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DharmaconカスタムsiRNA合成受託サービス
Custom siRNA Synthesis DharmaconカスタムsiRNA合成受託サービス
掲載日情報:2019/10/29 現在Webページ番号:67994
Horizon Discovery社のWebサイトでの本記事掲載製品の検索方法はこちら!
お客様自身で配列デザインしたsiRNAや、各種修飾(蛍光標識やin vivo導入用のsiSTABLE修飾)を導入したsiRNAの合成を承ります。
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
※ Dharmacon製品(メーカー略称:DHA)につきまして、2023年4月1日より製品ご注文時にHandling Fee(手数料)を本体価格とは別にご請求させていただきます。詳細は「Handling Feeについてのご案内」をご確認下さい。
※ Horizon|Dharmacon製品をご注文いただくには、事前にユーザー登録が必要です。ご注文方法の詳細はこちらをご覧下さい。
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- 特長
- カスタムsiRNA合成受託サービスのタイプ
- お客様が配列を指定するCustom siRNAをご注文の場合
- Custom SMARTpool Design & Synthesisをご注文の場合
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- ご注文方法
特長
- 各種化学修飾(ON-TARGET、ON-TARGETplus、Accell、siSTABLE)を選択可能です。
- 5'末端、3'末端にさまざまな修飾(下表)を導入可能です。
- 合成後の処理は5種類のオプションから選択可能です。
- 小容量から大容量までのカスタム合成に対応可能です。
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カスタムsiRNA合成受託サービスのタイプ
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お客様が配列を指定するCustom siRNAをご注文の場合
■Step 0:siDESIGN Centerで配列設計をする
siRNAの配列を設計する際は、WebツールsiDESIGN Centerをご活用下さい。ヒト・マウス・ラット以外の生物種の遺伝子や、特定の遺伝子バリアントをターゲットとするsiRNAの配列デザインに有用なツールです。
※ すでに配列がお決まりの方は、Step1からスタートして下さい。
- ターゲット遺伝子を検索する。
- 設計したいsiRNAの領域(5' UTR、ORF、3' UTR)を選択する。
- 最小および最大GC%を入力するか、デフォルト設定の値(推奨)を使用する。
- BLAST検索(オプション)の有無を選択し、Design RNAをクリックする。
- 表示された候補から目的の配列を選択し、カートに入れる。
- カート中のアイテムのEditからCustom siRNA入力フォームへ移動する。
■Step 1:合成タイプ・処理オプションの選択
- Custom siRNA入力フォームに入る。
- 任意の識別名を入力する(Oligo Name)。
- Dharmacon独自の化学修飾タイプを選択する(siRNA Type)。
- 合成後の処理オプション(Processing)タイプを選択する。
| 合成後の処理 | Single Strands(A1) | Standard (A4) | HPLC | in vivo | in vivo HPLC |
|---|---|---|---|---|---|
| エタノール沈殿あるいは逆相カラムによる脱塩処理 | - | ● | ● | ● | ● |
| RNAは2'-ACE保護基を除去した状態 | - | ● | ● | ● | ● |
| アニーリング(二本のRNAがアニーリングされ二本鎖になっている) | - | ● | ● | ● | ● |
| 精製(イオン交換HPLCにより精製) | - | - | ● | - | ● |
| エンドトキシンテスト | - | - | - | ● | ● |
| カウンターイオン交換(Na+) | - | - | - | ● | ● |
| RNAは2'-ACE保護基の付いた状態 | ● | - | - | - | - |
| RNAはセンス鎖とアンチセンス鎖を別々のチューブで提供 | ● | - | - | - | - |
5. 合成スケール(Scale)を選択する。
※ nmolスケールは未修飾合成の際の目安です。修飾合成品は収量が少なくなりますのでご注意下さい。
※ 合成スケールは、納品物の量を保証するものではありません。
■Step 2:合成するsiRNAの配列情報を入力(siDESIGN Centerで設計した場合は自動入力されます)
■Step 3:修飾の有無、種類を指定
各種修飾(蛍光標識やin vivo導入用のsiSTABLE修飾)を導入したsiRNAの合成を承っています。
・下表のShort Codeでご指定下さい。
・容量:0.05 μmol、0.2 μmol、0.4 μmol、1.0 μmol、2.0 μmol
| Modification | Short Code | |
|---|---|---|
| Standard RNA Bases | A, C, G, U | A,C,G,U |
| 2'-OMethyl RNA Bases | 2'-OMe RNA Bases (A, C, G, U) | mA,mC,mG,mU |
| Standard DNA Bases | 2'-Deoxy Bases (A, C, G, T) | dA,dC,dG,dT |
| Backbone modifications | Phosphorothioate | * |
| Phosphorylation | 5'-Phosphate | 5'-P |
| 2'-Modifications | 2'-Fluoro-adenosine | 2'-F-A |
| 2'-Fluoro-cytidine | 2'-F-C | |
| 2'-Fluoro-guanosine | 2'-F-G | |
| 2'-Fluoro-uridine | 2'-F-U | |
| Amino Modifiers | 3'-Amino modifier C12 | N12-3' |
| 3'-Amino modifier C6 | N6-3' | |
| 5'-Amino modifier C12 | N12 | |
| 5'-Amino modifier C3 | N3 | |
| 5'-Amino modifier C5 | N5 | |
| 5'-Amino modifier C6 | N6 | |
| Thiol Modifiers | 3'-Disulfide thiol-modifier | S-S-3' |
| 5'-Disulfide thiol-modifier | S-S | |
| Chain Terminators | 3' Inverted abasic | b |
| 3' Inverted deoxy-thymidine | idT-3' | |
| 3'-Terminal 3'-Deoxy-Guanosine | 3'dG | |
| 3'-Terminal dideoxy-cytidine | ddC | |
| 5' Inverted deoxy-thymidine | idT | |
| 5' Terminal 5'-deoxy-ribo-adenosine | 5'dA | |
| 5' Terminal 5'-deoxy-ribo-cytidine | 5'dC | |
| 5' Terminal 5'-deoxy-ribo-guanosine | 5'dG | |
| 5' Terminal 5'-deoxy-ribo-uridine | 5'dU | |
| Labeling | 3-Biotin | 3'-Bi |
| 3'-Cholesterol | 3'-Chl | |
| 3' TEG-Cholesterol | TEG-Chl-3' | |
| 3'-Cy3 | Cy3-3' | |
| 3'-Cy5 | Cy5-3' or N6-Cy5 | |
| 3'-Cy5.5 | Cy5^5-3' | |
| 3' Black Hole Quencher 1 | BHQ-1-3' | |
| 3' Black Hole Quencher 2 | BHQ-2-3' | |
| 3'-Fluorescein | 3'-Fl | |
| 3'-Biotin LC | 3'-LCBi | |
| 3'-Biotin LC LC | 3'-2LCBi | |
| 3'-Puromycin | Pmn | |
| 3'-TAMRA | 3'-TAM | |
| 3'-N-Acetylgalactosamine (GalNAc) Cluster | GalNAc-TEG | |
| 5'-Biotin | Bi | |
| 5'-Cholesterol | Chl | |
| 5' Cholesterol-TEG | Chl-TEG | |
| 5'-Cy3 | Cy3 | |
| 5'-Cy5 | Cy5 | |
| 5'-Cy5.5 | Cy5^5 | |
| 5' Black Hole Quencher 1 | BHQ-1 | |
| 5' Black Hole Quencher 2 | BHQ-2 | |
| 5'-Dabcyl | Dabcyl | |
| 5'-Fluorescein | Fl | |
| 5'-Pyrene | 5'-Pyr | |
| 5'-TAMRA | TAM | |
| 5'-TET | TET | |
| 5'-(E)-vinylphosphonate (EVP, E-VP, VP) 2'-O-methyl Uridine (mU) | EVP-mU | |
| 5'-N-Acetylgalactosamine (GalNAc) Cluster | GalNAc |
3'-N-Acetylgalactosamine Cluster(GalNAc-TEG)および5'-N-Acetylgalactosamine Cluster(GalNAc)
GalNAc(N-アセチルガラクトサミン)は小型の糖鎖リガンドであり、肝細胞への送達を目的として、しばしばオリゴヌクレオチドに化学的に結合されます。GalNAcは一般に、三分岐(トリアンテナリー、3アーム)構造のGalNAcクラスターとして、オリゴヌクレオチドの3'末端または5'末端に結合されますが、その具体的な構造は場合によって異なります。GalNAcは、siRNA、miRNA、DNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)、その他のRNA分子に広く使用されています。GalNAcはアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)のリガンドとして機能し、肝細胞への高い特異性を有する取り込みを可能にします。また、GalNAcは、2'-フルオロ修飾や2'-O-メチル修飾塩基、ホスホロチオエート結合、さらに場合によっては5'-(E)-ビニルホスホネート修飾など、他の化学修飾と組み合わせて用いられることが多くあります。
EVP-mU
5'-(E)-ビニルホスホネートは、代謝的に安定な5'リン酸ミミックであり、Ago2による認識を保持したまま、siRNAおよびその他のRNAiオリゴヌクレオチドのin vivoにおける安定性、効力(ポテンシー)、および作用持続性を向上させます。この修飾は、2'-フルオロ修飾や2'-O-メチル修飾塩基、ホスホロチオエート結合などの他の化学修飾と併用されることが多く、さらにGalNAcやコレステロールを結合したsiRNAやRNA分子と組み合わせて使用されることも一般的です。
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Custom SMARTpool Design & Synthesisをご注文の場合
お客様が選択した遺伝子に対するデザイン済みsiRNAをお届けする受託サービスです。各siRNAは、ヒト・マウス・ラットのNCBI RefSeq データベースに登録されている遺伝子をほぼ完全に網羅したデザイン済みsiRNAです。遺伝子ごとに、ノックダウン効果と特異性の高いsiRNAがデザインされています。
デザイン済みsiRNAのご注文入力フォームは、こちらをクリックして下さい。
- SMARTpoolフォーマットで納品:1つの遺伝子に対して配列デザインの異なる4種類のsiRNAをPool(混合物)として1本のチューブに入れた製品です。高確率で高効率にノックダウンでき、siRNAを用いる実験の手間や時間を抑えられる製品です。
- 凍結乾燥品です。
■Step 1:配列デザイン済みのsiRNAの製品タイプをご指定下さい
製品の詳細は各項目をクリックして下さい。
| siGENOME | ON-TARGETplus | Accell | |
|---|---|---|---|
| 生物種 | Human/Mouse/Rat | ||
| 容量 | 80 nmol | 80 nmol | 120 nmol |
| ノックダウン効果と特異性に優れたスタンダードタイプのsiRNA | siGENOMEのアップグレード版として、ON-TARGETplus修飾を導入することでオフターゲット効果をより抑え、ターゲット遺伝子に対する特異性を向上。 | 独自の化学修飾により、トランスフェクション試薬を使わずに細胞へ導入できるsiRNA | |
| ON-TARGET修飾 | ●*1 | - | - |
| ON-TARGETplus修飾 | - | ● | ●*2 |
| siSTABLE修飾 | - | - | ●*3 |
*1 約20%のsiGENOME siRNAについて、センス鎖をON-TARGET修飾しています(デザインの段階でセンス鎖由来のオフターゲットの可能性が示唆された場合のみ)。
*2 Accell siRNAでは、ON-TARGETplus修飾に類似した化学修飾により特異性を高めています。
*3 Accell siRNAでは、siSTABLE修飾に類似した化学修飾によりヌクレアーゼに対する安定性を高めています。
■Step 2:修飾の有無または修飾の種類をご指定下さい
■ON-TARGET修飾:センス鎖由来のオフターゲット効果を低減
ON-TARGET修飾はセンス鎖に対する独自の化学修飾です。センス鎖とRISCの相互作用を妨げる修飾を行うことにより、RISCはセンス鎖を取り込むことなく、アンチセンス鎖とのみ複合体を形成するようになります。センス鎖がRISCに取り込まれることに起因するオフターゲット効果が抑制されます。
■ON-TARGETplus修飾:センス鎖、アンチセンス鎖由来のオフターゲット効果を低減
ON-TARGETplus修飾は、センス鎖とアンチセンス鎖の両鎖に対する独自の化学修飾です。オフターゲット効果を抑えるとともに、ターゲット遺伝子に対する特異性を高めます。
センス鎖:RISCとの相互作用を妨げる修飾により、センス鎖がRISCに取り込まれることに起因するオフターゲット効果が抑えられます。
アンチセンス鎖:RISCに取り込まれたアンチセンス鎖がターゲットmRNAを認識する際に、より厳密な相補性が必要となる化学修飾により、ターゲット遺伝子に対する特異性が高められます。
ON-TARGETplus修飾によるオフターゲット効果の低減
各ターゲット遺伝子について、未修飾、センス鎖修飾、ON-TARGETplus修飾したsiRNAを用い、発現抑制(2倍以上)が確認されたオフターゲット遺伝子の数を示している。
■siSTABLE修飾:in vivo実験用に安定性を向上
siSTABLE修飾は、ヌクレアーゼに対する安定性を高める化学修飾です。通常のsiRNAは血清中での安定性が十分ではないためin vivo実験には不向きですが、siSTABLE修飾されたsiRNAは血清中での安定性が大幅に向上するため、in vivo実験に適しています。同時にセンス鎖に対する修飾が施されるため、センス鎖由来のオフターゲット効果が低減されます。
siSTABLE修飾による安定性の向上
ヒト血清(100%)中におけるsiSTABLE修飾siRNAと未修飾siRNAの安定性の比較を示している。
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ご注文方法
Horizon|Dharmacon製品をご注文いただくには、事前にユーザー登録が必要です。
初めてご注文いただくお客様はユーザー登録・ご注文方法の詳細をこちらでご覧下さい。
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