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次世代シークエンシングを用いたエピジェネティクス解析受託サービス 5-mC Sequencing

掲載日情報:2019/03/27 現在Webページ番号:5391

Zymo Research社エピジェネティクスロゴ

エピジェネティクス分野で最先端を進んできたZymoResearch社の次世代シークエンシングを用いたエピジェネティクス解析受託サービスです。

任意の遺伝子配列に対してバイサルファイトシークエンシングを行う受託サービス については,「MethylCheck Targeted Sequencing for DNA Methylation Analysis」をご覧下さい。

各種メチル化解析受託サービス,創薬支援サービスをまとめてご紹介したカタログについてはエピジェネティクスカタログ<受託サービス>ページをご覧下さい。

5-mC & 5-hmC Sequencing 次世代シークエンシングを用いたエピジェネティクス解析受託サービス

⇒ZYMO RESEARCH社のエピジェネティクス解析関連受託サービスをまとめた
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特長

Whole Genome解析

  • 全ゲノムにおけるメチル化状態(Methylome)を把握できる唯一のサービス(Methyl-MaxiSeq)

Genome Wide解析

  • DNAメチル化(5-mC)を捉えるClassic RRBS解析,およびCoverageを上げたMethyl-MiniSeqサービスを用意

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Methyl-MiniSeq解析の測定カバー率

個 数 網羅率(%)
CpG部位 ~1,500,000
遺伝子のプロモーター >18,400 ≧75
CpGアイランド >22,950 ≧80
Genome Wide解析とWhole Genome解析のイメージ図

Genome Wide解析とWhole Genome解析のイメージ図

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作業内容

5-mC & 5-hmC Sequencing
Browser Tracks Result Tables Hexbin Plot Genomic Region Pie Chart Clustering Heatmap
5-mC & 5-hmC Sequencing 5-mC & 5-hmC Sequencing 5-mC & 5-hmC Sequencing 5-mC & 5-hmC Sequencing 5-mC & 5-hmC Sequencing
 
Region Coverage Pie Chart Methylation Level Boxplot Methylation Overview Read Coverage Plot
5-mC & 5-hmC Sequencing 5-mC & 5-hmC Sequencing 5-mC & 5-hmC Sequencing 5-mC & 5-hmC Sequencing  

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サンプルデータ

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文献情報

  • Barua S, et al. (2014) Single-base resolution of mouse offspring brain methylome reveals epigenome modifications caused by gestational folic acid. Epigenetics Chromatin. 7(1):3. doi: 10.1186/1756-8935-7-3.
  • Diede SJ, et al. (2013) Fundamental differences in promoter CpG island DNA hypermethylation between human cancer and genetically engineered mouse models of cancer. Epigenetics. 8(12): 1254-1260.
  • MacQuarrie KL, et al. (2013) Comparison of genome-wide binding of MyoD in normal human myogenic cells and rhabdomyosarcomas identifies regional and local suppression of promyogenic transcription factors. Mol Cell Biol. 33(4):773-84.
  • Vicente-Dueñas C, et al. (2012) A novel molecular mechanism involved in multiple myeloma development revealed by targeting MafB to haematopoietic progenitors. EMBO J. 31(18):3704-17.

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サービスの種類

  5-mC
Genome Wide Whole Genome
Classic RRBS Methyl-MiniSeq Methyl-MaxiSeq
Capable with
low DNA input?
Yes Yes Yes
Single-base
Resolution?
Yes Yes Yes
Methylome
Coverage*
1.5~2 million sites 3~4 million sites Entire methylome
Quantitative
Analysis?
Yes Yes Yes
Genomic Regions
covered
Nearly all CpG islands
and gene promoters
Twice as many unique
CpG sites compared to
Classic RRBS
Entire methylome
Notes Efficient genome-wide
analysis
Robust biomarker
discovery
Complete methylation
analysis

*calculation based on human genome
**depends on capture efficiency and methylation levels

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