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次世代シークエンサーで5-hmCを解析するためのライブラリー作製キット RRHP 5-hmC Library Prep Kit

掲載日情報:2020/06/12 現在Webページ番号:9033

Zymo Research社エピジェネティクスロゴ

RRHP(Reduced Representation Hydroxymethylcytosine Profiling)により、次世代シークエンサーで5-hmCを解析するためのライブラリーを作製するキットです。試料は少量で済み、亜硫酸水素塩処理は必要ありません。
作製したライブラリーは、Illumina 社次世代シークエンサー(HiSeq, MiSeq)に使用できます。

RRHP (Reduced Representation Hydroxymethylcytosine Profiling)について

RRHP (Reduced Representation Hydroxymethylcytosine Profiling)は、5-hmCのグリコシル化と制限酵素MspⅠを利用し、5-hmCを含む配列のみを特異的に解析する方法です。MspⅠは、CCGG配列を認識し5-mCおよび5-hmCのいずれも切断しますが、グリコシル化された5-hmCは切断しません。この特性を利用し、DNAにアダプター配列を付加してグリコシル化処理を行った後にMspⅠで処理することで、アダプター配列が付加された5-hmCを含む断片のみを得ることができます。

RRHP原理図

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特長

  • ゲノムワイドに5-hmCの定量解析を行えます。
  • 試料の亜硫酸水素塩処理は必要ありません。
  • 本製品で処理した試料は、Illumina社の次世代シークエンサーでの解析やクローニング、アレイ解析などに用いることができます。
  • キットにはRRHPに必要な酵素やバッファー、ライブラリー構築用の試薬がすべて含まれています。
  • 必要試料量:≧100 ng (ニューロン由来DNA)、≧500 ng(その他の細胞、組織由来DNA)

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使用例

5-hmCを含む配列のみのライブラリー作製に有用です RRHP 5-hmC Library Prep Kit

RRHP 5-hmC Library Prep Kitで作製したライブラリーを、次世代シークエンサーで解析した例

Human brain DNA was prepared using the RRHP 5-hmC Library Prep Kit and then sequenced with an Illumina HiSeq 2000 with 50 bp single-end reads. Sequence was aligned to the human reference genome.
Tracks (bottom figure) display relative quantitation of 5-hmC strand distribution (blue = sense, red = antisense) as well as SNP positions within the fragments at a single locus.


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キット内容

  • MspⅠ
  • RRHP reaction buffer
  • UDPG
  • 5-hmC glucosyltransferase
  • RRHP adapter 1 / 2
  • T4 DNA ligase
  • Index primer set
  • rATP
  • Taq DNA polymerase
  • QuestTaq premix
  • dNTP
  • Zymo-Spin IC column
  • Collection tube
  • DNA wash buffer
  • ADB buffer
  • DNA binding buffer
  • DNA elution buffer
  • DNase/RNase-free water

[在庫・価格 :2024年07月17日 20時55分現在]

※ 表示されている納期は弊社に在庫が無く、取り寄せた場合の納期目安となります。
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納期 文献数
RRHP 5-hmC Library Prep Kit (12 preps.)
2週間程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
  • メーカーサイト
  • お問い合わせ
説明文
次世代シークエンスで5-hmCを解析するためのライブラリー作製キット。
別包装品 別包装品あり
法規制等
保存条件 室温,-20℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2023年9月1日号 p.10
ニュース2023年1月合併号 p.23

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次世代シークエンスで5-hmCを解析するためのライブラリー作製キット。
別包装品 別包装品あり
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別包装品 別包装品あり
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(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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