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オフターゲット効果をおさえる修飾のsiRNA ON-TARGETplus siRNA

掲載日情報：2019/10/29 現在Webページ番号：67900

ホライゾンディスカバリー /
Horizon Discovery Ltd.
[メーカー略称：DHA]

Horizon Discovery社のWebサイトでの本記事掲載製品の検索方法はこちら！

ON-TARGETplus修飾により、オフターゲット効果を抑え、ターゲット遺伝子に対する特異性を向上させたsiRNAです。ON-TARGETplus修飾は、センス鎖とアンチセンス鎖の両鎖に対する化学修飾です。

※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
※ Dharmacon製品（メーカー略称：DHA）につきまして、2023年4月1日より製品ご注文時にHandling Fee（手数料）を本体価格とは別にご請求させていただきます。詳細は「Handling Feeについてのご案内」をご確認下さい。
※ Horizon｜Dharmacon製品をご注文いただくには、事前にユーザー登録が必要です。ご注文方法の詳細はこちらをご覧下さい。


オフターゲット効果

ON-TARGETplus 修飾とSMARTpool テクノロジーによるオフターゲット効果の抑制
各種siRNA（ヒト遺伝子10種類）を用いたときのオフターゲット効果をマイクロアレイにより解析した。発現抑制（2倍以上）の確認されたオフターゲット遺伝子数をボックスプロットで示した。ボックス中の横線は中央値を示す。ON-TARGETplus SMARTpoolでは、オフターゲット効果が最小となった。


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カタログ紹介

それぞれの画像をクリックすると、PDF版カタログをダウンロードすることができます。

RNAiカタログ

RNAi研究用試薬カタログ
（日本語版、40ページ）
Horizon｜DharmaconのsiRNAの各種ラインナップの選択に関する情報も記載されています。

導入事例集

Dharmacon導入事例集
（日本語版、44ページ）
Horizon｜DharmaconのCRISPR-Cas9ゲノム編集やsiRNA、RNAiライブラリーの導入事例を集めた1冊です。


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特長

  • ON-TARGETplus siRNAは、ヒト・マウス・ラットのNCBI RefSeqデータベースに登録されている遺伝子をほぼ完全に網羅したデザイン済みsiRNAです。
  • 遺伝子ごとにノックダウン効果と特異性の高いsiRNAがデザインされています。
  • 未修飾siRNAと比べて最大90％までオフターゲット効果を低減しています。
  • siGENOME siRNAのアップグレード版として、ON-TARGETplus修飾を導入することでオフターゲット効果をより抑え、ターゲット遺伝子に対する特異性を向上させています。
  • センス鎖がRISCに取り込まれず、アンチセンス鎖が取り込まれやすくなるように、センス鎖に対して修飾を行っています。
  • オフターゲット効果を抑制し、かつターゲットとの特異性を高めるために、アンチセンス鎖のシード領域に修飾基を導入しています。
  • デザインフィルターアルゴリズムにより、microRNA様オフターゲット効果を抑制しています。
  • シード領域配列の出現頻度解析に基づいてsiRNA配列をデザインすることで、オフターゲット効果を最小限にしています。

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使用例

細胞遊走への影響

乳がん細胞株を用いてARPC1Bの抑制による細胞遊走への影響をUnmodified siRNAとON-TARGETplus siRNAで比較した図
ARPC1B mRNAに対する4つの配列を設計した2種のsiRNAを導入した細胞をスクラッチし、細胞遊走によりスクラッチ部分の面積が小さくなる様子を評価した。

UnmodifiedでもON-TARGETplusでも、ARPC1B mRNA レベルは4配列全て抑制された（上グラフ）。
しかし、未修飾のsiRNAを使用した場合、siRNAによっては他のsiRNAを投与した場合とは異なる表現型が観察された（下図#1、3）。その原因はオフターゲット効果と推察される。
一方、ON-TARGETplus siRNAを投与した場合は、4種類のsiRNA すべてにおいて同様の表現型が観察された。これは、ON-TARGETplus siRNAのオフターゲット効果が低減されているためと考えらる。

データ提供：Harvard Medical School、Joan Brugge 博士

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製品フォーマット

ON-TARGETplus siRNA

遺伝子1 種類に対して、機能性と特異性の高い4種類のsiRNAをデザインしています。それぞれのsiRNAを3種類のフォーマットで提供しています。

ON-TARGETplus siRNAフォーマット
製品 生物種 フォーマット 容量 製品概要
ON-TARGETplus Human
Mouse
Rat 		SMARTpool 5、10、20、50 nmol SMARTpool
1つの遺伝子に対して配列デザインの異なる4種類のsiRNAを、Pool（混合物）として1本のチューブに入れた製品。
Set of 4 2×4、5×4、10×4 nmol Set of 4
1つの遺伝子に対して配列デザインの異なる4種類のsiRNAをそれぞれ個別のチューブに入れ、チューブ4本で1セットとした製品。
Set of 4 Upgrade 20×4 nmol Set of 4
Set of 4と同じ内容の製品です。同一のターゲット遺伝子に対するSMARTpoolを購入した方＊のための、価格を抑えたアップグレード用製品。
＊SMARTpool購入時のご注文番号が必要です。詳しくはお問合せ下さい。
Individual siRNAs 2、5、10、20、50 nmol Individual
Set of 4 フォーマットの4種類のsiRNAを、1種類（チューブ1本）ごとの個別とした製品です。


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製品ラインナップ

商品コードをクリックすると価格表をご覧いただけます。容量によって商品コード中の末尾は異なり、下記のいずれかの数字が入ります。
2 nmol：0002
5 nmol：0005
10 nmol：0010
20 nmol：0020
50 nmol：0050

Horizon Discovery社のご注文Webサイト⇒ 「ON TARGETplus siRNA」

製品フォーマット 容量 生物種
Human Mouse Rat
SMARTpool 5、10、20、50 nmol L-HUMAN-XX- L-MOUSE-XX- L-RAT-XX-
Set of 4 2、5、10、20 nmol LQ-HUMAN-XX- LQ-MOUSE-XX- LQ-RAT-XX-
Set of 4 Upgrade 2、5、10、20 nmol J-HUMAN-XX- J-MOUSE-XX- J-RAT-XX-
Individual siRNAs 2、5、10、20、50 nmol J-HUMAN-XX- J-MOUSE-XX- J-RAT-XX-


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ON-TARGETplusポジティブ／ネガティブコントロールsiRNA

ON-TARGETplusポジティブコントロールsiRNA

トランスフェクション条件の検討やsiRNA実験の結果の評価に使用します。ヒト・マウス・ラットでノックダウン評価済みの4種類のsiRNAのpoolフォーマットがあります。オフターゲット効果を低減するためにON-TARGETplus修飾をしています。RNAi実験の実験条件を検討する上で有用です。

  • Cyclophilin Bはpeptidylprolyl isomerase Bとも呼ばれ、分泌系にかかわっています。多くの細胞で定常的に発現しており、ノックダウンした場合でも細胞の生存には影響を与えません。
  • GAPDはglyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenaseやGAPDHとも呼ばれ、 糖代謝における重要な酵素の役割を果たし、生物種間で保存されています。多くの細胞で定常的に発現しており、ノックダウンした場合でも細胞の生存には影響を与えません。

※ 品名をクリックするとHorizon Discovery社のご注文Webサイトを、商品コードをクリックすると価格表をご覧いただけます。商品コード中の「X」には、Human=1、Mouse=2、Rat=3のいずれかの数字が入ります。

品名 製品概要 容量 商品コード
ON-TARGETplus Cyclophilin B Control siRNA Cyclophilin Bをターゲットとし、ノックダウン確認済みのsiRNA 5 nmol D-001820-0X-05
20 nmol D-001820-0X-20
50 nmol D-001820-0X-50
ON-TARGETplus Cyclophilin B Control Pool Cyclophilin Bをターゲットとし、ノックダウン確認済みのsiRNA混合物（Pool） 5 nmol D-001820-X0-05
20 nmol D-001820-X0-20
50 nmol D-001820-X0-50
ON-TARGETplus GAPD Control siRNA GAPDをターゲットとし、ノックダウン確認済みのsiRNA 5 nmol D-001830-0X-05
20 nmol D-001830-0X-20
50 nmol D-001830-0X-50
ON-TARGETplus GAPD Control Pool GAPDをターゲットとし、ノックダウン確認済みのsiRNA混合物（Pool） 5 nmol D-001830-X0-05
20 nmol D-001830-X0-20
50 nmol D-001830-X0-50

ON-TARGETplusネガティブコントロールsiRNA

ヒト・マウス・ラットの既知遺伝子配列と類似しないネガティブコントロールsiRNAです。オフターゲット効果を低減するためにON-TARGETplus修飾をしています。

  • 発現抑制が最小レベルとなるようマイクロアレイ解析にてスクリーニング済みです。
  • ネガティブコントロールsiRNAを導入した細胞におけるmRNAやタンパク質発現抑制は、RNAi実験におけるベースラインを示しており、ターゲット配列を有すsiRNAによる発現抑制との比較対象として常に用いられます。

※ 品名をクリックするとHorizon Discovery社のご注文Webサイトを、商品コードをクリックすると価格表をご覧いただけます。商品コード中の「X」には、1～4のいずれかの数字が入ります。

品名 製品概要 容量 商品コード
ON-TARGETplus Non-targeting siRNA #1～#4 ヒト・マウス・ラットの既知遺伝子配列と類似しない配列のsiRNA 5 nmol D-001810-0X-05
20 nmol D-001810-0X-20
50 nmol D-001810-0X-50
ON-TARGETplus Non-targeting Pool ON-TARGETplus Non-targeting siRNA #1～#4 の混合物（Pool） 5 nmol D-001810-10-05
20 nmol D-001810-10-20
50 nmol D-001810-10-50


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実験を始める際に必要な試薬

トランスフェクション試薬で siRNA 試薬を導入するだけで、簡単に Loss-of-Function（機能喪失）実験を行うことができます。
実験では、あらかじめポジティブおよびネガティブコントロール siRNA を用いてトランスフェクション条件の至適化を行うことが、実験成功の鍵となります。
siRNAは必ずRNaseフリーの溶液に再溶解して下さい。5×siRNA Bufferを1×に希釈して使用することをおすすめします。保存期間が短い場合はRNaseフリー水を用いることができます。


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Dharmacon siRNA研究用試薬 選択ガイド

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ご注文方法

Horizon｜Dharmacon製品をご注文いただくには、事前にユーザー登録が必要です。

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ユーザー登録済みのお客様はID（メールアドレス）とパスワードで、Horizon Discovery社のWebサイトトップページでログインして、製品を検索・ご指定の上ご注文下さい。

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お問い合わせ先

（Dharmacon製品担当）

dharmacon@funakoshi.co.jp

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