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タンパク質-DNA相互作用解析の新しいマッピングツール CUT&RUN SETS

掲載日情報：2020/01/16 現在Webページ番号：69219

アンチボディーズ オンライン /
antibodies-online GmbH
[メーカー略称：ANO]

ChIP-seq法などChIPを用いたタンパク質-DNA相互作用の解析における問題点を改善した新しいマッピングツールであるCUT&RUN法*1を行う際に用いる抗体や細胞捕捉用ビーズをセットにした製品です。CUT&RUNは、従来のChIP-seq法に比べてバックグラウンドノイズを大幅に低下でき、標的部位の精製DNAを1日以内で得ることができるなど、多くのメリットが得られます。

＊1 CUT&RUN法の詳細については、以下の文献をご覧下さい。

  • Nature Protocols, 13, 1006 (2018). [PMID：29651053]

※ 本キットには、pA-MNaseおよびpA/G-MNaseは含まれていません。別途ご用意下さい。
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

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CUT&RUNの原理

CUT&RUNは、広域なゲノムにおける転写因子結合部位、クロマチン関連複合体、ヒストン変異体、および翻訳後修飾のマッピング用に設計されています。固定化したインタクトの細胞から、架橋や断片化を行わずにクロマチン複合体の切断を行います。切断されたクロマチン複合体は、核から溢出するため、上澄より採取できます。

標的タンパク質に対する抗体または修飾ヒストンに対する抗体を、in situでクロマチンに結合させます。次に、プロテインA-ミクロコッカスヌクレアーゼ（pA-MNase）またはプロテインAとプロテインG-ミクロコッカスヌクレアーゼ（pA/G-MNase）融合タンパク質を抗体のFc領域に結合させます。その後、ミクロコッカスヌクレアーゼにより標的部位の周辺がを切断されます。

CUT&RUNのワークフロー

CUT&RUNのワークフロー

CUT&RUN vs ChIP-seq

CUT&RUNおよびChIP-seqでの解析例

  1. 細胞を回収する。
  2. 回収した細胞を、コンカナバリンAビーズに固定化する。
  3. 細胞膜の透過処理を行う。
  4. 一次抗体を添加する。一次抗体にマウス抗体を用いた場合は、次いで二次抗体を添加する。
  5. pA-MNaseまたはpA/G-MNaseを抗体に結合させる。
  6. ミクロコッカスヌクレアーゼにより、タンパク質未結合のDNA鎖が消化される。
  7. タンパク質-DNA複合体（クロマチン）が切り出される。
  8. DNAを抽出し、シークエンシングライブラリーを調製後、NGS解析を行う。











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CUT&RUNシステムとコンポーネント

ウサギ一次抗体のみでCUT&RUN

一次抗体のみでCUT&RUN Anti_rabbit1 Anti_rabbit2 Conc_A5 Conc_A6

一次抗体にウサギ抗体を用いた場合は、pA-MNaseやpA/G-MNaseが効率的に結合し、クロマチンの切り出しが行われます。


マウス一次抗体とウサギ二次抗体を用いてCUT&RUN

二次抗体を用いてCUT&RUN Sec_anti1 Sec_anti2 Anti_mouse1 Anti_mouse2 Conc_A1 Conc_A2

一次抗体にマウス抗体を用いた場合は、ウサギ抗マウス二次抗体に間接的にpA-MNaseやpA/G-MNaseを結合させ、クロマチンの切り出しを行います。

ポジティブ／ネガティブコントロール

ポジティブ／ネガティブコントロール PC_NC1 PC_NC2 PC_NC3 PC_NC4 Conc_A3 Conc_A4

ポジティブコントロールとネガティブコントロール抗体は、切断とクロマチン放出の評価のために用います。



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CUT&RUN vs ChIP-seq

CUT&RUN

シークエンシングの読み込み深度は1/3でOK!

CUT&RUN

ピークの読み込みが容易になり、再現性が向上します！

CUT&RUN

ChIP-seqの1/10量の試料でOK!

CUT&RUN

細胞から1日以内で精製DNAを回収できます！

Cross-Linked ChIP

  • 架橋によるエピトープのマスキングおよび偽陽性結合部位が生じる。

Native ChIP

  • タンパク質-DNA複合体の抽出が不完全。
  • タンパク質-DNA複合体の乖離の可能性がある。

CUT&RUN

  • バックグラウンドノイズを大幅に低下できる。
  • 標的部位の精製DNAが1日で得られる。

CUT&RUNのメリット

CUT&RUN vs ChIP-seq

ヒト白血病由来K562細胞中のH3K27me3クロマチンのランドスケープについて各750万回読み込みを行った。

  • 上段橙色：XChIP-seq data ENCODE （約100,000細胞）
  • 中・下段：CUT&RUNにより6,000細胞（中段）または100細胞（下段）を用いてシークエンシングを行った。わずか100細胞を用いた場合でも、ChIP-seqよりもはるかに明瞭なピークが得られた。

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製品の種類

品名をクリックするとメーカーサイトでの製品の詳細、商品コードをクリックすると各製品の価格表をご覧いただけます。

品名 キット
コンポーネント		 ネガティブコントロール
Negative
control
antibody		 ポジティブコントロール
Positive
control
antibody		 ウサギ抗マウス二次抗体
Rabbit
anti-mouse
secandary antibody		 ウサギ抗FLAG（DYKDDDDK）抗体
Rabbit
anti-DYKDDDDK
primary antibody		 マウス抗FLAG（DYKDDDDK）抗体
Mouse
anti-DYKDDDDK
primary antibody		 コンカナバリン A ビーズ
Concanavalin
beads		 アッセイ数
商品コード ABIN6923144 ABIN6923140 ABIN6923141 ABIN6923143 ABIN6923142 ABIN6923139
CUT&RUN Pro Complete ABIN6923135 ● ● ● － ● ● 96 tests
CUT&RUN Pro Direct ABIN6923136 ● ● － ● － ●
CUT&RUN Pro Sec ABIN6923137 ● ● ● － － ●
CUT&RUN Pro*2 ABIN6923138 ● ● － － － ●
CUT&RUN Core Complete ABIN6923131 ● ● ● － ● －
CUT&RUN Core Direct ABIN6923132 ● ● － ● － －
CUT&RUN Core Sec ABIN6923133 ● ● ● － － －
CUT&RUN Core*2 ABIN6923134 ● ● － － － －

＊2 #ABIN6923138および#ABIN6923134にはコントロール以外の抗体が含まれていません。標的タンパク質に対する抗体を別途ご用意下さい。

※ 本キットには、pA-MNaseおよびp A/G-MNaseは含まれていません。別途ご用意下さい。

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価格表

CUT&RUN SETS

[在庫・価格 ：2024年12月10日 20時55分現在]

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CUT&RUN Pro Complete Set (96tests)
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CUT&RUN Core Complete Set
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CUT&RUN Core Direct Set
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CUT&RUN Core Sec Set
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CUT&RUN Core Set
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CUT&RUN Pro Set

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CUT&RUN Core Direct Set

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CUT&RUNコンポーネント


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CUT&RUN Negative Control
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CUT&RUN Secondary
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CUT&RUN anti-DYKDDDDK antibody R
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（テクニカルサポート 試薬担当）

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遺伝子工学