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タンパク質-DNA相互作用解析の新しいマッピングツール CUT&RUN SETS

掲載日情報:2020/01/16 現在Webページ番号:69219

ChIP-seq法などChIPを用いたタンパク質-DNA相互作用の解析における問題点を改善した新しいマッピングツールであるCUT&RUN法*1を行う際に用いる抗体や細胞捕捉用ビーズをセットにした製品です。CUT & RUNは,従来のChIP-seq法に比べてバックグラウンドノイズを大幅に低下でき,標的部位の精製DNAを1日以内で得ることができるなど,多くのメリットが得られます。

*1 CUT&RUN法の詳細については,以下の文献をご覧下さい。

  • Nature Protocols, 13, 1006 (2018). [PMID:29651053]

本キットには,pA-MNaseおよびp A/G-MNaseは含まれていません。別途ご用意下さい。
本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

CUT&RUNの原理

CUT&RUNは,広域なゲノムにおける転写因子結合部位,クロマチン関連複合体,ヒストン変異体,および翻訳後修飾のマッピング用に設計されています。固定化したインタクトの細胞から,架橋や断片化を行わずにクロマチン複合体の切断を行います。切断されたクロマチン複合体は,核から溢出するため,上澄より採取できます。

標的タンパク質に対する抗体または修飾ヒストンに対する抗体を,in situでクロマチンに結合させます。次に,プロテインA-ミクロコッカスヌクレアーゼ(pA-MNase)またはプロテインAとプロテインG-ミクロコッカスヌクレアーゼ(pA/G-MNase)融合タンパク質を抗体のFc領域に結合させます。その後,ミクロコッカスヌクレアーゼにより標的部位の周辺がを切断されます。

CUT&RUNのワークフロー

CUT&RUNのワークフロー

CUT&RUN vs ChIP-seq

CUT&RUNおよびChIP-seqでの解析例

  1. 細胞を回収する。
  2. 回収した細胞を,コンカナバリン A ビーズに固定化する。
  3. 細胞膜の透過処理を行う。
  4. 一次抗体を添加する。一次抗体にマウス抗体を用いた場合は,次いで二次抗体を添加する。
  5. pA-MNaseまたはpA/G-MNaseを抗体に結合させる。
  6. ミクロコッカスヌクレアーゼにより,タンパク質未結合のDNA鎖が消化される。
  7. タンパク質-DNA複合体(クロマチン)が切り出される。
  8. DNAを抽出し,シークエンシングライブラリーを調製後,NGS解析を行う。











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CUT&RUNシステムとコンポーネント

ウサギ一次抗体のみでCUT&RUN

一次抗体のみでCUT&RUN Anti_rabbit1 Anti_rabbit2 Conc_A5 Conc_A6

一次抗体にウサギ抗体を用いた場合は,pA-MNaseやpA/G-MNaseが効率的に結合し,クロマチンの切り出しが行われます。


マウス一次抗体とウサギ二次抗体を用いてCUT&RUN

二次抗体を用いてCUT&RUN Sec_anti1 Sec_anti2 Anti_mouse1 Anti_mouse2 Conc_A1 Conc_A2

一次抗体にマウス抗体を用いた場合は,ウサギ抗マウス二次抗体に間接的にpA-MNaseやpA/G-MNaseを結合させ,クロマチンの切り出しを行います。

ポジティブ/ネガティブコントロール

ポジティブ/ネガティブコントロール PC_NC1 PC_NC2 PC_NC3 PC_NC4 Conc_A3 Conc_A4

ポジティブコントロールとネガティブコントロール抗体は,切断とクロマチン放出の評価のために用います。



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CUT&RUN vs ChIP-seq

CUT&RUN

シークエンシングの読み込み深度は1/3でOK!

CUT&RUN

ピークの読み込みが容易になり,再現性が向上します!

CUT&RUN

ChIP-seqの1/10量の試料でOK!

CUT&RUN

細胞から1日以内で精製DNAを回収できます!

Cross-Linked ChIP

  • 架橋によるエピトープのマスキングおよび偽陽性結合部位が生じる。

Native ChIP

  • タンパク質-DNA複合体の抽出が不完全。
  • タンパク質-DNA複合体の乖離の可能性がある。

CUT&RUN

  • バックグラウンドノイズを大幅に低下できる。
  • 標的部位の精製DNAが1日で得られる。

CUT&RUNのメリット

CUT&RUN vs ChIP-seq

ヒト白血病由来K562細胞中のH3K27me3クロマチンのランドスケープについて各750万回読み込みを行った。

  • 上段橙色:XChIP-seq data ENCODE (約100,000細胞)
  • 中・下段:CUT&RUNにより6,000細胞(中段)または100細胞(下段)を用いてシークエンシングを行った。わずか100細胞を用いた場合でも,ChIP-seqよりもはるかに明瞭なピークが得られた。

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製品の種類

品名をクリックするとメーカーサイトでの製品の詳細,商品コードをクリックすると各製品の価格表をご覧いただけます。

品名 キット
コンポーネント
ネガティブコントロール
Negative
control
antibody
ポジティブコントロール
Positive
control
antibody
ウサギ抗マウス二次抗体
Rabbit
anti-mouse
secandary antibody
ウサギ抗FLAG(DYKDDDDK)抗体
Rabbit
anti-DYKDDDDK
primary antibody
マウス抗FLAG(DYKDDDDK)抗体
Mouse
anti-DYKDDDDK
primary antibody
コンカナバリン A ビーズ
Concanavalin
beads
アッセイ数
商品コード ABIN6923144 ABIN6923140 ABIN6923141 ABIN6923143 ABIN6923142 ABIN6923139
CUT&RUN Pro Complete ABIN6923135 96 tests
CUT&RUN Pro Direct ABIN6923136
CUT&RUN Pro Sec ABIN6923137
CUT&RUN Pro*2 ABIN6923138
CUT&RUN Core Complete ABIN6923131
CUT&RUN Core Direct ABIN6923132
CUT&RUN Core Sec ABIN6923133
CUT&RUN Core*2 ABIN6923134

*2 #ABIN6923138および#ABIN6923134にはコントロール以外の抗体が含まれていません。標的タンパク質に対する抗体を別途ご用意下さい。

本キットには,pA-MNaseおよびp A/G-MNaseは含まれていません。別途ご用意下さい。

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価格表

CUT&RUN SETS

[在庫・価格 :2020年02月20日 23時07分現在]

※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。
詳細 商品名
  • 商品コード
  • メーカー
  • 包装
  • 価格
  • 在庫
  • 法規制等
納期 文献数
CUT&RUN Pro Complete Set (96tests)
3週間程度  0
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法規制等
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[在庫・価格 :2020年02月20日 23時07分現在]

※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。

CUT&RUN Pro Complete Set (96tests)

文献数:0

  • 商品コード:ABIN6923135
  • メーカー:ANO
  • 包装:1kit
  • 価格:¥420,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

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CUT&RUN Pro Direct Set

文献数:0

  • 商品コード:ABIN6923136
  • メーカー:ANO
  • 包装:1kit
  • 価格:¥374,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

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CUT&RUN Pro Sec Set

文献数:0

  • 商品コード:ABIN6923137
  • メーカー:ANO
  • 包装:1kit
  • 価格:¥302,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

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CUT&RUN Pro Set

文献数:0

  • 商品コード:ABIN6923138
  • メーカー:ANO
  • 包装:1kit
  • 価格:¥279,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

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CUT&RUN Core Complete Set

文献数:0

  • 商品コード:ABIN6923131
  • メーカー:ANO
  • 包装:1kit
  • 価格:¥328,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

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CUT&RUN Core Direct Set

文献数:0

  • 商品コード:ABIN6923132
  • メーカー:ANO
  • 包装:1kit
  • 価格:¥289,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

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CUT&RUN Core Sec Set

文献数:0

  • 商品コード:ABIN6923133
  • メーカー:ANO
  • 包装:1kit
  • 価格:¥213,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

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CUT&RUN Core Set

文献数:0

  • 商品コード:ABIN6923134
  • メーカー:ANO
  • 包装:1kit
  • 価格:¥197,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

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CUT&RUNコンポーネント

[在庫・価格 :2020年02月20日 23時07分現在]

※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。
詳細 商品名
  • 商品コード
  • メーカー
  • 包装
  • 価格
  • 在庫
  • 法規制等
納期 文献数
CUT&RUN Positive Control
3週間程度  0
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[在庫・価格 :2020年02月20日 23時07分現在]

※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。

CUT&RUN Positive Control

文献数:0

  • 商品コード:ABIN6923144
  • メーカー:ANO
  • 包装:100μg
  • 価格:¥127,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

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CUT&RUN Negative Control

文献数:0

  • 商品コード:ABIN6923140
  • メーカー:ANO
  • 包装:100μg
  • 価格:¥71,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

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CUT&RUN Secondary

文献数:0

  • 商品コード:ABIN6923141
  • メーカー:ANO
  • 包装:50μl
  • 価格:¥46,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

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CUT&RUN anti-DYKDDDDK antibody R

文献数:0

  • 商品コード:ABIN6923143
  • メーカー:ANO
  • 包装:100μl
  • 価格:¥92,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

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CUT&RUN anti-DYKDDDDK antibody M

文献数:0

  • 商品コード:ABIN6923142
  • メーカー:ANO
  • 包装:100μl
  • 価格:¥133,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

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CUT&RUN Concanavalin A Beads

文献数:0

  • 商品コード:ABIN6923139
  • メーカー:ANO
  • 包装:1ml
  • 価格:¥105,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規制等:

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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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表示価格に、消費税等は含まれていません。一部価格が予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承下さい。