低発現遺伝子やアイソフォームを高感度に解析する全長シングルセルRNA-seq MERCURIUS Single-Cell FLASH-seq受託サービス
掲載日情報：2026/08/12 現在Webページ番号：73765
シングルセルRNA-seqは、細胞集団を構成する個々の細胞の遺伝子発現を解析し、細胞集団の不均一性や希少細胞集団を調べるための手法です。
Alithea Genomics社のMERCURIUS Single-Cell FLASH-seq受託サービスは、お客様が蛍光活性化セルソーティング（Fluorescence-activated cell sorting：FACS）により96／384ウェルプレートに分取した単一細胞を用いて、ポリアデニル化mRNAを全長にわたって解析します。低発現遺伝子の検出に加え、選択的スプライシングや転写産物アイソフォームの解析に利用できます。細胞をCell Lysis Bufferへ直接分取するため、お客様側でのRNA抽出は不要です。
※ 研究室でライブラリー調製を行いたい場合は、MERCURIUS Single-Cell FLASH-seq Kitをご参照下さい。
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
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このような研究におすすめです
- 希少な細胞集団や疾患に関連する細胞を高感度に解析したい。
- 低発現遺伝子を含む遺伝子発現プロファイルを、1細胞レベルで取得したい。
- 不均一な細胞集団に含まれる細胞の多様性や状態を詳しく調べたい。
- 選択的スプライシングや転写産物アイソフォームを解析したい。
- FACSで選別した特定の細胞集団を詳細に解析したい。
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特長
- 全長mRNAを解析
ポリアデニル化mRNAを対象に、全長トランスクリプト情報を取得します。遺伝子発現解析に加えて、選択的スプライシングや転写産物アイソフォームの解析にも利用できます。 - 低発現遺伝子を高感度に検出
単一細胞に含まれる微量のmRNAを高感度に検出でき、低発現遺伝子や希少細胞集団の解析に適しています。 - 96／384ウェル形式に対応
FACSで選別した細胞を、1ウェル当たり1細胞ずつ分取して解析するプレートベース方式です。 - RNA抽出不要
細胞を専用のCell Lysis Bufferへ直接分取するため、お客様側でRNAを抽出する必要はありません。 - ライブラリー調製からデータ解析まで対応
ライブラリー調製、品質確認、シークエンシング、データ解析およびレポート作成を行います。 - 標準納期は約4週間
凍結プレートをAlithea Genomics社が受領してから、通常約4週間でデータを納品します。
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代表的なドロップレット型3′末端解析との違い
シングルセルRNA-seqには、主にmRNAの3′末端を解析して多数の細胞を調べるドロップレット型の方法と、mRNAを全長にわたって解析して各細胞の転写産物を詳細に調べる方法があります。MERCURIUS Single-Cell FLASH-seq受託サービスは、FACSで選別した単一細胞を対象とする、プレートベースの全長シングルセルRNA-seqです。
| 比較項目 | MERCURIUS Single-Cell FLASH-seq | 代表的なドロップレット型3′末端解析 |
|---|---|---|
| 解析範囲 | mRNA全長 | mRNAの3′末端 |
| 細胞調製の方式 | FACSで選別・分取後、96／384ウェルプレートを用いたプレートベース方式 | 主にマイクロ流路を用いたドロップレット方式 |
| 対象細胞 | FACSで目的の細胞を選別し、各ウェルへ1細胞ずつ分取した細胞 | 細胞懸濁液に含まれる多数の細胞 |
| 主な解析内容 | 遺伝子発現、選択的スプライシング、転写産物アイソフォーム | 遺伝子発現、細胞集団の分類、細胞種の同定 |
| 解析規模 | 選別した細胞を1細胞ずつ詳細に解析 | 多数の細胞を一度に解析 |
| 適した用途 | 希少細胞、低発現遺伝子、アイソフォームの詳細解析 | 複雑な細胞集団の網羅的な分類や構成比の把握 |
※ 解析範囲や取得できる情報は、使用するライブラリー調製法、シークエンス条件および解析方法によって異なります。
※ 解析法の詳細な比較については、Alithea Genomics社のWebの記事をご参照下さい。
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解析例
低いシークエンス深度でも多数の遺伝子を検出
不均一な試料中の希少細胞集団を識別
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サービスの流れ
-
実験内容の確認・お見積もり
解析目的、細胞種、試料数、プレート形式、ご希望のシークエンス深度および解析内容を確認し、個別にお見積もりいたします。また必要に応じて、予備試験をご提案します。 -
専用プレートおよびCell Lysis Bufferの送付
96ウェル形式では空のプレートと2×Cell Lysis Bufferを、384ウェル形式ではCell Lysis Bufferが分注された専用プレートを送付します。 -
FACSによる細胞の分取
お客様にて、FACSを用いてCell Lysis Bufferが分注された各ウェルの中央へ1ウェル当たり1細胞を分取して下さい。 -
プレートの凍結・発送
細胞を分取したプレートを密封し、－80℃で凍結保存して下さい。その後、プレートをドライアイスで梱包し、発送して下さい。 -
ライブラリー調製・品質確認
凍結プレートを受領後、MERCURIUS FLASH-seqによるライブラリー調製と品質確認を行います。ライブラリーの品質確認後、お客様に結果をご確認いただきます。 -
シークエンシング
ご要望に応じて、AVITIまたはIlluminaプラットフォームを用いたシークエンシングを行います。 -
データ解析・レポート作成
取得したシークエンスデータの解析およびレポート作成を行います。 -
データ納品
FASTQファイル、遺伝子カウントテーブル、QCファイルおよび解析レポートを納品します。
※ 凍結プレートをAlithea Genomics社が受領してからデータ納品までの標準納期は、約4週間です。試料数、シークエンシング条件および解析内容によって納期は異なる場合があります。
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試料調製条件
本サービスでは、お客様がFACSで分取した単一細胞を解析します。良好な解析結果を得るため、以下の条件に従って試料を調製して下さい。
| 対象試料 | FACSで分取した単一細胞 |
|---|---|
| 細胞生存率 | 70％を超えることを推奨 |
| 試料の状態 | 細胞凝集塊やデブリが少ない単一細胞懸濁液 |
| 分取細胞数 | 1ウェル当たり1細胞 |
| 最少試料数 | 96ウェル形式の場合：48試料 384ウェル形式の場合：192試料 |
| コントロール | 無細胞の陰性対照ウェルおよび10細胞を分取した陽性対照ウェルを、各プレートに設けることを推奨 |
| 保存条件 | 細胞分取後、速やかに－80℃で凍結保存 |
| 輸送条件 | ドライアイス梱包による凍結輸送 |
プレート形式別のCell Lysis Buffer調製
| プレート形式 | Cell Lysis Bufferの調製方法 |
|---|---|
| 96ウェル | 2×Cell Lysis Bufferをチューブでご提供します。冷却したヌクレアーゼフリー水で1×に希釈し、各ウェルに5 μlずつ分注します。 |
| 384ウェル | 各ウェルに1.25 μlのCell Lysis Bufferが分注された専用プレートをご提供します。蒸発を防ぐため、Cell Lysis Bufferの上層には不活性オイルが添加されています。 |
FACS分取時の注意事項
- Cell Lysis Bufferが分注された各ウェルの中央へ細胞が分取されるように、あらかじめFACSの位置を調整して下さい。
- ダブレットを除外し、死細胞を取り除くゲーティング条件を設定して下さい。
- 可能な場合は、ソーティングステージを4℃に冷却して下さい。
- 細胞の分取は、1プレート当たり10～20分以内を目安に完了して下さい。
- 分取後はプレートを速やかに密封し、800×gで30秒間遠心した後、－80℃で凍結して下さい。
- 輸送中の温度上昇を防ぐため、プレートをドライアイスの上に置くだけでなく、ドライアイスの層の間に入れて梱包して下さい。
適用できない、または推奨していない試料
- 本プロトコルは、核のソーティングには最適化されていません。
- 心筋細胞などの大型細胞はFACS分取に適さないため、推奨していません。
- Cell Lysis Bufferには病原体を不活化する作用がありません。病原体を含む可能性がある試料については、当社受託・特注品担当まで事前にお問い合わせ下さい。
※ 試料調製および輸送の詳細については、Alithea Genomics社のSample Preparation and Submission Guidelinesをご確認下さい。
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納品物
シークエンシングおよびデータ解析の完了後、主に以下のデータを納品します。
- FASTQファイル：シークエンサーから取得した生データ（raw sequencing data）
- 遺伝子カウントテーブル：各細胞における遺伝子ごとの発現カウントデータ
- QCファイル：シークエンスデータおよびライブラリーの品質評価結果
- 解析レポート：各試料の解析結果や品質情報などをまとめたレポート
※ 納品物および解析内容は、ご依頼内容によって異なる場合があります。選択的スプライシング解析や転写産物アイソフォーム解析をご希望の場合は、対応範囲について事前にお問い合わせ下さい。
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ご注文方法／価格
詳細は、当社受託・特注品担当までお問い合わせ下さい。
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