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メーカー：	Horizon社Dharmacon製品 OriGene Technologies
	Horizon社Dharmacon製品(メーカー略称：DHA)のRNAiコレクション，cDNAコレクション，Yeastコレクションなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら OriGene Technologies社(メーカー略称：ORI)のTrueClone / TrueORF / TrueORF Gold cDNAクローンなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら
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Zymo Research社の豊富なバイオインフォマティクスソリューションで解析を行いますロングリードメタゲノムアセンブリ解析受託サービス

掲載日情報：2024/05/01 現在Webページ番号：71726

ザイモリサーチ /
ZYMO RESEARCH
[メーカー略称：ZYR]

PacBio社のSequel Ⅱe（ロングリードシークエンシング）システムとZymo Research社の洗練されたバイオインフォマティクスソリューションを組み合わせた解析受託サービスです。Zymo Research社は、PacBio社の認証サービスプロバイダーであり、DNA抽出からメタゲノムアセンブリ、包括的な解析に至るまでのワークフロー全体をご提供しています。

※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

メタゲノム解析について
HiFiリードについて
受託サービスの詳細
解析の一例
納品されるレポートの例
ご注文方法／価格
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メタゲノム解析について

メタゲノム解析は、微生物学研究における画期的なアプローチであり、個々の生物を分離・培養せずにそのままシークエンシングを用いて解析をすることです。解析の際にはDNA抽出、ライブラリー調製、シークエンシングといったウェットラボでの作業と、リードクオリティの向上、DNA配列アセンブリ、コンティグ／スキャフォールドビニングによるゲノムの再構築、分類アノテーション、遺伝子予測、遺伝子アノテーションといったドライラボでの作業があります。

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HiFiリードについて

HiFiリードは、PacBio社のロングリードシークエンシングシステムのCircular Consensus Sequencing（CCS）modeを用いて作成されます。最大15～20 kbのサイズで、99%を超える精度（Q20以上）を有しています。

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受託サービスの詳細

シークエンシングのプラットフォーム	PacBio社 Sequel Ⅱe
シークエンシングの方式	SMRT Cell 8M
お送りいただく試料	ゲノムDNA抽出物、または生体試料
DNA抽出方法（Zymo Research社で抽出する場合）	ZymoBIOMICS 96 Magbead DNA（#D4308） ZymoBIOMICS DNA Miniprep（#D4300）これらのキットの使用により、8～15 kbの高分子量を維持したDNAをバイアスなく抽出します。
ライブラリー調製方法	PacBio社 SMRTbell Prep Kit 3.0（with SMRTbell cleanup beads） PacBio社 SMRTbell Barcoded Adapter Plate 3.0
品質管理	ポジティブコントロールとして、ZymoBIOMICS Microbial Community Standard（#D6300）を品質管理に使用し、解析結果をレポートで報告します。
シークエンシング解析	＜解析方法＞得られたHiFiリードをhifiasm-metaを用いてコンティグにアセンブルします。このコンティグをMetaBAT2とSemiBin2を用いて、ビンまたはメタゲノムアセンブリゲノム（Metagenome Assembled Genome, MAGs）にビニングします。これらのビニング結果をDASToolでマージします。ビン／MAGsの品質はCheckM2を用いて評価します。高品質のMAGs（CheckM2で完全性が60%以上、コンタミネーションが10%未満）を選択し、GTDB-Tkでアノテーションを行います。 sourmashを用いて、HiFiリードから分類学的プロファイリングを行います（下記参照）。
参照データベース	＜分類学的プロファイリング＞細菌、古細菌の同定には、sourmashが提供するGTDBデータベース（R07-RS207）を使用し、ウイルス、真菌、原虫の同定には、sourmashが提供するGenBankデータベース（v. 2022.03）を使用してプロファイリングを行います。 ※ sourmashが提供するデータベースはこちらよりご覧いただけます。
データの可視化	QIIME（Quantitative Insights Into Microbial Ecology）の解析結果は、αおよびβ多様性プロット、微生物叢構成ごとの積み上げグラフ（バープロット）、ヒートマップ（内部スクリプト使用）の形で作成します。
統計解析	微生物分布が定義済みのグループの場合、メタゲノムバイオマーカー探索のための群間比較解析（LEfSe）を行います。