICS DNA Miniprep（#D4300）これらのキットの使用により、8～15 kbの高分子量を維持したDNAをバイアスなく抽出します。
ライブラリー調製方法	Pacific Biosciences社 SMRTbell Prep Kit 3.0（with SMRTbell cleanup beads） Pacific Biosciences社 SMRTbell Barcoded Adapter Plate 3.0
品質管理	ポジティブコントロールとして、ZymoBIOMICS Microbial Community Standard（#D6300）を品質管理に使用し、解析結果をレポートで報告します。
シークエンシング解析	＜解析方法＞得られたHiFiリードをhifiasm-metaを用いてコンティグにアセンブルします。このコンティグをMetaBAT2とSemiBin2を用いて、ビンまたはメタゲノムアセンブリゲノム（Metagenome Assembled Genome, MAGs）にビニングします。これらのビニング結果をDASToolでマージします。ビン／MAGsの品質はCheckM2を用いて評価します。高品質のMAGs（CheckM2で完全性が60%以上、コンタミネーションが10%未満）を選択し、GTDB-Tkでアノテーションを行います。 sourmashを用いて、HiFiリードから分類学的プロファイリングを行います（下記参照）。
参照データベース	＜分類学的プロファイリング＞細菌、古細菌の同定には、sourmashが提供するGTDBデータベース（R07-RS207）を使用し、ウイルス、真菌、原虫の同定には、sourmashが提供するGenBankデータベース（v. 2022.03）を使用してプロファイリングを行います。 ※ sourmashが提供するデータベースはこちらよりご覧いただけます。
データの可視化	QIIME（Quantitative Insights Into Microbial Ecology）の解析結果は、αおよびβ多様性プロット、微生物叢構成ごとの積み上げグラフ（バープロット）、ヒートマップ（内部スクリプト使用）の形で作成します。
統計解析	微生物分布が定義済みのグループの場合、メタゲノムバイオマーカー探索のための群間比較解析（LEfSe）を行います。

目次に戻る

解析の一例

ロングリードシーケンスシステムを用いるため、偏りのないプロファイリングが可能です！

高分子量DNAのゲル電気泳動イメージ
ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA KitまたはMiniprep Kitを用いて抽出した糞便由来DNAの断片サイズ分布。

糞便試料から100個のMAGsが回収可能！

高品質なMAGs

ZymoBIOMICS Fecal Reference（#D6323）を用いてDNAを抽出し、Pacific Biosciences社のSequel Ⅱeシステムで塩基配列を決定した。このデータセットのアセンブルをバイオインフォマティクス解析したところ、100個の高品質なMAGs（メタゲノムアッセンブルゲノム）が得られた。

目次に戻る