RNAを直接シークエンスすることでその特性を明らかにします ナノポア（Nanopore）ロングリードシークエンスによる全長RNA-seq解析受託サービス

RNAは不安定な分子であり、時間の経過とともに分解しやすい性質があります。温度、pH、RNA自体の長さなど、さまざまな要因によって変性や断片化が引き起こされます。RNA医薬品では、治療に必要なタンパク質を適切に翻訳するために、RNAが完全な状態で維持されていることが重要です。そのため、変性や断片化は治療効果の低下につながる可能性があります。
これらの現象は、製造、保存、送達といった治療ライフサイクル全体を通して問題となります。製造後の薬剤は、投与されるまで高品質な状態で保存されなければなりません。さらに投与後も、RNAは細胞に取り込まれて細胞質へ放出されるまで、送達システム内で保護されている必要があります。こうした背景から、RNAを用いた治療や創薬の研究において、RNAの全長解析は重要です。

Oxford Nanoporeのようなロングリードシークエンスでは、RNAを直接シークエンスすることで、RNAの特性をより保持したまま解析することが可能です。ショートリードシークエンスでは、RNAの断片化やcDNA化などの工程により、元のRNA分子に含まれる情報の一部が失われる可能性があります。Oxford Nanoporeではヌクレオチドが孔（ナノポア）を通過する際の電流変化を解析することで配列を決定します。これにより、単一塩基レベルでの塩基修飾、ポリAテール長、アイソフォーム情報など、RNA分子に関する重要な情報を保持したまま評価できます。
従来法では、RNA断片化、cDNA化、アダプターのライゲーションを経てショートリードシークエンスが行われます。一方、ダイレクトRNAシークエンスでは、全長に近いRNAを保持したままライブラリーを調製します。この過程において、RNAの安定化を目的としてcDNA合成が行われ、mRNAは一本鎖DNAと対合した状態になります。ただし、このDNAは構造的な支持体として機能するだけで、シークエンシングの対象ではありません。ナノポアシークエンサーで直接読み取られるのは、あくまでmRNA分子そのものです。その後、モータータンパク質付きアダプターによりRNA分子をナノポアシークエンサーへ導き、Native RNAを直接読み取ります。