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qPCRによりクロマチン状態(ユークロマチン・ヘテロクロマチン)を解析するキット EpiQuik Chromatin Accessibility Assay Kit

掲載日情報:2015/06/08 現在Webページ番号:63452

qPCRにより,標的遺伝子配列を含むクロマチンの状態(ユークロマチンまたはヘテロクロマチン)を解析するための試料調製用キットです。キットには細胞・組織試料の溶解,クロマチンの抽出・消化,DNA精製用の試薬が含まれています。

MEMO

クロマチン接近可能性(アクセシビリティ)について


The accessibility of regulatory elements in chromatin is critical for many aspects of gene regulation. Nucleosomes positioned over regulatory elements inhibit access of transcription factors to DNA. To elucidate the role of the interactions between chromatin and transcription factors, it is crucial to determine chromatin accessibility through mapping of the nucleosome positioning along the genome. In general, the more condensed the chromatin, the more difficult it is for transcription factors and other DNA binding proteins to access DNA and carry out their tasks. The more accessible the DNA, the more likely surrounding genes are actively transcribed. The presence (or the absence) of nucleosomes directly or indirectly affects a variety of other cellular and metabolic processes such as recombination, replication, centromere formation, and DNA repair.

EpiQuik Chromatin Accessibility Assay Kitの使用例1

特長

  • 細胞・組織の溶解から,qPCR用のDNA精製まで迅速(約1時間30分)に操作が行えます。
  • 迅速なプロトコルにより,核へのダメージや,解離したクロマチン構成因子の損失を最小限に抑え,クロマチンの状態を保てます。
  • キットには,ユークロマチンまたはヘテロクロマチンを解析するためのヒト用のコントロールプライマーが含まれています。ヒト試料でのクロマチンDNAの消化が適切に行われたかの判断に有用です。
  • ハイスループット反応にも適用します。
  • 測定試料:哺乳動物組織(新鮮/凍結),培養細胞
  • 必要試料量:細胞 1×105~2×106(最適量:0.5×106),組織 2~40 mg(最適量:10 mg)

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操作方法概略

EpiQuik Chromatin Accessibility Assay Kitの操作方法概略

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原理と使用例

ヌクレアーゼで処理および未処理の抽出クロマチンからDNAを精製し,標的遺伝子に対するプライマーを用いてqPCRを行います。

標的遺伝子を含むクロマチンが,転写因子や他のDNA結合タンパク質と接近可能な場合(ユークロマチン)は,ヌクレアーゼにより消化されてqPCRでCt値は大きくシフトします。

一方,接近可能性が低い場合(ヘテロクロマチン)では,ヌクレアーゼにより消化されず,消化・未消化試料間で優位なCt値のシフトは見られません。

ユークロマチン・ヘテロクロマチンを解析するキットの使用例

本製品を用いてMDA-231細胞からクロマチンを単離・DNAを抽出し,キットに含まれるPositiveまたはNegative control primeを用いてqPCRを行った。qPCRはEpiQuik Quantitative PCR Fast Kit(#P-1029)を用いて行った。

EpiQuik Chromatin Accessibility Assay Kitの使用例1

ユーククロマチンの解析
MDA-231細胞で恒常的に発現している遺伝子のプロモーター領域について,Positive control primerを用いて増幅し解析した。Ct値の差は>7 cylceとなった。

赤・緑線:ヌクレアーゼ未処理,青線:ヌクレアーゼ処理

EpiQuik Chromatin Accessibility Assay Kitの使用例2

ヘテロクロマチンの解析
MDA-231細胞で恒常的に抑制された遺伝子のプロモーター領域について,negative control primerを用いて増幅し解析した。Ct値の差は<1.5 cylceとなった。

赤・緑線:ヌクレアーゼ未処理,青線:ヌクレアーゼ処理

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キット内容

  • Lysis buffer
  • Wash buffer
  • Protease inhibitor cocktail
  • Nuclear digestion buffer
  • Nuclease mix
  • Reaction stop solution
  • Proteinase K
  • DNA binding solution
  • DNA washing solution
  • Elution solution
  • Positive control primer
  • Negative control primer
  • F-spin column
  • F-collection tube

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価格

[在庫・価格 :2019年07月19日 09時51分現在]

※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。
詳細 商品名
  • 商品コード
  • メーカー
  • 包装
  • 価格
  • 在庫
  • 法規制等
納期 文献数 リスト
EpiQuik Chromatin Accessibility Kit (48 assays)
10日程度  5 追加
説明文
法規制等
保存条件 室温,4℃,-20℃,暗所保存 法規備考
掲載カタログ

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[在庫・価格 :2019年07月19日 09時51分現在]

※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。

EpiQuik Chromatin Accessibility Kit (48 assays)

文献数:5

  • 商品コード:P-1047-48
  • メーカー:EPG
  • 包装:1kit
  • 価格:¥99,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:10日程度 
  • 法規制等:

説明文
法規制等
保存条件 室温,4℃,-20℃,暗所保存 法規備考
掲載カタログ

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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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