第3世代ロングリードシークエンシング用の信頼性高いDNAスタンダード ZymoBIOMICS HMW DNA Standard
掲載日情報：2019/08/26 現在Webページ番号：68135
第3世代ロングリードシークエンシング（Oxford Nanopore Technologies社およびPacific Biosciences社装置）によるDNAシークエンシングおよびメタゲノム解析時の信頼性高い標準品です。8種類の微生物由来DNAの混合物です。
※ NGS（次世代シークエンシング、ショートリード）によるメタゲノム解析に適した標準品については、こちらをご覧下さい。
※ ZymoBIOMICSの全プロセスの製品構成については、こちらをご覧下さい。
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
HMW DNA Standardに含まれる＞50 kbの高分子量DNAについて
HMW DNA Standard（STD）、およびStandardに含まれる8種類の微生物由来DNAそれぞれをAgilent 2200 TapeStationで解析した。
PA：Pseudomonas aeruginosa、EC：Escherichia coli、SE：Salmonella enterica、
EF：Enterococcus faecalis、SA：Staphylococcus aureus、LM：Listeria monocytogenes、
BS：Bacillus subtilis、SC：Saccharomyces cerevisiae
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特長
- ＞50 kbの高分子量（HMW：High Molecular Weight）DNAで構成されています。
- グラム陰性細菌3種類、グラム陽性細菌4種類、酵母1種類のDNAを混合しています。
- 幅広いGC含量のDNAを混合しているため、GC含量起因のバイアス確認に有用です。
- ショットガン・メタゲノミクスシークエンシングを用いてロット毎の微生物構成を確認しています。
- 外来DNA含有量は＜0.01％で、不純物はほとんど含まれていません。
- 保存溶液組成：10 mM Tris-HCl and 0.1 mM EDTA, pH 8.0
- DNA濃度：100 ng/μl
- 平均相対存在度偏差：＜15％
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製品に含まれるDNA量（理論値）
| NRRL Accession No. | ゲノム サイズ （Mb） |
倍数性 | GC含量 （％） |
16/18S コピー数 |
グラム 染色性 |
理論含有量 (％) | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ゲノムDNA | 16S rRNA*1 | 16S & 18S rRNA*1 | ゲノムコピー数*2 | 細胞数*3 | |||||||
| Pseudomonas aeruginosa | B-3509 | 6.792 | 1 | 66.2 | 4 | － | 14 | 5.1 | 4.6 | 7.8 | 7.9 |
| Escherichia coli | B-1109 | 4.875 | 1 | 46.7 | 7 | － | 14 | 12.4 | 11.2 | 10.9 | 11.0 |
| Salmonella enterica | B-4212 | 4.760 | 1 | 52.2 | 7 | － | 14 | 12.7 | 11.4 | 11.2 | 11.2 |
| Enterococcus faecalis | B-537 | 2.845 | 1 | 37.5 | 4 | ＋ | 14 | 12.1 | 10.9 | 18.8 | 18.8 |
| Staphylococcus aureus | B-41012 | 2.730 | 1 | 32.9 | 6 | ＋ | 14 | 19 | 17.1 | 19.6 | 19.6 |
| Listeria monocytogenes | B-33116 | 2.992 | 1 | 38.0 | 6 | ＋ | 14 | 17.3 | 15.6 | 17.8 | 17.9 |
| Bacillus subtilis | B-354 | 4.045 | 1 | 43.9 | 10 | ＋ | 14 | 21.4 | 19.2 | 13.2 | 13.2 |
| Saccharomyces cerevisiae | Y-567 | 12.1 | 2 | 38.3 | 109 | Yeast | 2 | － | 10 | 0.63 | 0.32 |
*1 理論16S rRNA（または16S&18S rRNA）遺伝子含有量は、理論ゲノムDNA含有量から以下の計算式によって算出しています。16S標的シークエンシングを行う際には、この値を参考にして下さい。
16S/18S copy number = total genomic DNA (g) × unit conversion constant (bp/g) / genome size (bp) × 16S/18S copy number per genome.
*2 理論ゲノムコピー数は、理論ゲノムDNA含有量から以下の計算式によって算出しています。ショットガン法によるディープリーディングから微生物の存在量を推定する際には、この値を参考にして下さい。
genome copy number = total genomic DNA (g) × unit conversion constant (bp/g) / genome size (bp).
*3 理論細胞数は、理論ゲノムDNA含有量から以下の計算式によって算出しています。
cell number = total genomic DNA (g) × unit conversion constant (bp/g) / genome size (bp)/ploidy.
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使用例
本製品を試料としてLigation Sequencing Kit（Circulomics社）でライブラリーを構築し、MinION（Oxford Nanopore Technologies社）でロングリードシークエンシングを行った。
上段：累積スループット量は15.71 Gb（36時間読み取り）となった。
中段：読み取り長さは、最長＞125 kbを記録し、平均は約24 kbを示した。
下段：読み取り回数のベースコール品質は、全体的に良好なqスコア11を示した。
Cumulative Throughput
Read Length Histogram
Basecalling Quality
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価格
[在庫・価格 ：2024年04月26日 08時35分現在]
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ZymoBIOMICS HMW DNA Standard |
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[在庫・価格 ：2024年04月26日 08時35分現在]
ZymoBIOMICS HMW DNA Standard
文献数： 0
- 商品コード：D6322
- メーカー：ZYR
- 包装：5000ng
- 価格：¥97,000
- 在庫：無(未発注)
- 納期：2週間程度 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：
| 説明文 |
第3世代ロングリードシークエンシングによるDNAシークエンシングおよびメタゲノム解析時の信頼性高い標準品。 |
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|---|---|---|---|
| 法規制等 | |||
| 保存条件 | -20℃ | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
ニュース2023年2月1日号 p.11 ニュース2021年10月1日号 p.11
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