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高精度な次世代シークエンサーを用いた微生物相解析 次世代シークエンシングによる微生物相解析受託サービス

掲載日情報:2020/01/09 現在Webページ番号:7853

次世代シークエンサー(イルミナ社のMiSeq)を用いて大量の細菌16S rRNA遺伝子配列を解析し,土壌,地下水,汚泥など様々な試料中に存在する細菌の数や種類を詳細に解析する受託サービスです。

微生物相解析の特長

特長

  • 高精度な次世代シークエンサーを用いることで,マイナーな菌群や詳細な菌種構成を把握することができます。
  • DNA抽出*1からデータ解析まで,全工程に対応します。
  • 各試料間の菌群組成,類似性を視覚的に提示します。

秘密保持契約にも対応いたします。詳細は,当社受託・特注品業務担当までお問い合わせ下さい。
*1 次世代シークエンス微生物相解析において正確な結果を得るためにはDNA抽出を効率よく行い,かつPCR増幅を正確に行うことが重要となります。DNA抽出には抽出効率の高いDNA抽出キット(Extrap Soil DNA kit Plus ver.2)を使用し,試料中の微生物群のDNAをより多く正確に抽出します。


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活用例

  • 活性汚泥の微生物相解析
     水処理現場の汚泥の微生物相の把握
  • 土壌の微生物相解析
     微生物浄化に関する研究開発などに活用していただいています。
  • 腸内細菌解析
     腸内フローラ解析で着目されているビフィズス菌はDNA抽出が難しいとされていますが,抽出効率の高いDNA抽出キット(上記)の使用により,ビフィズス菌も抽出することが可能です。

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作業内容

  • DNA抽出
  • リアルタイムPCRを用いた16S rRNA遺伝子の定量
  • PCR増幅
  • NGS(MiSeq)を用いたシークエンス解析
  • データ解析

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解析対象

解析対象 解析領域 リード長 最低保証リード数
細菌 V1,V2 約340 bp 1万リード
細菌 V3,V4 約430 bp
細菌・古細菌 V4,V5 約410 bp
真菌(カビ,酵母) ITS1 約230 bp(シングルエンド解析標準)
ペアエンド解析(約450 bp)はオプションで承ることが可能です。
設定なし

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データ解析

2つのデータベースを使用して解析を行います。分離菌のみの配列情報を含むデータベースを対象とした解析結果(silva Living Tree)と未分離培養菌の配列情報を含むデータベース(Greengenes)を対象とした解析結果の両方を納品いたします。
分離されたことのない細菌の情報からは有用な情報が得られないケースが多いため,本解析におけるBLAST検索は,分離された細菌の配列情報のみを対策とした検索と,未分離細菌由来の配列情報を含むすべてを対象とした検索を実施しています。

納品したデータは,目的に応じて様々な解析結果を表示できます。下記に一部をご紹介します。


菌相構造

検出された構成微生物とその比率を棒グラフにて表しています。一つの棒グラフが一つの試料の菌相構造を示しています。下記は門レベルでの菌相構造を示すグラフとなりますが,属や種などすべての系統分類レベルをご提供可能です。


菌相構造

α多様性解析

下記グラフは横軸に配列を解読した遺伝子の数を,縦軸に検出された遺伝子配列(微生物)の種類の数を示しています。多種類検出された試料ほど,微生物の多様性が高い(微生物の種類が豊富)と評価することができます。


α多様性解析

β多様性解析(オプション)

β多様性解析は,構成微生物の種類と構成比率から各試料の微生物相の類似性を評価することができる解析方法となります。下記グラフは,各試料の微生物相の類似度を示したグラフとなります。試料間の距離が近いほど,両試料間の微生物相における類似性が高いことを示しています。


β多様性解析

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オプション

  • β多様性解析
      微生物の種類と比率から各試料の微生物相の類似性を評価します。
  • 文献調査
      検出された細菌の生理学的な特徴を調べます。

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納品物

解析結果はUSB,DVDなどのメディアで納品します。

  • リアルタイムPCRによる真正細菌16s rRNA遺伝子 定量結果(n=2)*2
  • ブラウザ上で確認可能な解析結果*3
      相同性検索結果(ヒートマップ),菌相構造(棒グラフ,面グラフ),α多様性解析
  • Microsoft Excelで確認可能な解析結果
      OTUごとの系統分類結果,構成比,リード数,最近縁種のAccession No.,最近縁種との相同性率

*2 真正細菌総量を定量することで,次世代シークエンス解析に得られる微生物構成比から各菌種の定量値を計算することが可能です。
*3 結果が視覚的に表示されます。閲覧にご使用いただくブラウザは,Firefox,Chrome,Safariを推奨します。


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解析結果の例

下記をクリックするとご覧になれます。

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価格

  • 6万円/試料
      (11試料以上ご依頼の場合は,試料数に応じて1試料あたりの価格が安くなります。)
      DNA抽出料金は別途申し受けます(例. 土壌:5,000円/試料,水:7,000円/試料)。
  • β多様性解析(オプション)
     2万円/回

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納期の目安

  • 約20営業日(受注状況や試料数により変動します)

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ご注意

  • 病原性(バイオセーフティーレベル2以上)を有する可能性のある菌体試料については,DNA抽出後の試料のみを受入れています。
  • お送りいただいた試料は,分析完了してから一定期間後に処分いたしますので,あらかじめご了承の程お願いします。

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ご注文方法

詳細は,当社受託・特注品業務担当までお気軽にお問い合わせ下さい。
価格,納期などについては,ご依頼内容に応じて個別にお見積りいたします。

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