高精度な3’末端mRNA-Seq測定キット MACE Kit
掲載日情報：2017/02/17 現在Webページ番号：65499
3'末端解析手法 MACE(Massive Analysis of cDNA Ends)のライブラリー構築キットです。mRNAの3’末端の選択的ポリアデニル化の解析をはじめ，遺伝子型決定，対立遺伝子発現頻度解析に有用です。3'末端のみを解析できるため，低いシーケンス深度で正確なmRNAコピー数の定量解析が可能です。
※ MACE Kit専用の解析サービスもあります。詳細はお問い合わせ下さい。
MACE(Massive Analysis of cDNA Ends)を用いたSNP解析の原理
cDNA合成後，平均350 bp程度のランダムフラグメントに切断し，MACEアダプターとイルミナフォーマットのバーコードを導入する。3’末端特異的に増幅を誘導するPCRにより3’末端選択的なライブラリーを構築する。最大800 bpまで末端配列が読み取り可能で，ポリAテイルも解析可能。
MACE Kitと一般的なRNA-Seq調製キットとの比較
ダミーRNA試料にERCCコントロールRNAを微量spik-inし，MACEキットおよび他社の一般的なRNA-Seq調製キットでライブラリーを調製した後，各手法で検出できたERCCコントロールRNAの数を定量した。MACE Kitは6 Mリード，RNA-Seqは50 Mリードでシークエンスを行ったところ，MACE Kitは約1/10のシークエンス深度であるにもかかわらず，より多くのspik-in ERCCコントロールRNAを検出できていることが分かる。このデータは一般的なRNA-seqに比べ微量RNA種の検出に優れていることを示す。
- GenXPro社（GXP社）のMACEおよびTrueQuantを用いた遺伝子型決定
- MEMO MACE, TrueQuantおよびTranSNIptomicsとは
- 特長
- 適用
- 操作方法概略
- キット内容
- 価格
- メーカーインタビュー： 3’mRNA解析から新しい研究の提案へ
GenXPro社（GXP社）のMACEおよびTrueQuantを用いた遺伝子型決定
表題のビデオプレゼンテーションを下の画像をクリックすることによりご覧いただけます。
MACEを用いた20Mシークエンシングリード実施例。対立遺伝子が明確に示された。
MEMO MACE, TrueQuantおよびTranSNIptomicsとは
特長
- 低発現率の転写因子やレセプターなどの転写産物を正確に解析できます。
- 独自の定量技術TrueQuantにより，PCR由来のバイアスの影響を回避できます。
- 高いシークエンスカバレッジにより信頼性の高いSNP検出および遺伝子型解析が行えます。
- 数百試料のハイスループットな同時解析が可能です。
- 頻出タグはコンティグとしてアライメントでき，全タグにアノテーションが付けられてデータベースに入力およびカウントされ，SNP（一塩基多型：Single Nucleotide Polymorphism）が同定できます。
- MACEは，1コピーの転写物あたり1分子の配列のみが読み取られるため，全長RNA-Seqと比べて短いものや低コピーの転写物を10～20倍低いシーケンス深度で同定でき，また鎖長の正規化も不要となるなどの様々な優位性を有します。
- イルミナのMiSeq（6 MACEライブラリー）用（#16046.1）およびHiSeq/NextSeq（24 MACEライブラリー）用（#160424.1）キットがあります。
- HiSeq/NextSeq を4キット使用して96 MACE同時解析を行う場合には，別売りのバーコードを含むAdditional adapter set (#160424.3)を併せてご購入下さい。
（左図）：同じシークエンス量（20 M リード）の解析で同定できた異なる転写物の数
（右図）：左図のうち，30×以上のシークエンス（読み）深度で配列が得られた遺伝子座の数
試料：ヒト胎盤組織
MACE は転写産物の狭い範囲（多型が豊富な部分）の読み取りを集中して行うため，読
み深度が増え，対立遺伝子をより正確に発見できる。
適用
- 対立遺伝子の特異的発現（ASE：Allele Specific Expression）解析
- 高精度医療研究
- 植物育種研究
- 選択的ポリアデニル化（APA：Alternative Poly-Adenylation）解析
操作方法概略
- cDNAの合成
- cDNAの精製とプール
- cDNAの断片化
- ビーズの洗浄
- 3’末端の修復
- アダプターのライゲーション
- ビーズの洗浄
- PCRによる増幅
- ビーズの洗浄
キット内容
| 操作 | キットコンポーネント |
|---|---|
| For all reactions | ・Nuclease-free water ・TE buffer |
| First strand reaction | ・Oligo ID 1, 2, 3, 4, 5, 6 ・Solution 1 ・Enzyme mix 1/2 |
| Second strand reaction | ・Solution 2/3/4 ・Enzyme mix 3/4/5 |
| End repair | ・Solution 5 ・Enzyme mix 6 |
| Ligation | ・MACE adapter ・Enzyme mix 7 |
| PCR amplification | ・Solution 7 ・Enzyme mix 8 |
価格
[在庫・価格 ：2019年03月23日 00時11分現在]
| 詳細 | 商品名 |
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文献数 | リスト | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MACE kit (6 reactions) |
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0 | 追加 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MACE kit (24 reactions) |
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0 | 追加 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Additional Adapter Set |
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0 | 追加 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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[在庫・価格 ：2019年03月23日 00時11分現在]
MACE kit (6 reactions)
文献数：0
- 商品コード：16046.1
- メーカー：GXP
- 包装：1kit
- 価格：¥98,000
- 在庫：無(未発注)
- 納期：3週間程度 ※
- 法規性等：
| 説明文 |
MACE (massive analysis of cDNA End) kit はmRNAの3'末端構造解析に特化した次世代RNA-Seqライブラリーの調製キットです。イルミナ社のプラットフォームに対応しており，3' UTR配列の解析，選択的ポリアデニル化（alternative polyadenylation; APA），SNP解析，低コピー数RNAの定量などに有効です。本製品#16046.1はMiSeqに対応しています。HiSeqのご使用の場合は#160424.1をご使用下さい。 |
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|---|---|---|---|
| 法規制等 | |||
| 保存条件 | -20℃ | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
ニュース2018年2月1日号 p.13
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| 製品記事 |
フナコシニュース連載企画 「FRONTIERS」GenXPro社の紹介 |
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| 関連記事 | |||
MACE kit (24 reactions)
文献数：0
- 商品コード：160424.1
- メーカー：GXP
- 包装：1kit
- 価格：¥330,000
- 在庫：無(未発注)
- 納期：3週間程度 ※
- 法規性等：
| 説明文 |
MACE (massive analysis of cDNA End) kit はmRNAの3'末端構造解析に特化した次世代RNA-Seqライブラリーの調製キットです。イルミナ社のプラットフォームに対応しており，3' UTR配列の解析，選択的ポリアデニル化（alternative polyadenylation; APA），SNP解析，低コピー数RNAの定量などに有効です。本製品#160424.1はHiSeqに対応しています。MiSeqのご使用の場合は#16046.1をご使用下さい。 |
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|---|---|---|---|
| 法規制等 | |||
| 保存条件 | -20℃ | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
ニュース2018年2月1日号 p.13
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| 製品記事 |
フナコシニュース連載企画 「FRONTIERS」GenXPro社の紹介 |
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| 関連記事 | |||
Additional Adapter Set
文献数：0
- 商品コード：160424.3
- メーカー：GXP
- 包装：1set
- 価格：¥40,000
- 在庫：無(未発注)
- 納期：3週間程度 ※
- 法規性等：
| 説明文 |
MACE kit (24 reaction; 商品コード#160424.1) を用いてHiSeqで96 reaction 同時測定するための追加アダプターセットです。 |
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|---|---|---|---|
| 法規制等 | |||
| 保存条件 | -20℃ | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
ニュース2018年2月1日号 p.13
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| 製品記事 |
フナコシニュース連載企画 「FRONTIERS」GenXPro社の紹介 |
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| 関連記事 | |||
メーカーインタビュー： 3’mRNA解析から新しい研究の提案へ
| GenXPro 社は2005 年にDr. Peter Winter を筆頭に，フランクフルト大学・パリ大学の共同研究者が立ち上げた大学発ベンチャー企業です。同社は世界初の3’mRNA-Seq 技術（特許申請中）を有しており，2013 年から3’mRNA-Seq 用キット（MACE Kit）の販売を開始しました。今回は，同社のDr. Bjorn Rotter にお話を伺いました。 |
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