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RNAベースのバイオ医薬品開発におけるさまざまな課題の解決をお手伝いします! eMERGE受託解析サービス(Eclipse BioInnovations社)

掲載日情報:2025/05/20 現在Webページ番号:70936

eMERGEは、Eclipse BioInnovations社がRNAベースの治療薬の包括的な特性評価と精度の最適化のために、独自のアッセイポートフォリオと計算アルゴリズムを統合して開発したプラットフォームです。eMERGEには、翻訳の安定性に及ぼす影響、安定性に影響を及ぼす構造、RNA物質のアイデンティティと完全性、LNPと保存効果の評価などが含まれます。また、これらの包括的な特性評価に加え、翻訳と安定性に寄与する最適配列の特定など、治療効果を向上させる最適化のためのガイダンスもご提供いたします。ワクチン、タンパク質補充療法、およびあらゆる種類のRNAベースの医薬品の特性評価と改善にお役立て下さい。

eMERGE受託サービス

eMERGE受託サービス

eMERGEの受託サービスの項目

各項目をクリックすると、それぞれの受託サービスの詳細をご覧いただけます。


RNAベースのバイオ医薬品開発における課題

RNAの安定性と構造の関係

RNAの構造は治療の安定性に直接影響します。塩基対が一致している場合は安定性が高く、不一致の場合は安定性が低くなります。

RNAの構造解析

図をクリックすると拡大します(🔍)

RNAの構造解析

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RNAの構造に影響を及ぼす因子

RNAの構造決定には、まず決定したRNA配列をもとにフォールディングアルゴリズムを実施し、自由エネルギーを最小化するような構造を予測します。
RNAの構造には、配列だけではなく以下のようなさまざまな要因が関与しています。

  • ヌクレオチド配列
  • 緩衝液の条件
  • 細胞イオン濃度
  • 塩基修飾
  • RNA 結合タンパク質
  • 翻訳速度
  • 細胞内局在
  • 立体効果

RNA配列 フォールディングアルゴリズムの実施 RNA構造の予測



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eMERGE受託解析サービスの概要

eMERGE受託解析サービスのカバー領域

eMERGE受託サービスのカバー領域

eMERGE受託解析サービスによるソリューション

eMERGEプラットフォームは、dsRNAソースの検出からRNAの翻訳の経時変化の測定までを含んでおり、治療活動の包括的な展望を提供します。その結果は、シークエンスの設計と最適なUTRとコドンの選択、製造プロセスの評価、および臨床試験前のリード医薬品の詳細な特徴付けに使用できます。各eMERGEプロジェクトについて、お客様のニーズに合わせた最適な実験と分析のセットをご提案いたします。詳細は下記当社受託・特注品担当までお問い合わせ下さい。

eMERGE受託サービス

eMERGEプラットフォームの概要eMERGEプラットフォームの概要

  • 翻訳と構造解析による最適な候補の探索
  • リボソームの一時停止箇所の特定
  • 細胞への取り込み、翻訳、分解までの時間の測定
  • RNAの二次構造の決定

評価項目

品質管理

  • RNAの完全性と同一性の評価
  • DNAテンプレートの汚染の特定

安全性の評価

  • 医薬品に対する宿主の変化の特定
  • フレームシフトしたタンパク質の検出

保管および輸送の評価

  • さまざまな輸送方法の比較
  • 保管と輸送における効率の評価

法規制への対応法規制への対応

  • miRNAとタンパク質結合のスクリーニング
  • 配列の最適化の特定

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細胞内環境におけるRNA構造の決定

RNA構造は安定性にとって重要です。しかし、遊離状態のRNAをLNP(Lipid nanoparticles)に内包すると、LNPの組成に応じて構造に変化をもたらす可能性があります。eMERGE受託解析サービスでは、RNA構造の安定性評価のために次のことを行います。

  • LNP内のRNA構造の直接測定
  • 細胞内の二次構造の評価
  • 医薬品の処方中の構造の変化の判定

製造後RNAの構造 LNP内包時の構造 細胞内のRNA構造
製造後のRNA構造 LNP内包時の構造 細胞内のRNA構造

eMERGEプラットフォームでは、Eclipse BioInnovations社独自の試薬を用い、緩衝液、LNPまたは細胞内環境のRNA特定塩基に変異を加え、その後NGSを用いて変異した塩基を決定します。

緩衝液、LNPまたは細胞内環境のRNA アクセス可能な塩基の変異
NGSを用いた変異した塩基の決定
コントロール:配列の同一性の測定
緩衝液、LNPまたは細胞内環境のRNA アクセス可能な塩基の変異 NGSを用いた変異した塩基の決定

LNPに内包したRNAの構造例

遊離RNA-基本構造

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基底構造から限定的な変化

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基本構造から大きな変化

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遊離RNA
基本構造
LNP組成A
基本構造から限定的な変化
LNP組成B
基本構造から大きな変化

Acuitas Therapeutics社提供


細胞内に取り込まれた際のRNAの構造の変化の例

細胞内に取り込まれたRNAをin-cellプロービングにより構造決定すると、配列情報のみに基づいて予測した構造から変化が見られることがわかります。図をクリックすると囲み部分の拡大図をご覧いただけます。

配列情報のみに基づくフォールディング
in-cellプロービングに基づくフォールディング
配列情報のみに基づくフォールディング in-cellプロービングに基づくフォールディング

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NGS(Next-Generation Sequencing)によるdsRNAの定量と局在の決定

in vitro転写合成(IVT)におけるエラーは、自然免疫系を活性化する二本鎖RNA(dsRNA)を生成する可能性があります。eMERGE受託解析サービスでは、独自のNGSベースのアプローチを開発し、次のことを行います。

  • 抗抗体検出限界未満の長さのdsRNAを定量化
  • IVTの開始部位と終了部位の特定
  • さまざまな製造の最適化、および塩基置換がdsRNA産生に与える影響の評価

従来法のdsRNA検出における問題点

細胞センサーによるdsRNAの認識と自然免疫の誘発

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20未満から500 bp超のdsRNAは、細胞センサーによって認識され、自然免疫を誘発します。

抗体を用いた方法におけるdsRNA検出の問題点

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抗体を用いた検出方法は、dsRNAの由来を明らかにすることはできず、また短いdsRNAフラグメントは検出できません。

操作方法概略

eMERGEプラットフォームでは、NGSをベースにした独自の方法によりdsRNAの定量と局在の決定を行います。

dsRNAの定量と所在の決定
最適化されたライブラリー調製
dsRNAの定量と所在の決定
  • dsRNAレベルの定量化
  • dsRNAのヌクレオチドレベルの局在

in vitro転写合成(IVT)におけるdsRNAの変化の検出例

操作方法概略

eMERGEプラットフォームでは、NGSをベースにした独自の方法によりdsRNAの定量と局在の決定を行います

4種類の独自のRNAの選択
異なる配列、構造および長さ
RNA 1
RNA 2
RNA 3
RNA 4
🡇 🡇
in vitro転写合成
メチルシュードウリジン(有・無)
無修飾
シュードウリジン
🡇 🡇
dsRNAの測定
J2抗体を用いたドットブロットと独自の方法で測定
dsRNAの測定:eMERGEと標準のJ2ドットブロットの比較 dsRNA

測定結果

J2ドットブロット

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J2ドットブロット

dsRNAの定量はできるが、局在は決定できない。

RNA4

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RNA4

シュードウリジン修飾をしたRNAは未修飾のRNAとは異なる部位においてdsRNAを形成する。

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リボソームの停止位置の特定

RNAの翻訳は、生体の構造や機能を維持するために不可欠です。しかし、リボソームの停止やフレームシフトの発生によりタンパク質の合成が制限されることがあります。eMERGE受託解析サービスにおいては、ターゲット細胞タイプの経験的データに基づき、次のことを行います。

  • 予測に依存しない細胞および組織に固有の最適なコドンの選択
  • リボソームの停止位置を特定し、翻訳効率の向上のため、配列の最適化
  • 時間経過に伴う翻訳を測定し、治療効果の最適な候補を特定

リボソームの停止位置におけるタンパク質産生に及ぼす影響

メチルシュードリジンによるリボソームの停止誘発およびフレームシフト

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メチルシュードリジンによるリボソームの停止誘発およびフレームシフト

フレームシフトしたタンパク質に対する抗体の産生

図をクリックすると拡大します(🔍)

フレームシフトしたタンパク質に対する抗体の産生


解析の概要

リボソームの停止位置特定のワークフロー

図をクリックすると拡大します(🔍)

リボソームの停止位置特定のワークフロー

実施例

コドン特異的なリボソーム停止位置の特定

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コドン特異的なリボソーム停止位置の特定

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ご注文方法/価格

詳細は下記当社受託・特注品担当までお問い合わせ下さい。

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ご相談 計画の立案 解析と報告
課題と結果の展望に関してご相談いたします。 お客様のプロジェクトにおける特定のニーズの解決に向けたカスタマイズされたご提案を立案いたします。 Eclipse BioInnovations社の専門スタッフにより、実用的な洞察を含めた、包括的でデータに基づいた報告書をご提供いたします。

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