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クロマチンアクセシビリティのゲノムワイド解析に有用です! EpiNext ISAC-seqシリーズ

掲載日情報:2026/06/19 現在Webページ番号:73320

クロマチンアクセシビリティのゲノムワイド解析に有用なEpiNext ISAC-seqシリーズをご紹介します。以下の製品ラインナップを取りそろえています。

  • EpiNext ISAC-seq Kit:組織・細胞試料からin situアクセシブルクロマチン(ISAC)を調製した後、ライブラリー調製を行える全工程対応のキット。
  • EpiNext ISAC Preparation Kit:ISAC調製までを行えるキット。調製したISACは、リアルタイムPCR解析やライブラリー調製に使用できる。
  • EpiNext ISAC Library Preparation Kit:お客様が調製したISACから精製した切断DNAより、ライブラリー調製を行えるキット。

また、関連製品として、qPCRによりわずか1.5時間で遺伝子特異的なオープンおよびクローズドクロマチン状態を迅速に定量化するEpiQuik Chromatin Accessibility Assay Kitも取りそろえています。

EpiNext In Situ Accessible Chromatin (ISAC) Preparation Kit(#P-1072)の製品外観

EpiNext In Situ Accessible Chromatin (ISAC) Preparation Kit(#P-1072)の製品外観


クロマチン構造の模式図

クロマチン構造の模式図


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ISAC-seqおよびATAC-seqについて

ISAC-seq(in situ Accessible Chromatin Sequencing)は、EpigenTek社が開発した新しい手法で、クロマチンアクセシビリティ解析を大幅に向上させ、ATAC-seqが有する制限事項への対応を図ります。

ISAC-seqとATAC-seqの比較

手法 ISAC-seq ATAC-seq
操作に要するステップ数 全38ステップ 50ステップ以上
細胞の直接使用 可能 可能
必要な細胞数(目安) 50,000 cells 50,000 cells
ライブラリー調製に用いる手法 ライゲーション+PCR PCR
プロトコル所要時間 1時間40分 2~10時間
配列によるバイアス 低い 比較的高い
カバレッジ数(アクセシブル部位) 多い 少ない

他社製品のプロトコルをもとに比較表を作成しています。



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製品ラインナップ

商品コードをクリックすると、各製品の価格表をご覧いただけます。

品名 製品概要 商品コード
EpiNext In Situ Accessible Chromatin Sequencing (ISAC-seq) Kit ・組織・細胞試料からin situアクセシブルクロマチン(ISAC)を調製した後、Illuminaプラットフォームのライブラリー調製を行える全工程対応のキット。
・クロマチンアクセシビリティ(オープン/クローズドクロマチンのプロファイリング)およびヌクレオソーム/転写因子の位置推定を、次世代シーケンス(NGS)によりゲノムワイドに解析できる。
P-1073
EpiNext In Situ Accessible Chromatin (ISAC) Preparation Kit ・組織・細胞試料からISAC調製までを行えるキット。
・調製したISACは、リアルタイムPCRによる遺伝子特異的解析や、NGSによるゲノムワイド解析に使用できる。
P-1072
EpiNext ISAC Library Preparation Kit ・お客様が調製したISACから精製した切断DNAより、Illuminaプラットフォームのライブラリー調製を行えるキット。
・微量DNA試料からでも迅速なライブラリー調製を行え、ゲノムワイド解析を行える。
P-1057


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EpiNext ISAC-seq Kit(#P-1073)の特長

  • 迅速なプロトコル:わずか1時間40分で完了します。
  • トランスポザーゼによるバイアスの回避:配列特異的な切断およびGC/ATバイアスを回避します。
  • 配列依存性の低い結合:アクセシブルなクロマチン領域のカバレッジを向上させます。
  • 高いコスト効率:従来のアッセイと比べて、反応あたりのコストを低減します。
  • シームレスな解析:標準的なChIP-seqバイオインフォマティクス解析法に対応しています。

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操作方法概略

操作方法概略

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使用例

図1. EpiNext In Situ Accessible Chromatin Sequencing (ISAC-seq) Kit(#P-1073)で調製したライブラリーの特性評価

図1. EpiNext In Situ Accessible Chromatin Sequencing (ISAC-seq) Kit(#P-1073)で調製したライブラリーの特性評価
30,000 cellsのMCF-7細胞からクロマチンをin situで切断し、本キットを用いてDNAライブラリーを調製した。調製したライブラリーをBioanalyzerで解析した。典型的なライブラリーでは、上記のエレクトロフェログラムに示すように、400 bp付近にピークを持つ断片が含まれている。

図2. EpiNext In Situ Accessible Chromatin (ISAC) Preparation Kit(#P-1072)で調製したISACの特性評価

図2. EpiNext In Situ Accessible Chromatin (ISAC) Preparation Kit(#P-1072)で調製したISACの特性評価
本キットを用いて、30,000 cellsのMCF-7細胞からin situアクセシブルクロマチンを調製した。得られたアクセシブルクロマチンからDNAを精製し、リアルタイムPCR解析およびライブラリー調製に使用した。

A. 恒常的に発現または抑制されている標的遺伝子の近位プロモーター領域について、ポジティブコントロール(GAPDH)およびネガティブコントロール(HBB)プライマー、さらにEpiQuik Quantitative PCR Fast Kit (#P-1029) を用いて増幅を実施した。
・ピンク(HBB)および緑色(GAPDH)のライン:キットに含まれるCEM(Cleavage Enzyme Mix)で処理済み
・青色(HBB)および茶色(GAPDH)のライン:CEM未処理
GAPDHではCEM処理群と未処理群のCt値の差は>1,500%であり、オープンクロマチン領域であることを示す。一方、HBBではCEM処理群と未処理群のCt値の差は<400%であり、比較的クローズドなクロマチン領域であることを示す。

B. 調製したライブラリーをBioanalyzerで解析した。典型的なライブラリーでは、上記のエレクトロフェログラムに示すように、400 bp付近にピークを持つ断片が含まれている。


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キット内容

品名 EpiNext ISAC-seq Kit EpiNext ISAC Preparation Kit EpiNext ISAC Library Preparation Kit
商品コード P-1073 P-1072 P-1057
キット
内容
PB (Permeabilization buffer)
PIC (Protease inhibitor cocktail)
NDE (Nuclear digestion enhancer)
CEM (Cleavage enzyme mix)
CSS (Cleavage stop solution)
Proteinase K
PDB (Protein digestion buffer)
DPS (DNA purification solution)
DNA binding beads
Elution buffer
Q-End polishing buffer
Q-End polishing enzyme mix
Ligation buffer
T4 DNA ligase
Adaptors
MQ binding beads
HiFi PCR master mix
Universal primer
Index primer 1

その他の必要な試薬・装置類は、各製品のマニュアルをご確認下さい。


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価格

EpiNext In Situ Accessible Chromatin Sequencing (ISAC-seq) Kit

[在庫・価格 :2026年06月19日 13時55分現在]

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EpiNext In Situ Accessible Chromatin Sequencing (ISAC-seq) Kit(12 reactions)
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EpiQuik Chromatin Accessibility Kit (48 assays)
10日程度 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 15
  • 使用文献
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説明文
法規制等
保存条件 4℃,-20℃,暗所保存 法規備考
掲載カタログ ニュース2022年11月1日号 p.21
ニュース2021年3月15日号 p.20

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保存条件 4℃,-20℃,暗所保存 法規備考
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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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