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短納期かつリーズナブルな価格でmRNA発現をプロファイリング! RNA-seq 3' PolyA count受託解析サービス

掲載日情報:2024/05/27 現在Webページ番号:71321

定量を目的としたトランスクリプトーム解析を、短納期かつ低コストでご提供する受託解析サービスです。イルミナ社NovaSeq 6000 / MiniSeqシステムのような最新鋭機種を用いて解析を行います。


核酸のイメージ

特長

  • 1試料40,000円(税別)、納期の目安が約2~3週間と利便性の高いサービスです。
  • 真核生物mRNAの3’末端領域を高深度にシークエンシングし、発現遺伝子をプロファイリングします。
  • 抽出・精製済みのRNAをお送りいただければ、ライブラリー調製とシークエンシング解析を行い、カウントデータとDEGリストを納品します。
  • 毎月1日と15日(土日祝祭日の場合はその前営業日)を試料到着締切日とし、そこから約2~3週間(目安)で解析データを納品いたします。


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データ解析内容の一例

解析結果は、デジタルデータでお送りいたします。 データ分析のイメージ


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ご依頼から測定結果報告までのフロー

  1. ご相談
  2. Sample sheetのご提出とお見積もり
  3. 試料のご提供(お客様)
  4. RNA QC(濃度と分解度)の実施
  5. ライブラリ作製とQC
  6. シークエンシング
  7. データ、QCおよびの解析
  8. ご報告、納品

Sample Sheetのイメージ

Sample Sheetの見本

納品物データのイメージ

納品物(Dropboxへのリンクをお知らせいたします)


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試料

gDNA digestionを行った精製RNAをドライアイス便でご送付下さい。
下記の各種項目が必須事項です。
  • 抽出・精製RNA、DNA digestion処理済み
  • RNA量:>500 ng
  • 濃度・液量:50 ng~1 μg/μlを10 μl程度
  • RIN値: >7~8
解析対象試料は真核生物のみです。
FFPE試料はお受けできません。
1案件あたり4試料以上とさせて頂きます。
微量RNAの場合はご相談下さい。


RNA試料のデータのイメージ

精製RNA試料のイメージ


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作業内容

下記の作業を行います。
  • お預かりしたRNA試料のQC
  • ライブラリ作製(dTプライマーによる逆転写)とQC
  • シークエンシング(SE51-81)
  • データQCと解析(データ目安:3M/試料)

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納品物

下記のデータを含むDropboxのurlリンクをお知らせいたします。
  • fastq file
  • RNA QC (tapastation pdf)
  • RawCount.csv
  • ReadNormalizedCount.csv
  • 発現変動遺伝子table.csv
  • GeneSetEnrichmentAnalysis.csv

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Q&A

  • Q1. RNA抽出に関して推奨方法はありますか?
  • A1. 例えば、Zymo Research社のDirect-zol RNA Kitシリーズはon columnでのDNase処理が可能であり、おすすめの試薬の一つです。
  • Q2. 対応する生物種に制限はありますか?
  • A2. 基本的には、Ensembl登録生物種は対応可能です。
  • Q3. 余ったRNA試料は返却されますか?
  • A3. 余った試料のご返却はしておりません。
  • Q4. Biological Replicationはどれくらい用意したらよいですか?
  • A4. 論文化には培養細胞などで最低3試料以上は必要と予想されますが、その中で外れ値が出てしまった場合を想定すると4試料ご準備されていた方が安全かと考えます。また、個体差が生じることが予想される系の場合は5~10試料の解析が推奨されます。
  • Q5. 対応できない試料を教えて下さい。
  • A5. 真核生物由来ではない試料、FFPE試料は承りかねます。

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ご注文方法/価格

詳細は当社受託・特注品担当(下記参照)までお問い合わせ下さい。


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