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微生物叢(Microbiome)試料の絶対定量用の外部標準 ZymoBIOMICS Spike-in Control I (High Microbial Load)

掲載日情報:2019/02/25 現在Webページ番号:68731

微生物叢(Microbiome)試料の絶対定量に用いる外部標準です。全DNA量および16S rRNA遺伝子のコピー数がそれぞれ既知の,2種類の微生物が同細胞数含まれています。微生物叢(Microbiome)解析の際に外部標準として添加(spike)し,次世代シークエンシング(NGS)などでDNA配列を解析することにより,試料中の微生物スペクトルの正確な把握や微生物数の定量を行うことができます。

ZymoBIOMICSシリーズの全プロセスの製品構成については,こちらをご覧下さい。
ZymoBIOMICSシリーズのRNAまたはDNA/RNAを単離するキットは,こちらをご覧下さい。

研究ステップのイメージ

糞便中の微生物叢解析例

糞便の微生物叢

本製品を糞便試料に添加し,次いでZymoBIOMICS DNA Miniprep Kitを用いて全DNAを抽出しライブラリーを調製した。このライブラリーを,16S rRNA遺伝子をターゲットとする次世代シークエンシングで解析し,得られた結果から全試料中のImtechella halotoleransおよびAllobacillus halotoleransの割合を計算した。添加した微生物の細胞数と試料中の組成比に基づいて各微生物の絶対存在量を決定した。

特長

  • 次世代シークエンシング(NGS)により,試料中の細胞の絶対数を正確に定量できます。
  • 未知試料に添加することにより,DNAシーケンシングを行う際のin situでのポジティブコントロールとなります。
  • ヒトの微生物叢には含まれていない2つの微生物で構成されています。
  • 製品中の微生物は,不活性化した後,DNA/RNA Shield中に保存しています。

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製品構成と微生物情報

微生物名 Imtechella halotolerans Allobacillus halotolerans
本製品20 μl中の含有量 細胞数 2×107 2×107
16S rRNAのコピー数*1 6.0×107 1.4×108
総DNA量*2(ng) 67.2 58.2
微生物株情報 BCCM / LMG Accession NO. LMG 26483 LMG 24826
ゲノムサイズ(Mb) 3.113 2.7
倍数性 1 1
GC含有率(%) 35.6 39.7
16S rRNAのコピー数 3 7
グラム染色性
微生物系統および株名 系統 Bacteria, Bacteroidetes, Flavobacteriia, Flavobacteriales, Flavobacteriaceae, Imtechella, Imtechella halotolerans Bacteria, Firmicutes, Bacilli, Bacillales, Bacillaceae, Allobacillus, Allobacillus halotolerans
株名*3 JCM 17677, MTCC 11055, strain K1 BCRC 17939, Chen B3A