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第3世代ロングリードシークエンシング用の信頼性高いDNAスタンダード ZymoBIOMICS HMW DNA Standard

掲載日情報:2019/08/26 現在Webページ番号:68135

第3世代ロングリードシークエンシング(Oxford Nanopore Technologies社およびPacific Biosciences社装置)によるDNAシークエンシングおよびメタゲノム解析時の信頼性高い標準品です。8種類の微生物由来DNAの混合物です。
NGS(次世代シークエンシング,ショートリード)によるメタゲノム解析に適した標準品については,こちらをご覧下さい。
ZymoBIOMICSの全プロセスの製品構成については,こちらをご覧下さい。
本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。


高分子量DNA

HMW DNA Standardに含まれる>50 kbの高分子量DNAについて
HMW DNA Standard(STD),およびStandardに含まれる8種類の微生物由来DNAそれぞれをAgilent 2200 TapeStationで解析した。
PA:Pseudomonas aeruginosa,EC:Escherichia coli,SE:Salmonella enterica
EF:Enterococcus faecalis,SA:Staphylococcus aureus,LM:Listeria monocytogenes
BS:Bacillus subtilis,SC:Saccharomyces cerevisiae


特長

  • >50 kbの高分子量(HMW:High Molecular Weight)DNAで構成されています。
  • グラム陰性細菌3種類,グラム陽性細菌4種類,酵母1種類のDNAを混合しています。
  • 幅広いGC含量のDNAを混合しているため,GC含量起因のバイアス確認に有用です。
  • ショットガン・メタゲノミクスシークエンシングを用いてロット毎の微生物構成を確認しています。
  • 外来DNA含有量は<0.01%で,不純物はほとんど含まれていません。
  • 保存溶液組成:10 mM Tris-HCl and 0.1 mM EDTA, pH 8.0
  • DNA濃度:100 ng/μl
  • 平均相対存在度偏差:<15%

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製品に含まれるDNA量(理論値)

  NRRL Accession No. ゲノム
サイズ
(Mb)
倍数性 GC含量
(%)
16/18S
コピー数
グラム
染色性
理論含有量 (%)
ゲノムDNA 16S rRNA*1 16S & 18S rRNA*1 ゲノムコピー数*2 細胞数*3
Pseudomonas aeruginosa B-3509 6.792 1 66.2 4 14 5.1 4.6 7.8 7.9
Escherichia coli B-1109 4.875 1 46.7 7 14 12.4 11.2 10.9 11.0
Salmonella enterica B-4212 4.760 1 52.2 7 14 12.7 11.4 11.2 11.2
Enterococcus faecalis B-537 2.845 1 37.5 4 14 12.1 10.9 18.8 18.8
Staphylococcus aureus B-41012 2.730 1 32.9 6 14 19 17.1 19.6 19.6
Listeria monocytogenes B-33116 2.992 1 38.0 6 14 17.3 15.6 17.8 17.9
Bacillus subtilis B-354 4.045 1 43.9 10 14 21.4 19.2 13.2 13.2
Saccharomyces cerevisiae Y-567 12.1 2 38.3 109 Yeast 2 10 0.63 0.32

*1 理論16S rRNA(または16S&18S rRNA)遺伝子含有量は,理論ゲノムDNA含有量から以下の計算式によって算出しています。16S標的シークエンシングを行う際には,この値を参考にして下さい。
16S/18S copy number = total genomic DNA (g) × unit conversion constant (bp/g) / genome size (bp) × 16S/18S copy number per genome.

*2 理論ゲノムコピー数は,理論ゲノムDNA含有量から以下の計算式によって算出しています。ショットガン法によるディープリーディングから微生物の存在量を推定する際には,この値を参考にして下さい。
genome copy number = total genomic DNA (g) × unit conversion constant (bp/g) / genome size (bp).

*3 理論細胞数は,理論ゲノムDNA含有量から以下の計算式によって算出しています。
cell number = total genomic DNA (g) × unit conversion constant (bp/g) / genome size (bp)/ploidy.


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使用例

本製品を試料としてLigation Sequencing Kit(Circulomics社)でライブラリーを構築し,MinION(Oxford Nanopore Technologies社)でロングリードシークエンシングを行った。
上段:累積スループット量は15.71 Gb(36時間読み取り)となった。
中段:読み取り長さは,最長>125 kbを記録し,平均は約24 kbを示した。
下段:読み取り回数のベースコール品質は,全体的に良好なqスコア11を示した。


累積読み取り

Cumulative Throughput



読み取りヒストグラム

Read Length Histogram



ベースコール品質

Basecalling Quality



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(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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