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高精度な3’末端mRNA-Seq測定キット MACE Kit

掲載日情報:2017/02/17 現在Webページ番号:65499

3'末端解析手法 MACE(Massive Analysis of cDNA Ends)のライブラリー構築キットです。mRNAの3’末端の選択的ポリアデニル化の解析をはじめ,遺伝子型決定,対立遺伝子発現頻度解析に有用です。3'末端のみを解析できるため,低いシーケンス深度で正確なmRNAコピー数の定量解析が可能です。

MACE Kit専用の解析サービスもあります。詳細はお問い合わせ下さい。

most effectively

MACE(Massive Analysis of cDNA Ends)を用いたSNP解析の原理

cDNA合成後,平均350 bp程度のランダムフラグメントに切断し,MACEアダプターとイルミナフォーマットのバーコードを導入する。3’末端特異的に増幅を誘導するPCRにより3’末端選択的なライブラリーを構築する。最大800 bpまで末端配列が読み取り可能で,ポリAテイルも解析可能。

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MACE Kitと一般的なRNA-Seq調製キットとの比較

ダミーRNA試料にERCCコントロールRNAを微量spik-inし,MACEキットおよび他社の一般的なRNA-Seq調製キットでライブラリーを調製した後,各手法で検出できたERCCコントロールRNAの数を定量した。MACE Kitは6 Mリード,RNA-Seqは50 Mリードでシークエンスを行ったところ,MACE Kitは約1/10のシークエンス深度であるにもかかわらず,より多くのspik-in ERCCコントロールRNAを検出できていることが分かる。このデータは一般的なRNA-seqに比べ微量RNA種の検出に優れていることを示す。

GenXPro社(GXP社)のMACEおよびTrueQuantを用いた遺伝子型決定

表題のビデオプレゼンテーションを下の画像をクリックすることによりご覧いただけます。

MACEおよびTrueQuantを用いた遺伝子型決定動画 MACEキット

MACEを用いた20Mシークエンシングリード実施例。対立遺伝子が明確に示された。



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MEMO MACE, TrueQuantおよびTranSNIptomicsとは



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特長

  • 低発現率の転写因子やレセプターなどの転写産物を正確に解析できます。
  • 独自の定量技術TrueQuantにより,PCR由来のバイアスの影響を回避できます。
  • 高いシークエンスカバレッジにより信頼性の高いSNP検出および遺伝子型解析が行えます。
  • 数百試料のハイスループットな同時解析が可能です。
  • 頻出タグはコンティグとしてアライメントでき,全タグにアノテーションが付けられてデータベースに入力およびカウントされ,SNP(一塩基多型:Single Nucleotide Polymorphism)が同定できます。
  • MACEは,1コピーの転写物あたり1分子の配列のみが読み取られるため,全長RNA-Seqと比べて短いものや低コピーの転写物を10~20倍低いシーケンス深度で同定でき,また鎖長の正規化も不要となるなどの様々な優位性を有します。
  • イルミナのMiSeq(6 MACEライブラリー)用(#16046.1)およびHiSeq/NextSeq(24 MACEライブラリー)用(#160424.1)キットがあります。
  • HiSeq/NextSeq を4キット使用して96 MACE同時解析を行う場合には,別売りのバーコードを含むAdditional adapter set (#160424.3)を併せてご購入下さい。
MACEキット

(左図):同じシークエンス量(20 M リード)の解析で同定できた異なる転写物の数
(右図):左図のうち,30×以上のシークエンス(読み)深度で配列が得られた遺伝子座の数

試料:ヒト胎盤組織
MACE は転写産物の狭い範囲(多型が豊富な部分)の読み取りを集中して行うため,読 み深度が増え,対立遺伝子をより正確に発見できる。



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適用

  • 対立遺伝子の特異的発現(ASE:Allele Specific Expression)解析
  • 高精度医療研究
  • 植物育種研究
  • 選択的ポリアデニル化(APA:Alternative Poly-Adenylation)解析

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操作方法概略

  1. cDNAの合成
  2. cDNAの精製とプール
  3. cDNAの断片化
  4. ビーズの洗浄
  5. 3’末端の修復
  6. アダプターのライゲーション
  7. ビーズの洗浄
  8. PCRによる増幅
  9. ビーズの洗浄

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キット内容

操作 キットコンポーネント
For all reactions ・Nuclease-free water
・TE buffer
First strand reaction ・Oligo ID 1, 2, 3, 4, 5, 6
・Solution 1
・Enzyme mix 1/2
Second strand reaction ・Solution 2/3/4
・Enzyme mix 3/4/5
End repair ・Solution 5
・Enzyme mix 6
Ligation ・MACE adapter
・Enzyme mix 7
PCR amplification ・Solution 7
・Enzyme mix 8

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価格

[在庫・価格 :2019年03月23日 00時11分現在]

※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。
詳細 商品名
  • 商品コード
  • メーカー
  • 包装
  • 価格
  • 在庫
  • 法規性等
納期 文献数 リスト
MACE kit (6 reactions)
3週間程度  0 追加
説明文
MACE (massive analysis of cDNA End) kit はmRNAの3'末端構造解析に特化した次世代RNA-Seqライブラリーの調製キットです。イルミナ社のプラットフォームに対応しており,3' UTR配列の解析,選択的ポリアデニル化(alternative polyadenylation; APA),SNP解析,低コピー数RNAの定量などに有効です。本製品#16046.1はMiSeqに対応しています。HiSeqのご使用の場合は#160424.1をご使用下さい。
法規性等
保存条件 -20℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2018年2月1日号 p.13

製品記事 フナコシニュース連載企画 「FRONTIERS」GenXPro社の紹介
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MACE kit (24 reactions)
3週間程度  0 追加
説明文
MACE (massive analysis of cDNA End) kit はmRNAの3'末端構造解析に特化した次世代RNA-Seqライブラリーの調製キットです。イルミナ社のプラットフォームに対応しており,3' UTR配列の解析,選択的ポリアデニル化(alternative polyadenylation; APA),SNP解析,低コピー数RNAの定量などに有効です。本製品#160424.1はHiSeqに対応しています。MiSeqのご使用の場合は#16046.1をご使用下さい。
法規性等
保存条件 -20℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2018年2月1日号 p.13

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Additional Adapter Set
3週間程度  0 追加
説明文
MACE kit (24 reaction; 商品コード#160424.1) を用いてHiSeqで96 reaction 同時測定するための追加アダプターセットです。
法規性等
保存条件 -20℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2018年2月1日号 p.13

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[在庫・価格 :2019年03月23日 00時11分現在]

※ 納期として表示している期間は弊社発注日からの「目安」となり、納期を保証する物ではございません。実際には長くかかる場合もございます。ご注意ください。

MACE kit (6 reactions)

文献数:0

  • 商品コード:16046.1
  • メーカー:GXP
  • 包装:1kit
  • 価格:¥98,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規性等:

説明文 MACE (massive analysis of cDNA End) kit はmRNAの3'末端構造解析に特化した次世代RNA-Seqライブラリーの調製キットです。イルミナ社のプラットフォームに対応しており,3' UTR配列の解析,選択的ポリアデニル化(alternative polyadenylation; APA),SNP解析,低コピー数RNAの定量などに有効です。本製品#16046.1はMiSeqに対応しています。HiSeqのご使用の場合は#160424.1をご使用下さい。
法規制等
保存条件 -20℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2018年2月1日号 p.13

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MACE kit (24 reactions)

文献数:0

  • 商品コード:160424.1
  • メーカー:GXP
  • 包装:1kit
  • 価格:¥330,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規性等:

説明文 MACE (massive analysis of cDNA End) kit はmRNAの3'末端構造解析に特化した次世代RNA-Seqライブラリーの調製キットです。イルミナ社のプラットフォームに対応しており,3' UTR配列の解析,選択的ポリアデニル化(alternative polyadenylation; APA),SNP解析,低コピー数RNAの定量などに有効です。本製品#160424.1はHiSeqに対応しています。MiSeqのご使用の場合は#16046.1をご使用下さい。
法規制等
保存条件 -20℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2018年2月1日号 p.13

製品記事 フナコシニュース連載企画 「FRONTIERS」GenXPro社の紹介
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Additional Adapter Set

文献数:0

  • 商品コード:160424.3
  • メーカー:GXP
  • 包装:1set
  • 価格:¥40,000
  • 在庫:無(未発注)
  • 納期:3週間程度 
  • 法規性等:

説明文 MACE kit (24 reaction; 商品コード#160424.1) を用いてHiSeqで96 reaction 同時測定するための追加アダプターセットです。
法規制等
保存条件 -20℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2018年2月1日号 p.13

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メーカーインタビュー: 3’mRNA解析から新しい研究の提案へ


GenXPro GmbH
GenXPro 社は2005 年にDr. Peter Winter を筆頭に,フランクフルト大学・パリ大学の共同研究者が立ち上げた大学発ベンチャー企業です。同社は世界初の3’mRNA-Seq 技術(特許申請中)を有しており,2013 年から3’mRNA-Seq 用キット(MACE Kit)の販売を開始しました。今回は,同社のDr. Bjorn Rotter にお話を伺いました。  

Dr. Bjorn Rotter

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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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