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メーカー：	Horizon社Dharmacon製品 OriGene Technologies
	Horizon社Dharmacon製品(メーカー略称：DHA)のRNAiコレクション，cDNAコレクション，Yeastコレクションなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら OriGene Technologies社(メーカー略称：ORI)のTrueClone / TrueORF / TrueORF Gold cDNAクローンなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら
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少量の細胞からタンパク質特異的DNA複合体を迅速に濃縮するキット EpiNext CUT&LUNCH Assay Kit

掲載日情報：2025/05/15 現在Webページ番号：72129

エピジェンテックグループ /
Epigentek Group Inc.
[メーカー略称：EPG]

少量の細胞からタンパク質特異的DNA複合体を簡便かつ短時間で濃縮するキットです。濃縮されたDNAは、qPCRやNGSを用いてプロファイリングすることができます。本製品に用いられている☞ CUT&LUNCH法は、ChIPとCUT&RUNの長所をすべて統合した利点と特徴があります。

※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

標的タンパク質／DNA濃縮

200,000 cellsのMCF-7細胞からポジティブコントロール抗体（H3K4me3）を用いてヒストン／DNA複合体を捕捉した。ネガティブコントロールとして非免疫IgGを用いた。濃縮したDNAは、QubitやGAPDHプロモーター領域を標的としたqPCRを用いて評価を行った。

低バックグラウンド

N/Pコントロール比率（%）において、CUT&LUNCH法は5%と従来のCUT&RUN法（30%）およびChIP（20%）に比べて著しく低い、非特異的なバックグラウンドを示した。

タンパク質とDNAの相互作用の研究における問題点について
CUT&LUNCH法の原理および操作方法概略
特長
CUT&LUNCH法と従来法（CUT&RUN法およびChIP法）との比較
キット内容
価格

タンパク質とDNAの相互作用の研究における問題点について

ChIP-seqにおける問題点について

ChIP-seq（Chromatin immunoprecipitation followed bysequencing）法は、ヒストンや転写調節因子（DNA結合タンパク質）のゲノム上での結合部位をゲノムワイドに解析する方法です。この方法には、特異性の高いChIP-exoとChIP-nexusが含まれ、ともに高解像度のマッピングが得られます。ただし、バックグラウンドノイズに対して十分に強いシグナルを生成するために十分量の細胞試料が必要になるという問題点があります。

CUT&RUNにおける問題点について

CUT&RUN (Cleavage Under Target & Release Under Nuclease) は、少量の生物試料から捕捉した標的タンパク質／DNA複合体を回収し、タンパク質とDNAの相互作用をマッピングするために開発された方法です。これにより、必要な細胞量が大幅に減少し、マッピング解像度も大幅に向上しました。しかし、DNA切断の際にA/T配列へのバイアスが著しく大きいPA-MNase融合タンパク質を用いるため、MNaseの消化レベルによって標的タンパク質と結合するDNA領域のプロファイルが大きな影響を受けます。さらに、従来のCUT&RUNの操作は複雑で、アッセイ条件の最適化が必要となり、時間を要します。

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CUT&LUNCH法の原理および操作方法概略

		30分		10分		60分
	➡		➡		➡		➡
細胞		1：タンパク質／DNA複合体と抗体との結合		2：標的部位の切断		3：抗体と結合した複合体の選択的捕捉		PCR／シークエンシング

細胞を透過処理し、対象のChIPグレードの抗体を添加する。
独自の核酸切断酵素ミックスを用いて標的クロマチン領域の両端のDNA配列を切断／除去する。遊離した非特異的タンパク質DNA複合体は除去され、抗体に結合した複合体のみを選択的に回収する。
捕捉したタンパク質／DNA複合体のDNAフラグメントを精製する。精製したDNAフラグメントは、タンパク質－DNA間相互作用のプロファイリングのため、遺伝子特異的qPCRまたはDNAライブラリ構築に直接用いることができる。

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特長

迅速なプロトコル：2時間以内にアッセイが完了します。
非特異的バックグラウンドが低い:非特異的DNAの結合は、わずか3～5%です。
高い特異性と解像度:DNAは、標的タンパク質リッチな領域の両端で選択的に切断されます。
コスト効率が高い:従来のCUT&RUNアッセイと比較して、反応あたりのコストがほぼ半分です。
特別なソフトウェアは不要:NGSデータ解析には実績のある既存のChIP-seq bioinformatics pipelineを使用します。

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CUT&LUNCH法と従来法（CUT&RUN法およびChIP法）との比較

方法	CUT&LUNCH	CUT&RUN（従来法）	ChIP
操作の簡便性	簡便（全19ステップ）	やや不便（50ステップ以上）	ChIP製品によって異なる
必要細胞量	2,000～500,000	5,000～500,000	100～10,000,000
プロファイルされた標的領域	ヒストン、TFタンパク質ともに適	ヒストンは適、TFタンパク質は不適	ヒストン、TFタンパク質ともに適
切断・回収したDNAの特異性	• 安定：試料中の標的分子の量に依存しない。 • 標的のタイプや量に影響されない。	• 不安定：試料中の標的分子の量によって異なる。 • 標的のタイプや量に影響される。	N/A
シークエンス解像度	高	高	中
Negative/Positive コントロール比率	5%	30%	20%
アッセイに要する時間	1時間50分	6時間～2日	4時間～2日 (ChIPによって異なる)
アッセイ反応当たりのコスト	低	高	条件によって異なる