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様々な試料からバイアスのないゲノムDNAが高収率で得られるキット<マイクロバイオーム研究用> ZymoBIOMICS DNA Prep Kitシリーズ

掲載日情報:2020/06/12 現在Webページ番号:65463

哺乳類の糞便、土壌、植物/種子、細菌/真菌細胞、バイオフィルムや水などの広範な試料を、微生物種にほとんど影響することなく溶解できるため、それらの試料中の細菌、真菌類、原生動物、藻類、ウイルス、ミトコンドリアおよび宿主のDNAをバイアスなく、かつ効率的に単離できるキットです。qPCRや次世代シークエンシンサー(NGS)を用いた微生物叢(マイクロバイオータ、マイクロバイオーム)、腸内細菌(腸内フローラ)研究およびメタゲノム解析などに最適です。

Community Standard DNA抽出

ZymoBIOMICS Microbial Community Standardを4種類の方法でDNA抽出、分析した例

ZymoBIOMICS DNA Mini Kit(#D4300)、HMP Protocol(Human Microbiome Project fecal DNA extraction protocol)および他社DNA抽出キット2種類を用いて、ZymoBIOMICS Microbial Community StandardからDNAを抽出、精製した。v3-4領域を標的とするプライマーを用いて、各DNA試料から16S rRNAを増幅し、Illumina-MiSeq(2×250 bp)により解析した。組成のプロファイルは、ZymoBIOMICS Microbial Community Standardに含まれる8種類の異なる細菌種の既知16S rRNA遺伝子に対する単位複製配列解析後の配列数に基づいて決定した。4種類のDNA抽出、精製法で唯一ZymoBIOMICS DNA Mini Kitだけが理論値に近いバイアスのないプロファイルを示した。

ZymoBIOMICSとZymoBIOMICS DNA Kits

ZymoBIOMICS

ZymoBIOMICS Microbial Community Standard / DNA Standard DNA/RNA Shield Collection Tubes Femto Human/Bacterial/Fungal DNA Quantification Kits

図をクリックすると、関連ウェブ記事をご覧いただけます。(拡大図


遺伝子工学の手法を用いた微生物叢(Microbiome)の研究、解析はMicrobiomicsと呼ばれます。この一連の操作は、試料の収集、核酸抽出、シークエンシングおよび解析のステップより構成されますが、この間の過程において様々なエラーや偏りが発生し、最終的に誤った微生物叢の解析結果が得られるリスクが存在します。Zymo Reseach社では、ZymoBIOMICSと呼ばれる独自の製品群を設定し、Microbiomicsの各ステップにおける様々なリスクの排除に有効な製品を提供しています。

ZymoBIOMICS DNA Kitsは、Zymo Research社独自の微生物溶解システムにより、グラム陽性/陰性細菌、真菌類、原生動物、藻類、ウイルスなどの微生物種の違いによる溶解性のバイアスがないため、ライセートからバイアスのない高純度のDNAを高回収率で得られます。


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製品ラインナップ

画像をクリックすると拡大図がご覧いただけます。

品名 ZymoBIOMICS DNA
Microprep Kit Miniprep Kit 96 Kit 96 MagBead Kit
商品コード D4301 D4300
D4300T
D4303
D4307
D4309
D4302
D4306
D4308
使用回数 50 preps 50 preps 2×96 preps 2×96 preps
操作方法概要 Miniprep Kit

図をクリックすると拡大します(拡大図

96 Kit

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抽出試料 哺乳類糞便 ≦50 mg ≦200 mg ≦100 mg ≦100 mg
土壌 ≦100 mg ≦250 mg ≦100 mg ≦100 mg
細胞 湿重量 5~20 mg 50~100 mg 5~20 mg 5~20 mg
細菌 2×108 cells 1×109 cells 2×108 cells 2×108 cells
酵母 2×107 cells 1×108 cells 2×107 cells 2×107 cells
水、スワブ試料 250 μl、あるいは水試料をろ過したフィルター
DNA/RNA Sheild保存試料* ≦1 ml ≦1 ml ≦800 μl ≦800 μl
DNA回収量 ≦5 μg ≦25 μg ≦5 μg ≦5 μg
溶出容量 10~20 μl 50~100 μl ≧20 μl ≧20 μl
抽出されるDNA グラム陽性/陰性細菌、真菌類、原生動物、藻類、宿主、ウイルス、ミトコンドリアなど
精製DNAサイズ 平均15~20 kb
適用 PCR, アレイ、16S rRNAジーンシークエンシング、ショットガン・シークエンシング

DNA/RNA Sheild中に10%(v/v)の試料を保存している場合


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特長

  • 迅速かつ単純な精製方法により、高品質で阻害物質を含まないDNAが得られます。
  • 幅広い試料に対応します。
  • グラム陽性/陰性バクテリア、真菌類、原生動物、藻類、ウイルスなどの種別に関わらず、効果的に溶解することができます。
  • ZymoBIOMICS DNA Kitシリーズには、試料の数や重量に応じて4種類のキットがあり、目的に応じて最適なキットが選択できます。
  • 16S rRNA遺伝子のqPCRにより、キットに微生物の混入が無いことを確認しています(溶出液1μl中にバクテリアゲノムのコピー数が3以下)。

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使用例

ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit(#D4300

D4300使用例

糞便80 mgからZymoBIOMICS DNA Mini Kitと他社(A, B, C)DNA抽出キットを用いて単離したDNAの比較。各キットで100μlから溶出したDNA 6μlを1.0% (w/v)アガロース/エチジウムブロミドゲルで各3回分析した。L:1 kb ladder


D4300使用例2

ZymoBIOMICS DNA Mini Kitおよび他社(A、B、C社)DNA抽出キットを用いて、PCR阻害物質を多く含む試料から回収した溶出液のPCRへの影響をリアルタイムPCRで評価した。
各キット溶出液の10%または35%を用いて、PCR阻害物質の残存を検証した。各試料にはBrettanomyces DNA 25 ngを添加した。DNAの増幅速度の遅延または非増幅の結果は、PCR阻害物質の除去が不十分であることを示す。
ZymoBIOMICS DNA Mini Kitは、特にPCR阻害物質の多い試料を用いた場合でも阻害物質を含まないDNAを得ることができることが示された。


D4300使用例3

4種類のDNA抽出法(上図参照)を用いてヒト糞便200μlより抽出したDNAをPBS (10 % m/v)に懸濁し、16S rRNA遺伝子のシークエンシングを用いて分析した。ZymoBIOMICS DNA Mini Kitを用いて得られたDNAにおいては、収率向上が顕著であり(上図)、またグラム陽性菌の存在比が大きいことがわかる(下図)。


ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA Kit(#D4302, D4306, D4308

D4302使用例

左図:阻害物質を多量に含む試料からのDNAの回収の比較
ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA Kitおよび他社競合品Aを用いてPCR阻害物を多く含む試料から回収した溶出液のPCRへの影響をリアルタイムPCRにより評価した。反応液量は10%(緑色)の溶出液および35%(黄色)の溶出液を含み、Brettanomyces DNAを10 ng添加してある。BrettanomycesのDNAの増幅遅延は阻害物質除去効率が低いことによるPCRの阻害を示す(N=8)。

右図:ZymoBIOMICS 96 Magbead DNA Kit を用いたE. coliおよびH. pyloriからのDNAの効率的な抽出
1×106個の志賀毒素産生大腸菌を添加した糞便およびH. pylori を添加した糞便を段階希釈し、各試料からZymoBIOMICS 96 Magbead DNA Kitを用いて抽出したDNAをqPCRにより増幅した(N=8)。結果、希釈率1000:1でも効果的なDNA精製およびqPCRによる増幅が行われたことが示された。



DNA回収量の比較

DNA回収量の比較
80 mgの糞便を、各製品のプロトコルに従って処理した。各DNAは、100μlの ZymoBIOMICS DNase/RNase Free Waterを用いて溶出し、その6μlを1.0%(w/v)のアガロース/エチジウムブロミドゲル中で分析した(N=3)。L:1 kb ladder



収量の比較

左図:自動液体ハンドリングシステムとマニュアル操作よってDNA精製した際の収量の比較
分光光度計により、ヒト糞便サンプル20 mgからZymoBIOMICS 96 MagBead DNA Kitを用いてDNA収量を測定した(N=2)。結果、自動液体ハンドラーでDNA単離を行った場合では均一で再現性の高い収量が得られた。

右図:ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA Kitと競合他社(Supplier A)を用いて、20 mgの糞便から精製したDNAのA260 / 230値の比較
ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA Kitを用いて得られた精製DNAはA260 / 230値≧1.80で、他社Aの製品を用いて得られた精製DNAと比較して高品質なDNAが得られることが示された。



交差汚染の評価

液体ハンドラーを標準96ウェルプレートと一緒に用いて精製したDNAの交差汚染の評価
プレートを、ZymoBIOMICS Microbial Community Standards 1、HeLa細胞およびS. cerevisiae細胞の交互の列を用いてセットアップし(上図上部参照)、液体ハンドリングプラットフォーム上でDNAを同時に精製した。細菌16S遺伝子、ヒトLINE遺伝子および真菌ITS遺伝子を標的とするプライマーセットを用いた定量的PCRにより試料を評価した(N=2)。その結果、液体ハンドラーを標準96ウェルプレートと一緒に用いて精製したDNAでは交差汚染は検出できなかった。


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操作方法概略(動画)


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Application Note

フライヤーの画面をクリックするとPDFファイルがダウンロードできます。

「Automated Microbiome-grade DNA Extraction on the Hamilton Microlab® STAR™」

ZYR_zymobiomics_magbeadフライヤー

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キット内容

キットの商品コードをクリックすると、価格表がご覧いただけます。キットコンポーネントの●をクリックすると、単品の価格表がご覧いただけます。

品名 ZymoBIOMICS DNA
Microprep Kit Miniprep Kit 96 Kit 96 MagBead Kit
商品コード D4301
D4305
D4300
D4300T
D4304
D4303 D4307 D4309 D4302 D4306 D4308
キット内容 ZR BashingBead lysis tube (-) (-)
ZR BashingBead lysis rack
ZymoBIOMICS lysis solution (-) (-)
ZymoBIOMICS DNA binding buffer
ZymoBIOMICS MagBinding buffer
ZymoBIOMICS DNA wash buffer 1/2
ZymoBIOMICS MagWash 1/2
ZymoBIOMICS DNase/RNase-free water
ZymoBIOMICS HRC prep solution
Zyom-Spin Ⅲ-F spin filter
Zymo-Spin Ⅱ-μHRC spin filter
Zymo-Spin Ⅲ-HRC spin filter
96-well block
Silicon-A-HRC plate
Zymo-Spin Ⅰ-96-Z plate
Cover foil
ZymoBIOMICS MagBinding beads
Zymo-Spin ⅠC-Z column
Zymo-Spin ⅡC-Z column
Collection tubes
Collection plate
Elution plate


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価格

[在庫・価格 :2024年04月18日 11時15分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。
詳細 商品名
  • 商品コード
  • メーカー
  • 包装
  • 価格
  • 在庫
  • 法規制等
納期 文献数
ZymoBIOMICS DNA Micro Kit (50 prep)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:50 preps,Collection tube使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2023年2月1日号 p.12
ニュース2022年6月1日号 p.17

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2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
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ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit (5preps)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:5 preps,Collection tube使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
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2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:50 preps,Collection tube使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2023年2月1日号 p.12
ニュース2022年6月1日号 p.17

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ZymoBIOMICS DNA Mini Kit (lysis Matrix Not Included) (50 preps)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等
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ZymoBIOMICS-96 DNA Kit (includes BashingBead Lysis Rack) (2x96 preps)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2022年1月合併号 p.7
ニュース2021年10月1日号 p.4

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ZymoBIOMICS-96 DNA Kit (lysis Matrix Not Included) (2x96 preps)
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説明文
哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
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哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
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ZymoBIOMICS-96 Magbead DNA Kit (includes BashingBead Lysis Rack) (2x96 preps)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等 取扱注意
保存条件 室温 法規備考
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ニュース2021年7月15日号 p.4

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ZymoBIOMICS-96 Magbead DNA Kit (lysis Matrix Not Included) (2x96 preps)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
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哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等 取扱注意
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ

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MagBead / MagPrep Kitシリーズ(Zymo Research社)
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ZymoBIOMICS-96 Magbead DNA Kit (includes BashingBead Lysis Tubes) (2x96 preps)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等 取扱注意
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2022年1月合併号 p.13
ニュース2021年10月1日号 p.4

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MagBead / MagPrep Kitシリーズ(Zymo Research社)
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[在庫・価格 :2024年04月18日 11時15分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。

ZymoBIOMICS DNA Micro Kit (50 prep)

文献数: 0

説明文 哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:50 preps,Collection tube使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2023年2月1日号 p.12
ニュース2022年6月1日号 p.17

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ZymoBIOMICS DNA Micro Kit (lysis Matrix Not Included) (50 preps)

文献数: 0

説明文 哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
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ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit (5preps)

文献数: 0

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法規制等
保存条件 室温 法規備考
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ZymoBIOMICS DNA Mini Kit (50 preps)

文献数: 0

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法規制等
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2023年2月1日号 p.12
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法規制等
保存条件 室温 法規備考
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ZymoBIOMICS-96 DNA Kit (includes BashingBead Lysis Rack) (2x96 preps)

文献数: 0

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法規制等
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2022年1月合併号 p.7
ニュース2021年10月1日号 p.4

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文献数: 0

説明文 哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ

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ZymoBIOMICS-96 DNA Kit (includes BashingBead Lysis Tubes) (2x96 preps)

文献数: 0

説明文 哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2022年1月合併号 p.7
ニュース2021年10月1日号 p.4

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ZymoBIOMICS-96 Magbead DNA Kit (includes BashingBead Lysis Rack) (2x96 preps)

文献数: 0

説明文 哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等 取扱注意
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2021年10月1日号 p.4
ニュース2021年7月15日号 p.4

製品記事 微生物叢(マイクロバイオーム)研究用製品/土壌・糞便・植物など環境試料からの核酸抽出キット
ZymoBIOMICSシリーズ(微生物叢研究用試薬)
MagBead / MagPrep Kitシリーズ(Zymo Research社)
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ZymoBIOMICS-96 Magbead DNA Kit (lysis Matrix Not Included) (2x96 preps)

文献数: 0

説明文 哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等 取扱注意
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ

製品記事 微生物叢(マイクロバイオーム)研究用製品/土壌・糞便・植物など環境試料からの核酸抽出キット
ZymoBIOMICSシリーズ(微生物叢研究用試薬)
MagBead / MagPrep Kitシリーズ(Zymo Research社)
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ZymoBIOMICS-96 Magbead DNA Kit (includes BashingBead Lysis Tubes) (2x96 preps)

文献数: 0

説明文 哺乳動物の糞便,土壌,植物/種子,細菌/真菌細胞,バイオフィルムや水など広範な試料からDNAを単離・抽出・精製するキット。微生物叢(マイクロバイオーム,マイクロバイオータ),腸内細菌(腸内フローラ)研究などに有用。測定回数:2×96 preps,Collection plate使用。
法規制等 取扱注意
保存条件 室温 法規備考
掲載カタログ ニュース2022年1月合併号 p.13
ニュース2021年10月1日号 p.4

製品記事 微生物叢(マイクロバイオーム)研究用製品/土壌・糞便・植物など環境試料からの核酸抽出キット
ZymoBIOMICSシリーズ(微生物叢研究用試薬)
MagBead / MagPrep Kitシリーズ(Zymo Research社)
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