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ZymoBIOMICS Spike-in Control
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ZymoBIOMICS Spike-in Control
微生物叢（Microbiome）試料の絶対定量用の外部標準 ZymoBIOMICS Spike-in Control
掲載日情報：2019/08/20 現在Webページ番号：68731
微生物叢（Microbiome）試料の絶対定量に用いる外部標準です。全DNA量および16S rRNA遺伝子のコピー数がそれぞれ既知の微生物が含まれています。Microbiome解析の際に外部標準として添加(spike）し、次世代シークエンシング（NGS）などでDNA配列を解析することにより、試料中の微生物スペクトルの正確な把握や微生物数の定量を行うことができます。
糞便など微生物含有量が多い試料に適したControlⅠと、唾液など微生物含有量が少ない試料に適したControlⅡがあります。
※ ZymoBIOMICSシリーズの全プロセスの製品構成については、こちらをご覧下さい。
※ ZymoBIOMICSシリーズのRNAまたはDNA/RNAを単離するキットは、こちらをご覧下さい。
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
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ControlⅠを用いた糞便試料中の微生物叢解析例
ControlⅠを添加した糞便試料からZymoBIOMICS DNA Miniprep Kitを用いて全DNAを抽出し、16S rRNA遺伝子ライブラリーを構築した。構築したライブラリーを次世代シークエンシングで解析し、得られた結果から全試料中のImtechella halotoleransおよびAllobacillus halotoleransの割合を算出した。添加した微生物の細胞数と試料中の組成比に基づいて各微生物の絶対存在量を決定した。
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製品ラインナップ
商品コードをクリックすると価格表がご覧いただけます。
| 製品名 | 対象試料 | 含まれる微生物 | 用 途 | 使用量 | 包 装 | 商品コード | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 数 | 存在量 | ||||||
| Control I (High Microbial Load) |
糞便など微生物含有量が多い試料 | 2種類 | 等量 |
|
終濃度：0.1～10％ （糞便試料の場合、試料10 mgに本製品20μl） |
0.5 ml | D6320 |
| 10×0.5 ml | D6320-10 | ||||||
| Control Ⅱ (Low Microbial Load) |
唾液など微生物含有量が少ない試料 | 3種類 | 対数量 |
|
終濃度：0.1～10％ （試料に応じて条件検討が必要） |
0.5 ml | D6321 |
| 10×0.5 ml | D6321-10 | ||||||
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特長
- 次世代シークエンシング（NGS）により、試料中の細胞の絶対数を正確に定量できます。
- 未知試料に添加することにより、DNAシークンシングを行う際のin situでのポジティブコントロールとなります。
- ヒトの微生物叢には含まれていない微生物で構成されており、解析結果に影響を与えません。
- 製品中の微生物は、不活性化した後、DNA/RNA Shield中に保存しています。
- グラム陽性菌（A. halotolerans）、グラム陰性菌（I. halotolerans）、リゾチーム溶解への耐性を有し、かつ高GC含量の菌（T. radiovictrix：ControlⅡのみ）と、NGSによるMicrobiome解析時の幅広い課題に対応した微生物を用いています。
- ControlⅡは、含まれている微生物の量が103から105と対数量になっており、検出限界の評価や、病原体の存在量試験にも使用できます。
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製品構成と微生物情報
| 微生物名 | Allobacillus halotolerans | Imtechella halotolerans | Truepera radiovictrix | |
|---|---|---|---|---|
| ControlⅠ 20 μl中の含有量 | 細胞数 | 2×107 | 2×107 | － |
| 16S rRNAのコピー数*1 | 1.4×108 | 6.0×107 | － | |
| 総DNA量*2(ng) | 58.2 | 67.2 | － | |
| ControlⅡ 20 μl中の含有量 | 細胞数 | 1×103 | 1×104 | 1×105 |
| 16S rRNAのコピー数*1 | 7.0×103 | 3.0×104 | 2.0×105 | |
| 総DNA量*2(ng) | 0.0029 | 0.034 | 0.35 | |
| 微生物株情報 | BCCM / LMG Accession NO. | LMG 24826 | LMG 26483 | LMG 22925 |
| ゲノムサイズ(Mb) | 2.70 | 3.11 | 3.26 | |
| 倍数性 | 1 | 1 | 1 | |
| GC含量(%) | 39.7 | 35.6 | 68.1 | |
| 16S rRNAのコピー数 | 7 | 3 | 2 | |
| グラム染色性 | ＋ | － | 決定できない | |
| 微生物系統および株名 | 系統 | Bacteria, Firmicutes, Bacilli, Bacillales, Bacillaceae, Allobacillus, Allobacillus halotolerans | Bacteria, Bacteroidetes, Flavobacteriia, Flavobacteriales, Flavobacteriaceae, Imtechella, Imtechella halotolerans | Bacteria, Deinococcus-Thermus, Deinococci, Deinococcales, Trueperaceae, Truepera, Treupera radiovictrix |
| 株名*3 | BCRC 17939, Chen B3A | JCM 17677, MTCC 11055, strain K1 | CIP 108686; da Costa RQ-24; DSM 17093 | |
- ＊1 16S copies = cells × 16S copy number per cell/genome
- ＊2 Total genomic DNA (ng) = cells × genome size (bp/genome) × DNA unit conversion constant (ng/bp)
DNA unit conversion constant (ng/bp) = 1.079×10-12 - ＊3 微生物株名はBelgian Co-ordinated Collections of Micro-organisms (BCCM)による。
- 商品コード
- メーカー
- 包装
- 価格
- 在庫
- 法規制等
- D6320
-
ZYRザイモリサーチ
ZYMO RESEARCH - 0.5 ml
- ¥25,000
- 無 (未発注)
- D6320-10
-
ZYRザイモリサーチ
ZYMO RESEARCH - 10x0.5 ml
- ¥123,000
- 無 (未発注)
- D6321
-
ZYRザイモリサーチ
ZYMO RESEARCH - 0.5 ml
- ¥25,000
- 無 (未発注)
- D6321-10
-
ZYRザイモリサーチ
ZYMO RESEARCH - 10x0.5 ml
- ¥123,000
- 無 (未発注)
- 商品コード：D6320
- メーカー：ZYR
- 包装：0.5ml
- 価格：¥25,000
- 在庫：無(未発注)
- 納期：2週間程度 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：
- 商品コード：D6320-10
- メーカー：ZYR
- 包装：10x0.5ml
- 価格：¥123,000
- 在庫：無(未発注)
- 納期：2週間程度 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：
- 商品コード：D6321
- メーカー：ZYR
- 包装：0.5ml
- 価格：¥25,000
- 在庫：無(未発注)
- 納期：2週間程度 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：
- 商品コード：D6321-10
- メーカー：ZYR
- 包装：10x0.5ml
- 価格：¥123,000
- 在庫：無(未発注)
- 納期：2週間程度 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：
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操作方法概略
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ControlⅡを用いた唾液試料中に存在する潜在的病原体の評価例
ControlⅡを添加した唾液試料からZymoBIOMICS DNA Miniprep Kitを用いて全DNAを抽出し、ショットガンライブラリーを構築した。構築したライブラリーを次世代シークエンシングで解析した。それぞれの潜在的病原体の存在量は、読取りカウントから推定した。
コントロールとして添加した3種類の微生物の相対的存在量を用いて検量線を作成し、それぞれの潜在的病原体の絶対定量に用いた。
| 微生物名 | 微生物由来DNAの存在量 | ゲノムサイズ （Mb） |
細胞数 | ||
|---|---|---|---|---|---|
| （％） | （ng） | ||||
| Spike-in ControlⅡ |
T. radiovictrix | 11.0 | 0.35 | 3.26 | 9.94×104 |
| I. halotolerans | 1.32 | 0.034 | 3.11 | 1.01×104 | |
| A. halotolerans | 0.12 | 0.0029 | 2.7 | 9.95×102 | |
| 潜在的病原体 | S. aureus | 65.3 | 2.08 | 2.8 | 6.9×105 |
| P. aeruginosa | 3.85 | 0.12 | 5.9 | 1.9×104 | |
| E. faecium | 1.63 | 0.052 | 2.6 | 1.8×104 | |
| Herpesvirus4 Type2 | 0.12 | 0.0038 | 0.155 | 2.3×104 | |
それぞれの潜在的病原体の絶対定量値
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価格
[在庫・価格 ：2024年04月27日 10時55分現在]
| 詳細 | 商品名 |
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文献数 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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ZymoBIOMICS Spike-in Control I (High Microbial Load) (25 prep) |
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1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZymoBIOMICS Spike-in Control I (High Microbial Load) (250 prep) |
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0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZymoBIOMICS Spike-in Control II (Low Microbial Load) (25 Preps) |
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1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZymoBIOMICS Spike-in Control II (Low Microbial Load) (250 Preps) |
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0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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[在庫・価格 ：2024年04月27日 10時55分現在]
ZymoBIOMICS Spike-in Control I (High Microbial Load) (25 prep)
文献数： 1
| 説明文 |
微生物叢（Microbiome）試料の絶対定量用の外部標準。試料に添加してNGS解析することにより，試料中の微生物数の定量を行える。糞便など微生物含有量が多い試料に適している。 |
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|---|---|---|---|
| 法規制等 | |||
| 保存条件 | -80℃ | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
ニュース2023年2月1日号 p.11 ニュース2021年10月1日号 p.11
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| 製品記事 |
ZymoBIOMICSシリーズ（微生物叢研究用試薬） |
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ZymoBIOMICS Spike-in Control I (High Microbial Load) (250 prep)
文献数： 0
| 説明文 |
微生物叢（Microbiome）試料の絶対定量用の外部標準。試料に添加してNGS解析することにより，試料中の微生物数の定量を行える。糞便など微生物含有量が多い試料に適している。 |
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|---|---|---|---|
| 法規制等 | |||
| 保存条件 | -80℃ | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
ニュース2023年2月1日号 p.11 ニュース2020年2月15日号 p.5
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| 製品記事 |
ZymoBIOMICSシリーズ（微生物叢研究用試薬） |
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ZymoBIOMICS Spike-in Control II (Low Microbial Load) (25 Preps)
文献数： 1
| 説明文 |
微生物叢（Microbiome）試料の絶対定量用の外部標準。試料に添加してNGS解析することにより，試料中の微生物数の定量を行える。唾液など微生物含有量が少ない試料に適している。 |
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|---|---|---|---|
| 法規制等 | |||
| 保存条件 | -80℃ | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
ニュース2023年2月1日号 p.11 ニュース2021年10月1日号 p.11
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| 製品記事 |
ZymoBIOMICSシリーズ（微生物叢研究用試薬） |
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ZymoBIOMICS Spike-in Control II (Low Microbial Load) (250 Preps)
文献数： 0
| 説明文 |
微生物叢（Microbiome）試料の絶対定量用の外部標準。試料に添加してNGS解析することにより，試料中の微生物数の定量を行える。唾液など微生物含有量が少ない試料に適している。 |
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|---|---|---|---|
| 法規制等 | |||
| 保存条件 | -80℃ | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
ニュース2023年2月1日号 p.11 ニュース2020年2月15日号 p.5
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| 製品記事 |
ZymoBIOMICSシリーズ（微生物叢研究用試薬） |
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追加しました。
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