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様々な試料からバイアスのないゲノムDNAが高収率で得られるキット<マイクロバイオーム研究用> ZymoBIOMICS DNA Prep Kitシリーズ

掲載日情報:2020/06/12 現在Webページ番号:65463

哺乳類の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水などの広範な試料を,微生物種にほとんど影響することなく溶解できるため,それらの試料中の細菌,真菌類,原生動物,藻類,ウイルス,ミトコンドリアおよび宿主のDNAをバイアスなく,かつ効率的に単離できるキットです。qPCRや次世代シークエンシンサー(NGS)を用いた微生物叢(マイクロバイオータ,マイクロバイオーム),腸内細菌(腸内フローラ)研究およびメタゲノム解析などに最適です。

ZymoBIOMICSシリーズの全プロセスの製品構成については,こちらをご覧下さい。
ZymoBIOMICSシリーズのRNAまたはDNA/RNAを単離するキットは,こちらをご覧下さい。

Community Standard DNA抽出

ZymoBIOMICS Microbial Community Standardを4種類の方法でDNA抽出,分析した例

ZymoBIOMICS DNA Mini Kit(#D4300),HMP Protocol(Human Microbiome Project fecal DNA extraction protocol)および他社DNA抽出キット2種類を用いて,ZymoBIOMICS Microbial Community StandardからDNAを抽出,精製した。v3-4領域を標的とするプライマーを用いて,各DNA試料から16S rRNAを増幅し,Illumina-MiSeq(2×250 bp)により解析した。組成のプロファイルは,ZymoBIOMICS Microbial Community Standardに含まれる8種類の異なる細菌種の既知16S rRNA遺伝子に対する単位複製配列解析後の配列数に基づいて決定した。4種類のDNA抽出,精製法で唯一ZymoBIOMICS DNA Mini Kitだけが理論値に近いバイアスのないプロファイルを示した。

ZymoBIOMICS DNA Prep Kitシリーズの製品ラインナップ

画像をクリックすると拡大図がご覧いただけます。

品名ZymoBIOMICS DNA
Microprep KitMiniprep Kit96 Kit96 MagBead Kit
商品コードD4301D4300
D4300T
D4303
D4307
D4309
D4302
D4306
D4308
使用回数50 preps50 preps2×96 preps2×96 preps
操作方法概要 Miniprep Kit 96 Kit
抽出試料哺乳類糞便≦100 mg≦200 mg≦100 mg
土壌≦100 mg≦250 mg≦100 mg≦200 mg
細胞湿重量5~20 mg50~100 mg5~20 mg5~20 mg
細菌2×108 cells1×109 cells1×108 cells2×108 cells
酵母2×107 cells1×108 cells1×107 cells2×107 cells
哺乳動物2×106 cells1×107 cells1×106 cells2×106 cells
水,スワブ試料250μl,あるいは水試料をろ過したフィルター
DNA/RNA Sheild
保存試料*
250μl250μl200μl250μl
抽出されるDNA陽性/陰性細菌,真菌類,原生動物,藻類,宿主,ウイルス,ミトコンドリアなど
DNA結合量最大5μg最大25μg最大5μg最大10μg
精製DNAサイズ平均15~20 kb
適用PCR, アレイ,16S rRNAジーンシークエンシング,ショットガン・シークエンシング

* DNA/RNA Sheild中に10%(v/v)の試料を保存している場合

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ZymoBIOMICSとZymoBIOMICS DNA Kits

(詳細はこちらをクリックして下さい。)


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特長

  • 迅速かつ単純な精製方法により,高品質で阻害物質を含まないDNAが得られます。
  • 幅広い試料に対応します。
  • グラム陽性/陰性バクテリア,真菌類,原生動物,藻類,ウイルスなどの種別に関わらず,効果的に溶解することができます。
  • ZymoBIOMICS DNA Kitシリーズには,試料の数や重量に応じて4種類のキットがあり,目的に応じて最適なキットが選択できます。
  • 16S rRNA遺伝子のqPCRにより,キットに微生物の混入が無いことを確認しています(溶出液1μl中にバクテリアゲノムのコピー数が3以下)。

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使用例

ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit(#D4300

D4300使用例

糞便80 mgからZymoBIOMICS DNA Mini Kitと他社(A, B, C)DNA抽出キットを用いて単離したDNAの比較。各キットで100μlから溶出したDNA 6μlを1.0% (w/v)アガロース/エチジウムブロミドゲルで各3回分析した。L:1 kb ladder

D4300使用例2

ZymoBIOMICS DNA Mini Kitでは,特にPCR阻害物質の多い試料を用いた場合でも阻害物質を含まないDNAを得ることができる。
ZymoBIOMICS DNA Mini Kitおよび他社(A,B,C社)DNA抽出キットを用いてPCR阻害物質を多く含む試料から回収した溶出液のPCRへの影響をリアルタイムPCRで評価した。
各キットの溶出液が10%または35%となるように,Brettanomyces DNAを25 ng含む反応液に添加し、PCR阻害物質の残存を検証した。BrettanomycesのDNAの増幅速度の遅延または非増幅の結果は,PCR阻害物質の除去が不十分であることを示す。

D4300使用例3

4種類のDNA抽出法(上図参照)を用いてヒト糞便200μlより抽出したDNAをPBS (10 % m/v)に懸濁し,16S rRNA遺伝子のシークエンシングを用いて分析した。ZymoBIOMICS DNA Mini Kitを用いて得られたDNAにおいては,収率向上が顕著であり(上図),またグラム陽性菌の存在比が大きいことがわかる(下図)。

ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA Kit(#D4302, D4306, D4308

D4302使用例

左図:阻害物質を多量に含む試料からのDNAの回収の比較
ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA Kitおよび他社競合品Aを用いてPCR阻害物を多く含む試料から回収した溶出液のPCRへの影響をリアルタイムPCRにより評価した。反応液量は10%(緑色)の溶出液および35%(黄色)の溶出液を含み,Brettanomyces DNAを10 ng添加してある。BrettanomycesのDNAの増幅遅延は阻害物質除去効率が低いことによるPCRの阻害を示す(N=8)。

右図:ZymoBIOMICS 96 Magbead DNA Kit を用いたE. coliおよびH. pyloriからのDNAの効率的な抽出
1×106個の志賀毒素産生大腸菌を添加した糞便およびH. pylori を添加した糞便を段階希釈し,各試料からZymoBIOMICS 96 Magbead DNA Kitを用いて抽出したDNAをqPCRにより増幅した(N=8)。結果,希釈率1000:1でも効果的なDNA精製およびqPCRによる増幅が行われたことが示された。

DNA回収量の比較

DNA回収量の比較
80 mgの糞便を,各製品のプロトコルに従って処理した。各DNAは,100μlの ZymoBIOMICS DNase/RNase Free Waterを用いて溶出し,その6μlを1.0%(w/v)のアガロース/エチジウムブロミドゲル中で分析した(N=3)。L:1 kb ladder

収量の比較

左図:自動液体ハンドリングシステムとマニュアル操作よってDNA精製した際の収量の比較
分光光度計により,ヒト糞便サンプル20 mgからZymoBIOMICS 96 MagBead DNA Kitを用いてDNA収量を測定した(N=2)。結果,自動液体ハンドラーでDNA単離を行った場合では均一で再現性の高い収量が得られた。

右図:ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA Kitと競合他社(Supplier A)を用いて,20 mgの糞便から精製したDNAのA260 / 230値の比較
ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA Kitを用いて得られた精製DNAはA260 / 230値≧1.80で,他社Aの製品を用いて得られた精製DNAと比較して高品質なDNAが得られることが示された。

交差汚染の評価

液体ハンドラーを標準96ウェルプレートと一緒に用いて精製したDNAの交差汚染の評価
プレートを,ZymoBIOMICS Microbial Community Standards 1,HeLa細胞およびS. cerevisiae細胞の交互の列を用いてセットアップし(上図上部参照),液体ハンドリングプラットフォーム上でDNAを同時に精製した。細菌16S遺伝子,ヒトLINE遺伝子および真菌ITS遺伝子を標的とするプライマーセットを用いた定量的PCRにより試料を評価した(N=2)。その結果,液体ハンドラーを標準96ウェルプレートと一緒に用いて精製したDNAでは交差汚染は検出できなかった。

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Application Note

フライヤーの画面をクリックするとPDFファイルがダウンロードできます。

「Automated Microbiome-grade DNA Extraction on the Hamilton Microlab® STAR

ZYR_zymobiomics_magbeadフライヤー

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キット内容

キットの商品コードをクリックすると,直接価格表がご覧いただけます。キットコンポーネントの●をクリックすると,単品の価格表がご覧いただけます。

品名ZymoBIOMICS DNA
Microprep KitMiniprep Kit96 Kit96 MagBead Kit
商品コードD4301D4305D4300,D4300TD4304D4303D4307D4309D4302D4306D4308
ZR BashingBead lysis tube(-)(-)
ZR BashingBead lysis rack
ZymoBIOMICS lysis solution(-)(-)
ZymoBIOMICS DNA binding buffer
ZymoBIOMICS MagBinding buffer
ZymoBIOMICS DNA wash buffer 1/2
ZymoBIOMICS MagWash 1/2
ZymoBIOMICS DNase/RNase-free water
ZymoBIOMICS HRC prep solution
Zyom-Spin Ⅲ-F spin filter
Zymo-Spin Ⅱ-μHRC spin filter
Zymo-Spin Ⅲ-HRC spin filter
96-well block
Silicon-A-HRC plate
Zymo-Spin Ⅰ-96-Z plate
Cover foil
ZymoBIOMICS MagBinding beads
Zymo-Spin ⅠC-Z column
Zymo-Spin ⅡC-Z column
Collection tubes
Collection plate
Elution plate

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価格

[在庫・価格 :2021年09月28日 23時09分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。
詳細 商品名
  • 商品コード
  • メーカー
  • 包装
  • 価格
  • 在庫
  • 法規制等
納期 文献数
ZymoBIOMICS DNA Micro Kit (50 prep)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:50 preps,Collection tube使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2021年7月15日号 p.4

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哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
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説明文
哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:5 preps,Collection tube使用。
法規制等
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説明文
哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:50 preps,Collection tube使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
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ZymoBIOMICS DNA Mini Kit (lysis Matrix Not Included) (50 preps)
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哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等
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哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2021年7月15日号 p.4

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哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等
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哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等
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ZymoBIOMICS-96 Magbead DNA Kit (includes BashingBead Lysis Rack) (2x96 preps)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等 取扱注意
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2021年7月15日号 p.4

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ZymoBIOMICS-96 Magbead DNA Kit (lysis Matrix Not Included) (2x96 preps)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等 取扱注意
保存条件 法規備考
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Zymo Research社MagBead / MagPrep Kitシリーズ
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哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等 取扱注意
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2021年7月15日号 p.4

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ZymoBIOMICS DNA Micro Kit (50 prep)

文献数:0

説明文 哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:50 preps,Collection tube使用。
法規制等
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法規制等
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法規制等
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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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