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メーカー：	Horizon社Dharmacon製品 OriGene Technologies
	Horizon社Dharmacon製品(メーカー略称：DHA)のRNAiコレクション，cDNAコレクション，Yeastコレクションなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら OriGene Technologies社(メーカー略称：ORI)のTrueClone / TrueORF / TrueORF Gold cDNAクローンなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら
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HOME > 試薬 > 遺伝子工学 > エピジェネティクス > EpiNext Chromatin Accessibility Sequencing Fast Kit

従来法より簡便かつ短時間でクロマチンアクセシビリティ解析ができるキット EpiNext Chromatin Accessibility Sequencing Fast Kit

掲載日情報：2024/09/03 現在Webページ番号：70874

エピジェンテックグループ /
Epigentek Group Inc.
[メーカー略称：EPG]

ヌクレオソーム／転写因子の配置を含むゲノム全体のクロマチンアクセシビリティを分析するためのキットです。哺乳動物の組織／細胞試料から核を単離し、これを独自の核酸切断酵素で処理して標的タンパク質やヒストンに結合したDNAのみを得て、次世代シークエンシング（NGS）用ライブラリーを迅速に調製します。従来のDNase-seq法やMNase-seq法、ATAC-Seq法に比べて操作時間が短縮でき、さらにミトコンドリアDNAの混入の防止やバイアスの低減などの長所を有しています。キットには、必要なすべての試薬が含まれています。

※ qPCRによりクロマチン状態（ユークロマチン・ヘテロクロマチン）を解析するキットについては☞ EpiQuik Chromatin Accessibility Assay Kitをご覧下さい。
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

EpiNext Chromatin Accessibility Sequencing Fast Kitの製品外観

従来のクロマチンアクセシビリティ解析法における問題点について
測定原理
特長
操作方法概略
使用例
キット内容
価格

従来のクロマチンアクセシビリティ解析法における問題点について

従来のクロマチンアクセシビリティ解析・評価方法

クロマチンと転写因子間の相互作用の役割を解明するには、ゲノムに沿って配置されたヌクレオソームのマッピングを通してクロマチンのアクセシビリティを決定することが重要です。現在、クロマチンアクセシビリティ解析方法はいくつかありますが、その代表的なものにDNase I（DNase-seq法）またはミクロコッカスヌクレアーゼ（MNase-seq法）を用いる方法、およびATAC-seq法（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）があります。

DNase-seq法およびMNase-seq法の問題点

DNase-seq法およびMNase-seq法では、多くの細胞が必要となり、また酵素濃度や消化条件を最適化することが難しいためにアッセイバイアスの影響を受けやすい問題があります。さらに、過酷な環境では機能せず、組織試料には適していません。

ATAC-Seq法の問題点

ATAC-Seq法は、MNase-seq、FAIRE-seq、およびDNase-seq法に変わるものとして最初に報告された手法です。ATAC-seq法は、無損傷な核を直接試料として、高活性改変型Tn5トランスポゼースを用いてオープンクロマチン領域を特定する方法で、アクセス可能なDNAに直接シークエンシングアダプターを挿入します。この方法は、DNase-seq法やMNase-seqよりもエピゲノム解析において最も迅速な方法であり、また高感度であることが示されています。しかしATAC-seqは、Tn5トランスポゼースの配列特異的切断により著しい断片化とGC含有量の偏りが生じます。さらに、ミトコンドリアDNAと核DNAの両方にDNAが非特異的に挿入されるため、ミトコンドリアDNAが混入するという欠点もあります。

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測定原理

本アッセイでは、細胞／組織から単離した核を独自の核酸切断酵素混液で処理します。これにより、クロマチンが断片化されて標的クロマチンの両端のDNA配列が切断／除去されますが、標的タンパク質／ヒストンが占めるDNA配列には影響を与えません。アダプターは、標的タンパク質／ヒストンに結合したDNAフラグメントに結合します。次にアダプターが結合したDNAを高フィデリティのPCR Mixで増幅し、ライブラリーを調製します。

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特長

3ステップからなる操作で細胞／組織試料からシークエンシングに使用できるライブラリーの調製が、わずか2時間で完了します。ATAC-seq法に比べて短時間で、かつ核損傷を最小限に抑えるとともに、クロマチン構造を維持し、ミトコンドリアDNAの混入を防ぎます。
DNAse-seq法やMNase-seq法とは異なり、過酷な環境下や少量の新鮮／凍結組織試料に適応します。
核酸切断酵素による特異的な切断がないため、断片化バイアスやGCまたはAT含量に起因するバイアスを最小限に抑えることができます。
適応試料：哺乳動物組織（凍結組織）、細胞（培養細胞）など
必要試料量：細胞50,000～500,000 cellsまたは組織5～50 mg（推奨試料量：細胞200,000 cellsまたは組織20 mg）

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